DDX21 - DDX21

DDX21
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2M3D
Идентификаторы
Псевдонимы	DDX21, GUA, GURDB, RH-II / GU, RH-II / GuA, DEAD-box геликаза 21, DExD-box геликаза 21
Внешние идентификаторы	OMIM: 606357 MGI: 1860494 ГомолоГен: 3473 Генные карты: DDX21
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 10 (человек)
Конец	68,985,068 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 10 (мышь)
Конец	62,602,281 бп
Экспрессия РНК шаблон
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• связывание нуклеотидов; • связывание рРНК; • GO: 0008026 геликазная активность; • Связывание 7SK мяРНК; • GO: 0001948 связывание с белками; • связывание нуклеиновой кислоты; • связывание двухцепочечной РНК; • гидролазная активность; • Связывание АТФ; • связывание snoRNA; • Связывание РНК; • связывание miRNA; • идентичное связывание с белками;
Сотовый компонент	• мембрана; • нуклеоплазма; • ядро клетки; • ядрышко; • цитоплазма; • митохондрия; • цитозоль;
Биологический процесс	• положительная регуляция экспрессии генов, эпигенетическая; • ответ на экзогенную дцРНК; • ответ на вирус; • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II; • транскрипция, ДНК-шаблон; • дифференцировка остеобластов; • Раскрутка вторичной структуры РНК; • обработка рРНК; • иммунная система; • положительное регулирование выработки цитокинов миелоидными дендритными клетками; • положительная регуляция передачи сигналов I-kappaB киназы / NF-kappaB; • врожденная иммунная система; • защитный ответ на вирус;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	9188
	56200
	ENSG00000165732
	ENSMUSG00000020075
	Q9NR30
	Q9JIK5
	NM_001256910; NM_004728
	NM_019553
	NP_001243839; NP_004719
	NP_062426
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Ядерная РНК-геликаза 2 является фермент что у людей кодируется DDX21 ген.^[5]^[6]

Функция

Белки DEAD-бокса, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), являются предполагаемыми РНК-геликазами. Они участвуют в ряде клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг, а также сборка рибосом и сплайсосом. Основываясь на паттернах их распространения, считается, что некоторые члены этого семейства участвуют в эмбриогенезе, сперматогенезе, а также росте и делении клеток. Этот ген кодирует DEAD-бокс-белок, который является антигеном, распознаваемым аутоиммунными антителами пациента с болезнью арбузного желудка. Этот белок раскручивает двухцепочечную РНК, сворачивает одноцепочечную РНК и может играть важную роль в биогенезе рибосомной РНК, редактировании РНК, транспорте РНК и общей транскрипции.^[6]

Взаимодействия

DDX21 был показан взаимодействовать с C-июн.^[7]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165732 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020075 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Вальдес BC, Хеннинг Д., Буш Р.К., Вудс К., Флорес-Розас Х., Гурвиц Дж., Перлаки Л., Буш Х. (июнь 1996 г.). «Ядрышковая РНК-геликаза, распознаваемая аутоиммунными антителами пациента с болезнью арбузного желудка». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (7): 1220–4. Дои:10.1093 / nar / 24.7.1220. ЧВК 145780. PMID 8614622.
^ ^а ^б "Ген Entrez: DDX21 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) полипептид 21".
^ Вестермарк Дж., Вайс С., Саффрич Р., Каст Дж., Мусти А.М., Уэссели М., Ансорге В., Серафин Б., Вильм М., Вальдес Б.К., Боман Д. (февраль 2002 г.). «DEXD / H-бокс РНК-геликаза RHII / Gu является кофактором для транскрипции, активируемой c-Jun». EMBO J. 21 (3): 451–60. Дои:10.1093 / emboj / 21.3.451. ЧВК 125820. PMID 11823437.

дальнейшее чтение

Вальдес BC, Хеннинг Д., Перлаки Л., Буш Р.К., Буш Н. (1997). «Клонирование и характеристика связывающего белка Gu / RH-II». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 234 (2): 335–40. Дои:10.1006 / bbrc.1997.6642. PMID 9177271.
Вальдес BC, Ван В. (2000). «Мышиная РНК-геликаза II / Gu: кДНК и геномные последовательности, хромосомная локализация и регуляция экспрессии». Геномика. 66 (2): 184–94. Дои:10.1006 / geno.2000.6209. PMID 10860663.
Чжу К., Хеннинг Д., Вальдез Б., Буш Н. (2001). «Человеческая РНК-геликаза II / ген Gu: геномная организация и анализ промотора». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 281 (4): 1006–11. Дои:10.1006 / bbrc.2001.4446. PMID 11237763.
Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х, Манн М., Ламонд А. И. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
Вестермарк Дж., Вайс С., Саффрич Р., Каст Дж., Мусти А.М., Вессели М., Ансорге В., Серафин Б., Вильм М., Вальдес BC, Боманн Д. (2002). «DEXD / H-бокс РНК-геликаза RHII / Gu является кофактором для транскрипции, активируемой c-Jun». EMBO J. 21 (3): 451–60. Дои:10.1093 / emboj / 21.3.451. ЧВК 125820. PMID 11823437.
Вальдес BC, Ян Х, Хонг Э, Секвитин AM (2002). «Геномная структура недавно идентифицированного паралога РНК-геликазы II / Gu: обнаружение псевдогенов и множественных альтернативно сплайсированных мРНК». Ген. 284 (1–2): 53–61. Дои:10.1016 / S0378-1119 (01) 00888-5. PMID 11891046.
Хеннинг Д., Со Р. Б., Джин Р., Лау Л. Ф., Вальдес BC (2003). «Молчание РНК-геликазы II / Gualpha ингибирует продукцию рибосомальной РНК млекопитающих». J. Biol. Chem. 278 (52): 52307–14. Дои:10.1074 / jbc.M310846200. PMID 14559904.
Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж. Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М. А., Кантли Л. К., Гиги С. П. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК 514446. PMID 15302935.
Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К., Онг С. Е., Лион CE, Ламонд А. И., Манн М. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
Ян Х, Хеннинг Д., Вальдес BC (2005). «Функциональное взаимодействие между РНК-геликазой II / Gu (альфа) и рибосомным белком L4». FEBS J. 272 (15): 3788–802. Дои:10.1111 / j.1742-4658.2005.04811.x. PMID 16045751. S2CID 85629514.
Nousiainen M, Silljé HH, Sauer G, Nigg EA, Körner R (2006). «Фосфопротеомный анализ митотического веретена человека». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 103 (14): 5391–6. Дои:10.1073 / pnas.0507066103. ЧВК 1459365. PMID 16565220.
Олсен Дж. В., Благоев Б., Гнад Ф, Мацек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК 1847948. PMID 17353931.

Эта статья о ген на хромосома человека 10 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165732 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020075 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid8614622-5] Вальдес BC, Хеннинг Д., Буш Р.К., Вудс К., Флорес-Розас Х., Гурвиц Дж., Перлаки Л., Буш Х. (июнь 1996 г.). «Ядрышковая РНК-геликаза, распознаваемая аутоиммунными антителами пациента с болезнью арбузного желудка». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (7): 1220–4. Дои:10.1093 / nar / 24.7.1220. ЧВК 145780. PMID 8614622.

[entrez-6] а ^б "Ген Entrez: DDX21 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) полипептид 21".

[pmid11823437-7] Вестермарк Дж., Вайс С., Саффрич Р., Каст Дж., Мусти А.М., Уэссели М., Ансорге В., Серафин Б., Вильм М., Вальдес Б.К., Боман Д. (февраль 2002 г.). «DEXD / H-бокс РНК-геликаза RHII / Gu является кофактором для транскрипции, активируемой c-Jun». EMBO J. 21 (3): 451–60. Дои:10.1093 / emboj / 21.3.451. ЧВК 125820. PMID 11823437.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]