Candidatus - Candidatus - Wikipedia

В прокариот номенклатура, Candidatus (Латинское слово «кандидат в римскую должность») используется для обозначения прокариотических типов, которые хорошо охарактеризованы, но еще не культивируются.^[1] Современные подходы к секвенированию, такие как секвенирование 16S или метагеномика, предоставляют много информации об анализируемых организмах и тем самым позволяют идентифицировать и характеризовать отдельные виды. Однако большинство прокариотических видов остаются невозделываемыми и, следовательно, недоступными для дальнейшей характеристики в in vitro изучать. Недавние открытия множества таксонов-кандидатов привели к кандидат типа излучения расширение древа жизни благодаря новому пониманию бактериального разнообразия.

Номенклатура

История

Начальный Международный кодекс номенклатуры прокариот а также ранние пересмотры не учитывали возможность идентификации прокариот, которые еще нельзя было культивировать. Следовательно, термин Candidatus был предложен в контексте конференции Международный комитет по систематике прокариот, (ICSP, ранее Международный комитет по систематической бактериологии) в 1994 году, чтобы инициировать пересмотр кода.^[2] Из-за роста числа Candidatus Таксоны, связанные с постоянным развитием технологий секвенирования, ICSP приняла Международный кодекс номенклатуры прокариот в 1996 году, добавив приложение для Candidatus таксоны^[3] (Приложение 11 в последней версии^[4]). Однако номенклатура Candidatus таксоны до сих пор не подпадают под общие правила Прокариотического кодекса, что приводит к продолжающимся обсуждениям и предложениям по изменению текущего кода, чтобы предоставить приоритет Candidatus таксоны.^[5][6]

Именование

В настоящее время предварительный статус «Candidatus”Может использоваться, если выполняются следующие требования:

"а) геномная информация [...] для определения филогенетического положения организма.

(b) Вся имеющаяся на данный момент информация по:

i.) строение и морфология ii) физиология и метаболизм iii) репродуктивные особенности iv) естественная среда, в которой можно идентифицировать организм, и v) любая другая доступная и подходящая информация ».^[4]

Видовое название организма в статусе Candidatus состоит из слова Candidatus, за которым следует либо название рода с конкретным эпитетом, либо только название рода, либо только конкретный эпитет. Примеры включают Candidatus Liberobacter asiaticum; Candidatus магнетобактерии; Candidatus intracellularis. Список всех Candidatus таксоны хранятся Судебной комиссией ICSP в сотрудничестве с редакционной коллегией IJSEM и обновляется через соответствующие промежутки времени.^[4] Когда Candidatus таксоны были успешно культивированы, название должно быть удалено из этого списка и должно быть предложено новое название в соответствии с Международный кодекс номенклатуры прокариот.

Невозделываемость

Факторы окружающей среды

Есть несколько причин, по которым многие виды прокариот не растут в лаборатории, многие из которых остаются малоизученными. Одна из этих причин - среда, из которой извлечены виды, может быть трудно смоделировать в лабораторных условиях. Многие прокариоты имеют очень специфические потребности роста, включая потребность в особом составе питательных веществ, определенных условиях pH, температуре, атмосферном давлении или уровнях кислорода.^[7] Большинство коммерчески доступных питательных сред и протоколов инкубации плохо отвечают этим требованиям, поэтому необходима комплексная оценка среды обитания, чтобы успешно изолировать интересующие бактерии из образцов окружающей среды.

Взаимодействие видов

Большинство прокариотических видов не живут поодиночке, а скорее в сложных сообществах с другими видами из всех царств жизни. Как следствие, рост собственных клеток многих видов зависит от метаболитов или сигнальных соединений соседних видов. Идентификация требуемых веществ может быть сложной задачей, но после идентификации совместное культивирование или добавление конкретного соединения можно использовать для потенциального культивирования интересующих видов.

Редукция генома

Многие примеры взаимодействия видов связаны с симбиотический природа, которая определяется как близкие, долгосрочные отношения между двумя или более видами, которые могут быть мутуалистическими, нейтральными или вредными.^[8] В зависимости от местонахождения симбионта симбионты могут быть либо эктосимбионты или же эндосимбионты. Резкий сокращение генома делеции генов наблюдались у эндосимбиотических бактерий, что, как полагают, связано с тем, что многие гены становятся ненужными в защищенной среде хозяина. Это часто влияет на гены Ремонт ДНК и транскрипционная регуляция что затрудняет выращивание этих организмов вне их хозяина.^[8]

Смотрите также

• Глоссарий научного нейминга
• Международный кодекс номенклатуры бактерий
• Список таксонов со статусом Candidatus
• Неописанный таксон

Рекомендации

1. Стакебрандт, Э. (01.05.2002). «Отчет специальной комиссии по переоценке определения видов в бактериологии». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 52 (3): 1043–1047. Дои:10.1099 / ijs.0.02360-0. PMID  12054223.
2. Мюррей, Р. Г. Э .; Шлейфер, К. Х. (1 января 1994 г.). «Таксономические заметки: предложение по регистрации свойств предполагаемых таксонов прокариот». Международный журнал систематической бактериологии. 44 (1): 174–176. Дои:10.1099/00207713-44-1-174. ISSN  0020-7713. PMID  8123559.
3. Тиндалл, Брайан Дж .; Кемпфер, Питер; Euzéby, Jean P .; Орен, Аарон (01.11.2006). «Допустимая публикация названий прокариот в соответствии с правилами номенклатуры: история прошлого и текущая практика». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 56 (11): 2715–2720. Дои:10.1099 / ijs.0.64780-0. ISSN  1466-5026. PMID  17082418.
4. «Международный кодекс номенклатуры прокариот: Кодекс прокариот (редакция 2008 г.)». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 69 (1A): S1 – S111. 2019-01-01. Дои:10.1099 / ijsem.0.000778. ISSN  1466-5026. OSTI  1254416. PMID  26596770.
5. Орен, Аарон; Гаррити, Джордж М .; Паркер, Чарльз Т .; Чувочина Мария; Трухильо, Марта Э. (2020). «Списки названий таксонов прокариот Candidatus». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 70 (7): 3956–4042. Дои:10.1099 / ijsem.0.003789. ISSN  1466-5026. PMID  32603289.
6. Уитмен, Уильям Б.; Sutcliffe, Iain C .; Росселло-Мора, Рамон (01.07.2019). «Предложение о внесении изменений в Международный кодекс номенклатуры прокариот: предоставление приоритета именам Candidatus». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 69 (7): 2174–2175. Дои:10.1099 / ijsem.0.003419. ISSN  1466-5026. PMID  31066658.
7. Кёпке, Беате; Вильмс, Рейнхард; Энгелен, Берт; Цыпионка, Гериберт; Сасс, Хенрик (декабрь 2005 г.). «Разнообразие микроорганизмов в прибрежных подповерхностных отложениях: подход к культивированию с использованием различных акцепторов электронов и градиентов субстрата». Прикладная и экологическая микробиология. 71 (12): 7819–7830. Дои:10.1128 / AEM.71.12.7819-7830.2005. ISSN  0099-2240. ЧВК  1317335. PMID  16332756.
8. Моя, Андрес; Перето, Хули; Гил, Росарио; Латорре, Ампаро (март 2008 г.). «Учимся жить вместе: геномное понимание симбиоза прокариот и животных». Природа Обзоры Генетика. 9 (3): 218–229. Дои:10.1038 / nrg2319. ISSN  1471-0056. PMID  18268509. S2CID  2866611.

дальнейшее чтение

• Лабеда, Д. П. (1997). "Судебная комиссия Международного комитета по систематической бактериологии VIII Международного конгресса по микробиологии и прикладной бактериологии: протоколы заседаний, 17 и 22 августа 1996 г., Иерусалим, Израиль". Международный журнал систематической бактериологии. 47: 240. Дои:10.1099/00207713-47-1-240.
• "Международный комитет по систематической бактериологии VII Международный конгресс микробиологии и прикладной бактериологии: протоколы заседаний, 17, 18 и 22 августа 1996 г., Иерусалим, Израиль". Международный журнал систематической бактериологии. 47 (2): 597–600. 1997. Дои:10.1099/00207713-47-2-597.
• De Vos, P .; Trüper, H.G .; Тиндалл, Б. Дж. (2005). «Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот; X-й Международный (IUMS) конгресс по бактериологии и прикладной микробиологии; протоколы заседаний, 28, 29 и 31 июля и 1 августа 2002 г., Париж, Франция». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 55: 525–532. Дои:10.1099 / ijs.0.63585-0.
• Stackebrandt, E .; Frederiksen, W .; Гаррити, Г. М .; Grimont, P.A .; Kämpfer, P .; Maiden, M. C .; Несме, X .; Росселло-Мора, Р .; Swings, J .; Trüper, H.G .; Vauterin, L .; Ward, A.C .; Уитмен, В. Б. (2002). «Отчет специального комитета по переоценке определения видов в бактериологии». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 52 (Pt 3): 1043–1047. Дои:10.1099 / ijs.0.02360-0. PMID  12054223.