ELOB - ELOB

ELOB
Доступные конструкции PDB Поиск Human UniProt: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1LM8, 1LQB, 1VCB, 2C9W, 2ИЗВ, 2JZ3, 2MA9, 3DCG, 3ZKJ, 3ZNG, 3ZRC, 3ZRF, 3ZTC, 3ZTD, 3ZUN, 4AJY, 4AWJ, 4B95, 4Б9К, 4БКС, 4БКТ, 4Н9Ф, 4W9C, 4W9D, 4W9E, 4W9F, 4W9G, 4W9H, 4W9I, 4W9J, 4W9K, 4W9L, 4WQO, 5BO4
Идентификаторы
Псевдонимы	ELOB, SIII, TCEB2, субъединица 2 фактора элонгации транскрипции, элонгин B
Внешние идентификаторы	OMIM: 600787 ГомолоГен: 134544 Генные карты: ELOB
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16p13.3 Начинать 2,771,414 бп[1] Конец 2,777,297 бп[1]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание убиквитин-протеин-лигазы Сотовый компонент • Cul2-RING убиквитинлигазный комплекс • цитозоль • Cul5-RING убиквитинлигазный комплекс • VCB комплекс • ядро клетки • комплекс элонгина • нуклеоплазма Биологический процесс • элонгация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II в ответ на гипоксию • убиквитинирование белков • посттрансляционная модификация • сборка макромолекулярного комплекса Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	6923	н / д
Ансамбль	ENSG00000103363	н / д
UniProt	Q15370	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_207013 NM_007108	н / д
RefSeq (белок)	NP_009039 NP_996896	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 16: 2,77 - 2,78 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Полипептид 2 фактора элонгации транскрипции это белок что у людей кодируется TCEB2 ген.^[3]

Функция

Этот ген кодирует белок элонгин B, который является субъединицей комплекса фактора транскрипции B (SIII). Комплекс SIII состоит из элонгинов A / A2, B и C. Он активирует элонгацию с помощью РНК-полимеразы II, подавляя временную паузу полимеразы во многих сайтах внутри единиц транскрипции. Элонгин A функционирует как транскрипционно активный компонент комплекса SIII, тогда как элонгины B и C являются регуляторными субъединицами. Элонгин А2 специфически экспрессируется в семенниках и способен образовывать стабильный комплекс с элонгинами В и С. Белок-супрессор опухоли фон Гиппеля-Линдау связывается с элонгинами В и С и тем самым ингибирует элонгацию транскрипции. Для этого гена описаны два альтернативно сплайсированных варианта транскрипта, кодирующие разные изоформы.^[4]

Взаимодействия

TCEB2 был показан взаимодействовать с:

• CUL2,^[5][6]
• TCEB1,^{[7][8][9][10]} и
• Подавитель опухолей фон Хиппеля-Линдау.^{[5][8][11][12][13]}

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000103363 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. Гаррет К.П., Асо Т., Брэдшер Дж. Н., Подкидыш С. И., Лейн В. С., Конавей Р. К., Конавей Дж. В. (сентябрь 1995 г.). «Положительная регуляция общего фактора транскрипции SIII с помощью хвостатого гомолога убиквитина». Proc Natl Acad Sci U S A. 92 (16): 7172–6. Bibcode:1995PNAS ... 92.7172G. Дои:10.1073 / пнас.92.16.7172. ЧВК  41301. PMID  7638163.
4. «Ген Entrez: фактор B элонгации транскрипции TCEB2 (SIII), полипептид 2 (18 кДа, элонгин B)».
5. Menon S, Tsuge T, Dohmae N, Takio K, Wei N (2008). «Ассоциация SAP130 / SF3b-3 с комплексами убиквитин-лигазы Cullin-RING и ее регулирование сигнаносомой COP9». BMC Biochem. 9: 1. Дои:10.1186/1471-2091-9-1. ЧВК  2265268. PMID  18173839.
6. Камура Т., Буриан Д., Ян К., Шмидт С.Л., Лейн В.С., Керидо Е., Брантон П.Е., Шилатифард А., Конавей Р.С., Конавей Д.В. (август 2001 г.). «Muf1, новый белок с богатым лейцином повтора, взаимодействующий с Elongin BC, который может собираться с Cul5 и Rbx1 для восстановления убиквитинлигазы». J. Biol. Chem. 276 (32): 29748–53. Дои:10.1074 / jbc.M103093200. PMID  11384984.
7. Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
8. Ohh M, Takagi Y, Aso T., Stebbins CE, Pavletich NP, Zbar B, Conaway RC, Conaway JW, Kaelin WG (декабрь 1999 г.). «Синтетические пептиды определяют критические контакты между элонгином C, элонгином B и белком фон Хиппель-Линдау». J. Clin. Вкладывать деньги. 104 (11): 1583–91. Дои:10.1172 / JCI8161. ЧВК  481054. PMID  10587522.
9. Крумм А., Гроудин М. (сентябрь 1995 г.). «Подавление опухоли и удлинение транскрипции: ужасные последствия смены партнеров». Наука. 269 (5229): 1400–1. Bibcode:1995Научный ... 269.1400K. Дои:10.1126 / science.7660121. PMID  7660121. S2CID  39758696.
10. Ли З, На Х, Ван Д., Шон С. Р., Мессинг Э. М., Ву Г. (февраль 2002 г.). «Убиквитинирование нового деубиквитинирующего фермента требует прямого связывания с опухолевым супрессорным белком фон Хиппеля-Линдау». J. Biol. Chem. 277 (7): 4656–62. Дои:10.1074 / jbc.M108269200. PMID  11739384.
11. Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., МакБрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Мол. Syst. Биол. 3: 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.
12. Мин Дж. Х., Ян Х., Иван М., Гертлер Ф., Келин В. Г., Павлетич Н. П. (июнь 2002 г.). «Структура комплекса HIF-1alpha -pVHL: узнавание гидроксипролина в передаче сигналов». Наука. 296 (5574): 1886–9. Bibcode:2002Наука ... 296.1886M. Дои:10.1126 / science.1073440. PMID  12004076. S2CID  19641938.
13. Хакер К.Е., Ли СМ, ​​Ратмелл В.К. (2008). Чжан Б. (ред.). «Мутации VHL типа 2B сохраняют сложную форму и функцию VBC». PLOS ONE. 3 (11): e3801. Bibcode:2008PLoSO ... 3.3801H. Дои:10.1371 / journal.pone.0003801. ЧВК  2583047. PMID  19030229.

дальнейшее чтение

• Дуан Д.Р., Пауза A, Берджесс WH, Асо Т., Чен Д.Й., Гарретт К.П., Конавей Р.С., Конавей Дж. У., Лайнехан В.М., Клауснер Р. «Ингибирование элонгации транскрипции белком-супрессором опухоли VHL». Наука. 269 (5229): 1402–6. Bibcode:1995Научный ... 269.1402D. Дои:10.1126 / science.7660122. PMID  7660122. S2CID  22334719.
• Асо Т., Лейн WS, Конавей Дж. У., Конавей Р. К. (1995). «Элонгин (SIII): мультисубъединичный регулятор удлинения с помощью РНК-полимеразы II». Наука. 269 (5229): 1439–43. Bibcode:1995Научный ... 269.1439A. Дои:10.1126 / science.7660129. PMID  7660129. S2CID  37649908.
• Кибель А., Илиопулос О., Де Каприо Дж. А., Келин В. Г. (1995). «Связывание белка-супрессора опухоли фон Хиппеля-Линдау с элонгином B и C». Наука. 269 (5229): 1444–6. Bibcode:1995Научный ... 269.1444K. Дои:10.1126 / science.7660130. PMID  7660130. S2CID  25410108.
• Брэдшер Дж. Н., Джексон К. В., Конавей Р. К., Конавей Дж. В. (1994). «Фактор транскрипции РНК-полимеразы II SIII. I. Идентификация, очистка и свойства». J. Biol. Chem. 268 (34): 25587–93. PMID  8244996.
• Пауза А., Ли С., Уоррелл Р.А., Чен Д.Й., Берджесс У.Х., Линехан В.М., Клауснер Р.Д. (1997). «Продукт гена-супрессора опухоли фон Хиппеля-Линдау образует стабильный комплекс с человеческим CUL-2, членом семейства белков Cdc53». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 94 (6): 2156–61. Bibcode:1997ПНАС ... 94.2156П. Дои:10.1073 / пнас.94.6.2156. ЧВК  20057. PMID  9122164.
• Ли XY, Грин М.Р. (1998). «Клеточный коактиватор Tat ВИЧ-1 Tat-SF1 представляет собой общий фактор элонгации транскрипции». Genes Dev. 12 (19): 2992–6. Дои:10.1101 / gad.12.19.2992. ЧВК  317190. PMID  9765201.
• Чжан Дж. Г., Фарли А., Николсон С. Е., Уилсон Т. А., Зугаро Л. М., Симпсон Р. Дж., Мориц Р. Л., Кэри Д., Ричардсон Р., Хаусманн Г., Кайл Б. Дж., Кент С. Б., Александр В. С., Меткалф Д., Хилтон Д. Д., Никола Н. А., Бака М. (1999). «Консервативный мотив SOCS-бокса в супрессорах передачи сигналов цитокинов связывается с элонгинами B и C и может связывать связанные белки с протеасомной деградацией». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (5): 2071–6. Bibcode:1999PNAS ... 96.2071Z. Дои:10.1073 / pnas.96.5.2071. ЧВК  26738. PMID  10051596.
• Стеббинс CE, Kaelin WG, Павлетич Н.П. (1999). «Структура комплекса VHL-ElonginC-ElonginB: значение для функции супрессора опухоли VHL». Наука. 284 (5413): 455–61. Bibcode:1999Научный ... 284..455С. Дои:10.1126 / science.284.5413.455. PMID  10205047.
• Пауза А., Петерсон Б., Шаффар Г., Стирман Р., Клауснер Р. Д. (1999). «Изучение взаимодействия четырех белков в дрожжевой двугибридной системе: структурное сходство комплекса pVHL / элонгин BC / hCUL-2 с убиквитинлигазным комплексом SKP1 / cullin / F-box белок». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (17): 9533–8. Bibcode:1999ПНАС ... 96.9533П. Дои:10.1073 / пнас.96.17.9533. ЧВК  22243. PMID  10449727.
• Иваи К., Яманака К., Камура Т., Минато Н., Конавей Р.С., Конавей Дж. У., Клауснер Р. Д., Пауза А. (1999). «Идентификация опухолевого супрессорного белка фон Хиппеля-Линдау как части активного комплекса убиквитин-лигазы E3». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (22): 12436–41. Bibcode:1999PNAS ... 9612436I. Дои:10.1073 / пнас.96.22.12436. ЧВК  22941. PMID  10535940.
• Ооо М., Такаги Ю., Асо Т., Стеббинс К.Э., Павлетич Н.П., Збар Б., Конавей Р.К., Конавей Д.В., Келин В.Г. (2000). «Синтетические пептиды определяют критические контакты между элонгином C, элонгином B и белком фон Хиппель-Линдау». J. Clin. Вкладывать деньги. 104 (11): 1583–91. Дои:10.1172 / JCI8161. ЧВК  481054. PMID  10587522.
• Асо Т., Ямадзаки К., Амимото К., Куроива А., Хигаши Х., Мацуда Ю., Китадзима С., Хатакеяма М. (2000). «Идентификация и характеристика элонгина А2, нового члена семейства факторов элонгации транскрипции, специфически экспрессируемого в семенниках». J. Biol. Chem. 275 (9): 6546–52. Дои:10.1074 / jbc.275.9.6546. PMID  10692460.
• Камура Т., Сато С., Иваи К., Чзык-Кшеска М., Конавей Р.К., Конавей Д.В. (2000). «Активация убиквитинирования HIF1альфа восстановленным комплексом опухолевого супрессора фон Хиппеля-Линдау (VHL)». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (19): 10430–5. Bibcode:2000PNAS ... 9710430K. Дои:10.1073 / пнас.190332597. ЧВК  27041. PMID  10973499.
• Асо Т., Ямадзаки К., Айгаки Т., Китадзима С. (2000). «Комплекс опухолевых супрессоров Drosophila von Hippel-Lindau обладает активностью убиквитинлигазы E3». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 276 (1): 355–61. Дои:10.1006 / bbrc.2000.3451. PMID  11006129.
• Камура Т., Буриан Д., Ян К., Шмидт С.Л., Лейн В.С., Керидо Е., Брантон П.Е., Шилатифард А., Конавей Р.К., Конавей Д.В. (2001). «Muf1, новый белок с богатым лейцином повтора, взаимодействующий с Elongin BC, который может собираться с Cul5 и Rbx1 для восстановления убиквитинлигазы». J. Biol. Chem. 276 (32): 29748–53. Дои:10.1074 / jbc.M103093200. PMID  11384984.
• Li Z, Na X, Wang D, Schoen SR, Messing EM, Wu G (2002). «Убиквитинирование нового деубиквитинирующего фермента требует прямого связывания с опухолевым супрессорным белком фон Хиппеля-Линдау». J. Biol. Chem. 277 (7): 4656–62. Дои:10.1074 / jbc.M108269200. PMID  11739384.
• Ямазаки К., Го Л., Сугахара К., Чжан С., Энзан Х., Накабеппу Ю., Китадзима С., Асо Т. (2002). «Идентификация и биохимическая характеристика нового фактора элонгации транскрипции, элонгина A3». J. Biol. Chem. 277 (29): 26444–51. Дои:10.1074 / jbc.M202859200. PMID  11994304.
• Мин Дж. Х., Ян Х, Иван М., Гертлер Ф, Келин В. Г., Павлетич Н. П. (2002). «Структура комплекса HIF-1alpha -pVHL: узнавание гидроксипролина в передаче сигналов». Наука. 296 (5574): 1886–9. Bibcode:2002Наука ... 296.1886M. Дои:10.1126 / science.1073440. PMID  12004076. S2CID  19641938.
• Hon WC, Wilson MI, Harlos K, Claridge TD, Schofield CJ, Pugh CW, Maxwell PH, Ratcliffe PJ, Stuart DI, Jones EY (2002). «Структурная основа распознавания гидроксипролина в HIF-1 альфа с помощью pVHL». Природа. 417 (6892): 975–8. Bibcode:2002Натура 417..975H. Дои:10.1038 / природа00767. PMID  12050673. S2CID  4388644.

внешняя ссылка

• PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для человеческого элонгина-B