SH3 домен - SH3 domain

SH3 домен
1shg SH3 domain.png
Ленточная диаграмма домена SH3, альфа-спектрин, от курица (Код доступа PDB 1SHG), цвет от синего (N-конец) до красного (C-конец).
Идентификаторы
СимволSH3_1
PfamPF00018
Pfam кланCL0010
ИнтерПроIPR001452
УМНАЯSM00326
PROSITEPS50002
SCOP21shf / Объем / СУПФАМ
CDDcd00174

В Гомология 3 домена SRC (или же SH3 домен) - небольшой белковый домен около 60 аминокислота остатки. Первоначально SH3 описывался как консервативная последовательность в популярный адаптерный белок v-Crk. Этот домен также присутствует в молекулах фосфолипазы и некоторых цитоплазматических молекулах. тирозинкиназы Такие как Abl и Src.[1][2] Он также был обнаружен в нескольких других семействах белков, таких как: PI3 киназа, Рас Белок, активирующий ГТФазу, CDC24 и cdc25.[3][4][5] Домены SH3 обнаружены в белках сигнальных путей, регулирующих цитоскелет, то Рас протеин, а Src киназа и много других. Белки SH3 взаимодействуют с адапторными белками и тирозинкиназами. Белки SH3, взаимодействуя с тирозинкиназами, обычно связываются далеко от активный сайт. Приблизительно 300 SH3 доменов обнаружены в белках, кодируемых в геноме человека. В дополнение к этому, домен SH3 отвечал за контроль белок-белковых взаимодействий в пути передачи сигналов[6] и регулирование взаимодействий белков, участвующих в цитоплазматической передаче сигналов.[7]

Структура

Домен SH3 имеет характеристику бета-баррель складка, состоящая из пяти или шести β-тяжи расположены в виде двух плотно упакованных антипараллельных β-листов. Линкерные области могут содержать короткие спирали. Складка SH3-типа - это древняя складка, обнаруженная у эукариот, а также у прокариот.[8]

Связывание пептидов

Классический домен SH3 обычно находится в белках, которые взаимодействуют с другими белками и опосредуют сборку специфических белковых комплексов, обычно через связывание с богатыми пролином пептидами в их соответствующих партнерах по связыванию. Классические домены SH3 ограничены у человека внутриклеточными белками, хотя небольшое семейство внеклеточных белков MIA человека также содержит домен с SH3-подобной складкой.

Многие SH3-связывающие эпитопы белков имеют консенсусная последовательность который может быть представлен как регулярное выражение или Короткий линейный мотив:

-X-P-p-X-P- 1 2 3 4 5

с 1 и 4 быть алифатический аминокислоты, 2 и 5 всегда и 3 иногда являются пролином. Последовательность связывается с гидрофобный карман домена SH3. Совсем недавно были описаны домены SH3, которые связываются с основным консенсусным мотивом R-x-x-K. Примерами являются C-концевые домены SH3 адаптерных белков, таких как Grb2 и Mona (также известные как Gads, Grap2, Grf40, GrpL и т. Д.). Появились и другие связывающие SH3 мотивы, которые все еще появляются в ходе различных молекулярных исследований, подчеркивая универсальность этого домена.

SH3 интерактомы

Сети белок-белковых взаимодействий, опосредованные доменом SH3, т.е., SH3 interactomes, показали, что SH3-интерактом червей напоминает аналогичную дрожжевую сеть, потому что он значительно обогащен белками, играющими роль в эндоцитозе.[9][10] Тем не менее, ортологичные взаимодействия, опосредованные доменом SH3, сильно изменяются между червями и дрожжами.[9]

Белки с доменом SH3

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Поусон Т., Шлессингер Дж. (Июль 1993 г.). «Домены SH2 и SH3». Текущая биология. 3 (7): 434–42. Дои:10.1016 / 0960-9822 (93) 90350-В. PMID  15335710. S2CID  53273571.
  2. ^ Майер Б.Дж. (апрель 2001 г.). «Домены SH3: сложность в умеренности». Журнал клеточной науки. 114 (Pt 7): 1253–63. PMID  11256992.
  3. ^ Мусаккио А., Гибсон Т., Лехто В.П., Сарасте М. (июль 1992 г.). «SH3 - богатый белковый домен в поисках функции». Письма FEBS. 307 (1): 55–61. Дои:10.1016 / 0014-5793 (92) 80901-П. PMID  1639195. S2CID  8564342.
  4. ^ Майер Б.Дж., Балтимор Д. (январь 1993 г.). «Сигнализация через домены SH2 и SH3». Тенденции в клеточной биологии. 3 (1): 8–13. Дои:10.1016/0962-8924(93)90194-6. PMID  14731533.
  5. ^ Поусон Т. (февраль 1995 г.). «Белковые модули и сигнальные сети». Природа. 373 (6515): 573–80. Дои:10.1038 / 373573a0. PMID  7531822. S2CID  4324726.
  6. ^ Шлессингер Дж. (Февраль 1994 г.). «Сигнальные белки SH2 / SH3». Текущее мнение в области генетики и развития. 4 (1): 25–30. Дои:10.1016 / 0959-437X (94) 90087-6. PMID  8193536.
  7. ^ Кох CA, Андерсон Д., Моран М.Ф., Эллис С., Поусон Т. (май 1991 г.). «Домены SH2 и SH3: элементы, которые контролируют взаимодействия цитоплазматических сигнальных белков». Наука. 252 (5006): 668–74. Дои:10.1126 / science.1708916. PMID  1708916.
  8. ^ Whisstock JC, Lesk AM (апрель 1999 г.). «Домены SH3 в прокариотах». Тенденции в биохимических науках. 24 (4): 132–3. Дои:10.1016 / s0968-0004 (99) 01366-3. PMID  10322416.
  9. ^ а б Синь, Сяофэн; Гфеллер, Дэвид; Ченг, Джеки; Тоникян, Раффи; Солнце, Линь; Го, Айлань; Лопес, Лианет; Павленко, Алевтина; Акинтоби, Аденреле (01.01.2013). «Интерактом SH3 сохраняет общую функцию по сравнению с конкретной формой». Молекулярная системная биология. 9: 652. Дои:10.1038 / msb.2013.9. ISSN  1744-4292. ЧВК  3658277. PMID  23549480.
  10. ^ Тоникян, Раффи; Синь, Сяофэн; Торет, Кристофер П .; Гфеллер, Дэвид; Ландграф, Кристиана; Панни, Симона; Паолузи, Серена; Кастаньоли, Луиза; Каррелл, Бриджит (01.10.2009). «Байесовское моделирование дрожжевого взаимодействующего домена SH3 предсказывает пространственно-временную динамику белков эндоцитоза». PLOS Биология. 7 (10): e1000218. Дои:10.1371 / journal.pbio.1000218. ISSN  1545-7885. ЧВК  2756588. PMID  19841731.

внешняя ссылка