Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей - International Nucleotide Sequence Database Collaboration

В Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей (INSDC) состоит из совместных усилий по сбору и распространению базы данных содержащий ДНК и РНК последовательности.[1] Он включает в себя следующие компьютеризированные базы данных: Банк данных ДНК Японии (Япония ), GenBank (Соединенные Штаты Америки ) и Европейский архив нуклеотидов (Великобритания ). Новые и обновленные данные по нуклеотид последовательности, вносимые исследовательскими группами в каждую из трех баз данных, синхронизируются на ежедневной основе благодаря постоянному взаимодействию между персоналом каждой сотрудничающей организации.

В DDBJ /EMBL /GenBank синхронизация поддерживается в соответствии с рядом руководящих принципов, разработанных и опубликованных Международным консультативным советом.[2] Рекомендации состоят из общего определения таблиц функций. [3] для баз данных, которые регулируют содержание и синтаксис записей базы данных,[4] в виде общего DTD (Определение типа документа).

Синтаксис называется INSDSeq, и его ядро ​​состоит из буквенной последовательности экспрессия гена (аминокислота последовательность) и последовательность букв для нуклеотид оснований в гене или декодируемом сегменте. В операции DBFetch показывает типичную запись INSD в базе данных EBI;[5] та же запись в NCBI.[6]

Смотрите также

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Карш-Мизрахи, И .; Nakamura, Y .; Cochrane, G .; Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей (2011 г.). "Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей". Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D33 – D37. Дои:10.1093 / nar / gkr1006. ЧВК  3244996. PMID  22080546.
  2. ^ "INSDC :: Advisors". Архивировано из оригинал на 2007-12-09. Получено 2019-06-29.
  3. ^ "Определение таблицы функций DDBJ / ENA / GenBank". Ebi.ac.uk. Архивировано из оригинал на 2005-03-24. Получено 2019-06-29.
  4. ^ "Европейский архив нуклеотидов . www.ebi.ac.uk.
  5. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2005-02-12. Получено 2005-03-02.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  6. ^ США (06.05.2019). "Trifolium repens мРНК для нецианогенной бета-глюкозидазы - нуклеотид - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2019-06-29.

внешняя ссылка