FAM63A - FAM63A
Семейство со сходством последовательностей 63, член A это белок что у людей кодируется FAM63A ген. Он расположен на минусовой нити хромосомы 1 в локусе 1q21.3.[5]
Эволюционно, FAM63A ортологи находятся в большинстве позвоночные и далекие гомологи FAM63A находятся в беспозвоночные.[6] FAM63A повсеместно экспрессируется в тканях человека и присутствует на каждой стадии развития.[7]
Он был связан с биомаркер в Хроническая болезнь почек и Болезнь Альцгеймера.[8]
Ген
Locus
FAM63A расположен на минусовой цепи хромосома 1 на полосе 1q21.3 - 11 829 б.п. Другие гены, окружающие FAM63A, включают ANXA9 и Prune.[9]
Псевдонимы
FAM63A имеет два псевдонима KIAA1390 и ПР11-316М1.5.[10]
мРНК
Первичная структура
У человека четыре изоформы FAM63A, и существует 10 предсказанных изоформ. Изоформа 1 FAM63A имеет молекулярную массу 51,8. килодальтон, и он содержит 11 экзоны.[11][12] Различные изоформы имеют тенденцию отличаться на 5 'или 3' концах усечением. Транскрипция дает 23 интроны, 14 сращенных вариантов и 6 несращенных форм.[13]
Протеин
Домены и мотивы
FAM63A содержит область неизвестной функции (544 DUF). DUF544 содержит 125 аминокислоты, работает от Met143 до Thr267.[14] Хотя не полностью законсервирован, этот домен высоко консервативен позвоночные, беспозвоночные, и растения.[15] FAM63A не содержит трансмембранный домен, и он находится в основном в ядерный регионы клетка.[16]
Два повтора из четырех глутамины видны от аминокислоты 400-403 и от аминокислоты 426-429, что приводит к повышенному составу глутамина в C-конец.
Сочинение
FAM63A состоит из 469 аминокислоты.[17] Увеличивается присутствие глутамин найден рядом с Конечная точка C делает FAM63A богатым глутамином. FAM63A содержит большее количество отрицательно заряженных (кислых) аминокислот, чем положительно заряженных (основных) аминокислот, что делает FAM63A слабокислым белком. Кислотные аминокислоты, такие как аспарагиновая кислота и глютаминовая кислота являются более распространенными, чем основные аминокислоты, такие как лизин и аргинин. Такой общий кислотный состав придает FAM63A кислый изоэлектрическая точка из 4.6.[18]
Посттрансляционные модификации
FAM63A содержит 25 фосфорилирование сайтов у человека, в том числе 12 серин, 10 треонин, и 3 тирозин. Дополнительно есть 5 N-миристоилирование сайтов, а есть 1 пренилирование сайт. FAM63A не содержит гликозилирование места, трансмембранные домены, или же сигнальные пептиды.[19]
Вторичная структура
В вторичная структура для FAM63A явно не определено. Однако есть прогнозы относительно возможной вторичной структуры. Существует спиральный домен в конце белка и в предсказанной вторичной структуре имеется альфа спираль между аминокислотами 410 и 436. Эта спираль консервативна во всех более удаленных ортологах FAM63A. Эти данные подтверждают друг друга и дают уверенный прогноз вторичной структуры.[20]
Взаимодействующие белки
Следующее гены взаимодействовать с FAM63A: GSPT2, NAA38, RNMT, CSNIK1G2, ACOX1, PSMC1, SLC25A37, MMS19, DIAPH1, ME1, GAPDH, UBC. [21]После выполнения дрожжевой двугибридный экран, было обнаружено, что NAA38 и FAM63A взаимодействуют.[22]
Гомология / эволюция
В FAM63A есть несколько аминокислоты которые сохраняются во всех позвоночные для каких последовательностей доступны. Gly239 - единственный аминокислота что сохраняется во всех позвоночные, беспозвоночные, и растения для каких последовательностей доступны. Потому что есть только один аминокислота что абсолютно сохраняется, возможная функция для сохраняющейся Глицин не выводился. 25 аминокислота последовательность от Val313 до Gly338 является наиболее консервативной из всех позвоночные, беспозвоночные, и растения для каких последовательностей доступны. Хотя последовательность не является абсолютно консервативной, она очень высококонсервативна даже у наиболее отдаленно родственных организмов, таких как грибы и растения.
Ортологи
В белок FAM63A имеет несколько строгих ортологи. Эти строгие ортологи встречаются у организмов от Приматы к Рыбы.[23]
| Научное название | Распространенное имя | Расхождение | Регистрационный номер | Длина | Личность | Сходство | Обложка запроса |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Люди | Нет данных | NP_060849.2 | 469 лет назад | 100% | 100% | 100% |
| Пан панискус | Бонобо | 6,1 млн лет | XP_003817322.1 | 469 лет назад | 99.1% | 99.4% | 100% |
| Mus musculus | Дом мышь | 91,0 млн лет | NP_955769.1 | 468 лет назад | 86.0% | 90.2% | 100% |
| Bos taurus | Корова | 97,4 млн лет | NP_001039389.1 | 469 лет назад | 85.6% | 88.5% | 100% |
| Trichechus manatus latirostris | Вест-индский ламантин | 104,7 млн лет | XP_004389621.1 | 465 лет назад | 84.9% | 89.8% | 100% |
| Sarcophilus harrisii | Тасманский дьявол | 176,1 млн лет | XP_003769968.1 | 464 аа | 78.3% | 82.9% | 100% |
| Taeniopygia guttata | Зебра Финч | 324,0 млн. Лет | XP_002191502.2 | 335 лет назад | 43.2% | 80.1% | 53% |
| Gallus gallus | Курица | 324,5 млн лет | XP_003642724 | 462 аа | 66.9% | 76.1% | 92% |
| Chrysemys picta bellii | Нарисованная черепаха | 324,5 млн лет | XP_005293753.1 | 525 лет назад | 62.0% | 87.2% | 78% |
| Пелодискус китайский | Китайская софтшелл черепаха | 324,5 млн лет | XP_006119467.1 | 502 аа | 61.6% | 77.4% | 94% |
| Аллигатор миссисипиенсис | Американский аллигатор | 324,5 млн лет | XP_006274676.1 | 520 лет назад | 59.90% | 77.50% | 86% |
| Pseudopodoces humilis | Земляная синица | 324,5 млн лет | XP_005533539.1 | 502 аа | 58.0% | 82.3% | 78% |
| Анас платиринхос | Кряква | 324,5 млн лет | XP_005026841.1 | 415 лет назад | 57.9% | 78.6% | 83% |
| Xenopus tropicalis | Западная когтистая лягушка | 361,2 млн. Лет | XP_002937311.1 | 506 лет назад | 61.3% | 83.7% | 76% |
| Latimeria chalumnae | Целакант Западного Индийского океана | 430,0 млн. Лет | XP_006006147.1 | 513 лет назад | 44.7% | 86.9% | 55% |
| Данио Рерио | Данио | 454,6 млн лет | XP_005159508.1 | 520 лет назад | 52.2% | 80.2% | 76% |
FAM63A эволюционировал с течением времени относительно умеренными темпами.
Паралоги
В белок FAM63A есть только один известный паралог: FAM63B. Предполагается, что FAM63B выполняет молекулярную функцию в клетке.[24] Все позвоночные для каких последовательностей доступны две копии гена FAM63, как A, так и B. FAM63A и FAM63B вероятно, раскололся около 666 миллионов лет назад, как ближайший родственник Homo sapiens содержащий только один FAM63, является ленточный червь, которые разошлись 666 миллионов лет назад.[25]
| Порядковый номер | Научное название | Распространенное имя | Расхождение | Регистрационный номер | Длина | Личность | Сходство | Обложка запроса | E-значение |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| белок FAM63B изоформа а | Homo sapiens | Человек | Нет данных | NP_001035540.1 | 621 аа | 41.9% | 76.7% | 68% | 2.00E-129 |
Выражение
Промоутер
Промоторная область содержит ряд факторы транскрипции.[26] Те, которые имеют высокие баллы, включают элементы ответа на эстроген, блоки TATA, элементы ответа на глюкокотиоиды и связывающие белки Ccaat / энхансер. Экспериментальные данные показывают, что экспрессия FAM63A уменьшается, когда рецептор эстрогена отсутствует, предполагая, что элементы ответа эстрогена могут служить важным механизмом регуляции промотора для этого белка.[27]
Экспрессия белка
FAM63A - это белок, который повсеместно экспрессируется в тканях человека и на протяжении всего развития. Хотя FAM63A экспрессируется повсеместно, существуют определенные ткани, которые имеют более высокие уровни экспрессии, включая сердце, щитовидная железа, ганглии, и кровь.[28]
Клиническое значение
Хотя для FAM63A не определена конкретная функция, есть несколько исследователей, которые обнаружили возможные функции. Было высказано предположение, что FAM63A может быть связан с функция почек и Хроническая болезнь почек.[8]
Фиггинс, Минстер и Демирчи исследовали 17 343 функциональных однонуклеотидный полиморфизм, демонстрируя сильную связь между Болезнь Альцгеймера продолжительность и FAM63A.[29] Другой ген, расположенный на 1q21, CTSS, также был сильно связан с длительностью заболевания, авторы считают, что существует сильная нарушение равновесия по сцеплению между двумя генами. FAM63A был идентифицирован как один из 39 генов, экспрессируемых исключительно в клетках CML, сгруппированный с четырьмя другими генами, которые, как полагают, функционируют в белковое лигирование.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000143409 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038712 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Генные карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63A&search=FAM63A
- ^ Национальный центр биоинформационных технологий - BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ Генные карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63A&search=FAM63A
- ^ а б Köttgen A, Pattaro C, Böger CA, Fuchsberger C, Olden M, Glazer NL и др. (Май 2010 г.). «Новые локусы, связанные с функцией почек и хроническим заболеванием почек». Природа Генетика. 42 (5): 376–84. Дои:10,1038 / нг.568. ЧВК 2997674. PMID 20383146.
- ^ Генные карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63A&search=FAM63A
- ^ «Изоформа 1 убиквитинкарбоксил-концевой гидролазы MINDY-1 [Homo sapiens] - белок - NCBI».
- ^ Национальный центр биоинформационных технологий - Белок https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A%20AND%20homo%20sapiens
- ^ Национальный центр биотехнологической информации - AceView - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/av.cgi?db=human&term=FAM63A&submit=Go
- ^ Национальный центр биотехнологической информации - AceView - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/av.cgi?db=human&term=FAM63A&submit=Go
- ^ Национальный центр биоинформационных технологий - BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ Сан-Диего Супер Компьютер http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#[постоянная мертвая ссылка ]!
- ^ Прогноз PSORT II http://psort.hgc.jp/form2.html
- ^ Сан-Диего Супер Компьютер - http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#[постоянная мертвая ссылка ]!
- ^ Сан-Диего Супер Компьютер - http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#[постоянная мертвая ссылка ]!
- ^ Портал ресурсов по биоинформатике ExPASy http://www.expasy.org/proteomics
- ^ PHYRE2 - [1]
- ^ Генные карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63A&search=FAM63A
- ^ STRING - известные и прогнозируемые белок-белковые взаимодействия http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl
- ^ Национальный центр биотехнологической информации - белок https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A
- ^ Генные карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63B
- ^ Национальный центр биотехнологической информации - белок https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A
- ^ Genomatrix - ElDorado - факторы промотора и транскрипции для FAM63A. http://www.genomatix.de/?s=23e6b2edc9ca33fe998f299bafe56b99
- ^ Клетки рака груди MCF7, подавляющие альфа-рецептор эстрогена Профиль: GDS4061 / FAM63A. ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profiles
- ^ Национальный центр биотехнологической информации - профили GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596:221856_s_at
- ^ Фиггинс JA, Minster RL, Demirci FY, Dekosky ST, Kamboh MI (июнь 2009 г.). «Изучение ассоциации 22 кандидатных SNP с болезнью Альцгеймера с поздним началом». Американский журнал медицинской генетики. Часть B, Психоневрологическая генетика. 150B (4): 520–6. Дои:10.1002 / ajmg.b.30851. ЧВК 2751631. PMID 18780302.