Ионная кулоновская блокада - Ionic Coulomb blockade

Ионная кулоновская блокада (ICB)[1][2] электростатический явление который появляется в ионном переносе через мезоскопический электродиффузионные системы (искусственные нанопоры[1][3] и биологические ионные каналы[2]) и проявляется в виде осцилляторных зависимостей проводимости от фиксированного заряда в поре[2] (или по внешнему напряжению , или от объемной концентрации [1]).

ICB представляет собой ионный аналог более известного электронного Кулоновская блокада (ЕЦБ) что наблюдается в квантовые точки.[4][5] И ICB, и ECB возникают из квантование электрического заряда и из принципа электростатического исключения, и они имеют общий ряд эффектов и лежащих в основе физических механизмов. ICB обеспечивает некоторые специфические эффекты, связанные с существованием ионов разного заряда. (разные по знаку и значению), где целое число ионная валентность и это элементарный заряд, в отличие от одновалентных электронов ECB ().

Эффекты ICB проявляются в крошечных порах, собственная емкость настолько мала, что энергия заряда одного иона становится большим по сравнению с термальная энергия на частицу ( ). В таких случаях происходит сильное квантование энергетического спектра внутри поры, и система может быть либо «заблокирована» от переноса ионов, либо, в противоположной крайности, она может проявлять резонансную безбарьерную проводимость,[6][2] в зависимости от смещения свободной энергии, исходящего от , , или же .

Модель ICB утверждает, что является основным фактором, определяющим проводимость и селективность для определенных ионов, а также прогнозируемые колебания проводимости и связанную с ними кулоновскую лестницу занятости каналов. против [2] ожидаются сильные эффекты в случае двухвалентных ионов () или трехвалентных ионов ().

Некоторые эффекты, которые теперь признаны принадлежащими ICB, были обнаружены и рассмотрены ранее в предшествующих статьях о механизмах проводимости, управляемых электростатикой в ​​каналах и нанопорах.[7][8][9][10][11]

Проявления ICB наблюдались в заполненных водой порах субнанометрового размера через 2D монослой,[3] выявленные моделированием броуновской динамики (BD) кальциевых полос проводимости в узких каналах,[2][12] и учитывать разнообразие эффектов, наблюдаемых в биологических ионные каналы.[2] Прогнозы ICB также были подтверждены мутационным исследованием двухвалентной блокады в бактериальном канале NaChBac.[13]

Модель

Общая электростатическая модель канала / нанопоры

Рис. 1. Общая модель электростатической и броуновской динамики канала или нанопоры.

Эффекты ICB могут быть получены на основе упрощенной модели электростатики / броуновской динамики нанопоры или фильтра селективности ионного канала.[8] Модель представляет канал / пору как заряженное отверстие, проходящее через заполненный водой белковый узел, встроенный в мембрану. Его фиксированная плата рассматривается как единое центрально расположенное жесткое кольцо (рис. 1). Предполагается, что канал имеет геометрические параметры: длина нм и радиус нм, что позволяет перемещать частично гидратированные ионы одним файлом.

Модель представляет воду и белок как сплошные среды с диэлектрической проницаемостью. и соответственно. Подвижные ионы описываются как дискретные объекты с валентностью и радиуса , движущиеся через поры стохастически, управляемые самосогласованно связанными Электростатическое уравнение Пуассона и Стохастическое уравнение Ланжевена.

Модель применима как к катионным[9] и анионный[14] биологические ионные каналы и искусственные нанопоры.[1][3]

Электростатика

Предполагается, что подвижный ион частично гидратирован (обычно сохраняя свой первый гидратная оболочка [15]) и заряда где элементарный заряд (например, ион с ). Модель позволяет получить параметры пор и ионов, удовлетворяющие условиям безбарьерной проницаемости, и сделать это из базовой электростатики с учетом квантование заряда.

Потенциальная энергия канала / поры, содержащей ионы могут разлагаться на электростатическую энергию[1][2][8] , энергия обезвоживания,[15] и энергия локального ион-ионного взаимодействия :

Базовая модель ICB делает упрощающее приближение, которое , откуда:
где чистый заряд поры, когда она содержит идентичные ионы валентности знак движущихся ионов противоположен знаку , представляет собой электростатическую емкость поры, а - электрическая проницаемость вакуума.

Резонансная безбарьерная проводимость

Рис 2. Резонансная безбарьерная проводимость ионы, с энергиями нанесен вертикально. (а) Участок как функция фиксированного заряда и положение в канале. При «резонансном» значении переход практически безбарьерный (красное сечение). (б) Участки (синяя кривая) и (пунктирно-зеленый) и их сумма (красный) против за , показывая, что безбарьерная проводимость возникает в почти полной отмене между и .

Термодинамика и статистическая механика описывают системы с переменным числом частиц через химический потенциал , определяемую как свободная энергия Гиббса на частицу:[16][17]

, где - свободная энергия Гиббса для системы частицы. В тепловом равновесии и равновесии частиц с объемными резервуарами вся система имеет общее значение химического потенциала Уровень Ферми в других контекстах).[16] Свободная энергия, необходимая для входа нового иона в канал, определяется величиной избыточный химический потенциал [16] который (без учета энтропийного члена) можно записать как
где - энергия заряда (собственный энергетический барьер) падающего иона и его сродство (т.е. энергия притяжения к сайту связывания ). Разница в энергии между и (Рис.2.) Определяет разделение уровней энергии ионов (Кулоновский зазор ) и вызывает большинство наблюдаемых эффектов ICB.

В селективных ионных каналах предпочтительные ионные частицы проходят через канал почти со скоростью свободного распространение, несмотря на сильное сродство к сайту связывания. Этот парадокс селективности проводимости было объяснено как следствие избирательной безбарьерной проводимости.[6][10][17][18] В модели ICB это происходит, когда почти точно уравновешивается (), что происходит при определенном значении (Рис.2.).[12] Это резонансное значение зависит от ионных свойств и (неявно, через -зависимая энергия обезвоживания [6][15]), тем самым обеспечивая основу для избирательности.

Колебания проводимости

Рис 3. Ионная кулоновская блокада на примере BD-моделирования Са проводимость, как фиксированный заряд варьируется: а) Ca зоны проводимости; (б) Ca заполняемость, образующая кулоновскую лестницу; и (c) энергия основного состояния (красный)

Модель ICB явно предсказывает колебательную зависимость проводимости от , с двумя чередующимися наборами особенностей, связанных с последовательно увеличивающимся числом ионов в канале (рис. 3А).

Точки электростатической блокады соответствуют минимумам энергии основного состояния поры (рис. 3С).

В точки () эквивалентны точкам нейтрализации[12] где .

Резонансные точки проводимости соответствуют безбарьерному состоянию: , или же .

Ценности [2] даются простыми формулами

т.е. период колебаний проводимости в , .

За , в типичной геометрии ионного канала, , и ICB становится сильным. Следовательно, графики BD-моделирования Текущий против проявлять многоионные зоны проводимости - сильные колебания кулоновской блокады между минимумами и максимумы (Рис. 3A)).[12]

Смысл соответствует незаряженной поре с . Такие поры блокируются для ионов любого знака.

Кулоновская лестница

Колебания проводимости ICB соответствуют Кулоновская лестница в заполнении поры , с переходными областями, соответствующими и области насыщения, соответствующие (Рис. 3B). Форма лестницы описывается Ферми-Дирак (FD) распределение,[2] аналогично кулоновским лестницам квантовых точек.[5] Таким образом, для переход, функция FD:

Здесь это избыточный химический потенциал для конкретного иона и эквивалентное заполнение объема по отношению к объему пор. Насыщенная статистика занятости FD эквивалентна Изотерма Ленгмюра[19] или кинетике Михаэлиса-Ментен.[20]

Это фактор что вызывает связанный с концентрацией сдвиг в лестнице, показанной на рис. 3В.

Сдвиг особых точек

Добавление частичных избыточных химических потенциалов поступающие из разных источников (включая обезвоживание,[15] локальная привязка,[21] исключение объема и т. д.[9][17]) приводит к безбарьерному условию ICB приводит к собственному смещению резонансных точек ICB , описываемый «уравнением сдвига»:[22][21]

т.е. дополнительные энергетические вклады приводят к сдвигам в резонансной безбарьерной точке .

Наиболее важными из этих сдвигов (избыточных потенциалов) являются:

  • Сдвиг, связанный с концентрацией возникающий из объемной энтропии[17]
  • Сдвиг, связанный с обезвоживанием , возникающие в результате штрафа за частичное обезвоживание [15]
  • Сдвиг, связанный с локальным связыванием , за счет энергии локальной связи [21] и поверхностные эффекты.[23]

В искусственных нанопорах

Суб-нм поры

Следуя своему прогнозу, основанному на аналитической теории[1][2] и моделирования молекулярной динамики, экспериментальные доказательства ICB появились в результате экспериментов[3] на монослое пронзил сингл нм нанопора. Между водными ионными растворами по обе стороны от мембраны наблюдалась высокая неомическая проводимость. В частности, для низких напряжений на мембране ток оставался близким к нулю, но резко возрастал, когда порог составлял около мВ было превышено. Это было интерпретировано как полная ионная кулоновская блокада тока в (незаряженной) нанопоре из-за большого потенциального барьера при низких напряжениях. Но приложение большего напряжения разрушило барьер, создав доступные состояния, в которые могли происходить переходы, что привело к появлению проводимости.

В биологических ионных каналах

Осознание того, что ICB может происходить в биологических ионных каналах[2] учли несколько экспериментально наблюдаемых особенностей избирательности, в том числе:

Селективность валентности

Селективность по валентности - это способность канала различать ионы разной валентности. , где, например, а кальциевый канал благосклонность ионы над ионов в 1000 раз.[24] Селективность валентности по-разному приписывается чистой электростатике,[11]или к механизму конкуренции за заряд космического пространства,[25]или к плотному прилеганию иона к лигандам,[26]или к количественному обезвоживанию.[27]В модели ICB валентная селективность возникает из-за электростатики, а именно из-за -зависимость стоимости необходимо для обеспечения безбарьерной проводимости.

Соответственно, модель ICB дает объяснения, почему ориентированные на сайты мутации это изменить может разрушить канал, заблокировав его, или изменить его избирательность, не отдав предпочтение ионы в пользу ионы, или наоборот [28].

Двухвалентная блокада

Divalent (например, ) блокада моновалентных (например, ) токи наблюдается в некоторых типах ионных каналов. А именно,[24] ионы в чистом растворе натрия беспрепятственно проходят через кальциевый канал, но блокируются крошечными (нМ) внеклеточными концентрациями ионы.[24] ICB обеспечивает прозрачное объяснение как самого явления, так и формы изотермы Ленгмюра тока. vs. кривая затухания, получая их из сильного сродства и распределения FD ионы.[2][13] Наоборот, появление двухвалентной блокады является веским доказательством в пользу ICB

Точно так же ICB может учитывать двухвалентный (йодид ) блокада, наблюдаемая в биологических хлоридах () -селективные каналы.[14]

Особые возможности

Сравнение ICB и ECB

ICB и ECB следует рассматривать как две версии одного и того же фундаментального электростатического явления. И ICB, и ECB основаны на квантовании заряда и на конечной энергии заряда одной частицы. , что приводит к близкому сходству определяющих уравнений и проявлений этих тесно связанных явлений. Тем не менее, между ICB и ECB есть важные различия: их сходства и различия суммированы в таблице 1.

Таблица 1. Сравнение ICB и ECB
СвойствоICBЕЦБ
Мобильные носители зарядакатионы ( так далее...),

анионы ( так далее.)

электроны ()
Валентность мобильных носителей заряда, положительный (+1, +2, +3, ...),

отрицательный (-1, -2 ...)

Транспортный двигательКлассическая диффузияQM туннелирование
Колебания проводимостиДа, зависит от валентностида
Кулоновская лестница для заселения, Да, FD-образныйДа, FD-образный

Частные случаи

Кулоновская блокада может проявляться и в сверхпроводниках; в таком случае свободными носителями заряда являются куперовские пары () [29]

Кроме того, Паули спина блокада [30] представляет собой особый вид кулоновской блокады, связанный с Принцип исключения Паули.

Квантовые аналогии

Несмотря на появление полностью классические системы, ICB проявляет некоторые явления, напоминающие квантовая механика (QM). Они возникают потому, что дискретность заряда / сущности ионов приводит к квантованию энергии спектра и, следовательно, к QM-аналогиям:[31]

  • Управляемое шумом диффузионное движение обеспечивает побег через барьеры, сравнимые с QM-туннелированием в ECB.
  • Особая форма FD[2] из занятость против играет значительную роль в объяснении ICB феномена двухвалентной блокады.[13] Появление распределения ФП при диффузии классических частиц, подчиняющихся принцип исключения, был строго продемонстрирован.[19][32][33]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж Кремс, Мэтт; Ди Вентра, Массимилиано (10 января 2013 г.). «Ионная кулоновская блокада в нанопорах». Журнал физики: конденсированное вещество. 25 (6): 065101. arXiv:1103.2749. Bibcode:2013JPCM ... 25f5101K. Дои:10.1088/0953-8984/25/6/065101. ЧВК  4324628. PMID  23307655.
  2. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п Кауфман, Игорь Х; Макклинток, Питер V E; Айзенберг, Роберт S (2015). «Модель кулоновской блокады проникновения и селективности в биологических ионных каналах». Новый журнал физики. 17 (8): 083021. Bibcode:2015NJPh ... 17h3021K. Дои:10.1088/1367-2630/17/8/083021.
  3. ^ а б c d Фэн, Цзяньдун; Граф, Майкл; Думченко, Думитру; Кис, Андрас; Ди Вентра, Массимилиано; Раденович, Александра (2016). «Наблюдение ионной кулоновской блокады в нанопорах». Материалы Природы. 15 (8): 850–855. Bibcode:2016НатМа..15..850F. Дои:10.1038 / nmat4607. PMID  27019385.
  4. ^ Аверин, Д. В .; Лихарев, К. К. (01.02.1986). «Кулоновская блокада одноэлектронного туннелирования и когерентные колебания в малых туннельных переходах». Журнал физики низких температур. 62 (3–4): 345–373. Bibcode:1986JLTP ... 62..345A. Дои:10.1007 / bf00683469. ISSN  0022-2291.
  5. ^ а б Бинаккер, К. В. Дж. (1991-07-15). «Теория кулоновских осцилляций проводимости квантовой точки». Физический обзор B. 44 (4): 1646–1656. Bibcode:1991ПхРвБ..44.1646Б. Дои:10.1103 / PhysRevB.44.1646. HDL:1887/3358. PMID  9999698.
  6. ^ а б c Эйзенман, Джордж; Хорн, Ричард (1983-10-01). «Ионная селективность снова: роль кинетических и равновесных процессов в проникновении ионов через каналы». Журнал мембранной биологии. 76 (3): 197–225. Дои:10.1007 / bf01870364. ISSN  0022-2631. PMID  6100862.
  7. ^ фон Китцинг, Эберхард (1992), "Новая модель насыщения ионной проводимости в трансмембранных каналах", Мембранные белки: структуры, взаимодействия и модели, Иерусалимские симпозиумы по квантовой химии и биохимии, 25, Springer, Нидерланды, стр. 297–314, Дои:10.1007/978-94-011-2718-9_25, ISBN  9789401052054
  8. ^ а б c Zhang, J .; Каменев А .; Шкловский, Б. И. (19 мая 2006 г.). «Ионообменные фазовые переходы в каналах, заполненных водой с заряженными стенками». Физический обзор E. 73 (5): 051205. arXiv:cond-mat / 0510327. Bibcode:2006PhRvE..73e1205Z. Дои:10.1103 / PhysRevE.73.051205. PMID  16802926.
  9. ^ а б c Ру, Бено; Аллен, Тоби; Бернче, Саймон; Им, Вонпил (2004-02-01). «Теоретические и вычислительные модели биологических ионных каналов» (PDF). Ежеквартальные обзоры биофизики. 37 (1): 15–103. Bibcode:2004APS..MAR.J7004R. Дои:10,1017 / с0033583504003968. ISSN  0033-5835. PMID  17390604.
  10. ^ а б Есилевский, С.О .; Харкянен, В. (2005-06-01). «Безбарьерная ударная проводимость в ионных каналах: особенность или общий механизм?». Химическая физика. 312 (1–3): 127–133. Bibcode:2005CP .... 312..127Y. Дои:10.1016 / j.chemphys.2004.11.031. ISSN  0301-0104.
  11. ^ а б Корри, Бен; Вора, Тайра; Чунг, Шин-Хо (июнь 2005 г.). «Электростатические основы валентной селективности катионных каналов». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Биомембраны. 1711 (1): 72–86. Дои:10.1016 / j.bbamem.2005.03.002. ISSN  0005-2736. PMID  15904665.
  12. ^ а б c d Кауфман, I .; Лучинский, Д.Г .; Tindjong, R .; Макклинток, П. В. Э .; Айзенберг, Р. С. (19 ноября 2013 г.). «Энергетика дискретных полос селективности и мутационных переходов в семействе кальциево-натриевых ионных каналов». Физический обзор E. 88 (5): 052712. arXiv:1305.1847. Bibcode:2013PhRvE..88e2712K. Дои:10.1103 / PhysRevE.88.052712. PMID  24329301.
  13. ^ а б c Кауфман, Игорь Х .; Федоренко, Елена А .; Лучинский, Дмитрий Г .; Гибби, Уильям А.Т .; Робертс, Стивен К .; Макклинток, Питер В.Э .; Айзенберг, Роберт С. (2017). «Ионная кулоновская блокада и эффект аномальной мольной доли в бактериальном ионном канале NaChBac и его мутантах с переменным зарядом». EPJ Нелинейная биомедицинская физика. 5: 4. Дои:10.1051 / epjnbp / 2017003. ISSN  2195-0008.
  14. ^ а б Хартцелл, Крисс; Putzier, Ilva; Арреола, Хорхе (17 марта 2005 г.). «Хлоридные каналы, активируемые кальцием». Ежегодный обзор физиологии. 67 (1): 719–758. Дои:10.1146 / annurev.physiol.67.032003.154341. ISSN  0066-4278. PMID  15709976.
  15. ^ а б c d е Зволак, Михаил; Уилсон, Джеймс; Вентра, Массимилиано Ди (2010). «Дегидратация и квантование ионной проводимости в нанопорах». Журнал физики: конденсированное вещество. 22 (45): 454126. arXiv:1005.2550. Bibcode:2010JPCM ... 22S4126Z. Дои:10.1088/0953-8984/22/45/454126. ISSN  0953-8984. ЧВК  2997750. PMID  21152075.
  16. ^ а б c Ландсберг, Питер Т. (05.03.2014). Термодинамика и статистическая механика. Курьерская корпорация. ISBN  9780486167589.
  17. ^ а б c d Краусс, Даниэль; Айзенберг, Боб; Гиллеспи, Дирк (06.03.2011). «Селективность в модельном кальциевом канале: роль напряженности электростатического поля». Европейский биофизический журнал. 40 (6): 775–782. Дои:10.1007 / s00249-011-0691-6. ISSN  0175-7571. ЧВК  3124256. PMID  21380773.
  18. ^ Надлер, Вооз; Холлербах, Уве; Айзенберг, Р. С. (13 августа 2003 г.). «Диэлектрическая граничная сила и ее решающая роль в грамицидине». Физический обзор E. 68 (2): 021905. Bibcode:2003PhRvE..68b1905N. Дои:10.1103 / Physreve.68.021905. ISSN  1063-651X. PMID  14525004.
  19. ^ а б Фаулер, Р. Х. (1935). «Статистический вывод изотермы адсорбции Ленгмюра». Математические труды Кембриджского философского общества. 31 (2): 260–264. Bibcode:1935PCPS ... 31..260F. Дои:10.1017 / S0305004100013359. ISSN  1469-8064.
  20. ^ Эйнсворт, Стэнли (1977), «Кинетика Михаэлиса-Ментен», Кинетика устойчивого состояния ферментов, Macmillan Education UK, стр. 43–73, Дои:10.1007/978-1-349-01959-5_3, ISBN  9781349019618
  21. ^ а б c Кауфман, И.Х .; Гибби В.А.Т., Лучинский Д.Г., Макклинток П.В.Е. (2017). «Влияние локального связывания на стохастический транспорт в ионных каналах - Публикация конференции IEEE». arXiv:1704.00956. Дои:10.1109 / ICNF.2017.7985974. Цитировать журнал требует | журнал = (Помогите)CS1 maint: несколько имен: список авторов (ссылка на сайт)
  22. ^ Лучинский, Д.Г .; Гибби В.А.Т., Кауфман И.Х., Макклинток П.В.Е., Тимуцин Д.А. (2017). «Связь между селективностью и проводимостью в узких ионных каналах - Публикация конференции IEEE» (PDF). Дои:10.1109 / ICNF.2017.7985973. Цитировать журнал требует | журнал = (Помогите)CS1 maint: несколько имен: список авторов (ссылка на сайт)
  23. ^ Танака, Хироя; Иидзука, Хидео; Першин, Юрий В .; Вентра, Массимилиано Ди (2018). «Поверхностные эффекты на ионную кулоновскую блокаду в порах нанометрового размера». Нанотехнологии. 29 (2): 025703. arXiv:1711.09725. Bibcode:2018Nanot..29b5703T. Дои:10.1088 / 1361-6528 / aa9a14. ISSN  0957-4484. PMID  29130892.
  24. ^ а б c Sather, William A .; МакКлески, Эдвин В. (2003). «Проницаемость и селективность в кальциевых каналах». Ежегодный обзор физиологии. 65 (1): 133–159. Дои:10.1146 / annurev.physiol.65.092101.142345. ISSN  0066-4278. PMID  12471162.
  25. ^ Бода, Дезо; Ноннер, Вольфганг; Хендерсон, Дуглас; Айзенберг, Боб; Гиллеспи, Дирк (2008). «Исключение объема в кальциевых селективных каналах». Биофизический журнал. 94 (9): 3486–3496. Bibcode:2008BpJ .... 94.3486B. Дои:10.1529 / biophysj.107.122796. ЧВК  2292364. PMID  18199663.
  26. ^ Дудев, Тодор; Лим, Кармей (2014). «Эволюция эукариотических ионных каналов: принципы, лежащие в основе преобразования Са-селективно к Na‑ Селективные каналы ». Журнал Американского химического общества. 136 (9): 3553–559. Дои:10.1021 / ja4121132. PMID  24517213.
  27. ^ Корри, Бен (2013). "На/ Ca селективность бактериального потенциалзависимого натриевого канала NavAb ». Пэр J. 1: e16. Дои:10.7717 / peerj.16. ЧВК  3629057. PMID  23638350.
  28. ^ Heinemann, Stefan H .; Терлау, Генрих; Штюмер, Вальтер; Имото, Кейджи; Нума, Шосаку (1992). «Характеристики кальциевых каналов, переданные натриевым каналам в результате единичных мутаций». Природа. 356 (6368): 441–443. Bibcode:1992Натура.356..441H. Дои:10.1038 / 356441a0. ISSN  0028-0836. PMID  1313551.
  29. ^ Amar, A .; Песня, D .; Lobb, C.J .; Хорошо понял, Ф. К. (1994-05-16). "2e-e периодические парные токи в сверхпроводящих электрометрах с кулоновской блокадой". Письма с физическими проверками. 72 (20): 3234–3237. Bibcode:1994ПхРвЛ..72.3234А. Дои:10.1103 / PhysRevLett.72.3234. PMID  10056141.
  30. ^ Danon, J .; Назаров, Ю. В. (01.07.2009). «Спиновая блокада Паули при наличии сильной спин-орбитальной связи». Физический обзор B. 80 (4): 041301. arXiv:0905.1818. Bibcode:2009PhRvB..80d1301D. Дои:10.1103 / PhysRevB.80.041301.
  31. ^ Мейертолен, Эндрю; Ди Вентра, Массимилиано (31 мая 2013 г.). «Квантовые аналогии в переносе ионов через нанопоры». arXiv:1305.7450 [cond-mat.mes-hall ].
  32. ^ Kaniadakis, G .; Куарати, П. (1993-12-01). «Кинетическое уравнение для классических частиц, подчиняющихся принципу исключения». Физический обзор E. 48 (6): 4263–4270. Bibcode:1993PhRvE..48.4263K. Дои:10.1103 / PhysRevE.48.4263. PMID  9961106.
  33. ^ Kaniadakis, G .; Куарати, П. (1994-06-01). «Классическая модель бозонов и фермионов» (PDF). Физический обзор E. 49 (6): 5103–5110. Bibcode:1994PhRvE..49.5103K. Дои:10.1103 / PhysRevE.49.5103. PMID  9961832.