CUB домен - CUB domain

CUB домен
Идентификаторы
СимволКуб
PfamPF00431
ИнтерПроIPR000859
PROSITEPDOC00758
SCOP21sfp / Объем / СУПФАМ
CDDcd00041

CUB домен это эволюционно сохраненный белковый домен.

Домен CUB (для комплемента C1r / C1s, Uegf, Bmp1) представляет собой структурный мотив из примерно 110 остатков, обнаруженных почти исключительно во внеклеточных и связанных с плазматической мембраной белках, многие из которых регулируются в процессе развития.[1][2] Эти белки участвуют в разнообразных функциях, включая активацию комплемента, формирование паттерна развития, восстановление тканей, ведение аксонов и ангиогенез, передачу сигналов клеток, оплодотворение, гемостаз, воспаление, нейротрансмиссию, рецептор-опосредованный эндоцитоз и подавление опухоли.[3] Многие CUB-содержащие белки представляют собой пептидазы, принадлежащие к семействам пептидаз MEROPS M12A (астацин) и S1A (химотрипсин).

Примеры

Белки, содержащие домен CUB, включают:

  • Подкомпоненты комплемента млекопитающих C1s / C1r, которые образуют кальций-зависимый комплекс C1, первый компонент классического пути системы комплемента.
  • Cricetidae sp. (Хомяк) сериновая протеаза Casp, которая расщепляет коллаген I и IV типов и фибронектин в присутствии кальция.
  • Компонент, активирующий комплемент у млекопитающих, Ra-реактивный фактор (RARF), протеаза, которая расщепляет компонент C4 комплемента.
  • Позвоночное животное энтеропептидаза (ЕС 3.4.21.9 ), мембранный белок типа II щеточной каймы кишечника, который активирует трипсиноген.
  • Морфогенный белок 1 кости позвоночных (БМП-1 ), белок, который индуцирует образование хрящей и костей и проявляет активность металлоэндопептидазы.
  • Белки бластулы морского ежа ВР10 и SpAN.
  • C. elegans гипотетические белки F42A10.8 и R151.5.
  • Нейропилин (Антиген A5), кальций-независимая молекула клеточной адгезии, которая функционирует во время формирования определенных нейронных цепей.
  • Фибропеллины I и III из Стронгилоцентротус пурпуратус (Фиолетовый морской еж).
  • Гиалуронат-связывающий белок млекопитающих TSG-6 (или PS4), белок, индуцированный сывороткой и фактором роста.
  • Спермадгезины млекопитающих.
  • Xenopus laevis эмбриональный белок UVS.2, который экспрессируется во время дорсо-переднего развития.

Некоторые из вышеуказанных белков состоят из каталитического домена вместе с несколькими доменами CUB, чередующимися кальций-связывающими EGF домены.

Спермадгезин является подразделением семейства доменов CUB и является основным компонентом млекопитающих семенная жидкость. Спермадгезины представляют собой полипептиды из 110-133 аминокислот.[4] Связывающая активность спермадгезинов, например связывание гепарина и углеводов делает возможным их центральную роль в способствовании прикреплению сперматозоидов к углеводным группам гликопротеинов, обнаруженных на поверхности ооцитов.[5] Спермадгезины свиней, быков и жеребцов демонстрируют 40-98% сходства в их аминокислотных последовательностях, и все они обладают дисульфидной связью между соседними остатками цистеина. Полипептиды свиного спермадгезина кодируются пятью тесно связанными генами. Спермадгезин крупного рогатого скота основан на значительно меньшем количестве генов, и только два из них связаны с экспрессией этого белка в семенной жидкости крупного рогатого скота. Избыточное генетическое кодирование спермадгезинов наблюдалось у шимпанзе, собак и людей.[6] Область, коррелирующая с генами спермадгезина в ДНК крыс и мышей, лишена какого-либо кода спермадгезина. Эти вариации в экспрессии и генетическом кодировании спермадгезинов, как видно, являются результатом эволюционных корректировок в генах как следствие мутаций и делеций в генетическом материале.

Некоторые домены CUB, по-видимому, участвуют в олигомеризации и / или распознавании субстратов и партнеров по связыванию. Например, в протеазах комплемента домены CUB опосредуют димеризацию и связывание с коллагеноподобными областями целевых белков (например, C1q для C1r / C1s). Структура доменов CUB состоит из бета-сэндвича с желейный рулет. Почти все домены CUB содержат четыре консервативных цистеина, которые, вероятно, образуют два дисульфидных мостика (C1-C2, C3-C4). Домены CUB1 C1s и Map19 имеют сайты связывания кальция.[7]

Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:

Рекомендации

  1. ^ Борк П., Бекманн Г. (май 1993 г.). «Домен CUB. Широко распространенный модуль в белках, регулируемых развитием». Журнал молекулярной биологии. 231 (2): 539–45. Дои:10.1006 / jmbi.1993.1305. PMID  8510165.
  2. ^ Bork P (апрель 1991 г.). «Компоненты комплемента C1r / C1s, костный морфогенный белок 1 и онтогенетически регулируемый белок UVS.2 Xenopus laevis имеют общие повторы». Письма FEBS. 282 (1): 9–12. Дои:10.1016/0014-5793(91)80433-4. PMID  2026272. S2CID  33375087.
  3. ^ Перри С.Е., Робинсон П., Мельчер А., Куирк П., Бюринг Х. Дж., Кук Г. П., Блэр Дж. Э. (март 2007 г.). «Экспрессия гена белка 1 (CDCP1), содержащего домен CUB, в клетках колоректальной опухоли». Письма FEBS. 581 (6): 1137–42. Дои:10.1016 / j.febslet.2007.02.025. PMID  17335815. S2CID  30701692.
  4. ^ Ромеро А., Варела П.Ф., Санс Л., Тёпфер-Петерсен Е., Кальвете Дж. Дж. (Март 1996 г.). «Кристаллизация и предварительный рентгеноструктурный анализ спермадгезина семенной плазмы хряка PSP-I / PSP-II, гетеродимера двух CUB-доменов». Письма FEBS. 382 (1–2): 15–7. Дои:10.1016/0014-5793(96)00133-0. PMID  8612739. S2CID  37515421.
  5. ^ Тёпфер-Петерсен Э., Ромеро А., Варела П.Ф., Эхласи-Хундризер М., Досталова З., Санз Л., Кальвете Дж. Дж. (1998). «Спермадгезины: новое семейство белков. Факты, гипотезы и перспективы». Андрология. 30 (4–5): 217–24. Дои:10.1111 / j.1439-0272.1998.tb01163.x. PMID  9739418. S2CID  24941844.
  6. ^ Haase B, Schlötterer C, Hundrieser ME, Kuiper H, Distl O, Töpfer-Petersen E, Leeb T., Эволюция семейства генов спермадгезина, Gene. (2005) 352, П-20-29
  7. ^ Blanc G, Font B, Eichenberger D, Moreau C, Ricard-Blum S, Hulmes DJ, Moali C (июнь 2007 г.). «Понимание того, как домены CUB могут выполнять специфические функции, разделяя общую структуру: консервативные и специфические особенности домена CUB1 вносят вклад в молекулярную основу активности усилителя-1 проколлагеновой С-протеиназы». Журнал биологической химии. 282 (23): 16924–33. Дои:10.1074 / jbc.M701610200. PMID  17446170.
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR000858