Консорциум ссылок на геном - Genome Reference Consortium

В Консорциум ссылок на геном (GRC) - это международный коллектив академических и исследовательских институтов с опытом в области картирования генома, секвенирования и информатики, созданный для улучшения представления эталонные геномы. В то время человеческая ссылка был первоначально описан, было ясно, что некоторые регионы были непокорный к закрытию с помощью существующей технологии. Основная причина улучшения эталонные сборки заключаются в том, что они являются краеугольными камнями, на которых основаны все исследования генома (например, Проект 1000 геномов ).

GRC - это совместная работа, которая взаимодействует с различными группами в научном сообществе,^[1] однако основными институтами-членами являются:

В Институт Wellcome Sanger
В Институт генома Макдоннелла в Вашингтонском университете
В Европейский институт биоинформатики
В Национальный центр биотехнологической информации

Первоначально акцент делается на Человек и Мышь эталонные геномы, но в середине-конце 2010 г. полное поддержание и улучшение Данио последовательность генома также была добавлена в GRC.^[2] Цель Консорциума - исправить небольшое количество регионов в ссылке, которые в настоящее время неверно представлены, чтобы закрыть как можно больше оставшихся пробелы по возможности и производить альтернативные узлы конструктивного варианта места когда необходимо.

По состоянию на сентябрь 2019 года основными выпусками сборок для людей, мышей, рыбок данио и кур являются: ГРЧ38, GRCm38, GRCz11, и GRCg6a соответственно. Основные выпуски сборки не следуют фиксированному циклу, однако существуют «незначительные» обновления сборки в виде исправлений генома, которые либо исправляют ошибки в сборке, либо добавляют дополнительные альтернативные локусы.^[3] Эти сборки представлены в различных браузерах и базах данных генома, включая Ансамбль, те в NCBI и Браузер генома UCSC.

Известный персонал

Деанна М. Черч, исследователь биоинформатики и геномики ^[4]

внешняя ссылка

Консорциум ссылок на геном

Домашние страницы института

Рекомендации

^ «GRC и сотрудники». Консорциум ссылок на геном. Получено 19 октября 2012.
^ "Геном данио присоединяется к GRC". Блог GRC (GenomeRef). Получено 19 октября 2012.
^ Церковь, DM; Schneider, VA; Могилы, Т; Оже, К; Каннингем, Ф; Бук, N; Чен, ХК; Agarwala, R; Макларен, ВМ; Ричи, GR; Albracht, D; Кремицкий, М; Горные породы; Коткевич, H; Кремицкий, Ц; Воллам, А; Трани, L; Fulton, L; Фултон, Р. Мэтьюз, L; Уайтхед, S; Чау, Вт; Торранс, Дж; Данн, М; Харден, G; Threadgold, G; Дерево, Дж; Коллинз, Дж; Хит, П; Гриффитс, Дж; Пелан, С; Grafham, D; Eichler, EE; Weinstock, G; Mardis, ER; Уилсон, РК; Хау, К; Flicek, P; Хаббард, Т. (июль 2011 г.). «Модернизация эталонных сборок генома». PLoS Биология. 9 (7): e1001091. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001091. ЧВК 3130012. PMID 21750661.
^ «В фокусе внимания NLM: познакомьтесь с Диной Черч из NCBI, разработчиком генома». Infocus.nlm.nih.gov. Архивировано из оригинал 3 июля 2013 г.. Получено 6 декабря 2014.

[GRC_Collaborators-1] «GRC и сотрудники». Консорциум ссылок на геном. Получено 19 октября 2012.

[GRC_Blog-2] "Геном данио присоединяется к GRC". Блог GRC (GenomeRef). Получено 19 октября 2012.

[3] Церковь, DM; Schneider, VA; Могилы, Т; Оже, К; Каннингем, Ф; Бук, N; Чен, ХК; Agarwala, R; Макларен, ВМ; Ричи, GR; Albracht, D; Кремицкий, М; Горные породы; Коткевич, H; Кремицкий, Ц; Воллам, А; Трани, L; Fulton, L; Фултон, Р. Мэтьюз, L; Уайтхед, S; Чау, Вт; Торранс, Дж; Данн, М; Харден, G; Threadgold, G; Дерево, Дж; Коллинз, Дж; Хит, П; Гриффитс, Дж; Пелан, С; Grafham, D; Eichler, EE; Weinstock, G; Mardis, ER; Уилсон, РК; Хау, К; Flicek, P; Хаббард, Т. (июль 2011 г.). «Модернизация эталонных сборок генома». PLoS Биология. 9 (7): e1001091. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001091. ЧВК 3130012. PMID 21750661.

[infocus-4] «В фокусе внимания NLM: познакомьтесь с Диной Черч из NCBI, разработчиком генома». Infocus.nlm.nih.gov. Архивировано из оригинал 3 июля 2013 г.. Получено 6 декабря 2014.

[1]

[2]

[3]

[4]