HLA-A68 - HLA-A68 - Wikipedia

HLA-A68
(MHC Класс I, А антиген клеточной поверхности)
HLA-A68.png
Рендеринг или 2хлаПоказаны A * 6801 (голубой) и микроглобулин Beta-2 (розовый). На этом изображении нет связанного пептида.
О
Протеинтрансмембранный рецептор /лиганд
Структураαβ гетеродимер
ПодразделенияHLA-A *68--, β2-микроглобулин
Старые именаA28
Подтипы
Подтип
аллель
Доступные конструкции
Aw68.1*68012хла​, 1тмк​, 1hsb​
AW68.2*6802
-*6803
{{{cNick4}}}* 68 {{{cAllele4}}}
Редкие аллели
Подтип
аллель
Доступные конструкции
-*6805
{{{rnick2}}}* 68 {{{rallele2}}}
{{{rnick3}}}* 68 {{{rallele3}}}
Ссылка на все аллели на IMGT / HLA база данных в EBI

HLA-A68 (A68) - это человеческий лейкоцитарный антиген серотип в HLA-A группа серотипа. Серотип определяется по распознаванию антителом α68 подмножество α-цепей HLA-A. Для A68 альфа-цепь "A" кодируется HLA-A*68 аллельная группа и β-цепь кодируются B2M локус.[1] A68 и A*68 почти синонимы по значению. A68 - это расщепленный антиген из широкий антиген серотип A28. A68 является сестринским серотипом A69.

Дальнейшая информация: История и название лейкоцитарных антигенов человека

A68 чаще встречается в Северной Америке.

Серотип

Распознавание A68 некоторых продуктов гена HLA A * 68[2]
А * 68A68А28А69Образец
аллель%%%размер (N)
*6801276302736

A68 плохой, с низкой специфической детекцией, высокой неспецифической идентификацией по A28.

Ассоциации болезней

По аллелю

A * 68 связан с более высокой вирусной нагрузкой в ВИЧ.[3][4] A68 может быть защитным против симптоматического порока сердца при кардиомиопатии Чаги.[5]

Частоты аллелей

HLA A * 6801 частоты
Изучение населенияFreq.
 (в %)[6]
Бразилия Терена25.0
Мексика Сонора Сери19.7
США Аляска коренные жители юпиков15.5
Мексика Mixtec Oaxaca13.7
Индия Хандеш Павра12.0
Мексика Сапотек Оахака11.2
Буркина-Фасо-Мосси9.4
Мексика штат Чиуауа Та…9.1
Эквадор Каяпа9.0
Южная Африка Натал Тамил8.0
Пакистанский синдхи7.7
Индия Мумбаи Маратхи7.5
Пакистанские калаши7.5
Индия Тамил Наду Надар7.4
Сенегал Ниоколо Манденка7.0
Грузия Тбилиси Курды6.7
Грузия Сванети Сваны6.3
Мексика Местис6.1
Индия Вест Бхилс6.0
Центр Португалии6.0
Бельгия5.7
Мексика Mixe Oaxaca5.6
Саудовская Аравия Гураят и…5.6
США Уроженец Северной Америки…5.6
Латиноамериканцы из Южного Техаса5.2
Камерунский карликовый бака5.0
Кабо-Верде, северо-запад I…4.8
Грузия Тбилиси Грузия…4.8
Хорватия4.7
Финляндия4.5
Шотландия Оркнейские острова4.4
Оман4.3
Марокко «берберский» Надор Ме…4.2
Австралия Новый Южный Уэльс4.1
США Африканская Америка4.0
Китай Внутренняя Монголия3.9
Гвадалахара-Метис (2)3.9
Камерун Сава3.8
Мали Бандиагара3.6
Тунис3.5
Индия Андхра-Прадеш Голл…3.4
Южная Ирландия3.4
Камерун Бети3.2
Пакистанский белудж3.2
Буркина-Фасо Фулани3.1
Парсы западного побережья Индии3.0
Израильские арабские друзы3.0
Япония Айну Хоккайдо3.0
Южноафриканский Натал Зулу3.0
Суданский3.0
США Кавказский3.0
Индия Северные индусы2.9
Пакистан Брахуи2.9
Уганда Кампала2.8
Иран Белудж2.7
Ирландия Северная2.7
румынский2.6
США испаноязычный2.6
Бразилия2.5
Юго-Восток Франции2.4
Гвинея-Бисау2.3
Испания Каталония Жирона2.3
Китай Пекин2.2
Франция Корсика2.0
Сингапур яванский Индонезия2.0
США Южная Дакота Лакота Сиу2.0
Болгария1.8
Монголия Бурятский1.7
США Аризона Пима1.7
Испания Восточная Андалусия1.5
Кения1.4
Камерун Бамилеке1.3
Зимбабве Хараре Шона1.3
Россия Тува (2)1.1
Частоты аллелей представлены, только

A68 можно разделить на 3 аллеля, * 6801, * 6802, * 6803. * 6801 также может быть разделен на * 680101 и * 680102 (ранее назывался * 68011 и * 68012).

А * 6801

А * 6801 выше в некоторых Коренной американец группы, народы Южной Азии, африканские народы, однако * 6801 находится на низком уровне в большинстве стран Юго-Восточной Азии, особенно среди коренного населения. Это также отражается на низких уровнях вдоль Западно-Тихоокеанский регион включая Японию. Перерыв * 6801 в Северной Японии с частотой 3%, обнаруженной в Айны, который продолжает расти с арктическими народами и падает среди коренных американцев. А в северных регионах Западной Евразии A * 6801 отваливается. И в Африке, и в Новом Свете можно найти как A * 680101, так и A * 680102.[7] Хотя в Новом Свете более распространен A * 680102.

HLA A * 6802 частоты
частота
исх.численность населения(%)
[8]Юкпа (Венесуэла)37.2
[9]Нанди (Кения)11.6
[10]Кения10.5
[11]Хараре Шона (Зимбабве)9.8
[12]Натал Зулу (Южная Африка)9.5
[9]Луо (Кения)7.6
[9]Мали Бандиагара6.2
[7]Суданский5.5
[9]Кампала (Уганда)5.2
[13]Пигмеи Бака (Камерун)5.0
[14]Местис (Гвадалахара, Мексика)4.9
[15]Восточный остров (Кабо-Верде)4.8
[16]Надор Металса (Марокко)4.8
[7]Чиригуанос (Аргентина)4.7
[17]Мосси (Буркина-Фасо)4.7
[9]Лусака (Замбия)4.7
[13]Бамилеке (Камерун)4.5
[7]Сава (Камерун)3.8
[7]Калаш (Пакистан)3.3
[7]Бети (Камерун)3.2
[7]ЮВ Франция3.1
[7]Сери (Сонора, Мексика)3.0
[7]Яунде (Камерун)2.8
[7]Тунис2.5
[7]Гвинея-Бисау2.3
[7]Фулани (Буркина-Фасо)2.0
[7]Южная Португалия2.0
[7]Оман (восточная Аравия)1.7
[7]Корсика (Франция)1.6
[7]Белудж (Пакистан)1.6
[7]Ниохоло Манденка (Сенегал)1.6
[7]Восточная Андалусия (Испания)1.5
[7]Оркнейские острова (Шотландия)1.4
[7]Местисос (Мексика)1.2
[7]Белудж (Иран)1.1
[7]Бергамо (Италия)1.1
[7]Северная Хань (Китай)1.0
[7]Центральная Португалия1.0
[7]Чехия0.9
[7]Северная Ирландия0.9
[7]Евреи (Израиль)0.9
[7]Mixe (Оахака, Мексика)0.9
[7]Мадейра (Испания)0.8
[7]Каяпа (Эквадор)0.6
[7]Сваны (Грузия)0.6
[7]Майорка / Менорка (Испания)0.6
[7]Бельгия0.5
[7]Лакота (сиу)0.5

А * 6802

А * 6802 имеет глобальный узел в пределах некоторых коренных народов Южной Америки, в 37%. Вторичный узел можно найти в Африке. Как и * 6801, в коренных популяциях Юго-Восточной Азии существует перерыв в * 6802, что указывает на то, что это население не является вероятным источником среди коренных народов Нового Света. Уровни, как правило, низкие (<1%) в Европе, за исключением побережья Средиземного моря. В Африке более высокие уровни можно найти в Кении, Западной Африке и на островах Кабо-Верде.[7] Примечание о чистоте: представление о том, что A * 6802 имеет коренное индейское происхождение, может быть оспорено на основании возможности интрогрессии со стороны европейцев и африканцев. В случае с юкпой это неверно. У Yucpa частота HLA-DQ8 составляет ~ 80%, самая высокая частота аллеля DQ в мире, это племя демонстрирует мало доказательств европейской генетической интрогрессии, кроме того, ближайшая частота DQ8 с точки зрения Африки - изолированные ! Кунг из Намибия. Есть два возможных источника A * 6802: Африка напрямую и Африка через Азию. Связанные аллели B (B * 48, B * 61) указывают на азиатское происхождение или на африканский источник очень древнего происхождения, поскольку для рекомбинации типичных азиатских аллелей B с A68 потребуется время. На испанском языке уровни A28 составляют 3,1%, из них ~ 0,5% - A * 6901, A * 6802 - около 2,0%, что означает, что чистый уровень от A * 6802 до A * 6805 на испанском языке составляет ~ 0,5%. Из 11 опрошенных групп АН 9 выше и 2 ниже 0,5%. Из двух испанских групп 1 (Андалусия - 1,5%) находится выше, а другая (Каталония 0,0%) - ниже. В модели примеси испанская интрогрессия не объясняет A * 6802 в Новом Свете. Азиатская модель миграции не показывает ни одного народа к северо-востоку от Пакистана с A * 6802.

А * 6803

HLA A * 6803 частоты
частота
исх.численность населения(%)
[18]Майя (Гватемала)7.6
[19]Карликовый бакало (Камерун)6.0
[14]Местис (Гвадалахара, Мексика)3.9
[20]Метисы (мексика)3.7
[19]Мбензеле Пигмей (Центральноафриканский)1.5
[21]Лакота (сиу)1.2
[22]Юпик (Эскимосско-Аляскинский)1.0
[11]Бурят (Монголия)0.4
[11]Северная Ирландия, Румыния, Чехия,0.0

А * 6803 можно найти у коренных народов Нового Света и в Центральной Азии, в Африке он, по-видимому, ограничен жителями Западной и Центральной Африки. Это распределение вместе с информацией о 6801 и 6802 предполагает вероятное перераспределение аллелей * 68 из Африки после первоначальной миграции из Восточной Африки, которая колонизировала Юго-Восточную Азию. Он также обеспечивает поддержку 2 волн миграции из Азии в Новый Свет или, как минимум, неизвестной области смешения гаплотипов Западно-Тихоокеанского региона и гаплотипов, полученных из Западной Африки / Ближнего Востока, в Восточной Азии до первой миграции. В настоящее время вторжение народов Западной Евразии в Восточную Азию следует за свидетельствами повторного использования забайкальского региона спустя 18 300 лет и коррелирует с зарождающимся Период Дзёмон Японии несколько тысяч лет спустя. Определенные аллели и гаплотипы HLA у южноамериканцев нацелены на предполагаемый состав Японии до яёй, но другие народы, например в западной Мексике, больше всего похожи на айнов и народы бассейна Амура.

A * 6805

A * 6805 обнаружен в мбензеле Гватемалы и Центральной Африки в небольших количествах.

Гаплотипы A68

Генетическая дистанция между коренными американцами и евразийцами слишком велика для сохранения общих гаплотипов, особенно в свете более низких уровней в большей части Сибири. Связь гаплотипов с Западной Африкой может быть значительной и может указывать на быструю миграцию на восток и смешение в течение позднего палеолита.

Коренные американские гаплотипы

Гаплотипы A * 680102-B35

  • A * 680102 Cw * 0304 B * 3506 (A68-Cw10-B35)
  • A68-Cw4-B35 (Терена, Сери (Мексика))
    • A * 680102 Cw * 0401 B3521 (A68-Cw4-B35) (Терена)

A * 6802-B35

  • A * 6802-B3501 Гвадалахара
  • A * 6802-B3502 Гвадалахара

A68-B35 Майя (A * 6803).

Эти два гаплотипа согласуются с присутствием Cw4-B35 и A68 в Азии и на Ближнем Востоке, а A68-B35, возможно, является предковым гаплотипом A68. A28 (A * 6802) -B35 находится в Сенегале.[23]

A6801-B4002 / 4 - терена, эскимосы, метисы, племенные индейцы (Азия)

A * 680102-B * 520102 в популяции мексиканских метисов. A28 (A * 6802) -B52 также встречается в Сенегале.[23]

Гаплотипы A68 Старого Света

A28 (~ A68) -B51 Армения, Сенегал, Эскимосский[23]
A28 (~ A68) -B70 W. Afr, Заир, Зимбабве, Северная и Южная Африка (некаказы), Khoi (готтентоты)[23]

Рекомендации

  1. ^ Арсе-Гомес Б., Джонс Э.А., Барнстейбл С.Дж., Соломон Э., Бодмер В.Ф. (февраль 1978 г.). «Генетический контроль антигенов HLA-A и B в гибридах соматических клеток: потребность в бета2-микроглобулине». Тканевые антигены. 11 (2): 96–112. Дои:10.1111 / j.1399-0039.1978.tb01233.x. PMID  77067.
  2. ^ Аллельная форма запроса IMGT / HLA - Европейский институт биоинформатики
  3. ^ Тан Дж., Тан С., Лобашевский Э., Миракл А., Фидели У., Альдрованди Дж., Аллен С., Мусонда Р., Каслоу Р. (2002). «Благоприятные и неблагоприятные аллели и гаплотипы HLA класса I у замбийцев, преимущественно инфицированных вирусом иммунодефицита человека Clade C типа 1». J Virol. 76 (16): 8276–84. Дои:10.1128 / JVI.76.16.8276-8284.2002. ЧВК  155130. PMID  12134033.
  4. ^ Gostick E, Cole DK, Hutchinson SL, et al. (2007). «Функциональная и биофизическая характеристика HLA-A * 6801-ограниченного рецептора ВИЧ-специфических Т-клеток». Евро. J. Immunol. 37 (2): 479–86. Дои:10.1002 / eji.200636243. ЧВК  2699040. PMID  17273992.
  5. ^ Крус-Роблес Д., Рейес П.А., Монтеон-Падилья В.М., Ортис-Муньис АР, Варгас-Аларкон Г. (2004). «Гены MHC класса I и класса II у мексиканских пациентов с болезнью Шагаса». Гм. Иммунол. 65 (1): 60–5. Дои:10.1016 / j.humimm.2003.10.008. PMID  14700597.
  6. ^ Миддлтон, Д .; Menchaca, L .; Rood, H .; Комеровский, Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allelefrequencies.net». Тканевые антигены. 61 (5): 403–407. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID  12753660.
  7. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у z аа ab ac объявление ае аф аг ах ай Миддлтон Д., Менчака Л., Руд Н., Комеровски Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allelefrequencies.net ". Тканевые антигены. 61 (5): 403–7. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID  12753660. Внешняя ссылка в | название = (помощь)
  8. ^ Layrisse Z, Guedez Y, Domínguez E, et al. (2001). «Расширенные гаплотипы HLA в популяции карибских индейцев: Юкпа хребта Периджа». Гм. Иммунол. 62 (9): 992–1000. Дои:10.1016 / S0198-8859 (01) 00297-X. PMID  11543901.
  9. ^ а б c d е Цао К., Мурманн А.М., Лайк К.Е. и др. (2004). «Дифференциация африканских популяций подтверждается разнообразием аллелей и гаплотипов локусов HLA класса I». Тканевые антигены. 63 (4): 293–325. Дои:10.1111 / j.0001-2815.2004.00192.x. PMID  15009803.
  10. ^ Луо М., Эмбри Дж., Рамдахин С. и др. (2002). «HLA-A и HLA-B в Кении, Африка: частоты аллелей и идентификация HLA-B * 1567 и HLA-B * 4426». Тканевые антигены. 59 (5): 370–80. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2002.590503.x. PMID  12144620.
  11. ^ а б c Материалы семинара IHW, Сиэтл, 2002 г., через http://www.allelefrequencies.net через Миддлтон Д., Менчака Л., Руд Н., Комеровски Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allelefrequencies.net ". Тканевые антигены. 61 (5): 403–7. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00062.x. PMID  12753660. Внешняя ссылка в | название = (помощь)
  12. ^ Миддлтон Д., Уильямс Ф., Мина А. и др. (2000). «Анализ распределения аллелей HLA-A в популяциях пяти континентов». Гм. Иммунол. 61 (10): 1048–52. Дои:10.1016 / S0198-8859 (00) 00178-6. PMID  11082518.
  13. ^ а б Торимиро Дж. Н., Карр Дж. К., Вулф Н. Д. и др. (2006). «Разнообразие HLA класса I среди жителей сельских тропических лесов Камеруна: идентификация гаплотипа A * 2612-B * 4407». Тканевые антигены. 67 (1): 30–7. Дои:10.1111 / j.1399-0039.2005.00527.x. PMID  16451198.
  14. ^ а б Leal CA, Mendoza-Carrera F, Rivas F, Rodriguez-Reynoso S., Portilla-de Buen E (2005). «Частоты аллелей HLA-A и HLA-B в популяции метисов из Гвадалахары, Мексика, определены типированием на основе последовательностей». Тканевые антигены. 66 (6): 666–73. Дои:10.1111 / j.1399-0039.2005.00495.x. PMID  16305683.
  15. ^ Спинола Х, Брюгге-Армас Дж, Миддлтон Д., Брем А (2005). «Полиморфизмы HLA в Кабо-Верде и Гине-Бисау, выведенные из типизации на основе последовательностей». Гм. Иммунол. 66 (10): 1082–92. Дои:10.1016 / j.humimm.2005.09.001. PMID  16386651.
  16. ^ Oumhani K, Canossi A, Piancatelli D, et al. (2002). «Последовательный анализ полиморфизма HLA-DRB1 в арабоязычных группах Metalsa Berber и Chaouya из Марокко». Гм. Иммунол. 63 (2): 129–38. Дои:10.1016 / S0198-8859 (01) 00370-6. PMID  11821160.
  17. ^ Модиано Д., Луони Г., Петрарка В. и др. (2001). «Класс HLA I в трех западноафриканских этнических группах: генетические расстояния от популяций южнее Сахары и европеоидов». Тканевые антигены. 57 (2): 128–37. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2001.057002128.x. PMID  11260507.
  18. ^ Гомес-Касадо Э, Мартинес-Ласо Дж., Москосо Дж. И др. (2003). «Происхождение майя по генам HLA и уникальность индейцев». Тканевые антигены. 61 (6): 425–36. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00040.x. PMID  12823766.
  19. ^ а б Брюгге Армас Дж., Дестро-Бисол Дж., Лопес-Васкес А. и др. (2003). «Вариация HLA класса I у западноафриканских пигмеев и их генетическая связь с другими африканскими популяциями». Тканевые антигены. 62 (3): 233–42. Дои:10.1034 / j.1399-0039.2003.00100.x. PMID  12956877.
  20. ^ Уильямс Ф., Мина А., Дарк С. и др. (2001). «Анализ распределения аллелей HLA-B в популяциях пяти континентов». Гм. Иммунол. 62 (6): 645–50. Дои:10.1016 / S0198-8859 (01) 00247-6. PMID  11390040.
  21. ^ Леффелл М.С., Фаллин М.Д., Хильдебранд WH, Каветт Дж. В., Иглхарт Б.А., Захари А.А. (2004). «Аллели и гаплотипы HLA среди Lakota Sioux: отчет семинаров меньшинств ASHI, часть III». Гм. Иммунол. 65 (1): 78–89. Дои:10.1016 / j.humimm.2003.10.001. PMID  14700599.
  22. ^ Леффелл М.С., Фаллин М.Д., Эрлих Х.А. и др. (2002). «Антигены, аллели и гаплотипы HLA среди юпикских коренных жителей Аляски: отчет семинаров для меньшинств ASHI, часть II». Гм. Иммунол. 63 (7): 614–25. Дои:10.1016 / S0198-8859 (02) 00415-9. PMID  12072196.
  23. ^ а б c d [Примечание. Так как частота (A28) = частота (A68) + частота (A69) и A69 не так широко распространен в Африке (в основном Левант, острова Кап-Верде, определенные племена в Буркино-Фасо), частоты A28 обычно можно рассматривать как частоты A68]