GOLGA8H - GOLGA8H

Подсемейство Голгина A член 8H, также известен как GOLGA8H, это белок что в Homo sapiens кодируется GOLGA8H ген. Функция GOLGA8H включает процесс, который выполняется на клеточном уровне, что приводит к сборке, расположению составных частей или разборке аппарат Гольджи.

Ген

Псевдонимы

Наиболее распространенные псевдонимы для GOLGA8H следующие:[1]

  • Golgin A8 Член семьи H 2 3 5 или член H 2
  • Аутоантиген Гольджи, подсемейство Голгина A, 6-Like 11 2 3
  • Golgin Подсемейство A Член 8H 3 4
  • Подсемейство Golgin A, член 8-подобного белка 1 3
  • GOLGA6L11

Распространенность и расположение

GOLGA8H, по сравнению со многими другими генами, существует во многих разных местах, которые охватывают несколько хромосом:[2] NCBI перечисляет расположение гена на длинном (q) плече хромосомы 15 в области q13.2, от 30 604 030 до 30 617 827 (длина 13 798 нт)[1]

Расположение GOLGA8H в области q13.2 хромосомы 15

В действительности, при запуске белковой последовательности FASTA GOLGA8H на BLAT (инструмент BLAST-подобного выравнивания) обнаруживается, что она существует в 85 или 87 различных местах (в зависимости от половых хромосом человека).[2] 81 копия белка существует на хромосоме 15, по одной копии на хромосомах 7, 9, 10 и 12 и две копии на хромосоме Y[2]

Копии ГОЛГА8Х в Homo Sapiens

Хромосома:Количество копий:
Хромосома 71
Хромосома 91
Хромосома 101
Хромосома 1581
Y-хромосома2
ВСЕГО:
85 (ХХ хромосомы *)
87 (XY хромосомы *)

окрестности

Было бы утомительно и неэффективно перечислять все районы генов для 87 местоположений GOLGA8H. Таким образом, вот окружающие гены GOLGA8H на хромосоме 15 в области q13.2, перечисленные в NCBI:[1]

Генное окружение GOLGA8H на хромосоме 15 q13.2 in Homo sapiens[3]:

ГенДополнительная информация
LOC106736468Область проксимальной рекомбинации гамма-инверсии
ARHGAP11BБелок, активирующий Rho GTPase
LOC106736476Проксимальная область рекомбинации низкокопийных повторов CHRNA7
DNM1P50Псевдоген DNM1, который участвует в производстве пучков микротрубочек, которые дополнительно могут связывать и гидролизовать GTP.
LOC106736480Проксимальная область рекомбинации микроделеций
ULK4P2Псевдоген ULK4, который кодирует член семейства unc-51-подобных серин / треонинкиназ (STK), члены которого играют роль в росте нейронов и эндоцитозе
RN7SL628PПсевдоген, происходящий из цитоплазматического 7SL, РНК-компонента SRP (частицы распознавания сигнала)
LOC106783506Неконсервативный энхансер последовательности островка ацетилирования 49, который может функционировать как энхансер в Т-клетках Jurkat

Стенограмма

Изоформ GOLGA8H не существует.[1]

Выравнивание нескольких последовательностей

Паралоги

Множественное выравнивание последовательностей (MSA) GOLGA8H и семи его верхних паралогов было создано с использованием Clustal Omega [1]. [Приложение A] Все восемь генов из группы Golgin Subfamily A Member 8 имели длину 632 аминокислоты [1]. Все 632 аминокислоты GOLGA8H и его семи главных паралогов были проанализированы и сравнены с использованием Clustal Omega, были проанализированы и сравнены в попытке понять, что делает Golgin Subfamily A Member 8H, GOLGA8H, отдельным объектом. Две аминокислоты делают GOLGA8H уникальным: валин на аминокислоте 32 и цистеин на аминокислоте 169.[4] Для всех семи паралогов аминокислотой в положении 32 является изолейцин, а в положении 169 - аргинин.[4]

Протеин

Предполагаемая молекулярная масса GOLGA8H, округленная до трех значащих цифр, составляет 71,3 кДа.[5] Это теоретическое значение; предсказанные молекулярные массы просто основаны на аминокислотах, присутствующих в белке. Теоретическая изоэлектрическая точка GOLGA8H, округленная до одного значащего числа, составляет pI, равное 8.[5]

Сочинение

По сравнению с другими человеческими белками, GOLGA8H наполовину обогащен глутамином и глутаматом.[6] Напротив, GOLGA8H обеднен треонином, фенилаланином и тирозеном.[6]

Мультиплеты аминокислот в GOLGA8H, полученные с помощью статистического анализа белковых последовательностей (SAPS)

Нет никаких пробегов заряда, гидрофобный сегменты, или трансмембранные домены в белке GOLGA8H.[6] Этот белок содержит 62 мультиплета аминокислот, что выше ожидаемого диапазона.[6] Он также имеет аминокислотные паттерны с высокой периодичностью.[6]

Мотивы

В GOLGA8H: 11 мотивов.[7] Единственный экспериментально подтвержденный мотив представляет собой богатый глутамином белок, расположенный в области 323–416 аминокислот.

GOLGA8H Мотивы[7]
Мотив #Информация о мотивах
1Сайт N-гликозилирования
2cAMP- и cGMP-зависимый сайт фосфорилирования протеинкиназы
3Сайт фосфорилирования казеинкиназы II
4Сайт N-миристоилирования
5Сайт фосфорилирования протеинкиназы C
6Профиль богатого аланином региона
7Профиль богатой глутамином области (экспериментально подтвержден)
8Профиль домена K-box
9Профиль сигнала двусторонней ядерной локализации
10Белок HCaRG
11Инволукрин повтор

Посттрансляционные модификации

Предполагается, что GOLGA8H подвергается фосфорилированию в нескольких местах серина, треонина и тирозина по всей своей структуре.[8] Ожидается, что наиболее часто он подвергается фосфорилированию сериновых аминокислот.[8] Более того, существует один предсказанный сайт N-связанного гликозилирования, который происходит у аминокислоты 39.[8] Последовательность для этого сайта - NGS.[8] N-связанное гликозилирование функционирует как внутренне, так и внешне, помогая регулировать паттерны миграции клеток.[9]

Первичная последовательность

Длина белка составляет 632 аминокислоты.[1] Он имеет 19 экзонов и два сигнала полиаденилирования.[1] Его последовательность лишь частично совпадает с согласованной последовательностью Козака.[1]

Аминокислотная периодичность в GOLGA8H, полученная с помощью статистического анализа белковых последовательностей (SAPS)

Вторичная структура

Предполагаемая вторичная структура GOLGA8H состоит из 81% альфа-спиралей, 25,6% бета-листов и 17,2% витков.[10]

Используя Phyre2, 284 остатка (45% GOLGA8H) были смоделированы с достоверностью 97,8% с помощью единственной матрицы с наивысшей оценкой.[11] Эта структура показывает чрезвычайно высокую долю альфа-спиралей:[11]

284 остатка (45% GOLGA8H) моделировали с достоверностью 97,8% с помощью единственной матрицы с наивысшей оценкой. N-конец начинается с красной стороны и спускается по радуге к C-концу (синяя сторона).

Третичная структура

Прогнозируемая модель третичной структуры GOLGA8H была создана с помощью I-TASSER.[12]

I-TASSER предсказал третичную структуру GOLGA8H. N-конец начинается с красной стороны и спускается по радуге к C-концу (синяя сторона).

Регулирование уровня транскрипции

Промоутер

Существует один промотор для гена GOLGA8H, GXP_2235212, длиной 1197 нуклеотидов.[13] Он лежит от 30 603 030 до 30 604 226 пар оснований на положительной цепи.[13]

Сайты связывания факторов транскрипции

Несколько факторы транскрипции предсказывается, что они привязаны к промоторная последовательность. Вот некоторые примеры:[13]

Гомология и эволюция

Паралоги

GOLGA8H имеет несколько десятков паралогов. Есть семь паралогов с сходством идентичностей более 90%, которые показаны ниже под заголовком GOLGA8H (включены в качестве ориентира):[1]

GOLGA8H Paralogs (> 90% сходства)[1]
#Имя ГенаНомер доступаСходство (%)
1.GOLGA8HNP_001269419.1100.0
2.GOLGA8JNP_001269401.197.8
3.ГОЛГА8ТNP_001342398.197.2
4.ГОЛГА8КNP_001269422.193.5
5.GOLGA8I псевдогенA6NC78.296.0
6.ГОЛГА8МNP_001269397.195.9
7.ГОЛГА8ОNP_001264237.190.7
8.ГОЛГА8НNP_001269423.190.4

Ортологи

Ввод аминокислотной последовательности GOLGA8H через белок BLAST через NCBI не дает никаких совпадений для ортологов :.[1] Однако использование одной и той же последовательности через BLAT (инструмент BLAST-Like Alignment Tool) дает несколько ортологов.[2]

GOLGA8H Ортологи(Критерии включения: 1+ охарактеризованных местоположений хромосом или 50+ совпадений BLAT)
Общее название организмаНаучное названиеДивергенция (MYA)[14]BLAT ХитыРасположение основной хромосомыДругие местоположения хромосом
ЧеловекHomo sapiens-87Хромосома 15Хромосомы 7, 9, 10, 12, Y
Макака-резусMacaca mulatta670Без характеристики **Хромосомы 2, 3, 7, 9, 11, 15
Золотая курносая обезьянаRhinopithecus roxellana654Без характеристики **-
Оливковый павианПапио анубис945Без характеристики **Хромосомы 2, 7, 9, 11
ГориллаГорилла горилла1537Хромосома 15Хромосомы 7, 10, 12
Крабоядная макакаMacaca fascicularis2036Хромосома 7Хромосомы 2, 3, 6, 9, 11, 15
Обыкновенный шимпанзеПан троглодиты2935Хромосома 15Хромосомы 7, 8, 12, Y
Суматранский орангутангPongo abelii2934Хромосома 15Хромосомы 5, 7, 9, 10, 12, 19
БонобоПан панискус2925Хромосома 15Хромосомы 6, 7, 9, 10, 12
Северный белощекий гиббонNomascus leucogenys2924Хромосома 6Хромосомы 5, 8, 10, 16, 17, 18
Зеленая обезьянаChlorocebus sabaeus2921Хромосома 26Хромосомы 9, 11, 12, 21, 22, 29
Хоботок обезьяныNasalis larvatus2919Хромосома 7Хромосомы 3, 9, 11, 15
Обыкновенная мартышкакаллитрикс иакх424Хромосома 6Хромосома 9
Лошадь (прирученная)Equus ferus caballus893Хромосома 29Хромосома 25
Серый короткохвостый опоссумMonodelphis domestica943Хромосома 3-
Обычная домашняя мышьMus musculus943Хромосома 11-
Собака (прирученная)Собаки фамильярные943Хромосома 15-
Тауриновая короваBos taurus1601Хромосома 13-

** Хромосомы, помеченные как «неохарактеризованные», имеют контиги клонов (собранный набор перекрывающихся последовательностей ДНК), которые нельзя уверенно разместить на конкретной хромосоме. Подобные контиги объединяются в короткие псевдохромосомы.

Выражение

Данные NCBI показывают, что GOLGA8H в Homo sapiens имеет наиболее сильную экспрессию через щитовидную железу и семенники, с RKPM 12,2 и 12,1 соответственно. Он также экспрессируется в меньших количествах в 25 других тканях.[1] Данные GEO DataSet показывают, что тканевая экспрессия наиболее высока в тканях костного мозга и поджелудочной железы.[15] Однако образцы из всех тканей были выше 90-го процентиля, что указывает на то, что значение экспрессии этого гена намного выше по сравнению со всеми другими генами в массиве.[15]

Профиль экспрессии нормальной ткани человека для GOLGA8H. Для каждого типа ткани используются два образца. Красные столбцы представляют количество, а синие квадраты представляют относительный процентильный ранг в выборке.


При сравнении экспрессии GOLGA8H в тканях в ненормальных условиях с нормальными уровнями в тканях человека не наблюдается значительного отклонения в его экспрессии с какой-либо переменной.[15] Это подтверждает повсеместное распространение GOLGA8H.

Взаимодействия

Было показано, что GOLGA8H взаимодействует с убиквитином C (UBC).[16] UBC является предшественником полиубиквитина. Предшественники полиубиквитина представляют собой цепь белка убиквитина, которая может быть превращена в активную форму с помощью посттрансляционных модификаций. Это может пометить белки для деградации, изменить их клеточное местоположение, повлиять на их активность и способствовать или предотвратить взаимодействия белков. Дальнейшие исследования связи между убиквитином и аппаратом Гольджи включают использование убиквитина для достижения определенных процессов вокруг аппарата Гольджи.[17][18]

String db перечисляет следующие гены, взаимодействующие с GOLGA8H:[19]

Гены, взаимодействующие с GOLGA8H:
Имя ГенаПолное имяРегистрационный номер[3]Экспериментально определеноКоэкспрессияТекстовый анализ
STX5Синтаксин 5NC_000011.10✓✓✓
GORASP1Сборка белка Гольджи 1NC_000003.12✓✓✓
GOSR1Член 1 рецепторного комплекса Гольджи SNAPNC_000017.1✓✗✓
USO1Фактор транспорта везикул USO1NC_000004.12✓✗✓
GOLGB1Голгин Б1NC_000003.12✓✓✓

Варианты сращивания

В Homo sapiens Ген GOLGA8H имеет 1 вариант сплайсинга[20]

использованная литература

  1. ^ а б c d е ж г час я j k «GOLGA8H член семейства golgin A8 H [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-02-24.
  2. ^ а б c d "BLAT Search: GOLGA8H". genome.ucsc.edu. Получено 2019-05-13.
  3. ^ а б Информация, Национальный центр биотехнологии; Пайк, Национальная медицинская библиотека США, 8600 Роквилл; MD, Bethesda; США, 20894. «Национальный центр биотехнологической информации». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-15.CS1 maint: числовые имена: список авторов (ссылка на сайт)
  4. ^ а б "Clustal Omega <Выравнивание множественных последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-15.
  5. ^ а б «ExPASy». web.expasy.org. Получено 2019-05-13.
  6. ^ а б c d е «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2019-05-13.
  7. ^ а б "ПРОСТА". prosite.expasy.org. Получено 2019-05-13.
  8. ^ а б c d "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2019-05-15.
  9. ^ Тейлор, Морин Э. (2006). Введение в гликобиологию. Дрикамер, Курт. (2-е изд.). Оксфорд: Издательство Оксфордского университета. ISBN  0199282781. OCLC  62307306.
  10. ^ "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2019-05-13.
  11. ^ а б "Результаты Phyre 2 для GOLGA8H". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2019-05-13.
  12. ^ «Итоги I-TASSER». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2019-05-13.
  13. ^ а б c "Genomatix: Gene2Promoter". www.genomatix.de. Получено 2019-05-14.
  14. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». timetree.org. Получено 2019-05-15.
  15. ^ а б c «О GEO Profiles - GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-05-13.
  16. ^ «Генная установка - ГОЛГА8Х». amp.pharm.mssm.edu. Получено 2019-02-24.
  17. ^ Альбертс, Брюс; Джонсон, Александр; Льюис, Джулиан; Рафф, Мартин; Робертс, Кейт; Уолтер, Питер (2002). Молекулярная биология клетки (4-е изд.). Наука о гирляндах. ISBN  9780815332183.
  18. ^ Гликман, Майкл Х .; Цехановер, Аарон (01.04.2002). «Убиквитин-протеасомный протеолитический путь: разрушение ради строительства». Физиологические обзоры. 82 (2): 373–428. Дои:10.1152 / физрев.00027.2001. ISSN  0031-9333. PMID  11917093.
  19. ^ "STRING: функциональные сети ассоциации белков". string-db.org. Получено 2019-05-15.
  20. ^ "Ген: GOLGA8H (ENSG00000261794) - Варианты сплайсинга - Homo sapiens - Браузер генома ансамбля 95". useast.ensembl.org. Получено 2019-03-04.