Фактор транскрипции, подавляющий RE1 - RE1-silencing transcription factor - Wikipedia

ОТДЫХ
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CZY
Идентификаторы
Псевдонимы	ОТДЫХ, Rest, 2610008J04Rik, AA407358, NRSF, XBR, REST4, WT6, фактор транскрипции подавления RE1, GINGF5, HGF5, DFNA27
Внешние идентификаторы	OMIM: 600571 MGI: 104897 ГомолоГен: 4099 Генные карты: ОТДЫХ
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 4 (человек)[1] Группа 4q12 Начинать 56,907,876 бп[1] Конец 56,966,678 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 5 (мышь)[2] Группа 5 | 5 C3.3 Начинать 77,265,491 бп[2] Конец 77,286,432 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • активность выходного выпрямительного калиевого канала • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • связывание фактора транскрипции • связывание ионов металлов • Связывание ДНК, специфичное для последовательности основного промотора • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • активность гистондеацетилазы • связывание хроматина • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • Связывание ДНК с последовательностью корового промотора РНК-полимеразы II Сотовый компонент • цитозоль • нуклеоплазма • транскрипционный репрессорный комплекс • ядро клетки • цитоплазма • гистон-метилтрансферазный комплекс Биологический процесс • клеточный ответ на электрический стимул • отрицательная регуляция биогенеза плотных ядер гранул • отрицательная регуляция секреции инсулина • отрицательная регуляция процесса биосинтеза кортизола • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция экспрессии генов • транскрипция, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция дифференцировки амниотических стволовых клеток • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция дифференцировки мезенхимальных стволовых клеток • деацетилирование гистона H4 • положительная регуляция активности эндопептидазы цистеинового типа, участвующей в апоптотическом процессе • клеточный ответ на лекарство • клеточный ответ на глюкокортикоидный стимул • отрицательная регуляция кальций-зависимого экзоцитоза • дифференцировка гемопоэтических клеток-предшественников • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательное регулирование пролиферации клеток • отрицательная регуляция процесса биосинтеза альдостерона • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • дифференцировка миобластов клеток сердечной мышцы • отрицательная регуляция нейрогенеза • трансмембранный транспорт ионов калия • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • положительная регуляция апоптотического процесса • отрицательная регуляция дифференцировки нейронов • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы • ответ на гипоксию • регуляция экспрессии генов • положительная регуляция дифференцировки нейронов • регуляция дифференцировки остеобластов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5978	19712
Ансамбль	ENSG00000084093	ENSMUSG00000029249
UniProt	Q13127	Q8VIG1
RefSeq (мРНК)	NM_001193508 NM_005612 NM_001363453	NM_011263
RefSeq (белок)	NP_001180437 NP_005603 NP_001350382	NP_035393
Расположение (UCSC)	Chr 4: 56.91 - 56.97 Мб	Chr 5: 77.27 - 77.29 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

RE1-Silencing транскрипционный фактор (ОТДЫХ), также известный как Фактор глушителя, ограничивающий нейроны (NRSF), это белок который у человека кодируется ОТДЫХ ген, и действует как транскрипционный репрессор.^[5][6][7] REST явно участвует в репрессии нейронных генов в ненейрональных клетках.^[7][8] Многие генетические нарушения были связаны с изменениями в паттерне экспрессии REST, в том числе карциномы толстой кишки и мелкоклеточные легкие, обнаруженные с усеченными версиями REST.^[9] Помимо этих видов рака, дефекты REST также приписывают роль в болезни Хантингтона, нейробластомах и эффектах эпилептических припадков и ишемии.

Функция

Этот ген кодирует транскрипционный репрессор который репрессирует нейрональные гены в ненейрональных тканях. Он является членом Круппель -тип цинковый палец фактор транскрипции семья. Он подавляет транскрипцию, связывая элемент последовательности ДНК, называемый нейрон-рестриктивным элементом глушителя (NRSE, также известный как RE1). Белок также содержится в недифференцированных нейронах. клетки-предшественники, и считается, что этот репрессор может действовать как главный негативный регулятор нейрогенез. Альтернативно сращивание описаны варианты транскриптов; однако их полноразмерный характер не установлен.^[5] Было обнаружено, что REST снижается у пожилых людей с Болезнь Альцгеймера.^[10]

REST содержит 8 Cys₂Его₂ цинковые пальцы и опосредует репрессию генов путем привлечения нескольких хроматин -модифицирующие ферменты.^[11]

• 

  NRSF связывается с ДНК и кофакторами на каждом из двух своих кофакторных связывающих доменов.

• 

  Происходит ремоделирование хроматина, в результате чего ген «выключается».

Выражение REST сильно коррелирует с увеличением продолжительности жизни. Уровни REST наиболее высоки в мозгу людей, которые дожили до 90–100 лет и остались неизменными в когнитивном отношении. Уровни оставались высокими особенно в областях мозга, уязвимых для болезни Альцгеймера, что позволяет предположить, что они могут быть защищены от деменции. Предполагается, что REST репрессирует гены, которые способствуют гибели клеток и патологии болезни Альцгеймера, и индуцирует экспрессию генов стрессовой реакции. Более того, REST эффективно защищает нейроны от окислительного стресса и токсичности амилоидных β-белков.^[10] REST также ответственен за вызванную ишемией гибель нейрональных клеток на мышиных моделях ишемии мозга. Ишемия, которая возникает в результате уменьшения кровоснабжения тканей, снижения поступления питательных веществ и кислорода, вызывает транскрипцию REST и накопление ядер, что приводит к эпигенетической репрессии нейронных генов, что приводит к гибели клеток.^[12] Механизм, выходящий за рамки индукции REST при ишемии, может быть тесно связан с его кислородзависимой ядерной транслокацией и репрессией генов-мишеней при гипоксии (низком уровне кислорода), где REST выполняет функции главного регулятора репрессии генов при гипоксии.^[13]

Взаимодействия

Фактор транскрипции, подавляющий RE1, может взаимодействовать с RCOR1.^[14]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000084093 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029249 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: фактор транскрипции, подавляющий REST RE1».
6. Шенхер CJ, Андерсон DJ (март 1995 г.). «Фактор сайленсера, ограничивающий нейроны (NRSF): координирующий репрессор множества нейрон-специфичных генов». Наука. 267 (5202): 1360–3. Bibcode:1995Научный ... 267.1360S. Дои:10.1126 / science.7871435. PMID  7871435. S2CID  25101475.
7. Чонг Дж. А., Тапиа-Рамирес Дж., Ким С., Толедо-Арал Дж. Дж., Чжэн Ю., Бутрос М. С., Альтшуллер Ю. М., Фроман М. А., Кранер С. Д., Мандель Г. (март 1995 г.). «REST: белок-глушитель млекопитающих, который ограничивает экспрессию гена натриевого канала в нейронах». Клетка. 80 (6): 949–57. Дои:10.1016/0092-8674(95)90298-8. PMID  7697725. S2CID  6412634.
8. Колсон Дж. М. (сентябрь 2005 г.). «Регуляция транскрипции: рак, нейроны и REST». Текущая биология. 15 (17): R665–8. Дои:10.1016 / j.cub.2005.08.032. PMID  16139198. S2CID  11901339.
9. Вестбрук Т.Ф., Мартин Э.С., Шлабах М.Р., Ленг Й., Лян А.С., Фенг Б., Чжао Дж.Дж., Робертс Т.М., Мандель Дж., Ханнон Г.Дж., Депиньо Р.А., Чин Л., Элледж С.Дж. (июнь 2005 г.). «Генетический скрининг кандидатов в супрессоры опухолей выявляет REST». Клетка. 121 (6): 837–48. Дои:10.1016 / j.cell.2005.03.033. PMID  15960972. S2CID  14082806.
10. Лу Т., Арон Л., Зулло Дж., Пан И, Ким Х, Чен Й, Ян Т., Ким Х. М., Дрейк Д., Лю XS, Беннетт Д.А., Колаяково М.П., ​​Янкнер Б.А. (март 2014 г.). «ОТДЫХ и стрессоустойчивость при старении и болезни Альцгеймера». Природа. 507 (7493): 448–54. Bibcode:2014Натура.507..448л. Дои:10.1038 / природа13163. ЧВК  4110979. PMID  24670762.
11. Ooi L, Wood IC (июль 2007 г.). «Взаимодействие хроматина в развитии и болезни: уроки REST». Природа Обзоры Генетика. 8 (7): 544–54. Дои:10,1038 / nrg2100. PMID  17572692. S2CID  415873.
12. Но К.М., Хван Дж.Й., Фоллензи А., Атанасиаду Р., Мияваки Т., Грилли Дж. М., Беннетт М.В., Зукин Р.С. (апрель 2012 г.). «Эпигенетическое ремоделирование, зависимое от репрессорного элемента-1, подавляющего фактор транскрипции (REST), имеет решающее значение для гибели нейронов, вызванной ишемией». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 109 (16): E962–71. Дои:10.1073 / pnas.1121568109. ЧВК  3341013. PMID  22371606.
13. Cavadas MA, Mesnieres M, Crifo B, Manresa MC, Selfridge AC, Keogh CE, Fabian Z, Scholz CC, Nolan KA, Rocha LM, Tambuwala MM, Brown S, Wdowicz A, Corbett D, Murphy KJ, Godson C, Cummins EP , Taylor CT, Cheong A (17 августа 2016 г.). «REST - это гипоксический репрессор транскрипции». Научные отчеты. 6: 31355. Bibcode:2016НатСР ... 631355C. Дои:10.1038 / srep31355. ЧВК  4987654. PMID  27531581.
14. Андрес М.Э., Бургер С., Пераль-Рубио М.Дж., Баттальоли Э., Андерсон М.Э., Граймс Дж., Даллман Дж., Баллас Н., Мандель Г. (август 1999 г.). «CoREST: функциональный корепрессор, необходимый для регуляции экспрессии нервно-специфических генов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (17): 9873–8. Bibcode:1999PNAS ... 96.9873A. Дои:10.1073 / пнас.96.17.9873. ЧВК  22303. PMID  10449787.

дальнейшее чтение

• Ooi L, Wood IC (июль 2007 г.). «Взаимодействие хроматина в развитии и болезни: уроки REST». Природа Обзоры Генетика. 8 (7): 544–54. Дои:10,1038 / nrg2100. PMID  17572692. S2CID  415873.
• Чонг Дж. А., Тапиа-Рамирес Дж., Ким С., Толедо-Арал Дж. Дж., Чжэн Ю., Бутрос М. С., Альтшуллер Ю. М., Фроман М. А., Кранер С. Д., Мандель Г. (март 1995 г.). «REST: белок-глушитель млекопитающих, который ограничивает экспрессию гена натриевого канала в нейронах». Клетка. 80 (6): 949–57. Дои:10.1016/0092-8674(95)90298-8. PMID  7697725. S2CID  6412634.
• Шенхер CJ, Андерсон DJ (март 1995 г.). «Фактор сайленсера, ограничивающий нейроны (NRSF): координирующий репрессор множества нейрон-специфичных генов». Наука. 267 (5202): 1360–3. Bibcode:1995Научный ... 267.1360S. Дои:10.1126 / science.7871435. PMID  7871435. S2CID  25101475.
• Шолль Т., Стивенс МБ, Маханта С., Строминджер Дж.Л. (февраль 1996 г.). «Белок цинкового пальца, который подавляет транскрипцию гена МНС класса II человека, DPA». Журнал иммунологии. 156 (4): 1448–57. PMID  8568247.
• Колсон Дж. М. (сентябрь 2005 г.). «Регуляция транскрипции: рак, нейроны и REST». Текущая биология. 15 (17): R665–8. Дои:10.1016 / j.cub.2005.08.032. PMID  16139198. S2CID  11901339.
• Тиль Г., Литц М., Крамер М. (октябрь 1998 г.). «Биологическая активность и модульная структура RE-1-сайленсирующего фактора транскрипции (REST), репрессора нейрональных генов». Журнал биологической химии. 273 (41): 26891–9. Дои:10.1074 / jbc.273.41.26891. PMID  9756936.
• Андрес М.Э., Бургер С., Пераль-Рубио М.Дж., Баттальоли Э., Андерсон М.Э., Граймс Дж., Даллман Дж., Баллас Н., Мандель Г. (август 1999 г.). «CoREST: функциональный корепрессор, необходимый для регуляции экспрессии нервно-специфических генов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (17): 9873–8. Bibcode:1999PNAS ... 96.9873A. Дои:10.1073 / пнас.96.17.9873. ЧВК  22303. PMID  10449787.
• Пальма К., Метсис М., Тиммуск Т. (сентябрь 1999 г.). «Нейрон-специфический сплайсинг фактора транскрипции цинкового пальца REST / NRSF / XBR часто встречается в нейробластомах и сохраняется у человека, мыши и крысы». Исследование мозга. Молекулярные исследования мозга. 72 (1): 30–9. Дои:10.1016 / S0169-328X (99) 00196-5. PMID  10521596.
• Нарусэ Й., Аоки Т., Кодзима Т., Мори Н. (ноябрь 1999 г.). «Нейронный рестриктивный фактор сайленсера привлекает комплекс mSin3 и гистондеацетилазы для репрессии нейрон-специфичных генов-мишеней». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (24): 13691–6. Bibcode:1999ПНАС ... 9613691Н. Дои:10.1073 / пнас.96.24.13691. ЧВК  24126. PMID  10570134.
• Граймс Дж. А., Нильсен С. Дж., Баттальоли Э., Миска Е. А., Спех Дж. К., Берри Д. Л., Атуф Ф., Холденер Б. К., Мандель Г., Кузаридес Т. (март 2000 г.). «Корепрессор mSin3A является функциональным компонентом репрессорного комплекса REST-CoREST». Журнал биологической химии. 275 (13): 9461–7. Дои:10.1074 / jbc.275.13.9461. PMID  10734093.
• Колсон Дж. М., Эдгсон Дж. Л., Уолл П. Дж., Куинн Дж. П. (апрель 2000 г.). «Вариант сплайсинга репрессора фактора сайленсера, ограничивающего нейроны, экспрессируется при мелкоклеточном раке легкого: потенциальная роль в дерепрессии нейроэндокринных генов и полезный клинический маркер». Исследования рака. 60 (7): 1840–4. PMID  10766169.
• Кодзима Т., Мурай К., Нарусэ Й., Такахаши Н., Мори Н. (июнь 2001 г.). «Неселективная транскрипция клеточного типа генов мыши и человека, кодирующих нейро-рестриктивный глушитель». Исследование мозга. Молекулярные исследования мозга. 90 (2): 174–86. Дои:10.1016 / S0169-328X (01) 00107-3. PMID  11406295.
• Battaglioli E, Andrés ME, Rose DW, Chenoweth JG, Rosenfeld MG, Anderson ME, Mandel G (октябрь 2002 г.). «Репрессия REST нейронных генов требует компонентов комплекса hSWI.SNF». Журнал биологической химии. 277 (43): 41038–45. Дои:10.1074 / jbc.M205691200. PMID  12192000.
• Луняк В.В., Берджесс Р., Префонтейн Г.Г., Нельсон С., Сзе С.Х., Ченовет Дж., Шварц П., Певзнер П.А., Гласс С., Мандель Г., Розенфельд М.Г. (ноябрь 2002 г.). «Корепрессор-зависимое подавление хромосомных участков, кодирующих нейрональные гены». Наука. 298 (5599): 1747–52. Bibcode:2002Научный ... 298.1747L. CiteSeerX  10.1.1.136.7131. Дои:10.1126 / science.1076469. PMID  12399542. S2CID  13507921.
• Литц М., Холь М., Тиль Г. (январь 2003 г.). «Фактор транскрипции сайленсинга RE-1 (REST) ​​регулирует транскрипцию гена синаптофизина человека через сайт связывания ДНК, специфичный для интронной последовательности». Европейский журнал биохимии / FEBS. 270 (1): 2–9. Дои:10.1046 / j.1432-1033.2003.03360.x. PMID  12492469.
• Херш Л. Б., Симодзё М. (март 2003 г.). «Регулирование экспрессии холинергического гена с помощью фактора транскрипции, подавляющего рестриктивный сайленсер нейронов / репрессорного элемента-1». Науки о жизни. 72 (18–19): 2021–8. Дои:10.1016 / S0024-3205 (03) 00065-1. PMID  12628452.
• Кемп Д.М., Лин Дж. К., Хабенер Дж. Ф. (сентябрь 2003 г.). «Регулирование гена парного гомеодомена Pax4 нейрон-рестрикционным фактором глушителя». Журнал биологической химии. 278 (37): 35057–62. Дои:10.1074 / jbc.M305891200. PMID  12829700.
• Zuccato C, Tartari M, Crotti A, Goffredo D, Valenza M, Conti L, Cataudella T, Leavitt BR, Hayden MR, Timmusk T, Rigamonti D, Cattaneo E (сентябрь 2003 г.). «Хантингтин взаимодействует с REST / NRSF, чтобы модулировать транскрипцию нейрональных генов, контролируемых NRSE». Природа Генетика. 35 (1): 76–83. Дои:10,1038 / ng1219. PMID  12881722. S2CID  28110381.
• Мартин Д., Тавадрос Т., Мейлан Л., Абдеррахмани А., Кондорелли Д. Ф., Уэбер Г., Хефлигер Дж. А. (декабрь 2003 г.). «Критическая роль фактора репрессора транскрипции нейрон-рестриктивного сайленсера в специфическом контроле коннексина36 в линиях клеток, продуцирующих инсулин». Журнал биологической химии. 278 (52): 53082–9. Дои:10.1074 / jbc.M306861200. PMID  14565956.
• Кувахара К., Сайто Ю., Такано М., Араи Ю., Ясуно С., Накагава И., Такахаши Н., Адачи Ю., Такемура Г., Хори М., Миямото Ю., Морисаки Т., Куратоми С., Нома А., Фудзивара Н., Йошимаса Ю., Киношита Н. , Каваками Р., Кишимото И., Наканиши М., Усами С., Сайто И., Харада М., Накао К. (декабрь 2003 г.). «NRSF регулирует программу генов сердца плода и поддерживает нормальную структуру и функцию сердца». Журнал EMBO. 22 (23): 6310–21. Дои:10.1093 / emboj / cdg601. ЧВК  291842. PMID  14633990.
• Кувабара Т., Се Дж., Накашима К., Тайра К., Гейдж Ф.Х. (март 2004 г.). «Малая модулирующая дцРНК определяет судьбу взрослых нервных стволовых клеток». Клетка. 116 (6): 779–93. Дои:10.1016 / S0092-8674 (04) 00248-X. PMID  15035981. S2CID  12656737.
• Зулло Дж. М., Дрейк Д., Арон Л., О'Херн П., Дхамне С.К., Дэвидсон Н., Мао Калифорния, Кляйн В.Х., Ротенберг А., Беннетт Д.А., Генеральный директор Черч, депутат Колаяково, Янкнер Б.А. (октябрь 2019 г.). «Регулирование продолжительности жизни нервным возбуждением и отдыхом». Природа. 574 (7778): 359–364. Bibcode:2019Натура.574..359Z. Дои:10.1038 / s41586-019-1647-8. ЧВК  6893853. PMID  31619788.

внешняя ссылка

• ОТДЫХ + белок, + человек в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
• FactorBook NRSF

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.