Genostar - Genostar

Геностар
Частная компания
ПромышленностьБиоинформатика
Основан2004
Штаб-квартира
Гренобль
,
Франция
ТоварыПрограммного обеспечения и База данных
Интернет сайтhttp://www.genostar.com

Геностар это биоинформатика провайдер, базирующийся в Гренобль, Франция. Компания была основана в 2004 году вслед за «Консорциумом Genostar».[1] который был создан в 1999 году как государственно-частный консорциум Genome Express, Hybrigenics, INRIA (Национальный институт исследований в области информатики и автоматизации / Французский национальный институт исследований в области компьютерных наук и управления)[2] и Институт Пастера.

Программного обеспечения

Metabolic Pathway Builder - это биоинформатическая среда, посвященная микробным исследованиям. Это покрывает сборка последовательности, отображение, перенос аннотации и идентификация белковые домены, сравнительная геномика, структурные поиски, метаболический путь анализ, моделирование и моделирование биологических сетей. Программное обеспечение Genostar независимая платформа и, таким образом, может использоваться как для Mac OS X, Windows, и Linux.

Последовательная сборка

  • Отображение ансамбля последовательностей на эталонную последовательность
  • между эталонной последовательностью и контигами, между двумя последовательностями или между двумя наборами последовательностей
  • поиск точных совпадений минимальной длины с помощью MUMmer
  • обнаружение конкретных регионов и SNP
  • создание собранной последовательности относительно референсных последовательностей

Геномная аннотация

  • Прогнозирование гена: предсказание гена ab-initio с использованием Скрытая марковская модель метод на основе
  • BlastX
  • Автоматический перенос аннотации с использованием BlastP

Белковая аннотация

Metabolic Pathway Builder объединяет несколько методов, предназначенных для белковой аннотации:

  • Pfam прогнозирование домена с использованием HMMER
  • Несколько EMBOSS методы (антигенные, 2D структурное предсказание)

Решение для экспрессионных данных (EDS)

Решение Genostar Expression Data Solution (EDS) связывает данные микрочипа с генами, генными продуктами и биохимическими реакциями на основе ключевых слов и аннотаций. Эта программа позволяет:

  • Присвойте значения экспрессии именам и идентификаторам генов
  • Определите коэкспрессируемые гены и визуально проанализируйте реакции и метаболические пути в котором они участвуют
  • Выявление и анализ совместно регулируемых генов с точки зрения геномной локализации, функциональной аннотации и метаболизма
  • Раскрасьте интересующие CDS на геномных картах в соответствии со значениями их экспрессии и выделите соответствующие реакции в интерактивном обмене веществ. КЕГГ карты
  • Проанализировать значимость функциональных данных коллекции или подгруппы CDS (ИДТИ, КЕГГ и др.): Тест Фишера
  • Собирайте и визуализируйте все функциональные данные в экспортируемых таблицах и картах.

База данных

База данных Genostar MicroB состоит из идеально интегрированных[нужна цитата ] и тщательно перепроверили[нужна цитата ] геномные, белковые, биохимические и метаболические данные примерно 1100 бактериальных и архейных организмов.

Промышленные партнеры

Академические партнеры

  • INRIA (Национальный институт исследований в области информатики и автоматизации / Французский национальный институт исследований в области компьютерных наук и управления)
  • Швейцарский институт биоинформатики

Примечания и ссылки

  1. ^ http://www.ercim.eu/publication/Ercim_News/enw51/rechenmann.html
  2. ^ http://www.inria.fr/valorisation/societes/index.fr.html
  3. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2010-05-11. Получено 2010-05-16.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  4. ^ http://www.pathway.jp/mosaic/index.html#mosaic
  5. ^ http://www.korilog.com/index.php/New-Powerful-Pathway-Exploration-Tool.html

внешняя ссылка