CHD1 - CHD1

CHD1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2B2T, 2Б2У, 2B2V, 2B2W, 2B2Y, 4B4C, 4NW2, 4O42, 5AFW, 2N39
Идентификаторы
Псевдонимы	CHD1, ДНК-связывающий белок 1 хромодомена геликазы, PILBOS, CHD-1
Внешние идентификаторы	OMIM: 602118 MGI: 88393 ГомолоГен: 68174 Генные карты: CHD1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 5 (человек)[1] Группа 5q15-q21.1 Начните 98,853,985 бп[1] Конец 98,928,957 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 A2 | 17 8,95 см Начните 15,704,967 бп[2] Конец 15,772,610 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • GO: 0004003 ДНК-геликазная активность • связывание нуклеотидов • GO: 0001948 связывание с белками • гидролазная активность • Связывание АТФ • GO: 0008026 геликазная активность • связывание метилированного гистона Сотовый компонент • цитоплазма • ядро клетки • фибриллярный центр • нуклеоплазма Биологический процесс • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • ремоделирование хроматина • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • положительная регуляция вирусной транскрипции хозяином • транскрипция, ДНК-шаблон • Раскрутка дуплекса ДНК • организация хроматина • ковалентная модификация хроматина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	1105	12648
Ансамбль	ENSG00000153922	ENSMUSG00000023852
UniProt	O14646	P40201
RefSeq (мРНК)	NM_001270 NM_001364113 NM_001376194	NM_007690
RefSeq (белок)	NP_001261 NP_001351042 NP_001363123	NP_031716
Расположение (UCSC)	Chr 5: 98,85 - 98,93 Мб	Chr 17: 15.7 - 15.77 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Хромодомен-геликаза-ДНК-связывающий белок 1 является ремоделером хроматина, который у человека кодируется CHD1 ген.^[5][6][7]

В Семья CHD белков характеризуется наличием хромо (модификатора организации хроматина) доменов и SNF2-родственных доменов геликазы / АТФазы. Белки CHD - это ремоделиры хроматина, которые в основном работают за счет репозиции нуклеосом вдоль матрицы ДНК. .^[7]

CHD1 имеет три домена, характерных для белков CHD: тандемные хромодомены, домен АТФазы и домен связывания ДНК.

Белки CHD1 консервативны во всех организмах.

Взаимодействия

CHD1 был показан взаимодействовать с Корепрессор ядерного рецептора 1.^[8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000153922 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023852 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Дельмас В., Стокс Д.Г., Перри Р.П. (март 1993 г.). «ДНК-связывающий белок млекопитающих, содержащий хромодомен и SNF2 / SWI2-подобный геликазный домен». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 90 (6): 2414–8. Bibcode:1993ПНАС ... 90.2414Д. Дои:10.1073 / пнас.90.6.2414. ЧВК  46097. PMID  8460153.
6. Woodage T, Basrai MA, Baxevanis AD, Hieter P, Collins FS (октябрь 1997 г.). «Характеристика семейства белков CHD». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (21): 11472–7. Bibcode:1997PNAS ... 9411472W. Дои:10.1073 / пнас.94.21.11472. ЧВК  23509. PMID  9326634.
7. «Ген Entrez: ДНК-связывающий белок 1 хромодомена геликазы CHD1».
8. Тай Х. Х., Гейстерфер М., Белл Дж. К., Монива М., Дэви Дж. Р., Баучер Л., МакБерни М. В. (август 2003 г.). «CHD1 связывается с NCoR и гистондеацетилазой, а также с белками сплайсинга РНК». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 308 (1): 170–6. Дои:10.1016 / S0006-291X (03) 01354-8. PMID  12890497.

внешняя ссылка

• Человек CHD1 расположение генома и CHD1 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Стоукс Д.Г., Перри Р.П. (май 1995 г.). «ДНК-связывание и свойства локализации хроматина CHD1». Молекулярная и клеточная биология. 15 (5): 2745–53. Дои:10.1128 / mcb.15.5.2745. ЧВК  230505. PMID  7739555.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Геномные исследования. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Келли Д.Е., Стокс Д.Г., Перри Р.П. (апрель 1999 г.). «CHD1 взаимодействует с SSRP1 и зависит как от своего хромодомена, так и от своего АТФазного / геликазеподобного домена для правильной ассоциации с хроматином». Хромосома. 108 (1): 10–25. Дои:10.1007 / s004120050347. PMID  10199952. S2CID  12945778.
• Salomon AR, Ficarro SB, Brill LM, Brinker A, Phung QT, Ericson C и др. (Январь 2003 г.). «Профилирование путей фосфорилирования тирозина в клетках человека с помощью масс-спектрометрии». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 100 (2): 443–8. Bibcode:2003ПНАС..100..443С. Дои:10.1073 / pnas.2436191100. ЧВК  141014. PMID  12522270.
• Тай Х. Х., Гейстерфер М., Белл Дж. К., Монива М., Дэви Дж. Р., Баучер Л., МакБерни М. В. (август 2003 г.). «CHD1 связывается с NCoR и гистондеацетилазой, а также с белками сплайсинга РНК». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 308 (1): 170–6. Дои:10.1016 / S0006-291X (03) 01354-8. PMID  12890497.
• Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С., Лей С., Мурадж Дж., Фиск Г.Дж. и др. (Июнь 2004 г.). «Характеристика транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Природа Биотехнологии. 22 (6): 707–16. Дои:10.1038 / nbt971. PMID  15146197. S2CID  27764390.
• Симс Р.Дж., Чен К.Ф., Сантос-Роса Х., Кузаридес Т., Патель С.С., Рейнберг Д. (декабрь 2005 г.). «Человеческий, но не дрожжевой CHD1 связывается напрямую и выборочно с гистоном H3, метилированным по лизину 4, через его тандемные хромодомены». Журнал биологической химии. 280 (51): 41789–92. Дои:10.1074 / jbc.C500395200. ЧВК  1421377. PMID  16263726.
• Flanagan JF, Mi LZ, Chruszcz M, Cymborowski M, Clines KL, Kim Y и др. (Декабрь 2005 г.). «Двойные хромодомены взаимодействуют, чтобы распознавать хвост метилированного гистона H3». Природа. 438 (7071): 1181–5. Bibcode:2005 Натур.438.1181F. Дои:10.1038 / природа04290. PMID  16372014. S2CID  4401500.
• Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мацек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Клетка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.
• Окуда М., Хорикоши М., Нисимура Ю. (январь 2007 г.). «Структурный полиморфизм хромодоменов в Chd1». Журнал молекулярной биологии. 365 (4): 1047–62. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.10.039. PMID  17098252.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.