Циклический рибопереключатель di-GMP-II - Cyclic di-GMP-II riboswitch - Wikipedia

C-di-GMP-II-update.svg
Консенсусная вторичная структура циклических рибопереключателей di-GMP-II
Идентификаторы
Символц-ди-GMP-II
РфамRF01786
Прочие данные
РНК типRiboswitch
Домен (ы)Clostridia, Деинококк
PDB структурыPDBe
c-ди-GMP-II-GAG
RF03169-rscape.svg
Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности рибопереключателя c-di-GMP-II-GAG
Идентификаторы
Символc-ди-GMP-II-GAG
РфамRF03169
Прочие данные
РНК тип Снг
ИДТИИДТИ: 0010468,ИДТИ: 0035438
ТАКТАК: 0000035
PDB структурыPDBe
c-ди-GMP-II-GCG
RF03170-rscape.svg
Консенсус вторичная структура и сохранение последовательности рибопереключателя c-di-GMP-II-GCG
Идентификаторы
Символц-ди-GMP-II-GCG
РфамRF03170
Прочие данные
РНК тип Снг
ИДТИИДТИ: 0010468,ИДТИ: 0035438
ТАКТАК: 0000035
PDB структурыPDBe

Циклические рибопереключатели di-GMP-II (также рибопереключатели c-di-GMP-II) образуют класс рибопереключатели что конкретно связывает циклический ди-GMP,[1] а второй посланник используется в нескольких бактериальный такие процессы как вирулентность, подвижность и биопленка формирование. Циклические рибопереключатели di-GMP II структурно не связаны с циклические рибопереключатели di-GMP-I, хотя функции у них одинаковы.

Циклические рибопереключатели di-GMP-II были открыты биоинформатика, и распространены в разновидность в пределах учебный класс Clostridia и род Деинококк. Они также встречаются в некоторых других бактериальный родословные. Существует значительное совпадение между видами, которые используют циклические рибопереключатели ди-GMP-I и циклические ди-GMP-II, поскольку оба класса рибопереключателей распространены у Clostridia.

В Clostridium difficile штаммов, циклический рибопереключатель ди-GMP-II обнаружен рядом с каталитический интрон группы I. Интроны группы I рибозимы которые катализируют сращивание из РНК молекула, в которую они встроены. В случае, связанном с рибопереключателем, результат реакции сплайсинга, катализируемой интроном, контролируется рибопереключателем в ответ на уровни циклического ди-GMP.[1] Регулируется и реакция сращивания. in vitro по уровням гуанозинтрифосфат, поскольку интроны группы I требуют гуанозин производная по их деятельности.[1]

Интроны группы I функционируют как часть эгоистичных элементов, где они снижают вероятность того, что элемент негативно повлияет на приспособленность хозяина, прерывая белок -кодирование ген. Однако интрон группы I, связанный с циклическим рибопереключателем ди-GMP-II, не является эгоистичным, поскольку, по-видимому, он выполняет полезную функцию для клетки. Они также показывают, что естественные клетки используют аллостерический рибозимы для регулирования экспрессии генов, механизм, обычно используемый в инженерных аптамеры но ранее не наблюдалось в природе.

Циклические рибопереключатели di-GMP-II представляют собой псевдоузловой структура. Большинство этих рибопереключателей сохраняют перегиб поворот структурный мотив, позволяющий изгибать соответствующий стержень, предположительно способствуя псевдоузлу. Некоторые положения нуклеотидов являются высококонсервативными, причем многие из них находятся вокруг концевых петель, участвующих во взаимодействии псевдоузлов.

Рекомендации

  1. ^ а б c Ли Э. Р., Бейкер Дж. Л., Вайнберг З., Сударсан Н., Брейкер Р. Р. (2010). «Аллостерический рибозим самосплайсинга, активируемый бактериальным вторичным посланником». Наука. 329 (5993): 845–848. Дои:10.1126 / science.1190713. ЧВК  4538695. PMID  20705859.

внешняя ссылка