Бетакоронавирус - Betacoronavirus

Бетакоронавирус
109239.fig.001abcd.png
Коронавирус мышей (MHV) вирион электронная микрофотография, схематическая структура и геном
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Учебный класс:Pisoniviricetes
Заказ:Нидовиралес
Семья:Coronaviridae
Подсемейство:Ортокоронавирины
Род:Бетакоронавирус
Типовой вид
Коронавирус мышей (MHV)
Подроды и виды

См. Текст

Бетакоронавирус (β-CoVs или Beta-CoVs) является одним из четырех родов (Альфа -, Бета-, Гамма-, и Дельта- ) из коронавирусы. Вирусы участников окутанный, вирусы с положительной цепью РНК это заразить млекопитающие (из которых люди являются частью). В естественный резервуар к бета-коронавирусам относятся летучие мыши и грызуны. Грызуны - резервуар для подрода Эмбековирус, пока летучие мыши являются резервуаром для других подродов.[1]

Каждый род коронавирусов состоит из различных вирусных линий, при этом род бета-коронавируса включает четыре таких линии: A, B, C, D. В более ранней литературе этот род также известен как «коронавирусы группы 2». Род входит в подсемейство Ортокоронавирины в семье Coronaviridae, порядка Нидовиралес.

Бета-коронавирусы, имеющие наибольшее клиническое значение для человека: OC43 и HKU1 (что может вызвать простуда ) линии A, SARS-CoV и SARS-CoV-2 (что вызывает болезнь COVID-19 ) линии B,[2] и MERS-CoV линии C. MERS-CoV - первый бета-коронавирус, принадлежащий к линии C, который, как известно, инфицирует людей.[3][4]

Этимология

Название «бета-коронавирус» происходит от Древнегреческий βῆτα (бета, "второй письмо из Греческий алфавит «) и κορώνη (korṓnē,« гирлянда, венок »), что означает корона, которая описывает внешний вид поверхностных выступов, видимых под электронной микроскопией, которые напоминают солнечная корона. Этот морфология создается вирусным спайком (S) пепломеры, которые представляют собой белки, которые населяют поверхность вируса и определяют тропизм хозяина. Приказ Нидовиралес назван в честь латинского очаг, что означает «гнездо». Это относится к производству в этом заказе 3'-концевого вложенного набора субгеномные мРНК во время заражения.[5]

Структура

Иллюстрация SARSr-CoV вирион

Разрешены несколько структур белков спайков. Рецептор-связывающий домен в спайковом белке альфа- и бета-коронавирусов каталогизируется как ИнтерПро: IPR018548.[6] Спайковый белок, a сварочная машина типа 1, собирается в тример (PDB: 3jcl, 6акг); его основная структура напоминает структуру парамиксовирус F (гибридные) белки.[7] Использование рецепторов не очень консервативно; например, среди Сарбековирус, только суб-линия, содержащая SARS, разделяет ACE2 рецептор.

Вирусы подродов Эмбековирус отличаются от всех других представителей этого рода тем, что имеют дополнительный более короткий (8 нм) шиповидный белок, называемый гемагглютининэстераза (HE) (P15776). Считается, что он был приобретен у вирус гриппа С.[5][8]

Геном

Геномы альфакоронавирусы и бета-коронавирусы

Коронавирусы имеют большой геном размер от 26 до 32 килобаз. Общая структура генома β-CoV аналогична таковой для других CoV, с полипротеином репликазы ORF1ab (представитель, pp1ab) до других элементов. Этот полипротеин расщепляется на 16 неструктурные белки (см. аннотацию UniProt к SARS представитель, P0C6X7).

По состоянию на май 2013 г. GenBank имеет 46 опубликованных полных геномов α- (группа 1), β- (группа 2), γ- (группа 3) и δ- (группа 4) CoV.[9]

Рекомбинация

Генетическая рекомбинация может возникнуть, когда два или более вирусных геномы присутствуют в одной и той же клетке-хозяине. В верблюд Camel Beta-CoV HKU23 демонстрирует генетическое разнообразие в популяции африканских верблюдов.[10] Этому разнообразию способствуют несколько событий рекомбинации, которые имели место в прошлом между близкородственными бета-коронавирусами подрода. Эмбековирус.[10] Также бета-коронавирус человека SARS-CoV, судя по всему, имел сложную историю рекомбинация между наследственными коронавирусы которые были размещены в нескольких различных группах животных.[11][12]

Патогенез

Альфа- и бета-коронавирусы в основном заражают летучих мышей, но они также заражают другие виды, например люди, верблюды, и грызуны.[13][14][15][16] Бетакоронавирусы, вызвавшие эпидемии у людей, обычно вызывают лихорадку и респираторные симптомы. Они включают:

Классификация

Филогенетическое дерево линий рода Бетакоронавирус с деталями для SARS-CoV и MERS-CoV

Внутри рода Бетакоронавирус (Группа 2 CoV) традиционно распознаются четыре подрода или линии (A, B, C и D).[5] Четыре линии передачи также были названы греческими буквами или численно.[9] Пятый подрод, Hibecovirus, был добавлен совсем недавно.[17] Подроды и виды-члены включают:[18]

Эмбековирус (линия А)

Основная статья: Эмбековирус

Бетакоронавирус 1

Китайский коронавирус Rattus HKU24
Коронавирус человека HKU1
Коронавирус мышей

Миоды коронавируса 2JL14

Сарбековирус (линия B)

Основная статья: Сарбековирус

Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом (SARSr-CoV или SARS-CoV)

Коронавирус
Вирус H1N1

Мербековирус (линия C)

Основная статья: Мербековирус

Ежик коронавирус 1
Коронавирус, связанный с ближневосточным респираторным синдромом (БВРС-КоВ)
Коронавирус летучих мышей Pipistrellus HKU5
Коронавирус летучих мышей Tylonycteris HKU4

Нобековирус (линия D)

Основная статья: Нобековирус

Эйдолон летучая мышь коронавирус C704
Коронавирус летучих мышей Rousettus GCCDC1
Коронавирус летучих мышей Rousettus HKU9

Hibecovirus

Основная статья: Hibecovirus

Летучая мышь Hp-betacoronavirus Zhejiang2013

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Вартеки, Адриан; Рзымский, Петр (июнь 2020 г.). «О коронавирусах и их связи с водной средой и сточными водами». Вода. 12 (6): 1598. Дои:10.3390 / w12061598.
  2. ^ «Филогения SARS-подобных бета-коронавирусов». следующий штамм. Получено 18 января 2020.
  3. ^ ProMED. БВРС-КоВ – Восточное Средиземноморье (06) (http://www.promedmail.org/ )
  4. ^ Memish, Z. A .; Zumla, A. I .; Аль-Хаким, Р. Ф .; Al-Rabeeah, A. A .; Стивенс, Г. М. (2013). «Семейный кластер коронавирусных инфекций с респираторным синдромом на Ближнем Востоке». Медицинский журнал Новой Англии. 368 (26): 2487–94. Дои:10.1056 / NEJMoa1303729. PMID  23718156.
  5. ^ а б c Ву, Патрик С. Й .; Хуанг, Йи; Lau, Susanna K. P .; Юэнь, Квок-Юнг (24.08.2010). «Геномика и биоинформатический анализ коронавируса». Вирусы. 2 (8): 1804–20. Дои:10.3390 / v2081803. ЧВК  3185738. PMID  21994708.
  6. ^ Хуанг, К; Ци, Дж; Лу, G; Ван, Q; Юань, Y; Wu, Y; Zhang, Y; Ян, Дж; Гао, ГФ (1 ноября 2016 г.). «Предполагаемый рецептор-связывающий домен спайк-белка HKU9, производного от летучих мышей, коронавируса: эволюция мотивов связывания рецептора бетакоронавируса». Биохимия. 55 (43): 5977–88. Дои:10.1021 / acs.biochem.6b00790. PMID  27696819.
  7. ^ Walls, Alexandra C .; Торторичи, М. Алехандра; Босх, Беренд-Ян; Френц, Брэндон; Rottier, Peter J. M .; ДиМайо, Франк; Rey, Félix A .; Вислер, Дэвид (8 февраля 2016 г.). «Криоэлектронная микроскопия структуры тримера гликопротеина шипа коронавируса». Природа. 531 (7592): 114–117. Bibcode:2016 Натур.531..114Вт. Дои:10.1038 / природа16988. ЧВК  5018210. PMID  26855426.
  8. ^ Bakkers, Mark J. G .; Ланг, Ифэй; Feitsma, Louris J .; Hulswit, Ruben J.G .; Поот, Стефани А. Х. де; Влит, Арно Л. В. ван; Маргина, Ирина; Groot-Mijnes, Jolanda D. F. de; Куппевельд, Фрэнк Дж. М. ван; Langereis, Martijn A .; Хейзинга, Эрик Г. (2017-03-08). «Адаптация бетакоронавируса к человеку, связанная с прогрессирующей потерей лектиновой активности гемагглютинин-эстеразы». Клеточный хозяин и микроб. 21 (3): 356–366. Дои:10.1016 / j.chom.2017.02.008. ISSN  1931-3128. PMID  28279346.
  9. ^ а б Коттен, Мэтью; Лам, Томми Т .; Уотсон, Саймон Дж .; Palser, Anne L .; Петрова, Велислава; Грант, Пол; Pybus, Оливер G .; Рамбаут, Андрей; Гуань, Йи; Пиллэй, Динан; Келлэм, Пол; Настули, Елени (2013-05-19). «Глубокое секвенирование полного генома и филогенетический анализ нового бета-коронавируса человека». Возникающие инфекционные заболевания. 19 (5): 736–42B. Дои:10.3201 / eid1905.130057. ЧВК  3647518. PMID  23693015.
  10. ^ а б Разнообразие коронавируса одногорбого верблюда HKU23 у африканских верблюдов выявило множественные случаи рекомбинации среди близкородственных бета-коронавирусов подрода Embecovirus. Итак, RTY и др. J Virol. 2019. PMID  31534035
  11. ^ Стэнхоуп М.Дж., Браун Дж. Р., Амрин-Мадсен Х. Данные эволюционного анализа нуклеотидных последовательностей для рекомбинантной истории SARS-CoV. Заразить Genet Evol. 2004 Март; 4 (1): 15-9. PMID  15019585
  12. ^ Чжан XW, Яп Ю.Л., Данчин А. Проверка гипотезы о рекомбинантном происхождении коронавируса, ассоциированного с SARS. Arch Virol. 2005 Янв; 150 (1): 1-20. Epub 2004 11 октября. PMID  15480857
  13. ^ Woo, P.C .; Wang, M .; Lau, S.K .; Xu, H .; Poon, R.W .; Guo, R .; Wong, B.H .; Gao, K .; Tsoi, H.W .; Huang, Y .; Ли, К. С .; Lam, C. S .; Chan, K. H .; Zheng, B.J .; Юэн, К. Я. (2007). «Сравнительный анализ двенадцати геномов трех новых коронавирусов группы 2c и 2d выявил уникальные особенности группы и подгруппы». Журнал вирусологии. 81 (4): 1574–85. Дои:10.1128 / JVI.02182-06. ЧВК  1797546. PMID  17121802.
  14. ^ Lau, S.K .; Woo, P.C .; Yip, C. C .; Fan, R. Y .; Huang, Y .; Wang, M .; Guo, R .; Lam, C. S .; Цанг, А. К .; Lai, K. K .; Chan, K. H .; Che, X. Y .; Zheng, B.J .; Юэнь, К. Я. (2012). «Выделение и характеристика нового коронавируса бета-коронавируса подгруппы А, кроличьего коронавируса HKU14, от домашних кроликов». Журнал вирусологии. 86 (10): 5481–96. Дои:10.1128 / JVI.06927-11. ЧВК  3347282. PMID  22398294.
  15. ^ Lau, S.K .; Poon, R.W .; Wong, B.H .; Wang, M .; Huang, Y .; Xu, H .; Guo, R .; Ли, К. С .; Gao, K .; Chan, K. H .; Zheng, B.J .; Woo, P.C .; Юэн, К. Я. (2010). «Сосуществование разных генотипов в одной и той же летучей мыши и серологическая характеристика коронавируса летучих мышей Rousettus HKU9, принадлежащего к новой подгруппе бета-коронавируса». Журнал вирусологии. 84 (21): 11385–94. Дои:10.1128 / JVI.01121-10. ЧВК  2953156. PMID  20702646.
  16. ^ Чжан, Вэй; Чжэн, Сяо-Шуан; Агванда, Бернард; Омме, Шейла; Чжао, Кай; Лихоти, Жаклин; Ван, Нин; Чен, Цзин; Ли, Бэй; Ян, Син-Лу; Мани, Шайлендра; Нгейва, Киса-Джума; Чжу, Ян; Ху, Бен; Оньюок, Самсон Омонди; Ян, Бинг; Андерсон, Даниэль Э .; Ван, Линь-Фа; Чжоу, Пэн; Ши, Чжэн-Ли (24 октября 2019 г.). «Серологические свидетельства коинфекции БВРС-КоВ и Ко-инфекции, связанной с HKU8, у кенийских верблюдов». Новые микробы и инфекции. 8 (1): 1528–1534. Дои:10.1080/22221751.2019.1679610. ЧВК  6818114. PMID  31645223.
  17. ^ Вонг, Антонио К.П .; Ли, Синь; Lau, Susanna K.P .; Ву, Патрик Си. (2019). «Глобальная эпидемиология коронавирусов летучих мышей». Вирусы. 11 (2): 174. Дои:10.3390 / v11020174. ЧВК  6409556. PMID  30791586.
  18. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 20 июн 2020.

внешняя ссылка