ExoCarta - ExoCarta

ExoCarta
Database.png
Содержание
ОписаниеБаза данных экзосомальных белков, РНК и липидов
Контакт
Исследовательский центрИнститут молекулярных наук Ла Троба
АвторыСуреш Мативанан
Доступ
Интернет сайтhttp://www.exocarta.org

ExoCarta это вручную созданная база данных экзосомальный белки, РНК и липиды.[1][2]

Экзосомы происходят из клеток пузырьки которые присутствуют во многих и, возможно, во всех биологических жидкостях, включая кровь, моча, и питательная среда клеточные культуры.[3][4] Заявленный диаметр экзосом составляет от 30 до 100 нм, что больше, чем ЛПНП, но намного меньше, чем, например, красные кровяные тельца. Экзосомы либо высвобождаются из клетки, когда мультивезикулярные тела слиться с плазматическая мембрана или они высвобождаются непосредственно из плазматической мембраны.[5] Становится все более очевидным, что экзосомы выполняют специализированные функции и играют ключевую роль, например, в коагуляция, межклеточная передача сигналов и управление отходами.[3] Следовательно, растет интерес к клиническому применению экзосом. Экзосомы потенциально могут использоваться для прогноза, терапии и биомаркеров здоровья и болезней.

Биоинформатический анализ экзосом

Экзосомы содержат РНК, белки, липиды и метаболиты, которые отражают клеточный тип происхождения. Поскольку экзосомы содержат множество белков, РНК и липидов, крупномасштабный анализ, включая протеомика и транскриптомика часто выполняется. В настоящее время для анализа этих данных используются некоммерческие инструменты, такие как FunRich[6] может использоваться для идентификации чрезмерно представленных групп молекул.

Рекомендации

  1. ^ Мативанан, Суреш; Fahner Cassie J; Рид Гэвин Э; Симпсон Ричард Дж (октябрь 2011 г.). «ExoCarta 2012: база данных экзосомальных белков, РНК и липидов». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D1241–4. Дои:10.1093 / nar / gkr828. ЧВК  3245025. PMID  21989406.
  2. ^ Мативанан С., Симпсон Р.Дж. (2009). «ExoCarta: сборник экзосомальных белков и РНК». Протеомика. 9 (21): 4997–5000. Дои:10.1002 / pmic.200900351. PMID  19810033.
  3. ^ а б ван дер Поль Э; Böing, AN; Харрисон П.; Стурк А; Ньюланд Р. (2012). «Классификация, функции и клиническое значение внеклеточных везикул». Pharmacol. Rev. 64 (3): 676–705. Дои:10.1124 / пр.112.005983. PMID  22722893.
  4. ^ Keller S; Сандерсон МП; Stoeck A; Альтевогт П. (2006). «Экзосомы: от биогенеза и секреции к биологической функции». Иммунол. Латыш. 107 (2): 102–8. Дои:10.1016 / j.imlet.2006.09.005. PMID  17067686.
  5. ^ Бут AM; Fang Y; Fallon JK; Ян Дж. М.; Hildreth JE; Гулд SJ (2006). «Экзосомы и зачаток Gag ВИЧ из эндосомоподобных доменов плазматической мембраны Т-клеток». J. Cell Biol. 172 (6): 932–935. Дои:10.1083 / jcb.200508014. ЧВК  2063735. PMID  16533950.
  6. ^ Патан, М. Кеэртикумар, S; Ang, C. S .; Gangoda, L; Quek, C. Y .; Уильямсон, Н. А .; Мурадов Д; Зибер, О. М .; Simpson, R.J .; Салим, А; Бачич, А; Хилл, А; Страуд, Д. А .; Райан, М. Т .; Agbinya, J. I .; Mariadasson, J.M .; Берджесс, А. В .; Мативанан, S (2015). «Техническое описание funrich: автономный инструмент функционального обогащения и сетевого анализа взаимодействия с открытым доступом». Протеомика. 15: 2597–601. Дои:10.1002 / pmic.201400515. PMID  25921073.

внешняя ссылка