CTCFL - CTCFL

CTCFL
Идентификаторы
Псевдонимы	CTCFL, BORIS, CT27, CTCF-T, HMGB1L1, dJ579F20.2, CCCTC-связывающий фактор, подобный
Внешние идентификаторы	OMIM: 607022 MGI: 3652571 ГомолоГен: 46476 Генные карты: CTCFL
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 20 (человек)[1] Группа 20q13.31 Начинать 57,495,966 бп[1] Конец 57,525,652 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 H3 Начинать 173,093,609 бп[2] Конец 173,119,525 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • последовательное связывание ДНК • связывание гистонов • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • связывание ионов металлов • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II Сотовый компонент • ядро клетки • цитоплазма Биологический процесс • регулирование экспрессии генов путем генетического импринтинга • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • регуляция метилирования гистона H3-K4 • Метилирование ДНК, участвующее в генерации гамет • транскрипция, ДНК-шаблон • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • положительная регуляция экспрессии генов • клеточный цикл • метилирование гистонов • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • организация хроматина Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	140690	664799
Ансамбль	ENSG00000124092	ENSMUSG00000070495
UniProt	Q8NI51	A2APF3
RefSeq (мРНК)	NM_001269040 NM_001269041 NM_001269042 NM_001269043 NM_001269044 NM_001269045 NM_001269046 NM_001269047 NM_001269048 NM_001269049 NM_001269050 NM_001269051 NM_001269052 NM_001269054 NM_001269055 NM_080618	NM_001081387 NM_001355185
RefSeq (белок)	NP_001255969 NP_001255970 NP_001255971 NP_001255972 NP_001255973 NP_001255974 NP_001255975 NP_001255976 NP_001255977 NP_001255978 NP_001255979 NP_001255980 NP_001255981 NP_001255983 NP_001255984 NP_542185	NP_001074856 NP_001342114
Расположение (UCSC)	Chr 20: 57,5 ​​- 57,53 Мб	Chr 2: 173.09 - 173.12 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Транскрипционный репрессор CTCFL также известный как БОРИС (Брат регулятора отпечатанных сайтов) является белок что у людей кодируется CTCFL ген.^[5]

Функция

CCCTC-связывающий фактор (CTCF ), 11-цинковый палец Фактор, участвующий в регуляции генов, использует разные цинковые пальцы для связывания различных участков-мишеней ДНК. CTCF образует чувствительные к метилированию инсуляторы, которые регулируют Инактивация Х-хромосомы. Репрессор транскрипции CTCFL (этот белок) представляет собой паралог CTCF и, по-видимому, экспрессируется в основном в цитоплазме сперматоциты, в отличие от CTCF, который экспрессируется в основном в ядре соматических клеток. CTCF и CTCFL обычно экспрессируются по взаимоисключающему паттерну, который коррелирует со сбросом меток метилирования во время дифференцировки мужских половых клеток.^[5]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000124092 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000070495 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: CTCFL CCCTC-связывающий фактор (белок цинкового пальца) -подобный».

дальнейшее чтение

• Кленова Е.М., Морс ХК, Ольссон Р., Лобаненков В.В. (2003). «Новое семейство генов BORIS + CTCF уникально вовлечено в эпигенетику нормальной биологии и рака». Семин. Рак Биол. 12 (5): 399–414. Дои:10.1016 / S1044-579X (02) 00060-3. PMID  12191639.
• Д'Арси В., Поре Н., Докье Ф. и др. (2008). «БОРИС, паралог фактора транскрипции, CTCF, аномально экспрессируется в опухолях груди». Br. J. Рак. 98 (3): 571–9. Дои:10.1038 / sj.bjc.6604181. ЧВК  2243163. PMID  18195709.
• Волошинска-Рид А., Джеймс С.Р., Линк П.А. и др. (2008). «Зависимая от метилирования ДНК регуляция экспрессии BORIS / CTCFL при раке яичников». Иммунный против рака. 7: 21. ЧВК  2935752. PMID  18095639.
• Рено С., Пугачева Е.М., Дельгадо М.Д. и др. (2008). «Экспрессия гена CTCF-паралогичного рака яичка, брата регулятора импринтированных сайтов (BORIS), регулируется тремя альтернативными промоторами, модулируемыми метилированием CpG и факторами транскрипции CTCF и p53». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (21): 7372–88. Дои:10.1093 / нар / гкм896. ЧВК  2175345. PMID  17962299.
• Холманских О., Лориот А., Брассер Ф. и др. (2008). «Экспрессия BORIS в меланоме: отсутствие связи с активацией MAGE-A1». Int. J. Рак. 122 (4): 777–84. Дои:10.1002 / ijc.23140. PMID  17957795. S2CID  28681146.
• Райзингер Дж. И., Чандрамули Г. В., Максвелл Г. Л. и др. (2007). «Глобальный анализ экспрессии генов рака / семенников при раке матки показывает высокую частоту экспрессии BORIS». Clin. Рак Res. 13 (6): 1713–9. Дои:10.1158 / 1078-0432.CCR-05-2569. PMID  17363524.
• Д'Арси В., Абдуллаев З.К., Поре Н. и др. (2006). «Потенциал BORIS, обнаруженный в лейкоцитах больных раком груди, в качестве раннего маркера онкогенеза». Clin. Рак Res. 12 (20, п. 1): 5978–86. Дои:10.1158 / 1078-0432.CCR-05-2731. PMID  17062669.
• Хоффманн М.Дж., Мюллер М., Энгерс Р., Шульц В.А. (2007). «Эпигенетический контроль экспрессии CTCFL / BORIS и OCT4 при злокачественных новообразованиях мочеполовой системы». Biochem. Pharmacol. 72 (11): 1577–88. Дои:10.1016 / j.bcp.2006.06.020. PMID  16854382.
• Хонг Дж.А., Кан Й., Абдуллаев З. и др. (2005). «Взаимное связывание CTCF и BORIS с промотором NY-ESO-1 совпадает с дерепрессией этого гена рака яичка в клетках рака легких». Рак Res. 65 (17): 7763–74. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-05-0823. PMID  16140944.
• Родригес М., Ю Икс, Чен Дж, Сунъян Зи (2004). «Специфичность связывания фосфопептида COOH-концевых (BRCT) доменов BRCA1». J. Biol. Chem. 278 (52): 52914–8. Дои:10.1074 / jbc.C300407200. PMID  14578343.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Лукинов Д.И., Пугачева Э., Ватолин С и др. (2002). «BORIS, новый специфический для мужской зародышевой линии белок, связанный с событиями эпигенетического репрограммирования, имеет тот же домен из 11 цинковых пальцев, что и CTCF, инсуляторный белок, участвующий в считывании отпечатанных меток в соме». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (10): 6806–11. Дои:10.1073 / pnas.092123699. ЧВК  124484. PMID  12011441.
• Делукас П., Мэтьюз Л.Х., Ашерст Дж. И др. (2002). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 20 человека». Природа. 414 (6866): 865–71. Дои:10.1038 / 414865a. PMID  11780052.

внешняя ссылка

• FactorBook CTCFL
• Человек CTCFL расположение генома и CTCFL страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.