FAM63B - FAM63B
FAM63B это белок который у человека кодируется ген FAM63B. Этот ген сильно экспрессируется у людей. Ген FAM63B также является высоко консервативным на протяжении всей истории эволюции. Обнаруженная функция FAM63B - это взаимодействие с легкой цепью кинезина-1 и транспортировка вирус осповакцины от ядра к периферии клетки.
Ген
Locus
FAM63B расположен на 15q21.3-q22.1,[1] охватывающий 90 707 пар оснований на хромосома 15.[2]
Альтернативные имена
Полное название FAM63B - это семейство со сходством последовательностей 63, член B.[3] FAM63B также указан в некоторых публикациях под псевдонимом KIAA1164.[4]
мРНК
Изоформы
Ген FAM63B кодирует первичный транскрипт, который может быть альтернативно сплайсирован на 9 вариантов белка. Вариант А FAM63B является наиболее распространенной изоформой, обнаруживаемой у людей.[2]
| Вариант | Длина (аминокислоты ) | Экзон Считать | Молекулярный вес (кдал ) | Изоэлектрическая точка |
|---|---|---|---|---|
| а | 621 | 9 | 67.1 | 4.24 |
| б | 620 | 9 | 67.0 | 4.24 |
| x1 | 639 | 10 | 69.2 | 4.40 |
| x2 | 638 | 10 | 69.1 | 4.40 |
| x3 | 605 | 10 | 65.2 | 4.41 |
| x4 | 587 | 9 | 63.1 | 4.25 |
| x5 | 364 | 6 | 38.0 | 4.50 |
| x6 | 351 | 8 | 40.2 | 4.72 |
| x7 | 342 | 8 | 39.1 | 4.45 |
Протеин
Структура
Первичная структура
FAM63B является членом Pfam super и содержит домен с неизвестной функцией (DUF544), гомологичный внутри семейства белков.[2] Вариант белка FAM63B также содержит двудольный мотив связывания триптофана от W476 до W533.[6] Вариант а белка также содержит гидрофобный участок аланина от 567 до 574 и последовательность со смешанным зарядом от остатка 598 до 617.[5] Белок FAM63B может содержать сигнальную последовательность, определяющую возврат в эндоплазматический ретикулум (KDEL) от остатков 607 до 621 в варианте а.
Вторичная структура
Вторичная структура FAM63B представляет собой комбинацию катушек, некоторые α-спирали, и несколько β-листы.[5][7][8] Программа Phyre 2 предсказывает α-спирали в 23% белка, β-цепи в 9% белка и оставшиеся 59% белка как неупорядоченные.[7] Неупорядоченные области совпадают со спиральными областями, предсказанными другими программами, и это приводит к длинному участку свернутого белка, начинающемуся на N-конце. Согласно программе SOUSI, существует промежуток длиной в 16 аминокислот от остатков 265 до 280 FAM63B, который может быть трансмембранной последовательностью.[9] Однако трансмембранные последовательности обычно должны иметь длину не менее 20 аминокислот, чтобы быть стабильными в мембране, поэтому трансмембранная последовательность маловероятна. Следовательно, FAM63B не фиксируется в мембране какой-либо органеллы и может свободно перемещаться через клетку и между органеллами.
Третичная структура
О третичной структуре FAM63B известно немного. Показано прогнозируемое сворачивание.
Посттрансляционные модификации
Посттрансляционные модификации белка FAM63B.[9]
| Посттрансляционная модификация | Места) | Влияние на белок |
|---|---|---|
| Ацетилирование | Ser3 | Стабильность, локализация, метаболизм, апоптоз, распознавание рибосом для синтеза |
| Лизин гликирование | Lys88, Lys251, Lys280, Lys282, Lys332, Lys393, Lys398, Lys454, Lys547 | Нарушение функции, изменение характеристик |
| Фосфорилирование | Ser7, Ser21, Ser25, Ser26, Ser62, Ser66, Ser68, Ser72, Ser90, Ser94, Ser111, Ser148, Ser153, Ser158, Ser160, Ser165, Ser170, Ser175, Ser188, Ser193, Ser233, Ser396, Ser440, Ser499, Ser541, Ser558, Ser587, Ser589, Ser590, Ser594, Ser597, Thr48, Thr255, Thr344, Thr453, Tyr505 | Изменение конформации, включение / выключение ферментативной активности |
| Пикорнавирусное расщепление | Glu195, Gln535 | Расщепление полипротеина, деградация |
| O-GlcNAc | Ser3, Ser21, Ser49, Ser62, Ser66, Ser68, Ser80, Ser152, Ser153, Ser158, Ser170, Ser499, Ser575, Ser587, Ser589, Ser590, Thr144, Thr576 | Расположение нуклеоцитоплазмы |
Субклеточное расположение
FAM63B предсказал, что NES (сигналы ядерного экспорта ) на Val274 и Leu277.[10] Кроме того, NLS (сигнал ядерной локализации ) прогнозируется для FAM63B в RKRK по остатку 599.[9] В соответствии с этим, метод Райнхардта для цитоплазматической / ядерной дискриминации предсказывает, что FAM63B будет локализоваться в ядре с надежностью 76,7%. Наличие сигналов NLS и NES и O-GlcNAc посттрансляционная модификация FAM63B поддерживает расположение белка как в ядре, так и в цитоплазме, а обнаруженная функция белка как челнок для вируса осповакцины между ядром и периферией клетки.
Выражение
Уровень выражения
FAM63B имеет экспрессию от умеренно высокой до высокой и экспрессируется конститутивно. FAM63B скорее всего повсеместно выражено у людей.[11]
Дифференциальное выражение
Экспрессия FAM63B высока в эмбриональных стволовых клетках и дифференцированных тканях, но низкая или отсутствует в эмбриоидные тела и другие прародитель ячейки, такие как мультипотентный мезенхимальные стволовые клетки. Вероятно, что FAM63B экспрессируется во время плюрипотентность и униженность но не важен для дифференцировки, как это происходит в эмбриоидных тельцах, мезенхимальных стволовых клетках и других клетках-предшественниках.
Регулирование выражения
Транскрипционная регуляция
Промотор FAM63B - это GXP_5885, расположенный на положительной цепи хромосомы 15 из (58770692, 58771462), и имеет длину 711 пар оснований.[12]
Взаимодействующие белки
Показано, что FAM63B взаимодействует с одним белком, KLC-1.[13] KLC-1, легкая цепь 1 кинезина, представляет собой белок, который рекрутирует кинезин-1 через его легкую цепь связывания груза и содержит двудольный мотив связывания триптофана.[13] Этот мотив присутствует в интегральном мембранном белке вируса осповакцины, А36, который необходим для транспорта вируса из перинуклеарного пространства к периферии клетки.[13] В отсутствие A36 белки с двудольным мотивом связывания триптофана могут взаимодействовать с легкой цепью кинезина, рекрутировать KLC-1 и способствовать переносу вируса из ядра в цитоплазму.[13]
Функция
Обнаруженная функция белка FAM63B - переносчик вируса осповакцины в геноме человека. FAM63B содержит двудольный мотив связывания триптофана между W476 и W533.[13] Мотив также содержит Q остаток в положении +2, что, как было обнаружено, часто встречается в белках, связывающих KLC-1 или KLC-2.[13] FAM63B входит в число изученных белков, которые могут восстанавливать транспорт вируса к периферии клетки при экспрессии в A36-дефицитных клетках, успешно заменяя цитоплазматический домен A36 осповакцины.[13]
Клиническое значение
Патология
Специфическая патология FAM63B неизвестна.
Ассоциация болезней
FAM63B является частью четырех сетей, регулируемых miRNA, три из которых связаны с дифференцировкой нейронов и дофаминергический экспрессия гена.[14] Эти результаты показывают, что FAM63B можно использовать в качестве биомаркера для обнаружения и лечения шизофрения.[14] Кроме того, аберрантное метилирование FAM63B может играть роль в развитии шизофрении.[14] FAM63B также занял 13 место из 25 в списке связанных генов, относящихся к артрит.[15]
Гомология
Паралоги
FAM63B имеет один паралог, FAM63A, который является геном неизвестной функции. Ген FAM63A кодирует белок, который состоит из 469 аминокислот и на 76% похож на FAM63B.[16]
Ортологи
FAM63B был обнаружен у всех многоклеточных и одноклеточных эукариот, включая растения, за исключением простейших и грибов. Ген был также обнаружен у архей, но не у бактерий.[17]
| Род и виды | Распространенное имя | Дата отклонения от людей (MYA) | Регистрационный номер | Длина последовательности (аминокислоты) | Сходство последовательности с человеческим белком (%) | Clade |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Пан троглодиты | Шимпанзе | 6.2 | XP_510443.2 | 621 | 100 | Млекопитающие |
| Микротус охрогастер | Степная полевка | 90.1 | XP_005347720.1 | 597 | 84 | Млекопитающие |
| Ursus maritimus | Полярный медведь | 95 | XP_008704293.1 | 591 | 97 | Млекопитающие |
| Acinonyx jubatus | Гепард | 95 | XP_014926357.1 | 488 | 96 | Млекопитающие |
| Пелодискус китайский | Зеленая морская черепаха | 320.5 | XP_014434471.1 | 408 | 95 | Рептилии |
| Зонотрихия альбиколлис | Белогорлый воробей | 320.5 | XP_014123064.1 | 326 | 91 | Авес |
| Columba Livia | Голубь | 320.5 | XP_005511195.1 | 340 | 91 | Авес |
| Chrysemys picta bellii | Западная расписная черепаха | 320.5 | XP_008162326.1 | 566 | 86 | Рептилии |
| Melopsittacus undulatus | Волнистый попугайчик | 320.5 | XP_005145999.1 | 472 | 86 | Авес |
| Xenopus tropicalis | Западная когтистая лягушка | 354.4 | XP_002937714.1 | 354 | 87 | Амфибия |
| Latimeria chalumnae | Латимерия Западной Индийского океана | 413.69 | XP_005998789.1 | 652 | 83 | Саркоптеригии |
| Lepisosteus oculatus | Пятнистый гар | 436.8 | XP_015198676.1 | 642 | 82 | Актиноптеригии |
| Гидра обыкновенная | Гидра | 902 | XP_012556960.1 | 507 | 65 | Hydrozoa |
| Осьминог бимакулоидный | Калифорнийский двухточечный осьминог | 903 | XP_014779548.1 | 981 | 58 | Головоногие моллюски |
| Crassostrea gigas | Тихоокеанская устрица | 903 | XP_011440367.1 | 569 | 71 | Двустворчатые моллюски |
| Haemonchus contortus | Червь цирюльника | 903 | CDJ97151.1 | 437 | 55 | Secernentea |
| Trichoplax adhaerens | Trichoplax | 936 | XP_002108532.1 | 308 | 75 | Placozoa |
| Solanum pennellii | Помидор | 1570.5 | XP_015085752.1 | 686 | 65 | Покрытосеменные |
| Sesamum indicum | Кунжут | 1570.5 | XP_011071984.1 | 738 | 65 | Покрытосеменные |
| Thermoplasmatales archaeon | BRNA1 | 4250 | WP_048164282.1 | 1063 | 39 | Археи |
Далекие гомологи
Самый далекий гомолог FAM63B находится в Thermoplasmatales archaeon, археи который отклонился от человеческого гена 4,25 миллиарда лет назад.[17][18]
Гомологические домены
FAM63B является членом суперсемейства Pfam и содержит домен с неизвестной функцией (DUF544), гомологичный внутри семейства белков.[17] Эта область белка является высококонсервативной благодаря гомологам FAM63B, как и двудольный связывающий триптофан мотив FAM63B и сигнальная последовательность С-конца.
Филогения
На филогенетическом дереве ниже показана временная калибровка эволюции FAM63B.
Рекомендации
- ^ "Браузер генома UCSC".
- ^ а б c «Семейство FAM63B со сходством последовательностей из 63 членов B [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». nih.gov.
- ^ «Псевдонимы для гена FAM63B». Генные Карты.
- ^ https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63B&keywords=FAM63B
- ^ а б c http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#[постоянная мертвая ссылка ]!
- ^ Доддинг, М. П., Миттер, Р., Хамфрис, А. К., и Уэй, М. (2011). А кинезин-1 связывающий мотив в вакцина вирус, широко распространенный по всему геному человека. Журнал EMBO, 30 (22), 4523–4538. http://doi.org/10.1038/emboj.2011.326
- ^ а б «Результаты Phyre 2 для неопределенного». ic.ac.uk.[постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». umich.edu.
- ^ а б c "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Категории". expasy.org.
- ^ "Срок действия 5716AACA000019874EC1B1F0 истек". dtu.dk.
- ^ «Семейство со сходством последовательностей 63, член B (FAM63B)». nih.gov.
- ^ "Genomatix: Аннотация и анализ". genomatix.de.
- ^ а б c d е ж грамм Доддинг, М. П., Миттер, Р., Хамфрис, А. К., и Уэй, М. (2011). Мотив связывания кинезин-1 в вирусе осповакцины, широко распространенный по всему геному человека. Журнал EMBO, 30 (22), 4523–4538. http://doi.org/10.1038/emboj.2011.326
- ^ а б c Аберг, К. А. и др. (2014). Исследование шизофрении в рамках всей Метиломной ассоциации. JAMA Psychiatry, 71 (3), 255–264. http://doi.org/10.1001/jamapsychiatry.2013.3730
- ^ Li, C., et al. (2008). Систематический метод картирования нескольких локусов: приложение для построения генетической сети ревматоидного артрита. Джин, 408 (1–2), 104–111. http://doi.org/10.1016/j.gene.2007.10.028
- ^ «Семейство FAM63A со сходством последовательностей, 63 члена A [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». nih.gov.
- ^ а б c "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". nih.gov.
- ^ "TimeTree". timetree.org.