CUGBP2 - CUGBP2

CELF2
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2МГ7, 2МГ8, 4LJM, 4ЛМЗ, 4TLQ
Идентификаторы
Псевдонимы	CELF2, BRUNOL3, CUGBP2, ETR-3, ETR3, NAPOR, CELF-2, CUG-BP2, CUGBP, Elav-подобный член семьи 2, CUGBP Elav-подобный член семьи 2
Внешние идентификаторы	OMIM: 602538 MGI: 1338822 ГомолоГен: 4783 Генные карты: CELF2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 10 (человек)[1] Группа 10п14 Начните 10,798,397 бп[1] Конец 11,336,675 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 A1 Начните 6,539,694 бп[2] Конец 7,509,563 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание РНК • связывание пре-мРНК • связывание мРНК Сотовый компонент • цитоплазма • ядро клетки • рибонуклеопротеин Биологический процесс • обработка мРНК • Обработка РНК • регулирование сердечных сокращений • Выбор сайта сплайсинга мРНК • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	10659	14007
Ансамбль	ENSG00000048740	ENSMUSG00000002107
UniProt	O95319	Q9Z0H4
RefSeq (мРНК)	NM_001025076 NM_001025077 NM_001083591 NM_006561 NM_001326317 NM_001326318 NM_001326319 NM_001326320 NM_001326321 NM_001326323 NM_001326324 NM_001326325 NM_001326326 NM_001326327 NM_001326328 NM_001326329 NM_001326330 NM_001326331 NM_001326332 NM_001326333 NM_001326334 NM_001326335 NM_001326336 NM_001326337 NM_001326338 NM_001326339 NM_001326340 NM_001326341 NM_001326342 NM_001326343 NM_001326344 NM_001326345 NM_001326346 NM_001326347 NM_001326348 NM_001326349	NM_001110228 NM_001110229 NM_001110230 NM_001110231 NM_001110232 NM_001160292 NM_001160293 NM_010160 NM_183219 NM_001310447 NM_001347094
RefSeq (белок)	NP_001020247 NP_001020248 NP_001077060 NP_001313246 NP_001313247 NP_001313248 NP_001313249 NP_001313250 NP_001313252 NP_001313253 NP_001313254 NP_001313255 NP_001313256 NP_001313257 NP_001313258 NP_001313259 NP_001313260 NP_001313261 NP_001313262 NP_001313263 NP_001313264 NP_001313265 NP_001313266 NP_001313267 NP_001313268 NP_001313269 NP_001313270 NP_001313271 NP_001313272 NP_001313273 NP_001313274 NP_001313275 NP_001313276 NP_001313277 NP_001313278 NP_006552	NP_001103698 NP_001103699 NP_001103700 NP_001103701 NP_001103702 NP_001153764 NP_001153765 NP_001297376 NP_001334023 NP_034290
Расположение (UCSC)	Chr 10: 10,8 - 11,34 Мб	Chr 2: 6.54 - 7.51 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

CUGBP, Elav-подобный член семьи 2, также известен как Этр-3 это белок что у людей кодируется CELF2 ген.^[5][6][7]

Члены семейства белков CELF / BRUNOL: РНК-связывающие белки и содержат два N-концевых домена распознавания РНК (RRM), один С-концевой домен RRM и дивергентный сегмент 160-230 аминокислот между вторым и третьим доменами RRM. Члены этого семейства белков регулируют пре-мРНК. альтернативное сращивание а также может участвовать в редактировании и трансляции мРНК. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскрипции, кодирующих разные изоформы.^[7]

Взаимодействия

CUGBP2 был показан взаимодействовать с участием A1CF.^[8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000048740 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000002107 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Хван DM, Хван WS, Liew CC (март 1995 г.). «Однопроходное секвенирование однонаправленной библиотеки кДНК сердца плода человека с целью обнаружения новых генов сердечно-сосудистой системы». J Mol Cell Cardiol. 26 (10): 1329–33. Дои:10.1006 / jmcc.1994.1151. PMID  7869393.
6. Лу X, Тимченко Н.А., Тимченко Л.Т. (март 1999 г.). «Сердечный РНК-связывающий белок elav-типа (ETR-3) связывается с РНК-повторами CUG, размноженными при миотонической дистрофии». Хум Мол Генет. 8 (1): 53–60. Дои:10,1093 / hmg / 8.1.53. PMID  9887331.
7. "Entrez Gene: CELF2 CUGBP, Elav-подобный член семьи 2".
8. Анант, S; Хендерсон Дж. О; Mukhopadhyay D; Navaratnam N; Kennedy S; Мин Дж; Дэвидсон НО (декабрь 2001 г.). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует редактирование C в U мРНК аполипопротеина B, взаимодействуя с апобек-1 и ACF, фактором комплементации апобек-1». J. Biol. Chem. Соединенные Штаты. 276 (50): 47338–51. Дои:10.1074 / jbc.M104911200. ISSN  0021-9258. PMID  11577082.

внешние ссылки

• Человек CELF2 расположение генома и CELF2 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Чой Д.К., Ито Т., Цукахара Ф. и др. (1999). «Регулируемая развитием экспрессия mNapor, кодирующая индуцированный апоптозом РНК-связывающий белок ELAV-типа». Ген. 237 (1): 135–42. Дои:10.1016 / S0378-1119 (99) 00312-1. PMID  10524244.
• Хороший Пи Джей, Чен Кью, Уорнер SJ, Херринг, округ Колумбия (2000). «Семейство человеческих РНК-связывающих белков, связанных с регулятором трансляции Drosophila Bruno». J. Biol. Chem. 275 (37): 28583–92. Дои:10.1074 / jbc.M003083200. PMID  10893231.
• Лэдд А.Н., Шарле Н., Купер Т.А. (2001). «Семейство РНК-связывающих белков CELF вовлечено в клеточно-специфический и регулируемый развитием альтернативный сплайсинг». Мол. Cell. Биол. 21 (4): 1285–96. Дои:10.1128 / MCB.21.4.1285-1296.2001. ЧВК  99581. PMID  11158314.
• Ли Д., Бачинский Л.Л., Робертс Р. (2001). «Геномная организация и изоформа-специфическая тканевая экспрессия человеческого NAPOR (CUGBP2) в качестве гена-кандидата семейной аритмогенной дисплазии правого желудочка». Геномика. 74 (3): 396–401. Дои:10.1006 / geno.2001.6558. PMID  11414768.
• Анант С., Хендерсон Дж.О., Мухопадхьяй Д. и др. (2002). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует редактирование C в U мРНК аполипопротеина B путем взаимодействия с апобек-1 и ACF, фактором комплементации апобек-1». J. Biol. Chem. 276 (50): 47338–51. Дои:10.1074 / jbc.M104911200. PMID  11577082.
• Лихтнер П., Аттье-Битах Т., Шуффенхауэр С. и др. (2003). «Анализ экспрессии и мутаций BRUNOL3, гена-кандидата на пороки развития сердца и тимуса, связанные с частичной моносомией 10p». J. Mol. Med. 80 (7): 431–42. Дои:10.1007 / s00109-002-0331-9. PMID  12110949. S2CID  24098272.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Mukhopadhyay D, Houchen CW, Kennedy S, et al. (2003). «Сопряженная стабилизация мРНК и подавление трансляции циклооксигеназы-2 с помощью нового связывающего РНК белка, CUGBP2». Мол. Ячейка. 11 (1): 113–26. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00012-1. PMID  12535526.
• Сингх Дж., Шарле-Б. Н., Хан Дж., Купер Т. А. (2004). «Домены белков ETR-3 и CELF4, необходимые для связывания РНК и активности сплайсинга in vivo». Нуклеиновые кислоты Res. 32 (3): 1232–41. Дои:10.1093 / нар / гх275. ЧВК  373409. PMID  14973222.
• Mukhopadhyay D, Jung J, Murmu N, et al. (2004). «CUGBP2 играет решающую роль в апоптозе клеток рака груди в ответ на генотоксическое повреждение». Анна. Акад. Наука. 1010: 504–9. Bibcode:2003НЯСА1010..504М. Дои:10.1196 / летопись.1299.093. PMID  15033780. S2CID  38581539.
• Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С. и др. (2005). «Характеристика транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Nat. Биотехнология. 22 (6): 707–16. Дои:10.1038 / nbt971. PMID  15146197. S2CID  27764390.
• Сузуки Ю., Ямасита Р., Широта М. и др. (2004). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши выявляет гомологичную блочную структуру в промоторных областях». Genome Res. 14 (9): 1711–8. Дои:10.1101 / гр.2435604. ЧВК  515316. PMID  15342556.
• Murmu N, Jung J, Mukhopadhyay D и др. (2004). «Динамический антагонизм между РНК-связывающим белком CUGBP2 и простагландином E2, опосредованным циклооксигеназой-2, при лучевом поражении». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (38): 13873–8. Bibcode:2004ПНАС..10113873М. Дои:10.1073 / pnas.0406066101. ЧВК  518846. PMID  15358864.
• Хан Дж, Купер Т.А. (2005). «Идентификация доменов активации и репрессии сплайсинга CELF in vivo». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (9): 2769–80. Дои:10.1093 / нар / gki561. ЧВК  1126903. PMID  15894795.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Лим Дж., Хао Т., Шоу С. и др. (2006). «Сеть белок-белкового взаимодействия для унаследованных атаксий человека и нарушений дегенерации клеток Пуркинье». Ячейка. 125 (4): 801–14. Дои:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID  16713569. S2CID  13709685.
• Чен З, Эггерман Т.Л., Паттерсон А.П. (2007). «Редактирование мРНК ApoB опосредуется скоординированной модуляцией множества компонентов фермента, редактирующего мРНК apoB». Am. J. Physiol. Гастроинтест. Физиология печени. 292 (1): G53–65. Дои:10.1152 / ajpgi.00118.2006. PMID  16920700.