CFAP157 - CFAP157

CFAP157
Идентификаторы
ПсевдонимыCFAP157, C9orf117, белок, ассоциированный с ресничками и жгутиками 157
Внешние идентификаторыMGI: 2447809 ГомолоГен: 53056 Генные карты: CFAP157
Расположение гена (человек)
Хромосома 9 (человек)
Chr.Хромосома 9 (человек)[1]
Хромосома 9 (человек)
Геномное расположение CFAP157
Геномное расположение CFAP157
Группа9q34.11Начинать127,706,988 бп[1]
Конец127,716,002 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

286207

227736

Ансамбль

ENSG00000160401

ENSMUSG00000038987

UniProt

Q5JU67

Q0VFX2

RefSeq (мРНК)

NM_001012502

NM_025619

RefSeq (белок)

NP_001012520

NP_079895

Расположение (UCSC)Chr 9: 127,71 - 127,72 МбChr 2: 32,78 - 32,78 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Связанный с ресничками и жгутиками белок 157 (CFAP157) также известный как хромосома 9 открытая рамка считывания 117 (c9orf117) это белок что у человека кодируется геном CFAP157.

Ген CFAP157 «особенно необходим во время сперматогенез для морфогенеза жгутика и подвижности сперматозоидов и может потребоваться для подавления образования дополнительных аксонем и обеспечения правильной ультраструктуры »,[5] в соответствии с UniProt.

Ген

Место расположения

CFAP157 расположен на хромосоме 9, 9q34.11 у человека из базовая пара 127 706 989 в базовая пара 127,716,002.[6]

Расположение CFAP157 в хромосоме 9

Функции

Размер гена составляет 9013 оснований, а ориентация - положительная цепь.[6] Ген содержит 9 экзоны.[7]

мРНК

Наиболее распространенный вариант мРНК CFAP157 содержит 1722 пар оснований.[7]

Выражение

CFAP157 экспрессируется во многих тканях человеческого тела, таких как шейка матки, легкое, яичко, и матка. Люди с опухолью матки могут иметь экспрессию CFAP157. Этот ген экспрессируется как у взрослых, так и у плодов.[8]

Протеин

CFAP157 человека содержит 520 аминокислот.[9] Белок глутамин чрезвычайно богат, и глицин бедные. Белок довольно нейтрален с изоэлектрическая точка при pH 7,4.[10] Средняя масса белка оценивается в 60 531,748 Да, а коэффициент поглощения оценивается в 25 440 млн−1 см−1.

CFAP157 в основном состоит из α-спирали, и нет трансмембранная спираль. Программа построения структуры белка называется Phyre используется для создания предсказанной структуры CFAP157.

Прогнозируемая структура для CFAP157, сделанная Phyre

Гомология

Паралог CFAP157 у человека неизвестен. CFAP157 имеет множество ортологов. В следующей таблице приведены некоторые ортологи, включая человека, обыкновенного шимпанзе, макаку-резус, крупный рогатый скот, собаку, мышь, крысу, тропическую когтистую лягушку и рыбу-зебру.[11]

РазновидностьРаспространенное имяРегистрационный номерИдентичность последовательностиСходство последовательности
Homo sapiensЧеловекNP_001012520100%100%
Пан троглодитыОбыкновенный шимпанзеXP_00114308498.5%99.0%
Macaca mulattaМакака резусXP_00109528195.2%96.4%
Bos taurusКрупный рогатый скотXP_00521347770.5%84.0%
Обыкновенная волчанкаСобакаXP_00562539271.5%80.9%
Mus musculusМышьNP_07989564.6%79.0%
Раттус норвегикусКрысаNP_00109433964.2%78.4%
Xenopus tropicalisТропическая когтистая лягушкаNP_00107277441.5%60.5%
Данио РериоДаниоNP_00110363834.0%54.9%

Взаимодействующие белки

P14335 (Кунджин вирус штамм MRM61C) представляет собой вирус, который взаимодействует с CFAP157 через двухгибридный скрининг. Вирус Кунджин не так опасен, как другие вирусы, но это заметное открытие, потому что можно использовать взаимодействие для разработки новых типов лекарств. Исследователи из Университет Квинсленда открыла новое медицинское применение вируса Кунджин в 2005 году, и возможные методы лечения включают вакцины против ВИЧ / рака.[12]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000160401 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038987 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "CFAP157 - белок, связанный с ресничками и жгутиками 157 - Homo sapiens (человек) - ген и белок CFAP157". www.uniprot.org. Получено 2018-02-05.
  6. ^ а б База данных, генокарты Human Gene. «Ген CFAP157 - Генные карты | Белок CF157 | Антитело CF157». www.genecards.org. Получено 2018-02-20.
  7. ^ а б «Связанный с ресничками и жгутиками белок 157 (CFAP157) человека (Homo sapiens), тран-нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-23.
  8. ^ Группа, Шулер. "Профиль EST - Hs.652519". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-23.
  9. ^ «Связанный с ресничками и жгутиками белок 157 [Homo sapiens] - Белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-20.
  10. ^ "Prot pi | Биоинформатический калькулятор". www.protpi.ch. Получено 2018-04-23.
  11. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-23.
  12. ^ «Новые медицинские применения вируса Кунджин». Новости-Medical.net. 2005-04-12. Получено 2018-05-06.