SIM2 - SIM2 - Wikipedia

SIM2
Идентификаторы
ПсевдонимыSIM2, HMC13F06, HMC29C01, SIM, bHLHe15, фактор транскрипции 2 одностороннего семейства bHLH, фактор транскрипции 2 SIM bHLH
Внешние идентификаторыOMIM: 600892 MGI: 98307 ГомолоГен: 3716 Генные карты: SIM2
Расположение гена (человек)
Хромосома 21 (человека)
Chr.Хромосома 21 (человека)[1]
Хромосома 21 (человека)
Геномное расположение SIM2
Геномное расположение SIM2
Группа21q22.13Начинать36,699,115 бп[1]
Конец36,749,917 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE SIM2 206558 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_005069
NM_009586

NM_011377

RefSeq (белок)

NP_005060
NP_033664

NP_035507

Расположение (UCSC)Chr 21: 36,7 - 36,75 МбChr 16: 94.08 - 94.13 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Целеустремленный гомолог 2 это белок что у людей кодируется SIM2 ген.[5][6] Он играет важную роль в развитии Центральная нервная система средняя линия, а также конструкция лица и головы.[7]

Функция

SIM1 и гены SIM2 Дрозофила однонаправленные (sim) гомологи генов. Ген sim у дрозофилы кодирует фактор транскрипции это главный регулятор нейрогенез клеток средней линии в центральной нервной системе. SIM2 карты в так называемом Синдром Дауна хромосомной области, особенно на q рука из хромосома 21, полоса 22.2.[7] На основании положения на картировании, его потенциальной функции в качестве репрессора транскрипции и сходства с Drosophila sim, предполагается, что SIM2 может вносить вклад в некоторые специфические фенотипы синдрома Дауна.[6]

Взаимодействия

SIM2 была показана взаимодействовать с Ядерный транслокатор арилуглеводородного рецептора.[8][9][10][11]

Когда ген SIM2 трансфицируется в Клетки PC12, он влияет на нормальный цикл созревания клеток. SIM2 подавляет экспрессию циклин E, что, в свою очередь, подавляет способность клетки проходить через G1 / S checkpoint и подавляет способность клетки к пролиферации. он также регулирует присутствие стр. 27, рост белок-ингибитор. Присутствие p27 подавляет активацию регуляторных функций клеточного цикла. киназы.[12]

Состояние болезни

У гена есть три состояния: + / +, +/- и - / -. Когда ген выражается как SIM2 - / -, он считается нарушенным, и выявляются многие физические уродства, особенно в черепно-лицевой площадь. Лица с SIM2 - / - имеют полный или частичный вторичное небо расщелина и пороки развития языка и крыловидные отростки клиновидной кости. Эти пороки развития вызывают аэрофагия, или глотание воздуха, и послеродовой смерть. Сильная аэрофагия приводит к скоплению воздуха в желудочно-кишечный тракт, вызывая вздутие живота.[7]Считается, что сверхэкспрессия гена SIM2 вызывает некоторые фенотипические деформации, характерные для Синдром Дауна. Наличие SIM2 мРНК во многих частях мозга, которые, как известно, обнаруживают деформации у людей с синдромом Дауна, а также в нёбо, оральный и язык эпителий, нижнечелюстной и подъязычная кости.[7]

Короткая SIM2 (SIM2)

Известны две изоформы SIM2, которые играют разные роли в разных тканях. Было показано, что изоформа SIM2 Short (SIM2s) специфически экспрессируется в ткани молочной железы.[13] SIM2s представляет собой вариант сплайсинга, в котором отсутствует экзон 11 SIM2.[14] Было исследовано, что SIM2s действуют в развитии молочных желез и обладают характеристиками подавления опухоли, особенно при раке груди.[13][15][16] В образцах мышей, когда SIM2s не экспрессировались в эпителиальных клетках молочных желез, наблюдались дефекты развития, приводящие к раковым характеристикам в клетках.[16] Дефектами были повышенная пролиферация клеток, клеточная инвазия в локальную строму, потеря клеточной полярности и потеря молекул клеточной адгезии Е-кадгерина.[16] Эти наблюдения подтверждают, что SIM2s важны для правильного развития молочных желез.[16] Эксперименты по повторному введению SIM2 в клетки рака груди человека позволили наблюдать характеристики подавления опухоли. Сравнение нормальных клеток молочной железы человека с клетками рака молочной железы человека с иммуногистохимическим окрашиванием показало, что SIM2 экспрессируются больше в норме, чем в раке.[13] Повторное введение экспрессии SIM2 в клетки рака молочной железы показало снижение роста, пролиферации и инвазивности.[13] SIM2 подавляет действие гена матриксной металлопротеазы-3 (MMP3), которое включает миграцию клеток, прогрессирование рака и переходы от эпителия к мезенхиме (EMT).[13] SIM2s также репрессируют фактор транскрипции SLUG, который, в свою очередь, подавляет ЕМТ.[16] Подавление EMT позволяет E-кадгерину оставаться, а клетка не подвергается патологическому EMT, связанному с образованием опухоли.[16] Эти действия показывают супрессивные эффекты опухолей SIM2 в эпителии молочных желез.

Модель нокаута

Ученые могут целенаправленно «нокаутировать» ген или вызвать его нарушение. Для этого они выполняют гомологичная рекомбинация и исключить предсказанный стартовый кодон и следующие 47 аминокислоты. Тогда EcoRI сайт рестрикции вводится в хромосому.[7]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000159263 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000062713 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Мюнке М., Боун Л.Дж., Митчелл Х.Ф., Харт И., Уолтон К., Холл-Джонсон К., Иппель Э.Ф., Дитц-Бэнд Дж., Квалёй К., Фан К.М. (ноябрь 1995 г.). «Физическое картирование критической области голопрозэнцефалии в 21q22.3, исключение SIM2 в качестве гена-кандидата для голопрозэнцефалии и картирование SIM2 с областью хромосомы 21, важной для синдрома Дауна». Американский журнал генетики человека. 57 (5): 1074–9. ЧВК  1801356. PMID  7485157.
  6. ^ а б «Ген Entrez: SIM2-односторонний гомолог 2 (Drosophila)».
  7. ^ а б c d е Шамблотт, MJ; Багг, EM; Лоулер, AM; Gearhart, JD (2002). «Черепно-лицевые аномалии, возникающие в результате целенаправленного нарушения мышиного гена Sim2». Динамика развития. 224 (4): 373–380. Дои:10.1002 / dvdy.10116. PMID  12203729. S2CID  22828235.
  8. ^ Probst MR, Fan CM, Tessier-Lavigne M, Hankinson O (февраль 1997 г.). «Два мышиных гомолога однозначного белка дрозофилы, которые взаимодействуют с белком ядерного транслокатора мышиного арилуглеводородного рецептора». Журнал биологической химии. 272 (7): 4451–7. Дои:10.1074 / jbc.272.7.4451. PMID  9020169.
  9. ^ Оое Н., Сайто К., Миками Н., Накатука И., Канеко Х. (январь 2004 г.). «Идентификация нового основного фактора спираль-петля-спираль-PAS, NXF, показывает конкурентную, положительную регуляторную роль Sim2 в экспрессии гена дребрина, модулятора дендритного цитоскелета». Молекулярная и клеточная биология. 24 (2): 608–16. Дои:10.1128 / MCB.24.2.608-616.2004. ЧВК  343817. PMID  14701734.
  10. ^ Woods SL, Whitelaw ML (март 2002 г.). «Дифференциальная активность мышиных однонаправленных 1 (SIM1) и SIM2 на элементе гипоксического ответа. Перекрестная связь между факторами транскрипции основной спираль-петля-спираль / per-Arnt-Sim». Журнал биологической химии. 277 (12): 10236–43. Дои:10.1074 / jbc.M110752200. PMID  11782478.
  11. ^ Моффет П., Рис М., Пеллетье Дж. (Сентябрь 1997 г.). «Мышиный продукт гена Sim-2 ингибирует транскрипцию за счет активной репрессии и функционального вмешательства». Молекулярная и клеточная биология. 17 (9): 4933–47. Дои:10.1128 / mcb.17.9.4933. ЧВК  232345. PMID  9271372.
  12. ^ Meng, X; Ши, Дж; Пэн, Б; Zou, X; Чжан, К. (2006). «Влияние мышиного гена Sim2 на клеточный цикл клетки PC12». Cell Biology International. 2006 (30): 349–353. Дои:10.1016 / j.cellbi.2005.11.012. PMID  16530433. S2CID  46238281.
  13. ^ а б c d е Квак, Хён-Ир; Густафсон, Таня; Metz, Ричард П .; Лаффин, Брайан; Щедин, Перец; Портер, Уэстон В. (июль 2006 г.). «Торможение роста и инвазии рака груди целеустремленными двойками». Канцерогенез. 28 (2): 259–266. Дои:10.1093 / carcin / bgl122. PMID  16840439.
  14. ^ Metz, Ричард П .; Квак, Хён-Ир; Густафсон, Таня; Лаффин, Брайан; Портер, Уэстон В. (февраль 2006 г.). "Дифференциальная регуляция транскрипции мышами-единомышленниками 2". Журнал биологической химии. 281 (16): 10839–10848. Дои:10.1074 / jbc.m508858200. PMID  16484282.
  15. ^ Веллберг, Элизабет; Metz, Ричард П .; Паркер, Кейтлин; Портер, Уэстон В. (март 2010 г.). «Односторонний 2s фактора транскрипции bHLH / PAS способствует лактогенной дифференцировке молочной железы». Разработка. 137 (6): 945–952. Дои:10.1242 / dev.041657. ЧВК  2834457. PMID  20150276.
  16. ^ а б c d е ж Лаффин, Брайан; Веллбург, Элизабет; Квак, Хён-Ир; Бургхардт, Роберт С.; Metz, Ричард П .; Густафсон, Таня; Щедин, Перец; Портер, Уэстон В. (март 2008 г.). «Потеря Singleminded-2 в молочной железе мыши вызывает эпителиально-мезенхимальный переход, связанный с повышающей регуляцией слизистой и матричной металлопротеиназы 2». Молекулярная и клеточная биология. 28 (6): 1936–1946. Дои:10.1128 / mcb.01701-07. ЧВК  2268409. PMID  18160708.

дальнейшее чтение