DM домен - DM domain
| DM домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Drosophila melanogaster doublesex (dsx), ЯМР, 18 структур | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | DM | ||||||||
| Pfam | PF00751 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR001275 | ||||||||
| УМНАЯ | SM00718 | ||||||||
| SCOP2 | 1rvv / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии DM домен это белок домен впервые обнаружен в двойной секс белки Drosophila melanogaster и также видно в C. elegans и белки млекопитающих.[1] В D. melanogaster двойной секс ген контролирует соматический сексуальный дифференциация производя альтернативно сращенный мРНК, кодирующие связанные с полом полипептиды.[2] Эти белки считаются функционировать как транскрипция факторы на вниз по течению гены определения пола, особенно на нейробласте дифференциация и белок желтка гены транскрипция.[3][4]
Домен DM связывает ДНК как димер, позволяющий распознавать псевдопалиндромные последовательности .[2][5][6] ЯМР-анализ домена DSX DM [6] показал роман цинк модуль, содержащий «переплетенные» цинк-связывающие сайты CCHC и HCCC. Для распознавания ДНК требуется основной карбокси-концевой хвост, который контактирует с малая бороздка цели последовательность.
Белки с этим доменом
Белки с доменом DM обнаружены во многих модельных организмах. Много C. elegans Mab белки содержат этот домен, наиболее известным из которых является mab-3.[1] Белки человека, содержащие этот домен, включают: DMRT1, DMRT2, DMRT3, DMRTA1, DMRTA2, DMRTB1, и DMRTC2; у каждого из них есть мышь гомолог.[7]
| Dmrt1-специфичный | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Dmrt1 | ||||||||
| Pfam | PF12374 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR022114 | ||||||||
| |||||||||
Гомологи DMRT1 имеют дополнительный общий домен на С-конце по отношению к домену DM. Этот домен находится только в костные позвоночные, и ни его структура, ни функция неизвестны.[8](дерево видов) Jpred предсказывает, что человеческая версия раздела будет в основном катушками; это также предполагает слабое сходство с PDB: 6BO4По ВЗРЫВ.[9]
| DMRTA мотив | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | DMA | ||||||||
| Pfam | PF03474 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR005173 | ||||||||
| |||||||||
Белки DMRTA имеют дополнительный мотив на своем С-конце. Этот мотив, широко распространенный у эукариот, выполняет неизвестную функцию. По последовательности он похож на некоторые убиквитин -ассоциированные мотивы.[10]
Рекомендации
- ^ а б Раймонд С.С., Шаму С.Е., Шен М.М., Зейферт К.Дж., Хирш Б., Ходжкин Дж., Заркавер Д. (февраль 1998 г.). «Доказательства эволюционного сохранения генов, определяющих пол». Природа. 391 (6668): 691–5. Bibcode:1998Натура.391..691R. Дои:10.1038/35618. PMID 9490411. S2CID 11414843.
- ^ а б Эрдман С.Е., Чен Х.Дж., Буртис К.С. (декабрь 1996 г.). «Функциональная и генетическая характеристика свойств олигомеризации и связывания ДНК белков doublesex дрозофилы». Генетика. 144 (4): 1639–52. ЧВК 1207715. PMID 8978051.
- ^ Буртис KC, Coschigano KT, Бейкер Б.С., Wensink PC (сентябрь 1991 г.). «Белки doublesex Drosophila melanogaster связываются непосредственно с усилителем гена белка желтка, специфичным для пола». EMBO J. 10 (9): 2577–82. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1991.tb07798.x. ЧВК 452955. PMID 1907913.
- ^ Шен М.М., Ходжкин Дж. (Сентябрь 1988 г.). «mab-3, ген, необходимый для полоспецифической экспрессии белка желтка и мужской линии C. elegans». Клетка. 54 (7): 1019–31. Дои:10.1016/0092-8674(88)90117-1. PMID 3046751. S2CID 1386352.
- ^ Йи В., Зарковер Д. (февраль 1999 г.). «Сходство связывания ДНК и регуляции транскрипции у Caenorhabditis elegans MAB-3 и Drosophila melanogaster DSX предполагает сохранение механизмов определения пола». Разработка. 126 (5): 873–81. PMID 9927589.
- ^ а б Чжу Л., Уилкен Дж., Филлипс Н.Б., Нарендра Ю., Чан Дж., Страттон С.М., Кент С.Б., Вайс Массачусетс (июль 2000 г.). «Половой диморфизм у различных многоклеточных животных регулируется новым классом переплетенных цинковых пальцев». Genes Dev. 14 (14): 1750–64. ЧВК 316782. PMID 10898790.
- ^ «Соответствующие белки: ДНК-связывающий домен DM (IPR001275), отфильтрованный по видам (Homo sapiens)». ИнтерПро.
- ^ "Семья: Dmrt1 (PF12374)". Pfam.
- ^ "Результаты Jpred (MTECSGTSQPPPASVPTTAASEGRMVIQDIPAVTSRGHVENTPD)". www.compbio.dundee.ac.uk. Архивировано из оригинал 10 апреля 2019 г.. Получено 10 апреля 2019.
- ^ "Виды: мотив DMRTA (IPR005173)". ИнтерПро. Получено 10 апреля 2019.