Сигнал упаковки коронавируса - Coronavirus packaging signal

Сигнал упаковки коронавируса
RF00182 консенсус вторичная структура.png
Идентификаторы
СимволCorona_package
РфамRF00182
Прочие данные
РНК типСнг
Домен (ы)Вирусы
ТАКТАК: 0000233
PDB структурыPDBe

В Сигнал упаковки коронавируса это консервированный цис-регуляторный элемент нашел в Бетакоронавирус (часть Коронавирус подсемейство вирусы ). Он играет важную роль в регулировании упаковки вирусного геном в капсид. В рамках жизненного цикла вируса внутри инфицированной клетки вирусный геном становится ассоциированным с вирусным белки и собирается в новую инфекционную потомство вирусы. Этот процесс называется упаковкой и жизненно важен для репликации вируса.

Сигнал упаковки находится в положительный смысл одноцепочечный РНК геном. Он взаимодействует с вирусными белками (M и N).[1] и обеспечивает селективную упаковку вирусной РНК в вирионы.[2]

Этот элемент РНК сохраняется в Эмбековирус (ранее известный как линия A Betacoronavirus[3]), который включает вирус гепатита мышей (MHV), бычий коронавирус (BCoV) и человеческие коронавирусы, такие как HCoV-HKU1 и HCoV-OC43. Примечательно, что этот элемент отсутствует в других вирусных линиях, которые развили отдельные сигналы упаковки. Например, его нет в SARS-CoV и SARS-CoV-2[1] (вопреки предыдущим утверждениям[4] которые были опровергнуты[5]).

Сигнал упаковки имеет сохраненный Вторичная структура РНК с четырьмя узорами внутренней петли AGC / GUAAU.[6] В вирусном геноме сигнал упаковки находится в неструктурный белок 15 (nsp15) и кодирует полипептид который находится на поверхности белка nsp15.[7] Удаление сигнала упаковки или введение мутаций, которые нарушают его вторичную структуру, но не кодируемого пептида, приводят к потере специфичности упаковки. В то же время перемещение сигнала упаковки в другую часть генома не оказало отрицательного влияния на упаковку.[8]

Другие семейства РНК, идентифицированные в коронавирусе, включают SL-III цис-действующий элемент репликации (CRE), то Элемент стимуляции сдвига рамки коронавируса, то коронавирусный 3 'мотив, похожий на стебель-петлю II (s2m), а также 5′- и Псевдоузел 3 ′ UTR.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Мастерс, PS (ноябрь 2019). «Упаковка геномной РНК коронавируса». Вирусология. 537: 198–207. Дои:10.1016 / j.virol.2019.08.031. ЧВК  7112113. PMID  31505321.
  2. ^ Нараянан К., Макино С. (2001). «Взаимодействие сигнала упаковки РНК и белка оболочки вируса в упаковке РНК коронавируса». Дж. Вирол. 75 (19): 9059–9067. Дои:10.1128 / JVI.75.19.9059-9067.2001. ЧВК  114474. PMID  11533169.
  3. ^ Wong, Antonio C.P .; Ли, Синь; Lau, Susanna K. P .; Ву, Патрик С. Ю. (февраль 2019 г.). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей». Вирусы. 11 (2): 174. Дои:10.3390 / v11020174. ISSN  1999-4915. ЧВК  6409556. PMID  30791586.
  4. ^ Цинь, Лэй; Сюн, Бен; Ло, Ченг; Го, Цзун-Мин; Хао, Пэй; Су, Цзюн; Нан, Пэн; Фэн, Инь; Ши, И-Сян; Юй Сяо-Цзин; Ло, Сяо-Минь (июнь 2003 г.). «Идентификация вероятной последовательности сигнала упаковки генома из генома SARS-CoV с помощью биоинформатического анализа». Acta Pharmacologica Sinica. 24 (6): 489–496. ISSN  1671-4083. PMID  12791173.
  5. ^ Куо, Лили; Koetzner, Cheri A .; Hurst, Kelley R .; Мастерс, Пол С. (апрель 2014 г.). «Распознавание сигнала упаковки геномной РНК мышиного коронавируса зависит от второго РНК-связывающего домена белка нуклеокапсида». Журнал вирусологии. 88 (8): 4451–4465. Дои:10.1128 / JVI.03866-13. ISSN  1098-5514. ЧВК  3993769. PMID  24501403.
  6. ^ Чен, Ши-Ченг; ван ден Борн, Эрвин; van den Worm, Sjoerd H.E .; Pleij, Cornelis W. A .; Снайдер, Эрик Дж .; Олстхорн, Рене К. Л. (июнь 2007 г.). «Новая модель структуры для сигнала упаковки в геноме коронавирусов группы IIa». Журнал вирусологии. 81 (12): 6771–6774. Дои:10.1128 / JVI.02231-06. ISSN  0022-538X. ЧВК  1900089. PMID  17428856.
  7. ^ Сюй, Сяолин; Чжай, Юйцзя; Сунь, Фэй; Лу, Чжиюн; Су, Дан; Сюй Юаньюань; Чжан, Жунгуан; Иоахимиак, Анджей; Zhang, Xuejun C .; Бартлам, Марк; Рао, Цзихэ (август 2006 г.). «Новая противовирусная мишень, обнаруженная с помощью гексамерной структуры неструктурного белка вируса гепатита мышей nsp15». Журнал вирусологии. 80 (16): 7909–7917. Дои:10.1128 / JVI.00525-06. ISSN  0022-538X. ЧВК  1563835. PMID  16873248.
  8. ^ Куо, Лили; Мастерс, Пол С. (май 2013 г.). «Функциональный анализ сигнала упаковки геномной РНК мышиного коронавируса». Журнал вирусологии. 87 (9): 5182–5192. Дои:10.1128 / JVI.00100-13. ISSN  0022-538X. ЧВК  3624306. PMID  23449786.

внешняя ссылка