ARID домен - ARID domain
| ARID | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 домен mrf-2 человека, ЯМР, 11 структур | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | ARID | ||||||||
| Pfam | PF01388 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR001606 | ||||||||
| SCOP2 | 1ig6 / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
В молекулярная биология, то ARID домен (AT-богатый домен взаимодействия; также известный как BRIGHT (B-клетка ррегулятор Ig ЧАСдлинная цепочка Тranscription) домен[1]))[2] это белковый домен это связано с ДНК. Белки, содержащие домен ARID, находятся в грибы, растения [3] и беспозвоночный и позвоночное животное многоклеточные животные. ARID-кодирование гены участвуют во множестве биологический процессы, включая эмбриональное развитие, клетка родословная генная регуляция и клеточный цикл контроль. Хотя специфические роли этого домена и ARID-содержащих белки в транскрипционная регуляция еще предстоит выяснить, они включают как положительные, так и отрицательные транскрипционный регулирование и вероятное участие в модификации хроматин структура.[4] Базовая структура домена ARID представляет собой серию из шести альфа-спирали разделены по бета-нити, петли или повороты, но структурированная область может простираться на дополнительные спираль на одном или обоих концах основной шестерки. На основе первичных последовательность гомологии, их можно разбить на три структурный классы: Минимальный ARID белки которые состоят из основного домена, образованного шестью альфа-спиралями; Белки ARID, которые дополняют основной домен N-концевой альфа-спиралью; и белки Extended-ARID, которые содержат основной домен и дополнительные альфа-спирали на их N- и C-концах.
Человек SWI-SNF комплекс белок ARID1A является членом семейства ARID с ДНК, не специфичной для последовательности привязка Мероприятия. Консенсус ARID и другие структурные особенности являются общими для ARID1A и дрожжи SWI1, предполагая, что ARID1A является человек аналог SWI1.[5] Примерно 100 остатков ARID последовательность присутствует в ряде белков, сильно участвующих в регуляции клетка рост, развитие и тканеспецифичность экспрессия гена. Хотя с помощью поиска в базе данных можно идентифицировать около десятка белков ARID, на сегодняшний день только Bright (регулятор специфичных для В-клеток ген выражение), мертвый звонок (a Дрозофила меланогастр ген товар необходим для нормального развития) и MRF-2 (который подавляет выражение от Цитомегаловирус энхансер) были проанализированы непосредственно в отношении их свойств связывания с ДНК. Каждый связывает предпочтительно сайтам с большим количеством AT. Напротив, ARID1A не показывает последовательность предпочтение в его ДНК-связывающей активности, тем самым демонстрируя, что связывание с высоким содержанием AT не является внутренним свойством ARID домены и что белки семейства ARID могут участвовать в более широком диапазоне взаимодействий ДНК.[5]
Рекомендации
- ^ Webb CF, Smith EA, Medina KL, Buchanan KL, Smithson G, Dou S (15 мая 1998 г.). «Выражение яркости на двух разных стадиях развития лимфоцитов B». Журнал иммунологии. 160 (10): 4747–4754. PMID 9590220. Получено 15 июля 2020.
- ^ Herrscher RF, Kaplan MH, Lelsz DL, Das C, Scheuermann R, Tucker PW (1995). «Области, связывающие матрикс тяжелой цепи иммуноглобулина, связаны с Bright: B-клеточным трансактиватором, который описывает новое семейство ДНК-связывающих белков». Genes Dev. 9 (24): 3067–82. Дои:10.1101 / gad.9.24.3067. PMID 8543152.
- ^ Zheng B, He H, Zheng Y, Wu W., McCormick S (2014) Для образования сперматозоидов у Arabidopsis thaliana необходим ARID-домен-содержащий белок в ядерных телах. PLoS Genet 10 (7): e1004421. DOI: 10.1371 / journal.pgen.1004421
- ^ Корчак Р.Д., Такер П.В., Сент-Р. (июнь 2000 г.). «Белки ARID приходят из пустыни». Trends Biochem. Наука. 25 (6): 294–9. Дои:10.1016 / S0968-0004 (00) 01597-8. PMID 10838570.
- ^ а б Даллас П.Б., Пачьоне С., Вилскер Д., Боурин В., Кобаяши Р., Моран Е. (май 2000 г.). «Комплексный белок p270 SWI-SNF человека является членом семейства ARID с неспецифической ДНК-связывающей активностью». Мол. Клетка. Биол. 20 (9): 3137–46. Дои:10.1128 / MCB.20.9.3137-3146.2000. ЧВК 85608. PMID 10757798.