Швейцарский институт биоинформатики - Swiss Institute of Bioinformatics

SIB Швейцарский институт биоинформатики
Логотип SIB
СокращениеSIB
Формирование30 марта 1998 г.; 22 года назад (1998-03-30)
Типакадемический некоммерческий Фонд
Штаб-квартираSIB Швейцарский институт биоинформатики
Квартал Зорге
Батимент Амфиполь
1015 Лозанна
Швейцария
Область, край
Швейцария
Совместный исполнительный директор
Кристин Дуринкс и Рон Аппель
Интернет сайтбрат.swiss


В SIB Швейцарский институт биоинформатики является академический некоммерческий Фонд который объединяет деятельность в области биоинформатики Швейцария.

Институт был основан 30 марта 1998 г., и его миссия заключается в предоставлении основных ресурсов по биоинформатике национальному и международному сообществу исследователей наук о жизни в таких областях, как геномика, протеомика и системная биология а также руководить и координировать область биоинформатики в Швейцарии. В частности, продвигает исследования, развивает банки данных и компьютерные технологии, и участвует в обучении и оказании услуг.

Кристин-Рон СИБ

История

Изначально институт создавался для обеспечения стабильного долгосрочного финансирования как для Swiss-Prot базы данных и швейцарской EMBnet узел. Swiss-Prot в частности, пережила серьезный финансовый кризис в 1996 году,[1] который возглавил лидеров пяти исследовательских групп, занимающихся биоинформатикой в Женева и Лозанна, Рон Аппель, Амос Байрох, Филиппу Бухеру, Виктору Йонгенилу и Мануэлю Пайчу для создания SIB.[2] После создания институт может подать заявку на финансирование в соответствии с швейцарским законодательством, которое позволяет правительству финансировать до 50% расходов на жизненно важные исследовательские и учебные инфраструктуры.[3]

Первым директором института был Виктор Йонгенель, а затем Эрнест Фейтманс с 2001 г. по сентябрь 2007 г. С 1 октября 2007 г. по июль 2018 г. институт возглавлял Рон Аппель, один из ее учредителей.[4][5] С июля 2018 года SIB возглавляют Кристин Дуринкс и Рон Аппель в качестве совместных исполнительных директоров.

Организация

Швейцарский институт биоинформатики SIB - это федерация исследовательских групп с аффилированными биоинформатиками в 21 учреждении-партнере SIB, включая университеты Базель, Берн, Фрибург, Женева, Лозанна, Лугано и Цюрих, Федеральные технологические институты в Лозанна и Цюрих, то Институт биомедицинских исследований имени Фридриха Мишера, Научно-исследовательский институт онкологии г. Беллинцона и Женевская школа делового администрирования (HEG). Текущие исследовательские группы в SIB расположены в Базель, Берн, Фрибург, Женева, Лозанна, Лугано, Цюрих, Ивердон, Wädenswil, Беллинцона и Давос.

SIB объединяет более 70 исследовательских, сервисных и инфраструктурных групп, объединяя более 700 ученых в самых разных областях: протеомика, транскриптомика, геномика, системная биология, структурная биоинформатика, эволюционная биоинформатика, моделирование, визуализация, биофизика, популяционная генетика и клиническая биоинформатика. SIB организует ежегодную международную научную встречу [BC] 2. Базельская конференция по вычислительной биологии.

Ресурсы по биоинформатике

Институт предлагает широкий спектр ресурсов для научно-исследовательского сообщества, большинство из которых открыто и доступен через Expasy, портал ресурсов по биоинформатике SIB. Они включают:

Базы данных

SIB разрабатывает и поддерживает базы данных международного уровня, в том числе UniProtKB / Swiss-Prot (тщательно подобранная база данных белковых последовательностей, обеспечивающая высокий уровень аннотации), neXtProt (платформа знаний о белках, ориентированная на человека), ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ Репозиторий (трехмерные модели структуры белков), НИТЬ (сети взаимодействия белков для системной биологии), SwissRegulon (общегеномные сети регуляции транскрипции), Eukaryotic Promoter Database (EPD ), SWISS-2DPAGE (база данных 2D-гелей), WORLD-2DPAGE Repository (2D-хранилище гелей), PROSITE (семейства и домены белков), MyHits (последовательности и мотивы белков), Bgee (база данных для извлечения и сравнения моделей экспрессии генов между видами животных), OpenFlu (база данных для вирусов гриппа человека и животных), ViralZone (портал для вирусных записей UniProtKB), GlycoSuiteDB (база данных гликанов), SugarBindDB (база данных патогенов, связывающих сахар), OrthoDB (иерархический каталог эукариотических ортологов), miROrtho (каталог генов микроРНК животных), ImmunoDB (гены, связанные с иммунитетом насекомых, и семейства генов) и Целлозавр (ресурс знаний о клеточных линиях).

Программные инструменты

SIB разрабатывает и поставляет программное обеспечение для мирового сообщества исследователей наук о жизни, такое как ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ (моделирование гомологии белковой структуры), SwissDrugDesign (компьютерный дизайн лекарств), Мелани (Платформа для 2D-анализа гелей ), MSight (Программное обеспечение для ЖХ-МС визуализации и анализа ), OMA (Ортологическая матрица), V-pipe (конвейерная линия вирусной геномики), DeepView / Swiss-PdbViewer (визуализация, моделирование и анализ белков) и утилиты Newick (высокопроизводительная обработка филогенетического дерева).

Основные объекты

SIB управляет несколькими основными объектами биоинформатики, которые предоставляют информативную и статистическую поддержку, а также услуги и консультации для ученых-биологов, что позволяет им проводить свои исследовательские проекты и анализировать полученные данные. Были созданы основные объекты для исследований в области геномики, транскриптомики и протеомики. SIB также поддерживает Витал-ИТ Высокопроизводительные вычисления Центр, который предоставляет вычислительные ресурсы, поддержку в разработке и консультации для швейцарского сообщества медико-биологических наук как в научных кругах, так и в промышленности. Инфраструктура Vital-IT распределена на трех площадках: Университет Лозанны, EPFL и Женевский университет. Вычислительные ресурсы и опыт в области биоинформатики также предоставляются в районе Базеля с sciCORE, Базельский центр вычислительной биологии.

Образование и обучение

Одним из приоритетов SIB является продвижение и координация образования в области биоинформатики. Члены SIB прямо или косвенно участвуют в ряде курсов по биоинформатике на всех уровнях образования - от средней школы до бакалавриата и магистратуры, а также в специализированной подготовке ученых-биологов. SIB также продвигает сеть подготовки докторов наук в области биоинформатики, которая открыта для аспирантов швейцарских высших учебных заведений. Эта сеть преследует две цели:

  1. Предложить аспирантам в области биоинформатики набор передовых курсов, которые предоставляют как теоретические, так и практические знания, необходимые для работы над успешным исследовательским проектом PhD в области биоинформатики.
  2. Содействовать развитию сети докторантов и способствовать обмену идеями, а также мобильности студентов между участвующими учреждениями.

Научно-популярная

SIB также занимается распространением биоинформатики среди неспециалистов. Понимание растущего значения этой относительно недавней науки в современном обществе становится фундаментальным. Действительно, в не столь отдаленном будущем пациенты будут ссылаться на результаты, полученные непосредственно с помощью методов биоинформатики. С 2000 года, чтобы повысить осведомленность общественности, SIB принял участие в многочисленных научных ярмарках, создал два онлайн-журнала,[6][7] открытая выставка, а в 2012 году виртуальная выставка.[8]

Смотрите также

Примечания и ссылки

  1. ^ Кризис финансирования SWISS-PROT 1996 г., на сайте базы данных Swiss-Prot. Последний доступ 15 октября 2007 г.
  2. ^ Байрох Амос (2000). "Информативность в биоинформатике, невзгоды швейцарского биоинформатика в захватывающие времена!". Биоинформатика. 16 (1): 48–64. Дои:10.1093 / биоинформатика / 16.1.48. PMID  10812477. Архивировано из оригинал 7 апреля 2005 г. - исторический отчет Байроха.
  3. ^ Bundesgesetz über die Forschung (FG) / Loi fédérale sur la recherche (LR) от 7 октября 1983 г., SR / RS 420.1 (D ·F ·я ), Изобразительное искусство. 16 (D ·F ·я ), др. 3б, в.
  4. ^ Управление В архиве 10 декабря 2010 г. Wayback Machine, на сайте института.
  5. ^ «Объявление: профессор Рон Д. Аппель назначен новым директором Швейцарского института биоинформатики», Протеомика, 7, 2007. с. 4413.
  6. ^ Протеиновый Прожектор, на сервере Expasy.
  7. ^ Prolune, на сервере Expasy.
  8. ^ Хромосомная прогулка, виртуальная выставка SIB.

внешняя ссылка