Программная библиотека FMRIB - FMRIB Software Library - Wikipedia
| Разработчики) | FMRIB Аналитическая группа |
|---|---|
| Стабильный выпуск | 6.0.1 / 11 марта 2019 |
| Написано в | C ++, TCL |
| Операционная система | Linux, macOS |
| Доступно в | английский |
| Тип | Научная визуализация и вычисление изображений |
| Лицензия | Индивидуальный, некоммерческий |
| Интернет сайт | фсл |
Примеры графических интерфейсов FSL
В Программная библиотека FMRIB, сокращенно FSL, представляет собой программную библиотеку, содержащую анализ изображений и статистические инструменты для функциональный, структурный и распространение Данные МРТ головного мозга.
FSL доступен как в виде предварительно скомпилированных двоичных файлов, так и в виде исходного кода для Apple и ПК (Linux ) компьютеры. Он находится в свободном доступе для некоммерческого использования.
Функциональность FSL
| Функциональная МРТ | |
|---|---|
| ПОДВИГ | Анализ FMRI на основе модели с простым, но мощным графическим интерфейсом пользователя: предварительная обработка данных (включая коррекцию времени среза, коррекцию движения MCFLIRT и устранение искажений PRELUDE + FUGUE EPI); ФИЛЬМ GLM анализ таймсерий с предварительным отбеливанием; регистрация на структурные и / или стандартные космические снимки; и полностью обобщенный групповой анализ смешанных эффектов с использованием расширенных Байесовский техники. |
| МЕЛОДИК | Безмодельный анализ FMRI с использованием вероятностного Независимый анализ компонентов (PICA). MELODIC автоматически оценивает количество интересных источников шума и сигналов в данных и благодаря связанной «модели шума» может назначать значения («p-значения») выходным пространственным картам. |
| FLOBS | Генерация оптимальных базисных функций HRF и оценка байесовской активации. |
| SMM | Моделирование пространственной смеси - альтернативная проверка гипотез с использованием моделирования смеси гистограмм с пространственной регуляризацией классификации вокселей на активацию и неактивацию. |
| Структурная МРТ | |
| ДЕРЖАТЬ ПАРИ / BET2 | Инструмент извлечения мозга - сегментирует мозг от других по структурным и функциональным данным и моделирует поверхности черепа и скальпа.[1] |
| СЬЮЗЕН | Нелинейное шумоподавление. |
| БЫСТРЫЙ | FMRIB's Automated Segmentation Tool - сегментация мозга (на разные типы тканей) и коррекция поля смещения. |
| ФЛИРТОВАТЬ | Инструмент линейной регистрации изображений FMRIB - линейная интер- и интрамодальная регистрация.[2] |
| ФУГА | Устранение искажения геометрических искажений в изображениях EPI с помощью B0 полевые карты. |
| SIENA | Анализ структурных изменений мозга для оценки атрофии головного мозга. |
| Диффузная МРТ | |
| FDT | FMRIB's Diffusion Toolbox - инструменты для реконструкции параметров диффузии низкого уровня и вероятностной трактографии. |
| TBSS | Пространственная статистика на основе трактов (часть набора инструментов диффузии FMRIB) - воксельный анализ многопрофильных диффузионных данных.[3] |
| Прочие инструменты | |
| Вывод | Различные инструменты вывода / пороговой обработки, в том числе: Randomise (инструмент вывода на основе перестановок для непараметрического статистического определения порога), кластер (определение порога на основе кластеров с использованием теории GRF для вывода), FDR (вывод ложной скорости обнаружения) и Glm (графический интерфейс для создания дизайна модели) матрицы). |
| FSLeyes | Инструмент интерактивного отображения 3D и 4D данных. |
| АВВУТИЛС | Разные утилиты для конвертации и обработки изображений. |
История и развитие
FSL написан в основном членами аналитической группы FMRIB (функциональная магнитно-резонансная томография мозга) Оксфордского университета, Великобритания. Первый выпуск FSL был в 2000 году; на сегодняшний день ежегодно выпускается примерно один крупный новый релиз. Группа FMRIBAnalysis в основном финансируется Wellcome Trust и Великобритания EPSRC иMRC Научные советы.
Смотрите также
внешняя ссылка
Рекомендации
- ^ С.М. Смит. Быстрое и надежное автоматизированное извлечение мозга. Human Brain Mapping, 17 (3): 143-155, ноябрь 2002 г.
- ^ Дженкинсон, М., Баннистер, П., Брэди, Дж. М. и Смит, С. М. Улучшенная оптимизация для надежной и точной линейной регистрации и коррекции движения изображений мозга. NeuroImage, 17 (2), 825-841, 2002.
- ^ С.М. Smith, M. Jenkinson, H. Johansen-Berg, D. Rueckert, T.E. Николс, C.E. Mackay, K.E. Уоткинс, О. Чиккарелли, М.З. Кадер, П. Мэтьюз и Т.Э.Дж. Беренс. Пространственная статистика на основе трактатов: Voxelwise анализ многопрофильных диффузионных данных. NeuroImage, 31: 1487-1505, 2006.