База данных генома крысы - Rat Genome Database

RGD
Содержание
ОписаниеВ База данных генома крысы
ОрганизмыРаттус норвегикус (крыса)
Контакт
Исследовательский центрМедицинский колледж Висконсина
ЛабораторияБиомедицинская инженерия
АвторыЭнн Э. Квитек, доктор философии
Основное цитированиеPMID  25355511
Доступ
Интернет сайтrgd.mcw.edu
Скачать URLВыпуск данных RGD

В База данных генома крысы (RGD) является премьерой для крысы геномика, генетические, физиологические и функциональные данные, а также данные для сравнительной геномики крысы, человека и мыши.[1] RGD отвечает за прикрепление биологической информации к геному крысы с помощью структурированного словаря или онтологии, аннотаций, присвоенных генам и локусам количественных признаков (QTL), а также за консолидацию данных по линии крыс и их предоставление исследовательскому сообществу. RGD работает с такими группами, как Программы для геномных приложений.[2] в MCW и Национальном проекте биоресурсов для крыс (NBPR-Rat) в Японии[3] для сбора и предоставления всеобъемлющих физиологических данных для различных линий крыс. Они также разрабатывают набор инструментов для добычи и анализа геномных, физиологических и функциональных данных для крыс, а также сравнительных данных для крыс, мышей и человека.

RGD возникла как совместная работа ведущих исследовательских институтов, занимающихся генетическими и геномными исследованиями крыс. Его целью, как указано в RFA: HL-99-013, было создание базы данных генома крыс для сбора, консолидации и интеграции данных, полученных в ходе текущих генетических и геномных исследований крыс, и обеспечения широкого доступа к этим данным научному сообществу. Вторичной, но важной целью было обеспечить отслеживание картированных позиций для локусов количественных признаков, известных мутаций и других фенотипических данных.

Крыса по-прежнему широко используется исследователями в качестве модельного организма для изучения фармакологии, токсикологии, общей физиологии, а также биологии и патофизиологии болезней.[4] В последние годы наблюдается быстрый рост генетических и геномных данных крыс. В дополнение к этому, База данных генома крысы стала основным источником информации о крысах для исследований и теперь содержит информацию не только по генетике и геномике, но также по физиологии и молекулярной биологии. Для всех этих полей доступны инструменты и страницы данных, которые курируют сотрудники RGD.[5]

Данные

Страница данных RGD[6] перечисляет восемь типов данных, хранящихся в базе данных: Гены, QTL, Маркеры, Карты, Штаммы, Онтологии, Последовательности и Рекомендации. Из них шесть активно используются и регулярно обновляются. Тип данных RGD «Карты» относится к устаревшим генетическим и радиационным гибридным картам. Эти данные были в значительной степени вытеснены последовательностью полного генома крысы. Тип данных «Последовательности» не является полным списком геномных, транскрипционных или белковых последовательностей, а скорее содержит последовательности праймеров ПЦР, которые определяют маркеры простого полиморфизма длины последовательности (SSLP) и маркеры экспрессируемой последовательности (EST). Такие последовательности полезны в первую очередь для исследователей, все еще использующих эти маркеры для генотипирования своих животных и для различения одноименных маркеров. Шесть основных типов данных в RGD следующие:

  • Гены: Начальные записи генов импортируются / обновляются из Национального центра биотехнологической информации (NCBI ) База данных генов на еженедельной основе. Данные, импортируемые во время этого процесса, включают идентификаторы генов, идентификаторы нуклеотидов и белков Genbank / RefSeq, идентификаторы групп HomoloGene и идентификаторы генов, транскриптов и белков Ensembl. Дополнительные данные о белках импортируются из База данных UniProtKB. Кураторы RGD просматривают литературу и вручную курируют ИДТИ, болезни, фенотипы и пути для генов крыс, болезни и пути для генов мышей, а также болезни, фенотипы и пути для генов человека.[7][8] Кроме того, сайт импортирует аннотации GO для генов мыши и человека из Консорциума GO, электронные аннотации крыс из UniProt и аннотации фенотипа мыши из Базы данных генома мышей / Mouse Genome Informatics (MGD /MGI ).
  • QTL: Сотрудники RGD вручную собирают данные для QTL крыс и человека из литературы, в которой существуют такие публикации, или из записей, непосредственно представленных исследователями. Записи QTL мыши, включая назначения онтологии фенотипа млекопитающих (MP), импортируются непосредственно из MGI. Для QTL крысы и человека лечение включает назначение аннотаций MP и онтологии болезни. Положения QTL автоматически назначаются на основе геномных положений пика и / или фланкирующих маркеров или однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Записи QTL связаны с информацией о родственных штаммах, генах-кандидатах, ассоциированных маркерах и родственных QTL.
  • Штаммы: Что касается записей QTL, записи штаммов RGD либо вручную собраны из литературы, либо предоставлены исследователями. Записи о штаммах включают информацию о происхождении и доступности штамма, связанных фенотипах, является ли штамм моделью для человеческого заболевания, а также любую доступную информацию о разведении, поведении, содержании и т. Д. Записи о штаммах связаны с информацией о связанных генах и QTL, ассоциированные штаммы (например, родительские штаммы или субштаммы) и, если возможно, штамм-специфические варианты нуклеотидов. Для конгенных и мутантных штаммов положения генома присваиваются интрогрессивной области (конгенные штаммы) или местоположению мутированной последовательности (мутантные штаммы). RGD не импортирует данные о линиях мышей.
  • Маркеры: Потому что генетические маркеры, такие как SSLP и EST использовались и продолжают использоваться для QTL и штаммов, RGD хранит данные маркеров для крыс, человека и мыши. Данные маркеров включают последовательности связанных прямых и обратных праймеров ПЦР, геномные позиции и ссылки на базу данных зондов NCBI. Записи маркеров связаны с соответствующими записями QTL, штаммов и генов.
  • Онтологии: Чтобы сделать данные RGD удобочитаемыми и доступными для вычислительного анализа и поиска, RGD полагается на использование нескольких онтологий. По состоянию на июль 2015 года RGD использовала 16 различных онтологий для выражения различных типов данных, применимых к различным типам данных RGD. Аннотации онтологий назначаются кураторами вручную[7][8] или импортируются из внешних источников с помощью автоматизированных конвейеров. Шесть онтологий, используемых в RGD, были созданы или совместно созданы в RGD, а семь находятся в разработке сотрудниками и / или сотрудниками RGD, это онтологии для Pathway (PW), штаммов крыс (RS), признаков позвоночных (VT) , Болезнь (RDO), клинические измерения (CMO), методы измерения (MMO) и экспериментальные условия (XCO).[9] Онтологии, импортированные из внешних источников, обновляются еженедельно.
  • Рекомендации: Ссылки RGD - это научные публикации, которые использовались для курирования, или источники для объектов данных, таких как QTL и штаммы. Для ссылок, доступных через PubMed NCBI, импортированные данные включают заголовок, авторов, цитирование и идентификатор PubMed. В некоторых случаях ссылка - это внутренняя запись для таких процессов, как автоматизированные конвейеры или личное общение, что дает пользователям базы данных указание на источник конкретной части данных. Записи PubMed для них недоступны. Каждая справочная запись связана со всеми данными, взятыми из этой статьи, включая гены, QTL, штаммы и аннотации онтологий.

Инструменты генома

Инструменты генома RGD[10] включают как программные инструменты, разработанные в RGD, так и инструменты из сторонних источников.

Инструменты генома, разработанные в RGD

RGD разрабатывает веб-инструменты, предназначенные для использования данных, хранящихся в базе данных RGD, для анализа на крысах и разных видах. К ним относятся:

  • Аннотатор гена: Инструмент Gene Annotator или GA принимает в качестве входных данных список символов генов, идентификаторы RGD, номера доступа GenBank, идентификаторы Ensembl и / или хромосомную область и извлекает ортологи генов, идентификаторы внешней базы данных и аннотации онтологий для соответствующих генов в RGD. Данные можно загрузить в электронную таблицу Excel или проанализировать в инструменте. Функция «Распространение аннотаций» отображает список терминов в каждой из семи категорий с процентным соотношением генов из входного списка с аннотациями к каждому термину. Функция «Сравнение тепловой карты» позволяет сравнивать аннотации для генов во входном списке в двух онтологиях или в двух ветвях одной и той же онтологии.
  • Визуализатор вариантов: Variant Visualizer (VV) - это инструмент для просмотра и анализа полиморфизмов последовательностей, специфичных для штаммов крыс. VV принимает в качестве входных данных список символов генов или область генома, определяемую хромосомой, положениями начала и остановки или двумя символами гена или маркеров. Пользователь также должен выбрать интересующие его штаммы из списка штаммов, для которых существуют полные геномные последовательности, и может установить параметры для вариантов в наборе результатов. Результатом является отображение вариантов в виде тепловой карты. Дополнительную информацию для отдельных вариантов можно просмотреть на «панели деталей».
  • OLGA - генератор и анализатор списка объектов: OLGA - это поисковая система, позволяющая пользователям запускать несколько запросов, создавать список объектов из каждого запроса и гибко комбинировать результаты. OLGA принимает в качестве входных данных либо список символов объекта, либо параметры поиска на основе аннотаций онтологии или положения. Окончательный список генов, QTL или штаммов можно загрузить или отправить в инструмент GA, визуализатор вариантов или средство просмотра генома из инструмента.
  • Наблюдатель генома: Инструмент Genome Viewer (GViewer) предоставляет пользователям полное представление генома генов, QTL и картированных штаммов с аннотациями к функции, биологическому процессу, клеточному компоненту, фенотипу, заболеванию, пути или химическому взаимодействию. GViewer позволяет выполнять логический поиск в нескольких онтологиях. Выходные данные отображаются на фоне кариотипа генома крысы.
  • Overgo Probe Designer: Overgo зонды представляют собой пары частично перекрывающихся 22-членных олигонуклеотидов, полученных из геномной последовательности с замаскированным повторами и используемых в качестве зондов с высокой специфической активностью для картирования генома. Инструмент Overgo Probe Designer принимает в качестве входных данных нуклеотидную последовательность и выводит список оптимизированных последовательностей зондов, содержащих необходимые 8 нуклеотидов, перекрывающихся на их 3'-концах.
  • ACP гаплотипер: Гаплотип ACP создает «визуальный гаплотип», который можно использовать для идентификации консервативных и неконсервативных хромосомных областей между любыми из 48 линий крыс, охарактеризованных как часть проекта ACP. Для выбранной хромосомы и между выбранными штаммами инструмент сравнивает данные о размере аллеля для микросателлитных маркеров на выбранной генетической карте или карте RH.[11]
  • SNPlotyper: SNPlotyper - это инструмент визуализации и анализа данных SNP Rat, импортированных из dbSNP и Ensembl. Он позволяет пользователям просматривать блоки гаплотипов, общие для штаммов, и определять информативные (полиморфные) маркеры между двумя или более штаммами. Данные в SNPlotyper являются устаревшими данными генотипирования и не включают штаммоспецифические варианты, полученные из WGS линий крыс.

Сторонние инструменты для генома, адаптированные для использования с данными RGD

RGD предлагает несколько программных инструментов «сторонних производителей», которые были адаптированы для использования на веб-сайте с использованием данных, хранящихся в базе данных RGD. К ним относятся:

  • Браузеры Genome: По состоянию на июль 2015 года RGD поддерживал два типа геномных браузеров для просмотра данных для крыс, мышей и человека. Оба инструмента, GBrowse [12] и JBrowse[13] были или разрабатываются База данных универсальных модельных организмов. Эти инструменты позволяют пользователю просматривать местоположение генетического ориентира (последовательности, гена, локуса, маркера и / или олигонуклеотида) в геноме соответствующего вида. Они также позволяют сравнивать виды с помощью «следов синтении» и ссылок между экземплярами браузеров для разных видов.
  • RatMine: RatMine - это версия InterMine, ориентированная на крыс.[14] программного обеспечения. Он позволяет пользователям добывать и анализировать данные о крысах из различных баз данных, включая RGD, NCBI, UniProtKB и Ensembl, в одном месте с использованием согласованного формата. Платформа InterMine была адаптирована для нескольких видов в других базах данных и предназначена для взаимодействия между экземплярами, чтобы пользователи могли запрашивать разные виды из интерфейса RatMine.[15]
  • Виртуальная сравнительная карта: Виртуальная сравнительная карта (VCMap) изначально была разработана для изучения синтенных отношений между геномами крысы, мыши и человека. Теперь доступна новая версия VCMap, которая также включает корову, свинью и курицу. Пользователи выбирают «основной» или «основной» вид, а затем могут просматривать синтенные области одного или нескольких других видов.

Дополнительные данные и инструменты

Портал фенотипов и моделей

Портал фенотипов и моделей RGD[16] фокусируется на штаммах, фенотипы и крыса как модельный организм за физиология и болезнь. Портал «Фенотипы и модели» состоит из пяти разделов: «Фенотипы», «Штаммы и модели», «Знакомьтесь, Джо Рэт», «PhenoMiner» и «Медицинские записи штаммов».

  • Фенотипы: Раздел «Фенотипы» содержит большой объем данных из проекта PhysGen Program for Genomic Applications, проекта, финансируемого NHLBI, для «разработки консомных и нокаутных линий крыс, фенотипической характеристики этих линий и предоставления этих ресурсов научному сообществу».[17] Категории данных включают измерения сердечно-сосудистой, почечной и респираторной функции, химического состава крови, морфологии тела и поведения. Также предоставляются ссылки на протоколы фенотипирования крыс и аналогичные данные фенотипирования с высокой пропускной способностью в Национальном проекте биоресурсов для крыс в Японии (NBRP-Rat).
  • Штаммы и модели: Раздел «Штаммы и модели» содержит общую информацию о линиях крыс, включая информацию о доступности линий и животноводстве, а также ссылки на поиск по линиям RGD и обзор статей о линиях крыс. Раздел также включает подраздел о моделях заболеваний, который дает подробную информацию о том, какие линии крыс использовались в качестве моделей сердечно-сосудистых заболеваний человека, неврологических заболеваний, рака молочной железы, диабета, респираторных заболеваний, а также иммунных и воспалительных заболеваний.
  • Знакомьтесь, Джо Рэт: «Знакомьтесь, Джо Рэт» разработан как общий информационный ресурс для исследователей крыс. Страницы с фотографиями и изображениями содержат ссылки на изображения родительских и консомических штаммов PGA / PhysGen, которые, в свою очередь, ссылаются на данные по этим штаммам. "Ratday" ссылается на годовой календарь крыс RGD. «Представления сообщества» предоставляют информацию и формы для отправки фотографий, для регистрации штаммов и для предоставления количественных данных фенотипа для PhenoMiner. Последний подраздел содержит информацию о наличии штамма.
  • PhenoMiner: PhenoMiner[18] - это база данных и веб-приложение для поиска и анализа количественных данных о фенотипе крыс. Данные аннотируются онтологиями для линии крыс, клинических измерений, методов измерения и условий эксперимента. Эксперименты классифицируются по признаку или заболеванию, оцениваемому путем измерения. Использование стандартизированных словарей и форматов данных позволяет сравнивать значения в разных экспериментах для одного и того же измерения. Страница результатов PhenoMiner включает график значений измерений и загружаемую таблицу значений с соответствующими метаданными. Ссылка предоставляется, чтобы дать пользователям возможность отправлять свои собственные данные в базу данных.
  • Медицинские записи о штаммах: Медицинские записи о штаммах (SMR) RGD предназначены для обобщения того, что известно о конкретном штамме. Представлена ​​такая информация, как окраска шерсти, средний вес тела в разные моменты времени как для самцов, так и для самок, а также информация о воспроизводстве. Средние значения для количественных измерений фенотипа, таких как артериальное давление, частота сердечных сокращений и биохимический анализ крови для крыс этой линии в стандартных / контрольных условиях, приведены вместе с соответствующим диапазоном значений для других обычно используемых линий. Каждый SMR связан с источником (ами), из которого можно получить штамм, с PhenoMiner для получения количественных данных фенотипа, а также с данными о вариантах, QTL и экспрессии на микрочипах.

Болезни

По состоянию на июль 2015 года в RGD было девять порталов по заболеваниям:[19][20]

Порталы болезней объединяют данные в RGD для конкретной категории болезней и представляют их в единой группе страниц. Перечисляются гены, QTL и штаммы, аннотированные для любого заболевания в категории, с общегеномным обзором их местоположения у крысы, человека и мыши (см. «Средство просмотра генома» в Инструменты генома, разработанные в RGD ). Дополнительные разделы портала отображают данные о фенотипах, биологических процессах и путях, связанных с категорией заболевания. Страницы также предоставляют пользователям доступ к информации о линиях крыс, используемых в качестве моделей для одного или нескольких заболеваний в категории, инструментах, которые можно использовать для анализа данных, и дополнительных ресурсах, связанных с категорией болезней.

Пути

Ресурсы RGD's Pathway[21][22] включать онтологию[23] терминов пути (включая не только метаболические пути но также болезни, лекарства, регуляторные и сигнальные пути), а также интерактивные диаграммы компонентов и взаимодействий выбранных путей; «Наборы путей и сети наборов», то есть группы связанных путей, которые все вносят вклад в более крупный процесс, такой как гомеостаз глюкозы или регуляция экспрессии генов; и диаграммы физиологического пути, которые отображают сети органов, тканей, клеток и молекулярных путей на уровне всего животного или систем.

Нокауты

До недавнего времени прямые специфические геномные манипуляции с крысами были невозможны. Однако с развитием таких технологий, как Нуклеаза цинкового пальца - и CRISPR основанные на методах мутагенеза, это уже не так.[24] Группы по производству крыс нокауты генов и другие виды генетически модифицированные крысы включают Центр генетики человека и молекулярной генетики в MCW. RGD дает ссылки на информацию о линиях крыс, полученных в ходе этих исследований, на страницах, посвященных Проект PhysGen Knockout[25] и Центр ресурсов по редактированию генов MCW (GERRC),[26] доступ из заголовков страниц RGD. Финансирование как проекта PhysGenKO, так и GERRC поступило от Национального института сердца, легких и крови (NHLBI). Заявленная цель обоих проектов состояла в том, чтобы получить крыс с изменениями в одном или нескольких конкретных генах, связанных с миссией NHLBI. Гены были выдвинуты исследователями на крысах. Кандидатуры рассматривал Внешний консультативный совет. В случае проекта PhysGenKO многие из крыс, произведенных в этой группе, были фенотипированы с использованием стандартизированного протокола высокопроизводительного фенотипирования, и данные доступны в инструменте RGD PhenoMiner.

Работа с общественностью и образование

RGD обращается к сообществу исследователей крыс различными способами, включая форум по электронной почте, страницу новостей, страницу в Facebook, а также регулярное участие и презентации на научных собраниях и конференциях.[27] Дополнительные образовательные мероприятия включают создание обучающих видео, как с описанием того, как использовать инструменты и данные RGD, так и по более общим темам, таким как биомедицинские онтологии и биологическая (то есть ген, QTL и штамм) номенклатура. Эти видео размещены на нескольких веб-сайтах видеохостинга, включая YouTube.

Финансирование

RGD финансируется грантом HL64541 Национального института сердца, легких и крови (NHLBI) от имени NIH. Грант включает дополнительное финансирование Национального института исследования генома человека (NHGRI). По состоянию на июль 2015 года главным исследователем гранта была Мэри Э. Симояма, доктор философии, которая в начале 2015 года заняла руководящую должность у доктора философии Говарда Дж. Джейкоба.[28]

Номера доступа и сборка генома

По состоянию на июль 2015 года самая последняя геномная последовательность крысы доступна под номерами доступа AABR07000001-AABR07073554 в международных базах данных последовательностей (GenBank, DDBJ и EMBL). Самая последняя сборка - Rnor_6.0. Уровень сборки - «хромосома», а представление генома - «полное», включая последовательность Y-хромосомы (отсутствует во всех предыдущих сборках).[29]

Рекомендации

  1. ^ Симояма М., Де Понс Дж., Хейман Г.Т. и др. (2015). «База данных генома крысы 2015: геномные, фенотипические и экологические вариации и болезни». Нуклеиновые кислоты Res. 43 (Выпуск базы данных): D743–50. Дои:10.1093 / нар / gku1026. ЧВК  4383884. PMID  25355511.
  2. ^ PGA. «Программы PhysGen для геномных приложений». Pga.mcw.edu. Получено 2015-07-15.
  3. ^ NBRP-Rat. «Национальный проект биоресурсов для крыс в Японии». anim.med.kyoto-u.ac.jp. Получено 2015-07-15.
  4. ^ Aitman TJ, Critser JK, Cuppen E, et al. (2008). «Прогресс и перспективы в генетике крыс: взгляд сообщества». Nat. Genet. 40 (5): 516–22. Дои:10,1038 / нг.147. PMID  18443588.
  5. ^ РГД. «О RGD - База данных генома крыс». Rgd.mcw.edu. Получено 2013-02-17.
  6. ^ «Данные RGD - База данных генома крысы». Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-08.
  7. ^ а б Laulederkind SJ, Shimoyama M, Hayman GT и др. (2011). «Набор инструментов для курирования базы данных генома крыс: набор оптимизированных программных инструментов, обеспечивающих эффективный сбор, организацию и представление биологических данных». База данных (Оксфорд). 2011: bar002. Дои:10.1093 / база данных / bar002. ЧВК  3041158. PMID  21321022.
  8. ^ а б Shimoyama M, Hayman GT, Laulederkind SJ и др. (2009). «Кураторы базы данных генома крыс: кто, что, где, почему». PLoS Comput. Биол. 5 (11): e1000582. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1000582. ЧВК  2775909. PMID  19956751.
  9. ^ РГД. «Об онтологиях RGD - База данных генома крысы». Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-08.
  10. ^ РГД. «Инструменты для генома - База данных генома крысы». Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-08.
  11. ^ де ла Круз Н., Бромберг С., Пасько Д. и др. (2005). «База данных генома крысы (RGD): разработка базы данных по феноменам». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (Выпуск базы данных): D485–91. Дои:10.1093 / нар / gki050. ЧВК  540004. PMID  15608243.
  12. ^ Штейн Л.Д., Мунгалл С., Шу С. и др. (2002). «Универсальный браузер генома: строительный блок для базы данных системы модельных организмов». Genome Res. 12 (10): 1599–610. Дои:10.1101 / гр. 403602. ЧВК  187535. PMID  12368253.
  13. ^ Скиннер М.Э., Узилов А.В., Штейн Л.Д., Мунгалл С.Дж., Холмс И.Х. (2009). «JBrowse: браузер генома нового поколения». Genome Res. 19 (9): 1630–8. Дои:10.1101 / гр.094607.109. ЧВК  2752129. PMID  19570905.
  14. ^ Смит Р.Н., Алексич Дж., Бутано Д. и др. (2012). «InterMine: гибкая система хранилища данных для интеграции и анализа разнородных биологических данных». Биоинформатика. 28 (23): 3163–5. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts577. ЧВК  3516146. PMID  23023984.
  15. ^ Рэйчел Л., Джули С., Даниэла Б. и др. (2015). «Межорганический анализ с использованием InterMine». Бытие. 53 (8): 547–60. Дои:10.1002 / dvg.22869. ЧВК  4545681. PMID  26097192.
  16. ^ РГД. «Фенотипы и модели - База данных генома крысы». Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-15.
  17. ^ РГД. «Фенотипические данные - база данных генома крысы». Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-14.
  18. ^ Laulederkind SJ, Liu W., Smith JR и др. (2013). «PhenoMiner: количественное определение фенотипа в базе данных генома крыс». База данных (Оксфорд). 2013: bat015. Дои:10.1093 / база данных / bat015. ЧВК  3630803. PMID  23603846.
  19. ^ РГД. "Порталы по заболеваниям RGD - База данных генома крыс". Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-15.
  20. ^ Твиггер С.Н., Шимояма М., Бромберг С., Квитек А.Е., Джейкоб Г.Дж. (2007). «База данных генома крысы, обновление 2007 г. - упрощение пути от болезни к данным и обратно». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (Выпуск базы данных): D658–62. Дои:10.1093 / нар / gkl988. ЧВК  1761441. PMID  17151068.
  21. ^ Петри В., Шимояма М., Хейман Г. Т. и др. (2011). "Путь к базе данных генома крысы". База данных (Оксфорд). 2011: bar010. Дои:10.1093 / база данных / bar010. ЧВК  3072770. PMID  21478484.
  22. ^ Хейман Г.Т., Джаяраман П., Петри В. и др. (2013). «Обновленный портал RGD Pathway использует повышенную эффективность курирования и предоставляет расширенную информацию о путях». Гм. Геномика. 7: 4. Дои:10.1186/1479-7364-7-4. ЧВК  3598722. PMID  23379628.
  23. ^ Петри В., Джаяраман П., Тутай М. и др. (2014). «Онтология пути - обновления и приложения». J Биомедицинская семантика. 5 (1): 7. Дои:10.1186/2041-1480-5-7. ЧВК  3922094. PMID  24499703.
  24. ^ Флистер MJ, Прокоп JW, Lazar J, Shimoyama M, Dwinell M, Geurts A (2015). «Руководство 2015 г. по созданию генетически модифицированных моделей крыс для сердечно-сосудистых исследований». J Cardiovasc Transl Res. 8 (4): 269–77. Дои:10.1007 / s12265-015-9626-4. ЧВК  4475456. PMID  25920443.
  25. ^ РГД. "PhysGen Knockouts - База данных генома крысы". Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-15.
  26. ^ РГД. "Центр ресурсов по редактированию генов крыс". Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-21.
  27. ^ РГД. «Сообщество крыс - База данных генома крыс». Rgd.mcw.edu. Получено 2015-07-15.
  28. ^ НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США. «Информация о проекте по гранту HL64541: База данных генома крысы». nih.gov. Получено 2015-07-15.
  29. ^ НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США. «Рнор_6.0 - Сборка - НЦБИ». nih.gov. Получено 2015-07-15.