GeneMark - GeneMark

GeneMark
Оригинальный автор (ы)Группа биоинформатики Марка Бородовского
Разработчики)Технологический институт Джорджии
изначальный выпуск1993
Операционная системаLinux, Windows, и Mac OS
ЛицензияБесплатно для академических, некоммерческих или государственных нужд
Интернет сайтopal.biology.gatech.edu/GeneMark

GeneMark общее название для семьи ab initio программы прогнозирования генов, разработанные в Технологический институт Джорджии в Атланта. Разработанный в 1993 году оригинальный GeneMark использовался в 1995 году в качестве основного инструмента прогнозирования генов для аннотации первого полностью секвенированного бактериального генома Haemophilus influenzae, а в 1996 г. - первый геном архей Methanococcus jannaschii. Введенный алгоритм неоднородный трехпериодический Цепь Маркова модели кодирования белков Последовательность ДНК Это стало стандартом в предсказании генов, а также в байесовском подходе к предсказанию генов одновременно в двух цепях ДНК. Специфические для видов параметры моделей оценивались на основе обучающих наборов последовательностей известного типа (кодирующие и некодирующие). На основном этапе алгоритма вычисляются апостериорные вероятности для данного фрагмента ДНК того, что он «кодирует белок» (несет генетический код ) в каждой из шести возможных рамок считывания (включая три рамки в комплементарная ДНК strand) или быть «некодирующими». Оригинальный GeneMark (разработанный до эры HMM в биоинформатике) представляет собой алгоритм, подобный HMM; его можно рассматривать как приближение к известному в теории HMM алгоритму апостериорного декодирования для правильно определенного HMM.

Прогнозирование прокариотических генов

Алгоритм GeneMark.hmm (1998) был разработан для повышения точности предсказания генов при поиске коротких генов и генных запусков. Идея заключалась в том, чтобы интегрировать модели цепей Маркова, используемые в GeneMark, в скрытая марковская модель framework с переходом между кодирующими и некодирующими областями, формально интерпретируемыми как переходы между скрытыми состояниями. Кроме того, рибосома сайт привязки Модель была использована для повышения точности предсказания старта гена. Следующий шаг был сделан с разработкой самообучающегося инструмента прогнозирования генов GeneMarkS (2001). GeneMarkS активно используется сообществом геномиков для идентификации генов в новых геномных последовательностях прокариот. GeneMarkS +, расширение GeneMarkS, интегрирующее информацию о гомологичных белках в прогнозирование генов, используется в конвейере NCBI для аннотации прокариотических геномов; конвейер может аннотировать до 2000 геномов ежедневно (www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/process).

Эвристические модели и прогнозирование генов в метагеномах и метатрансциптомах

Точная идентификация видоспецифичных параметров алгоритмов GeneMark и GeneMark.hmm была ключевым условием для создания точных прогнозов генов. Однако был поднят вопрос, мотивированный исследованиями вирусных геномов, как определить параметры для предсказания генов в довольно короткой последовательности, не имеющей большого геномного контекста. В 1999 году этот вопрос был решен путем разработки «эвристического метода» вычисления параметров как функций от содержания последовательности G + C. С 2004 года модели, построенные на основе эвристического подхода, используются для поиска генов в метагеномных последовательностях. Впоследствии анализ нескольких сотен прокариотических геномов привел к разработке более совершенного эвристического метода (реализованного в MetaGeneMark) в 2010 году.

Прогнозирование эукариотических генов

В моделировании геномов эукариот экзон границы с интронами и межгенными регионами представляют собой серьезную проблему, решаемую с помощью HMMs. HMM-архитектура эукариотического GeneMark.hmm включает скрытые состояния для начальных, внутренних и конечных экзонов, интроны, межгенные области и гены с одним экзоном, расположенные в обеих цепях ДНК. Первоначальный эукариотический GeneMark.hmm требовал обучающих наборов для оценки параметров алгоритма. В 2005 году была разработана первая версия алгоритма самообучения GeneMark-ES. В 2008 году алгоритм GeneMark-ES был распространен на грибковые геномы путем разработки специальной модели интрона и более сложной стратегии самообучения. Затем, в 2014 году, в это семейство был добавлен алгоритм GeneMark-ET, который дополнял самообучение информацией из отображенных в несобранный геном считываний RNA-Seq. Прогнозирование генов в эукариотических транскриптах может быть выполнено с помощью нового алгоритма GeneMarkS-T (2015)


Семейство программ генетического прогнозирования GeneMark

Бактерии, Археи

  • GeneMark
  • GeneMarkS
  • GeneMarkS +

Метагеномы и метатранскриптомы

  • MetaGeneMark

Эукариоты

  • GeneMark
  • GeneMark.hmm [1]
  • GeneMark-ES: алгоритм поиска генов для геномов эукариот, который выполняет автоматическое обучение в неконтролируемом ab initio режиме. [2]
  • GeneMark-ET: дополняет GeneMark-ES новым методом, который интегрирует выравнивание считывания RNA-Seq в процедуру самообучения. [3]
  • GeneMark-EX: полностью автоматический интегрированный инструмент для аннотации генома, который демонстрирует высокую производительность для входных данных различного размера, структуры и качества. Алгоритм выбирает подход к оценке параметров в зависимости от объема, качества и особенностей входных данных, размера набора данных RNA-seq, филогенетического положения вида, степени фрагментации сборки. Он может автоматически модифицировать архитектуру HMM в соответствии с особенностями рассматриваемого генома и интегрировать информацию о транскрипте и белке в процесс прогнозирования генов. [4]

Вирусы, фаги и плазмиды

  • Эвристические модели

Транскрипты, собранные из RNA-Seq, читаются

  • GeneMarkS-T

Смотрите также

использованная литература

внешние ссылки

  1. ^ http://exon.gatech.edu/GeneMark/gmhmme.cgi
  2. ^ https://academic.oup.com/nar/article/33/20/6494/1082033
  3. ^ https://www.rna-seqblog.com/genemark-et-gene-finding-algorithm-for-eukaryotic-genomes/
  4. ^ https://pag.confex.com/pag/xxvi/meetingapp.cgi/Paper/31299 GeneMark-EX