LSM1 - LSM1

LSM1
Идентификаторы
Псевдонимы	LSM1, CASM, YJL124C, гомолог LSM1, ассоциированная деградация мРНК
Внешние идентификаторы	OMIM: 607281 MGI: 1914457 ГомолоГен: 40945 Генные карты: LSM1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 8 (человек)[1] Группа 8p11.23 Начните 38,163,335 бп[1] Конец 38,176,730 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 | 8 A2 Начните 25,785,288 бп[2] Конец 25,803,975 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание кэп-РНК • связывание пре-мРНК • связывание мРНК • Связывание РНК Сотовый компонент • цитозоль • П-боди • мессенджер рибонуклеопротеиновый комплекс • аксон • тело нейрональной клетки • дендрит • ядро клетки • цитоплазма • комплекс связывания кэпа мРНК • Комплекс Лсм1-7-Пат1 Биологический процесс • отрицательная регуляция дифференцировки нейронов • зависимое от деаденилирования декапирование транскрибируемой ядерной мРНК • Сплайсинг РНК посредством реакций переэтерификации • обработка мРНК • поддержание популяции стволовых клеток • Сплайсинг РНК • экзонуклеолитическая транскрибируемая ядерной мРНК катаболический процесс, вовлеченный в зависимый от деаденилирования распад • катаболический процесс мРНК гистонов • ядерно-транскрибируемый катаболический процесс мРНК • Метаболический процесс РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	27257	67207
Ансамбль	ENSG00000175324	ENSMUSG00000037296
UniProt	O15116	Q8VC85
RefSeq (мРНК)	NM_014462	NM_026032
RefSeq (белок)	NP_055277	NP_080308
Расположение (UCSC)	Chr 8: 38.16 - 38.18 Мб	Chr 8: 25,79 - 25,8 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

U6 snRNA-ассоциированный Sm-подобный белок LSm1 это белок что у людей кодируется LSM1 ген.^[5][6][7]

Функция

Sm-подобные белки были идентифицированы у различных организмов на основании гомологии последовательностей с семейством белков Sm (см. SNRPD2 ). Sm-подобные белки содержат мотив последовательности Sm, который состоит из 2 областей, разделенных линкером переменной длины, который сворачивается в виде петли. Считается, что Sm-подобные белки образуют стабильный гетеромер, присутствующий в три-snRNP частицы, которые важны для предварительнойсплайсинг мРНК.^[7]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000175324 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037296 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ingelfinger D, Arndt-Jovin DJ, Luhrmann R, Achsel T. (январь 2003 г.). «Белки LSm1-7 человека совместно локализуются с ферментами, разрушающими мРНК Dcp1 / 2 и Xrnl, в отдельных цитоплазматических очагах». РНК. 8 (12): 1489–501. Дои:10.1017 / S1355838202021726 (неактивно 12.10.2020). ЧВК  1370355. PMID  12515382.
6. Такахаши С., Сузуки С., Инагума С., Чо Ю. М., Икеда Й, Хаяши Н., Иноуэ Т., Сугимура Ю., Нишияма Н., Фудзита Т., Ушидзима Т., Шираи Т. (апрель 2002 г.). «Понижающая регуляция Lsm1 участвует в прогрессировании рака простаты у человека». Br J Рак. 86 (6): 940–6. Дои:10.1038 / sj.bjc.6600163. ЧВК  2364150. PMID  11953827.
7. «Ген Entrez: LSM1 LSM1 гомолог, связанная с малой ядерной РНК U6 (S. cerevisiae)».

дальнейшее чтение

• Симидзу Й., Сугияма Х., Фуджи Й. и др. (1997). «Специфическая для стадии дифференцировки и дифференцировки экспрессия LSM-1 (LPAP), возможного субстрата для CD45, в гемопоэтических клетках человека». Am. J. Hematol. 54 (1): 1–11. Дои:10.1002 / (SICI) 1096-8652 (199701) 54: 1 <1 :: AID-AJH1> 3.0.CO; 2-1. PMID  8980254.
• Schweinfest CW, Graber MW, Chapman JM и др. (1997). «CaSm: Sm-подобный белок, который способствует трансформированному состоянию раковых клеток». Рак Res. 57 (14): 2961–5. PMID  9230209.
• Сальгадо-Гарридо Дж., Брагадо-Нильссон Э., Канделс-Льюис С., Серафин Б. (1999). «Sm и Sm-подобные белки собираются в два родственных комплекса глубокого эволюционного происхождения». EMBO J. 18 (12): 3451–62. Дои:10.1093 / emboj / 18.12.3451. ЧВК  1171424. PMID  10369684.
• Ахсель Т., Брамс Х., Кастнер Б. и др. (1999). «Гетеромер Sm-подобных белков человека в форме пончика связывается с 3'-концом мяРНК U6, тем самым облегчая образование дуплекса U4 / U6 in vitro». EMBO J. 18 (20): 5789–802. Дои:10.1093 / emboj / 18.20.5789. ЧВК  1171645. PMID  10523320.
• Friesen WJ, Dreyfuss G (2000). «Конкретные последовательности Sm и Sm-подобных (Lsm) белков опосредуют их взаимодействие с продуктом гена мышечной атрофии позвоночника (SMN)». J. Biol. Chem. 275 (34): 26370–5. Дои:10.1074 / jbc.M003299200. PMID  10851237.
• Eystathioy T, Peebles CL, Hamel JC и др. (2002). «Аутоантитела к hLSm4 и гептамерному комплексу LSm в сыворотке против Sm». Ревматоидный артрит. 46 (3): 726–34. Дои:10.1002 / арт.10220. PMID  11920408.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ленер Б., Семпл Дж. И., Браун С. Е. и др. (2004). «Анализ высокопроизводительной двугибридной дрожжевой системы и ее использование для прогнозирования функции внутриклеточных белков, кодируемых в области III класса MHC человека». Геномика. 83 (1): 153–67. Дои:10.1016 / S0888-7543 (03) 00235-0. PMID  14667819.
• Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Вичроски MJ, Робб GB, Rana TM (2006). "Факторы рестрикции человеческого ретровируса APOBEC3G и APOBEC3F локализуются в телах, обрабатывающих мРНК". PLOS Pathog. 2 (5): e41. Дои:10.1371 / journal.ppat.0020041. ЧВК  1458959. PMID  16699599.
• Чу CY, Rana TM (2006). «Репрессия трансляции в человеческих клетках с помощью гена, индуцированного микроРНК, требует RCK / p54». ПЛОС Биол. 4 (7): e210. Дои:10.1371 / journal.pbio.0040210. ЧВК  1475773. PMID  16756390.
• Streicher KL, Yang ZQ, Draghici S, Ethier SP (2007). «Трансформирующая функция онкогена LSM1 при раке груди человека с ампликоном 8p11-12». Онкоген. 26 (14): 2104–14. Дои:10.1038 / sj.onc.1210002. ЧВК  2435249. PMID  17001308.