Связанная коробка Krüppel - Krüppel associated box - Wikipedia

Krüppel Associated Box
KRAB Domain.png
KRAB домен
Идентификаторы
СимволКРАБ
PfamPF01352
ИнтерПроIPR001909
УМНАЯSM00349
PROSITEPS50805
SCOP21v65 / Объем / СУПФАМ

В Связанная коробка Krüppel (KRAB) - это категория транскрипционный репрессивные домены присутствуют примерно у 400 человек белок цинковых пальцев -основан факторы транскрипции (Протеины цинковых пальцев KRAB).[1] Домен KRAB обычно состоит из примерно 75 аминокислотных остатков, в то время как минимальный модуль репрессии составляет примерно 45 аминокислотных остатков.[2] Предполагается, что он функционирует через белок-белковые взаимодействия через два амфипатический спирали. Самый известный взаимодействующий белок называется TRIM28 изначально визуализировался как SMP1,[3] клонирован как KAP1[4] и TIF1-бета.[5] Замены консервативных остатков отменяют репрессию.

Было показано, что более 10 независимо кодируемых доменов KRAB являются эффективными репрессорами транскрипции, что позволяет предположить, что эта активность является общим свойством домена. KRAB домены могут быть объединены с dCas9 Инструменты CRISPR для создания еще более сильных репрессоров.[6]

Эволюция

Домен KRAB был первоначально идентифицирован в 1988 году как периодический массив остатков лейцина, разделенных шестью аминокислотами 5 ’к области цинкового пальца KOX1 /ZNF10[7] придумал гептадный повтор лейцинов (также известный как лейциновая молния ) .[8] Позже этот домен был назван в ассоциации с белками C2H2-Zinc finger Krüppel associated box (KRAB).[9][10] Домен KRAB ограничен геномами из четвероногий организмы. KRAB, содержащий гены C2H2-ZNF, составляет самое большое подсемейство генов цинковых пальцев. Более половины генов C2H2-ZNF связаны с доменом KRAB в геноме человека. Они более склонны к кластеризации и обнаруживаются большими кластерами в геноме человека.[11]

Домен KRAB представляет собой один из самых сильных репрессоров в геноме человека.[2] После того, как домен KRAB был объединен с тетрациклиновый репрессор (TetR) слитые белки TetR-KRAB были первым созданным лекарственно-индуцируемым репрессором, который работал в клетках млекопитающих.[3]

Примеры

Гены человека, кодирующие KRAB-ZFP, включают KOX1 /ZNF10, KOX8 / ZNF708, ZNF43, ZNF184, ZNF91, HPF4, HTF10 и HTF34.

Рекомендации

  1. ^ Хантли С., Бэгготт Д.М., Гамильтон А.Т., Тран-Гьямфи М., Ян С., Ким Дж., Гордон Л., Бранскомб Е., Стаббс Л. (май 2006 г.). «Исчерпывающий каталог генов цинковых пальцев, связанных с KRAB человека: понимание эволюционной истории большого семейства репрессоров транскрипции». Genome Res. 16 (5): 669–77. Дои:10.1101 / гр.4842106. ЧВК  1457042. PMID  16606702.
  2. ^ а б Марголин Дж. Ф., Фридман Дж. Р., Мейер В. К., Виссинг Х., Тизен Х. Дж., Раушер Ф. Дж. (Май 1994 г.). «Крюппель-ассоциированные боксы являются мощными доменами репрессии транскрипции». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 91 (10): 4509–13. Дои:10.1073 / пнас.91.10.4509. ЧВК  43815. PMID  8183939.
  3. ^ а б Deuschle U, Meyer WK, Thiesen HJ (апрель 1995 г.). «Тетрациклин-обратимое молчание эукариотических промоторов». Мол. Клетка. Биол. 15 (4): 1907–14. Дои:10.1128 / mcb.15.4.1907. ЧВК  230416. PMID  7891684.
  4. ^ Фридман JR, Фредерикс WJ, Jensen DE, Speicher DW, Huang XP, Neilson EG, Rauscher FJ (август 1996 г.). «KAP-1, новый корепрессор для высококонсервативного домена репрессии KRAB». Genes Dev. 10 (16): 2067–78. Дои:10.1101 / gad.10.16.2067. PMID  8769649.
  5. ^ Моосманн П., Георгиев О., Ле Дуарен Б., Буркин Дж. П., Шаффнер В. (декабрь 1996 г.). «Репрессия транскрипции белком RING finger TIF1 beta, который взаимодействует с репрессорным доменом KRAB KOX1». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (24): 4859–67. Дои:10.1093 / nar / 24.24.4859. ЧВК  146346. PMID  9016654.
  6. ^ Адли, Мажар. «Набор инструментов CRISPR для редактирования генома и не только». Связь с природой 9.1 (2018): 1911, 6-7.
  7. ^ Базельский институт иммунологии (1988). Годовой отчет. Базель. п. 53. ISSN  0301-3782. OCLC  1793356.
  8. ^ Thiesen HJ (апрель 1990 г.). «Множественные гены, кодирующие домены цинковых пальцев, экспрессируются в Т-клетках человека» (PDF). Новый Биол. 2 (4): 363–74. PMID  2288909.
  9. ^ Bellefroid EJ, Ponsel DA, Lecocq PJ, Revelant O, Martial JA (май 1991 г.). «Эволюционно законсервированный бокс-домен, ассоциированный с Krüppel, определяет подсемейство эукариотических мультифигментных белков». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 88 (9): 3608–12. Дои:10.1073 / пнас.88.9.3608. ЧВК  51501. PMID  2023909.
  10. ^ Thiesen HJ, Bellefroid E, Revelant O, Martial JA (июль 1991 г.). «Консервативный домен белка KRAB, идентифицированный выше области цинкового пальца Kox 8». Нуклеиновые кислоты Res. 19 (14): 3996. Дои:10.1093 / nar / 19.14.3996. ЧВК  328495. PMID  1861988.
  11. ^ Rousseau-Merck MF, Koczan D, Legrand I, Möller S, Autran S, Thiesen HJ (2002). «Гены цинкового пальца KOX: полногеномное картирование 368 клонов ZNF PAC с кластерами генов цинкового пальца, преимущественно в 23 хромосомных локусах, подтверждено последовательностями человека, аннотированными в EnsEMBL». Cytogenet. Genome Res. 98 (2–3): 147–53. Дои:10.1159/000069802. PMID  12697996. S2CID  29964545.

дальнейшее чтение