DR1 (ген) - DR1 (gene)

DR1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1JFI
Идентификаторы
Псевдонимы	DR1, NC2, NC2-BETA, NC2B, понижающий регулятор транскрипции 1, NCB2
Внешние идентификаторы	OMIM: 601482 MGI: 1100515 ГомолоГен: 38809 Генные карты: DR1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п22.1 Начните 93,345,907 бп[1] Конец 93,369,493 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 5 (мышь)[2] Группа 5 F | 5 52,82 см Начните 108,268,897 бп[2] Конец 108,280,526 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание с белками класса ТВР • Связывание ДНК • связывание фактора транскрипции • GO: 0001948 связывание с белками • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность • активность гетеродимеризации белков • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции • GO: 0000983 Активность общего фактора инициации транскрипции РНК-полимеразы II Сотовый компонент • Комплекс активаторов транскрипции Ada2 / Gcn5 / Ada3 • ядро клетки • комплекс отрицательного кофактора 2 Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • ацетилирование гистона H3 • транскрипция, ДНК-шаблон • ремоделирование хроматина • регуляция сборки комплекса преинициации транскрипции РНК-полимеразы II • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • Сборка транскрипционного преинициативного комплекса РНК-полимеразы II • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	1810	13486
Ансамбль	ENSG00000117505	ENSMUSG00000029265
UniProt	Q01658	Q91WV0
RefSeq (мРНК)	NM_001938	NM_026106
RefSeq (белок)	NP_001929	NP_080382
Расположение (UCSC)	Chr 1: 93.35 - 93.37 Мб	Chr 5: 108,27 - 108,28 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок Dr1 это белок что у людей кодируется DR1 ген.^[5][6][7]

Функция

Этот ген кодирует связанный с ТВР- (ТАТА-бокс-связывающий белок) фосфопротеин, который подавляет как базальный, так и активированный уровни транскрипции. Кодируемый белок фосфорилируется in vivo, и это фосфорилирование влияет на его взаимодействие с ТВР. Этот белок содержит гистоновый складчатый мотив на амино-конце, TBP-связывающий домен и богатую глутамином и аланином область. Связывание репрессорных комплексов DR1 с комплексами ТВР-промотор может установить механизм, в котором измененная конформация ДНК вместе с образованием комплексов более высокого порядка ингибирует сборку преинициативного комплекса и контролирует скорость транскрипции РНК-полимеразы II.^[7]

Взаимодействия

Было показано, что DR1 (ген) взаимодействовать с участием DRAP1.^[8][9]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000117505 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029265 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Иностроза Дж. А., Мермельштейн Ф. Х., Ха I, Лейн В. С., Рейнберг Д. (сентябрь 1992 г.). «Dr1, фосфопротеин, связанный с ТАТА-связывающим белком, и ингибитор транскрипции гена класса II». Ячейка. 70 (3): 477–89. Дои:10.1016/0092-8674(92)90172-9. PMID  1339312.
6. Purrello M, Di Pietro C, Rapisarda A, Viola A, Corsaro C, Motta S, Grzeschik KH, Sichel G (1996). «Геномная локализация гена человека, кодирующего Dr1, негативный модулятор транскрипции генов класса II и класса III». Цитогенетика и клеточная генетика. 75 (2–3): 186–9. Дои:10.1159/000134479. PMID  9040789.
7. «Ген Entrez: подавляющий регулятор DR1 транскрипции 1, связывание TBP (отрицательный кофактор 2)».
8. Юнг К., Ким С., Рейнберг Д. (январь 1997 г.). «Функциональное вскрытие репрессорного комплекса человека Dr1-DRAP1». Мол. Cell. Биол. 17 (1): 36–45. Дои:10.1128 / MCB.17.1.36. ЧВК  231727. PMID  8972183.
9. Мермельштейн Ф., Йунг К., Цао Дж., Иностроза Дж. А., Эрдьюмент-Бромаж Х, Игельсон К., Ландсман Д., Левитт П., Темпст П., Рейнберг Д. (апрель 1996 г.). «Требование корепрессора для Dr1-опосредованной репрессии транскрипции». Genes Dev. 10 (8): 1033–48. Дои:10.1101 / gad.10.8.1033. PMID  8608938.

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Goppelt A, Stelzer G, Lottspeich F, Meisterernst M (1996). «Механизм репрессии транскрипции гена класса II посредством специфического связывания NC2 с комплексами ТВР-промотор через гетеродимерные складчатые гистоновые домены». EMBO J. 15 (12): 3105–16. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00673.x. ЧВК  450253. PMID  8670811.
• Кашанчи Ф., Хлейф С.Н., Дюваль Дж.Ф., Садаи М.Р., Радонович М.Ф., Чо М., Мартин М.А., Чен С.Ю., Вайнманн Р., Брэди Дж. Н. (1996). «Взаимодействие Tat вируса иммунодефицита человека 1 типа с уникальным сайтом TFIID ингибирует отрицательный кофактор Dr1 и стабилизирует комплекс TFIID-TFIIA». Дж. Вирол. 70 (8): 5503–10. Дои:10.1128 / JVI.70.8.5503-5510.1996. ЧВК  190508. PMID  8764062.
• Коуэлл И.Г., Херст ХК (1996). «Белково-белковое взаимодействие между репрессором транскрипции E4BP4 и TBP-связывающим белком Dr1». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (18): 3607–13. Дои:10.1093 / nar / 24.18.3607. ЧВК  146135. PMID  8836190.
• Розет Дж. М., Гербер С., Перро I, Камузат А., Кальвас П., Вьегас-Пекиньо Е., Молина-Гомес Д., Ле Пелье Д., Чумаков И., Мюнних А., Каплан Дж. (1996). «Структура и физическое картирование DR1, гена фосфопротеина, связанного с ТАТА-связывающим белком, на хромосоме 1p22.1 и его исключение при болезни Штаргардта (STGD)». Геномика. 36 (3): 554–6. Дои:10.1006 / geno.1996.0508. PMID  8884286.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Камада К., Шу Ф., Чен Х., Малик С., Стельцер Г., Рёдер Р.Г., Мейстерернст М., Берли С.К. (2001). «Кристаллическая структура отрицательного кофактора 2, распознающего комплекс транскрипции ТВР-ДНК». Ячейка. 106 (1): 71–81. Дои:10.1016 / S0092-8674 (01) 00417-2. PMID  11461703.
• Gilfillan S, Stelzer G, Piaia E, Hofmann MG, Meisterernst M (2005). «Эффективное связывание NC2.TATA-связывающего белка с ДНК в отсутствие TATA». J. Biol. Chem. 280 (7): 6222–30. Дои:10.1074 / jbc.M406343200. PMID  15574413.
• Льюис Б.А., Симс Р.Дж., Лейн В.С., Рейнберг Д. (2005). «Функциональная характеристика основных элементов промотора: DPE-специфическая транскрипция требует протеинкиназы CK2 и коактиватора PC4». Мол. Ячейка. 18 (4): 471–81. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.04.005. PMID  15893730.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Секерра Р., Дусетт-Штамм Л., Кьюсик М.Э., Хилл Д.Е., Рот П.П., Видаль М. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514.
• Malecová B, Gross P, Boyer-Guittaut M, Yavuz S, Oelgeschläger T (2007). «Основной элемент промотора инициатора противодействует репрессии TATA-направленной транскрипции отрицательным кофактором NC2». J. Biol. Chem. 282 (34): 24767–76. Дои:10.1074 / jbc.M702776200. PMID  17584739.