LMO4 - LMO4

LMO4
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2L4Z
Идентификаторы
Псевдонимы	LMO4, Только домен LIM 4
Внешние идентификаторы	OMIM: 603129 MGI: 109360 ГомолоГен: 4927 Генные карты: LMO4
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п22.3 Начните 87,328,880 бп[1] Конец 87,348,923 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 H2 | 3 68,61 см Начните 144,188,530 бп[2] Конец 144,205,220 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • связывание ионов металлов • GO: 0001948 связывание с белками • GO: 0001158 Связывание проксимальной области корового промотора с последовательностью ДНК • связывание фактора транскрипции Сотовый компонент • комплекс регуляторов транскрипции • передний край ячейки Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • развитие межжелудочковой перегородки • дифференцировка нейронов ассоциации спинного мозга • развитие тимуса • отрицательная регуляция сборки белкового комплекса • транскрипция, ДНК-шаблон • вентральная дифференцировка интернейронов спинного мозга • регуляция активации клеток • дифференциация моторных нейронов спинного мозга • регуляция спецификации клеточной судьбы • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • закрытие нервной трубки • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция киназной активности • регулирование миграции клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	8543	16911
Ансамбль	ENSG00000143013	ENSMUSG00000028266
UniProt	P61968	P61969
RefSeq (мРНК)	NM_006769 NM_001369491	NM_001161769 NM_001161770 NM_010723
RefSeq (белок)	NP_006760 NP_001356420	NP_001155241 NP_001155242 NP_034853
Расположение (UCSC)	Chr 1: 87.33 - 87.35 Мб	Chr 3: 144.19 - 144.21 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор транскрипции домена LIM LMO4 это белок что у людей кодируется LMO4 ген.^[5]

Только домен LIM 4 представляет собой богатый цистеином белок, содержащий два домена LIM, который может играть роль регулятора транскрипции или, возможно, онкогена. Его мРНК характеризуется GC-богатой 5'-областью и множеством мотивов ATTT в 3'-области. Был идентифицирован вариантный транскрипт, в котором отсутствует часть 5'-области, но он не может быть подтвержден из-за богатой GC природы области.^[5]

Взаимодействия

LMO4 показал взаимодействовать с LDB1,^[6][7] RBBP8^[6][8] и BRCA1.^[6][8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000143013 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028266 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Entrez Gene: только домен LIM LMO4 4".
6. Сазерленд, Кейт Д; Visvader Jane E; Чунг Дэвид Й Х; Сумма Элеонора Ю. М.; Линдеман Джеффри Дж; Кэмпбелл Иэн Джи (октябрь 2003 г.). «Мутационный анализ гена LMO4, кодирующего белок, взаимодействующий с BRCA1, в карциномах молочной железы». Int. J. Рак. 107 (1): 155–8. Дои:10.1002 / ijc.11343. ISSN  0020-7136. PMID  12925972.
7. Дин, Джанет Э; Маккей Джоэл П.; Kwan Ann HY; Сумма Элеонора Ю. М.; Visvader Jane E; Мэтьюз Жаклин М. (май 2003 г.). «Структурная основа для распознавания ldb1 N-концевыми доменами LIM LMO2 и LMO4». EMBO J. 22 (9): 2224–33. Дои:10.1093 / emboj / cdg196. ISSN  0261-4189. ЧВК  156068. PMID  12727888.
8. Sum, Eleanor YM; Пэн Бенджамин; Юй Синь; Чен Цзюньцзе; Бирн Дженнифер; Линдеман Джеффри Дж; Visvader Jane E (март 2002 г.). «Белок LIM домена LMO4 взаимодействует с кофактором CtIP и опухолевым супрессором BRCA1 и ингибирует активность BRCA1». J. Biol. Chem. 277 (10): 7849–56. Дои:10.1074 / jbc.M110603200. ISSN  0021-9258. PMID  11751867.

дальнейшее чтение

• Кенни Д.А., Джурата Л.В., Сага Y, Гилл Г.Н. (1998). «Идентификация и характеристика LMO4, гена LMO с новым паттерном экспрессии во время эмбриогенеза». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 95 (19): 11257–62. Bibcode:1998PNAS ... 9511257K. Дои:10.1073 / пнас.95.19.11257. ЧВК  21629. PMID  9736723.
• Рацевскис Дж., Укроп А., Спарано Дж. А., Руан Х (1999). «Молекулярное клонирование LMO41, нового гена домена LIM человека». Биохим. Биофиз. Acta. 1445 (1): 148–53. Дои:10.1016 / s0167-4781 (99) 00037-8. PMID  10209267.
• Це Э., Груц Г., Гарнер А.А. и др. (2000). «Характеристика гена Lmo4, кодирующего белок LIM-only: геномная организация и сравнительное картирование хромосом». Мамм. Геном. 10 (11): 1089–94. Дои:10.1007 / s003359901167. PMID  10556429.
• Sum EY, Peng B, Yu X и ​​др. (2002). «Белок LIM домена LMO4 взаимодействует с кофактором CtIP и опухолевым супрессором BRCA1 и ингибирует активность BRCA1». J. Biol. Chem. 277 (10): 7849–56. Дои:10.1074 / jbc.M110603200. PMID  11751867.
• Дин Дж. Э., Висвадер Дж. Э., Маккей Дж. П., Мэтью Дж. М. (2003). «1H, 15N и 13C отнесения FLIN4, внутримолекулярного комплекса LMO4: ldb1». J. Biomol. ЯМР. 23 (2): 165–6. Дои:10.1023 / А: 1016363414644. PMID  12153047.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ву Д., Марин П., Уолцер С. и др. (2003). «Регулятор транскрипции LMO4 препятствует нейритогенезу в клетках нейробластомы человека SH-SY5Y». Brain Res. Мол. Мозг Res. 115 (2): 93–103. Дои:10.1016 / S0169-328X (03) 00119-0. PMID  12877980.
• Манетопулос С., Ханссон А., Карлссон Дж. И др. (2003). «Только LIM-белок LMO4 модулирует транскрипционную активность HEN1». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 307 (4): 891–9. Дои:10.1016 / S0006-291X (03) 01298-1. PMID  12878195.
• Sutherland KD, Visvader JE, Choong DY, et al. (2003). «Мутационный анализ гена LMO4, кодирующего белок, взаимодействующий с BRCA1, в карциномах молочной железы». Int. J. Рак. 107 (1): 155–8. Дои:10.1002 / ijc.11343. PMID  12925972.
• Колланд Ф., Жак Х, Труплин В. и др. (2004). «Функциональное протеомное картирование сигнального пути человека». Genome Res. 14 (7): 1324–32. Дои:10.1101 / гр. 2334104. ЧВК  442148. PMID  15231748.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Новотны-Дирмайр В., Линь Б., Гу Л., Цао Х (2005). «Модуляция комплекса гликопротеина 130 субъединицы рецептора интерлейкина-6 и его передача сигналов посредством взаимодействия LMO4». J. Biol. Chem. 280 (13): 12747–57. Дои:10.1074 / jbc.M500175200. PMID  15677447.
• Сан Т., Патойн С., Абу-Халил А. и др. (2005). «Ранняя асимметрия транскрипции генов в коре головного мозга человека левой и правой эмбрионов». Наука. 308 (5729): 1794–8. Bibcode:2005Научный ... 308.1794С. Дои:10.1126 / наука.1110324. ЧВК  2756725. PMID  15894532.
• Sum EY, Segara D, Duscio B и др. (2005). «Сверхэкспрессия LMO4 вызывает гиперплазию молочной железы, способствует инвазии клеток и является предиктором плохого исхода рака молочной железы». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 102 (21): 7659–64. Bibcode:2005ПНАС..102.7659С. Дои:10.1073 / pnas.0502990102. ЧВК  1140463. PMID  15897450.
• Джеффрис С.М., Грэм С.К., Стокс П.Х. и др. (2007). «Стабилизация бинарного белкового комплекса посредством интеин-опосредованной циклизации». Белковая наука. 15 (11): 2612–8. Дои:10.1110 / пс. 062377006. ЧВК  2242402. PMID  17001033.