LGMN - LGMN

LGMN
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4Н6Н, 4N6O, 4ФГУ, 4AWB, 4AWA, 4AW9
Идентификаторы
Псевдонимы	LGMN, AEP, LGMN1, PRSC1, легумаин
Внешние идентификаторы	OMIM: 602620 MGI: 1330838 ГомолоГен: 38075 Генные карты: LGMN
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 14 (человек)[1] Группа 14q32.12 Начните 92,703,807 бп[1] Конец 92,748,679 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 12 (мышь)[2] Группа 12 | 12 E Начните 102,394,084 бп[2] Конец 102,439,813 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность пептидазы цистеинового типа • пептидазная активность • гидролазная активность • активность эндопептидазы цистеинового типа • связывание тау-белка Сотовый компонент • поздняя эндосома • апикальная часть клетки • просвет лизосомы • лизосома • внеклеточная экзосома • просвет эндолизосом • внеклеточная область • цитоплазма • перинуклеарная область цитоплазмы Биологический процесс • отрицательная регуляция апоптотического процесса нейронов • отрицательная регуляция сигнального пути ERBB • процесс почечной системы • процессинг антигена и презентация экзогенного пептидного антигена через MHC класса II • метаболический процесс витамина D • отрицательная регуляция роста многоклеточного организма • процессинг вакуолярного белка • рецепторный катаболический процесс • протеолиз • сигнальный путь толл-подобных рецепторов • протеолиз, участвующий в катаболическом процессе клеточного белка • реакция на кислый pH • объем памяти • положительное регулирование пролиферации клеток • ассоциативное обучение • отрицательная регуляция экспрессии генов • клеточный ответ на стимул фактора роста гепатоцитов • положительная регуляция митотического клеточного цикла • клеточный ответ на ион кальция • положительная регуляция хемотаксиса моноцитов • организация дендритного позвоночника • активация активности эндопептидазы цистеинового типа • самопротеолиз • положительная регуляция долговременной синаптической потенциации • клеточный ответ на амилоид-бета • положительная регуляция хемотаксиса эндотелиальных клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5641	19141
Ансамбль	ENSG00000100600	ENSMUSG00000021190
UniProt	Q99538	O89017
RefSeq (мРНК)	NM_001008530 NM_005606 NM_001363696 NM_001363699	NM_011175 NM_001378875
RefSeq (белок)	NP_001008530 NP_005597 NP_001350625 NP_001350628	NP_035305 NP_001365804
Расположение (UCSC)	Chr 14: 92,7 - 92,75 Мб	Chr 12: 102,39 - 102,44 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Легумаин это белок что у людей кодируется LGMN ген.^[5][6][7]

Этот ген кодирует цистеин протеаза, легумаин, имеющий строгую специфичность для гидролиза аспарагинил облигации. Этот фермент может участвовать в переработке бактериального пептиды и эндогенные белки для представления MHC класса II в лизосомальной / эндосомной системах. Активация фермента запускается кислым pH и, по-видимому, автокаталитический. Экспрессия белка происходит после моноциты дифференцировать в дендритные клетки. Полностью зрелый активный фермент вырабатывается после липополисахарид экспрессия в зрелых дендритных клетках. Сверхэкспрессия этого гена может быть связана с большинством типов солидных опухолей. Этот ген имеет псевдоген на хромосома 13. Было описано несколько альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов, но определена биологическая достоверность только двух. Эти два варианта кодируют одно и то же изоформа.^[7]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000100600 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021190 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Танака Т., Инадзава Дж., Накамура И. (декабрь 1996 г.). «Молекулярное клонирование кДНК человека, кодирующей предполагаемую цистеиновую протеазу (PRSC1), и ее хромосомное отнесение к 14q32.1». Cytogenet Cell Genet. 74 (1–2): 120–3. Дои:10.1159/000134397. PMID  8893817.
6. Chen JM, Dando PM, Rawlings ND, Brown MA, Young NE, Stevens RA, Hewitt E, Watts C, Barrett AJ (апрель 1997 г.). «Клонирование, выделение и характеристика легумаина млекопитающих, аспарагинилэндопептидазы». J Biol Chem. 272 (12): 8090–8. Дои:10.1074 / jbc.272.12.8090. PMID  9065484.
7. "Entrez Gene: LGMN legumain".

дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Чен Дж. М., Дандо П. М., Стивенс Р. А. и др. (1998). «Клонирование и экспрессия легумаина мыши, лизосомальной эндопептидазы». Biochem. J. 335 (Pt 1): 111–7. Дои:10.1042 / bj3350111. ЧВК  1219758. PMID  9742219.
• Halfon S, Patel S, Vega F и др. (1998). «Автокаталитическая активация легумаина человека по остаткам аспарагиновой кислоты». FEBS Lett. 438 (1–2): 114–8. Дои:10.1016 / S0014-5793 (98) 01281-2. PMID  9821970.
• Манури Б., Хьюитт Е.В., Моррис Н. и др. (1999). «Аспарагинилэндопептидаза обрабатывает микробный антиген для представления MHC класса II». Природа. 396 (6712): 695–9. Дои:10.1038/25379. PMID  9872320.
• Чен Дж. М., Роулингс Н. Д., Стивенс Р. А., Барретт А. Дж. (1999). «Идентификация активного сайта легумаина связывает его с каспазами, клострипаином и гингипаинами в новом клане цистеиновых эндопептидаз». FEBS Lett. 441 (3): 361–5. Дои:10.1016 / S0014-5793 (98) 01574-9. PMID  9891971.
• Чен Дж. М., Фортунато М., Барретт А. Дж. (2001). «Активация пролегумаина человека расщеплением по С-концевому остатку аспарагина». Biochem. J. 352 (2): 327–34. Дои:10.1042 / bj3520327. ЧВК  1221463. PMID  11085925.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ли Д. Н., Мэтьюз С. П., Антониу А. Н. и др. (2003). «Многоступенчатая автоактивация аспарагинилэндопептидазы in vitro и in vivo». J. Biol. Chem. 278 (40): 38980–90. Дои:10.1074 / jbc.M305930200. PMID  12860980.
• Берстер Т., Бек А., Толоса Е. и др. (2004). «Катепсин G, а не аспарагинспецифическая эндопротеаза, контролирует процессинг основного белка миелина в лизосомах из B-лимфоцитов человека». J. Immunol. 172 (9): 5495–503. Дои:10.4049 / jimmunol.172.9.5495. PMID  15100291.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Мурти Р.В., Арбман Дж., Гао Дж. И др. (2005). «Экспрессия легумаина по отношению к клинико-патологическим и биологическим переменным при колоректальном раке». Clin. Рак Res. 11 (6): 2293–9. Дои:10.1158 / 1078-0432.CCR-04-1642. PMID  15788679.
• О Дж. Х., Ян Дж., Хан И и др. (2006). «Транскриптомный анализ рака желудка человека». Мамм. Геном. 16 (12): 942–54. Дои:10.1007 / s00335-005-0075-2. PMID  16341674.