Мотив GyrA РНК - GyrA RNA motif - Wikipedia

gyrA РНК-мотив
GyrA-1-RNA.svg
Консенсусная вторичная структура gyrA РНК
Идентификаторы
СимволgyrA РНК
РфамRF01740
Прочие данные
РНК типСНГ-регулирующий элемент
Домен (ы)Pseudomonadales
PDB структурыPDBe

В gyrA Мотив РНК консервированный РНК структура идентифицирована биоинформатика.[1] РНК присутствуют у нескольких видов бактерий в пределах порядок Pseudomonadales. Этот заказ содержит род Псевдомонады, который включает условно-патогенный микроорганизм человека Синегнойная палочка и Pseudomonas syringae, возбудитель растений.

gyrA РНК всегда находятся в предполагаемых 5 'непереведенные регионы из gyrA гены, которые кодируют белок образуя субъединицу ДНК-гираза. Устойчивость к антибиотику ципрофлоксацин в Псевдомонады часто достигается через мутации в gyrA ген.[2] Благодаря своему расположению gyrA Предполагается, что мотив РНК является цис-регуляторный элемент действуя вверх по течению gyrA гены. Тем не мение, gyrA ранее считался геном, уровень экспрессии которого соответствует широкому разнообразию условий роста.[3]

Рекомендации

  1. ^ Вайнберг З., Ван Дж. Х, Бог Дж. И др. (Март 2010 г.). «Сравнительная геномика обнаруживает 104 кандидата структурированных РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Геном Биол. 11 (3): R31. Дои:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. ЧВК  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ Бономо Р.А., Сабо Д. (сентябрь 2006 г.). «Механизмы множественной лекарственной устойчивости у видов Acinetobacter и Pseudomonas aeruginosa». Clin. Заразить. Дис. 43 Дополнение 2: S49–56. Дои:10.1086/504477. PMID  16894515.
  3. ^ Венкато М., Тиан Ф., Альфано Дж. Р. и др. (Ноябрь 2006 г.). «Биоинформатическая идентификация регулона HrpL и эффекторных белков системы секреции типа III Pseudomonas syringae pv. Phaseolicola 1448A». Мол. Взаимодействие с растительными микробами. 19 (11): 1193–1206. Дои:10.1094 / MPMI-19-1193. PMID  17073302.

внешняя ссылка