SPI1 - SPI1

SPI1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1PUE
Идентификаторы
Псевдонимы	SPI1, OF, PU.1, SFPI1, SPI-1, SPI-A, протоонкоген Spi-1
Внешние идентификаторы	OMIM: 165170 MGI: 98282 ГомолоГен: 2346 Генные карты: SPI1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11p11.2 Начинать 47,354,860 бп[1] Конец 47,378,576 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 E1 | 2 50,44 см Начинать 91,082,390 бп[2] Конец 91,115,756 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • последовательное связывание ДНК • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • активность фактора транскрипции, связывание с последовательностью проксимальной области основного промотора РНК-полимеразы II • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • активность фактора транскрипции, связывание с дистальной энхансерной последовательностью РНК-полимеразы II • Связывание фактора транскрипции РНК-полимеразы II • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • Связывание с белками NFAT • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфичность к РНК-полимеразе II • связывание фактора транскрипции Сотовый компонент • ядерный хроматин • ядро клетки • нуклеоплазма • комплекс регуляторов транскрипции Биологический процесс • дифференцировка миелоидных лейкоцитов • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • клеточный ответ на этанол • поддержание популяции соматических стволовых клеток • дифференцировка лимфоцитов • регуляция дифференцировки эритроцитов • миелоидная дифференцировка дендритных клеток • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция биосинтетического процесса MHC класса II • дифференцировка лимфоидных клеток-предшественников • транскрипция, ДНК-шаблон • дифференцировка макрофагов • регресс анатомической структуры • отрицательная регуляция ацетилирования гистона H4 • отрицательная регуляция экспрессии генов, эпигенетическая • развитие сосудистой сети • дифференцировка гранулоцитов • апоптотический процесс, вовлеченный в морфогенез кровеносных сосудов • ацетилирование гистона H3 • дифференцировка эритроцитов • гиперметилирование CpG-островка • положительная регуляция транскрипции pri-miRNA с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция при-миРНК с промотора РНК-полимеразы II • дифференциация клеток • сигнальный путь, опосредованный интерлейкином-6 Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	6688	20375
Ансамбль	ENSG00000066336	ENSMUSG00000002111
UniProt	P17947	P17433
RefSeq (мРНК)	NM_001080547 NM_003120	NM_011355 NM_001378898 NM_001378899
RefSeq (белок)	NP_001074016 NP_003111	NP_035485 NP_001365827 NP_001365828
Расположение (UCSC)	Chr 11: 47.35 - 47.38 Мб	Chr 2: 91.08 - 91.12 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор транскрипции PU.1 это белок что у людей кодируется SPI1 ген.^[5]

Функция

Этот ген кодирует фактор транскрипции ETS-домена, который активирует экспрессию гена во время развития миелоидных и B-лимфоидных клеток.^[6] Ядерный белок связывается с богатой пуринами последовательностью, известной как PU-бокс, обнаруженной на энхансерах генов-мишеней, и регулирует их экспрессию в координации с другими факторами транскрипции и кофакторами. Белок также может регулировать альтернативный сплайсинг генов-мишеней. Для этого гена было обнаружено множество вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.^[7]

Структура

Домен ETS представляет собой ДНК-связывающий модуль PU.1 и других факторов транскрипции семейства ETS.

Взаимодействия

SPI1 показал себя взаимодействовать с:

• FUS,^[8]
• GATA2,^[9]
• IRF4,^[10][11] и
• НЕТ НЕТ.^[12]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000066336 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000002111 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ray D, Culine S, Tavitain A, Moreau-Gachelin F (июль 1990 г.). «Человеческий гомолог предполагаемого протоонкогена Spi-1: характеристика и экспрессия в опухолях». Онкоген. 5 (5): 663–668. PMID  1693183.
6. Оикава, Т. Yamada, T; Кихара-Негиси, Ф; Ямамото, H; Кондо, N; Hitomi, Y; Хашимото, Y (июль 1999 г.). «Роль фактора транскрипции PU.1 семейства Ets в дифференцировке, пролиферации и апоптозе гемопоэтических клеток». Разница в гибели клеток. 6 (7): 599–608. Дои:10.1038 / sj.cdd.4400534. PMID  10453070.
7. «Ген Entrez: онкоген spi1 провирусной интеграции вируса фокуса селезенки SPI1 (SFFV)».
8. Hallier M, Lerga A, Barnache S, Tavitian A, Moreau-Gachelin F (февраль 1998 г.). «Фактор транскрипции Spi-1 / PU.1 взаимодействует с потенциальным фактором сплайсинга TLS». J. Biol. Chem. 273 (9): 4838–4842. Дои:10.1074 / jbc.273.9.4838. PMID  9478924.
9. Zhang P, Behre G, Pan J, Iwama A, Wara-Aswapati N, Radomska HS, Auron PE, Tenen DG, Sun Z (июль 1999 г.). «Отрицательный перекрестный обмен между регуляторами кроветворения: белки GATA репрессируют PU.1». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (15): 8705–8710. Bibcode:1999PNAS ... 96.8705Z. Дои:10.1073 / пнас.96.15.8705. ЧВК  17580. PMID  10411939.
10. Брасс А.Л., Чжу А.К., Сингх Х. (февраль 1999 г.). «Требования к сборке комплексов активатора PU.1-Pip (IRF-4): ингибирующая функция in vivo с использованием слитых димеров». EMBO J. 18 (4): 977–991. Дои:10.1093 / emboj / 18.4.977. ЧВК  1171190. PMID  10022840.
11. Escalante CR, Shen L, Escalante MC, Brass AL, Edwards TA, Singh H, Aggarwal AK (июль 2002 г.). «Кристаллизация и характеристика тройного комплекса PU.1 / IRF-4 / ДНК». J. Struct. Биол. 139 (1): 55–59. Дои:10.1016 / с1047-8477 (02) 00514-2. PMID  12372320.
12. Hallier M, Tavitian A, Moreau-Gachelin F (май 1996 г.). «Фактор транскрипции Spi-1 / PU.1 связывает РНК и мешает РНК-связывающему белку p54nrb». J. Biol. Chem. 271 (19): 11177–11181. Дои:10.1074 / jbc.271.19.11177. PMID  8626664.

дальнейшее чтение

• Klemsz MJ, McKercher SR, Celada A, Van Beveren C, Maki RA (1990). «Макрофаги и специфический для В-клеток фактор транскрипции PU.1 относится к онкогену ets». Клетка. 61 (1): 113–124. Дои:10.1016/0092-8674(90)90219-5. PMID  2180582. S2CID  27819155.
• Нгуен В.К., Рэй Д., Гросс М.С., де Танд М.Ф., Фрезаль Дж., Моро-Гашлен Ф. (1990). «Локализация онкогена человека SPI1 на хромосоме 11, область p11.22». Гм. Genet. 84 (6): 542–546. Дои:10.1007 / bf00210807. PMID  2338340. S2CID  22337200.
• Чен Х, Рей-Галлет Д., Чжан П., Хетерингтон С.Дж., Гонсалес Д.А., Чжан Д.Е., Моро-Гачелин Ф., Тенен Д.Г. (1995). «PU.1 (Spi-1) саморегулирует свою экспрессию в миелоидных клетках». Онкоген. 11 (8): 1549–1560. PMID  7478579.
• Нагулапалли С., Понгубала Дж. М., Атчисон М. Л. (1995). «Множественные белки физически взаимодействуют с PU.1. Транскрипционная синергия с NF-IL6 beta (C / EBP delta, CRP3)». J. Immunol. 155 (9): 4330–4338. PMID  7594592.
• Понгубала Дж. М., Атчисон М. Л. (1995). «Активация фактора транскрипции 1 и модулятора элемента ответа на циклический АМФ может модулировать активность энхансера каппа 3 'иммуноглобулина». J. Biol. Chem. 270 (17): 10304–10313. Дои:10.1074 / jbc.270.17.10304. PMID  7730336.
• Хромас Р., Орази А., Нейман Р.С., Маки Р., Ван Беверан С., Мур Дж., Клемш М. (1993). «Гемопоэтическая экспрессия члена семейства онкогенов ETS PU.1, ограниченная по клонам и стадиям». Кровь. 82 (10): 2998–3004. Дои:10.1182 / blood.V82.10.2998.2998. PMID  8219191.
• Хагемайер С., Баннистер А.Дж., Кук А., Кузаридес Т. (1993). «Домен активации фактора транскрипции PU.1 связывает белок ретинобластомы (RB) и фактор транскрипции TFIID in vitro: RB демонстрирует сходство последовательностей с TFIID и TFIIB». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 90 (4): 1580–1584. Bibcode:1993ПНАС ... 90.1580Н. Дои:10.1073 / пнас.90.4.1580. ЧВК  45918. PMID  8434021.
• Халлиер М, Тавитян А, Моро-Гашлен Ф (1996). «Фактор транскрипции Spi-1 / PU.1 связывает РНК и мешает РНК-связывающему белку p54nrb». J. Biol. Chem. 271 (19): 11177–11181. Дои:10.1074 / jbc.271.19.11177. PMID  8626664.
• Басук А.Г., Анандаппа RT, Лейден Дж. М. (1997). «Физические взаимодействия между Ets и белками NF-kappaB / NFAT играют важную роль в их совместной активации энхансера вируса иммунодефицита человека в Т-клетках». Дж. Вирол. 71 (5): 3563–3573. Дои:10.1128 / JVI.71.5.3563-3573.1997. ЧВК  191503. PMID  9094628.
• Ли С.Л., Валенте А.Дж., Чжао С.Дж., Кларк Р.А. (1997). «PU.1 необходим для активности промотора p47 (phox) в миелоидных клетках». J. Biol. Chem. 272 (28): 17802–17809. Дои:10.1074 / jbc.272.28.17802. PMID  9211934.
• Цукада Дж., Мисаго М., Серино И., Огава Р., Мураками С., Наканиши М., Тонай С., Коминато Ю., Моримото И., Аурон П. Е., Это С. (1997). "Налог вируса Т-клеточного лейкоза человека типа I трансактивирует промотор гена проинтерлейкина-1бета человека посредством ассоциации с двумя факторами транскрипции, ядерным фактором-интерлейкином-6 и Spi-1". Кровь. 90 (8): 3142–3153. Дои:10.1182 / кровь.V90.8.3142. PMID  9376596.
• Холлиер М., Лерга А., Барнаш С., Тавитиан А., Моро-Гашлен Ф (1998). «Фактор транскрипции Spi-1 / PU.1 взаимодействует с потенциальным фактором сплайсинга TLS». J. Biol. Chem. 273 (9): 4838–4842. Дои:10.1074 / jbc.273.9.4838. PMID  9478924.
• Судзуки С., Куматори А., Хааген И.А., Фуджи Ю., Садат М.А., Джун Х.Л., Цудзи Ю., Роос Д., Накамура М. (1998). «PU.1 как важный активатор экспрессии гена gp91 (phox) в периферических нейтрофилах, моноцитах и ​​В-лимфоцитах человека». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 95 (11): 6085–6090. Bibcode:1998PNAS ... 95.6085S. Дои:10.1073 / пнас.95.11.6085. ЧВК  27589. PMID  9600921.
• Carrère S, Verger A, Flourens A, Stehelin D, Duterque-Coquillaud M (1998). «Белки Erg, факторы транскрипции семейства Ets, образуют гомо, гетеродимеры и тройные комплексы через два различных домена». Онкоген. 16 (25): 3261–3268. Дои:10.1038 / sj.onc.1201868. PMID  9681824.
• Сато М., Мори Е., Такебаяси-Судзуки К., Ясуи Н., Очи Т., Китамура Ю., Номура С. (1999). «Фактор транскрипции, связанный с микрофтальмией, взаимодействует с PU.1 и c-Fos: определение их субклеточной локализации». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 254 (2): 384–387. Дои:10.1006 / bbrc.1998.9918. PMID  9918847.
• Брасс А.Л., Чжу А.К., Сингх Х. (1999). «Требования к сборке комплексов активатора PU.1-Pip (IRF-4): ингибирующая функция in vivo с использованием слитых димеров». EMBO J. 18 (4): 977–991. Дои:10.1093 / emboj / 18.4.977. ЧВК  1171190. PMID  10022840.
• Ямамото Х., Кихара-Негиси Ф., Ямада Т., Хашимото Ю., Оикава Т. (1999). «Физические и функциональные взаимодействия между фактором транскрипции PU.1 и коактиватором CBP». Онкоген. 18 (7): 1495–1501. Дои:10.1038 / sj.onc.1202427. PMID  10050886.
• Рао С., Мацумура А., Юн Дж., Саймон М.С. (1999). «SPI-B активирует транскрипцию через уникальный пролиновый, сериновый и треониновый домен и демонстрирует отличия сродства связывания ДНК от PU.1». J. Biol. Chem. 274 (16): 11115–11124. Дои:10.1074 / jbc.274.16.11115. PMID  10196196.
• Мао С., Франк Р. К., Чжан Дж., Миядзаки Ю., Нимер С. Д. (1999). «Функциональные и физические взаимодействия между белками AML1 и белком ETS, MEF: значение для патогенеза t (8; 21) -положительных лейкозов». Мол. Клетка. Биол. 19 (5): 3635–3644. Дои:10.1128 / mcb.19.5.3635. ЧВК  84165. PMID  10207087.

внешняя ссылка

• FactorBook PU.1