Список секвенаторов ДНК - List of DNA sequencers
 | Эта статья не цитировать любой источники. (Декабрь 2019 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
Рынок Секвенатор ДНК инструментов в настоящее время преобладают: Иллюмина (Декабрь 2019 г.), а затем PacBio, MGI / BGI и Оксфорд Нанопор. Есть также предложения от Qiagen GeneReader (по состоянию на декабрь 2019 г.) и GenapSys. Большинство секвенсоров также могут производить РНК последовательности либо напрямую, либо через кДНК подготовка.
Основные соображения по поводу инструментов секвенирования ДНК или циклов секвенирования:
- Пропускная способность: общее количество оснований или считываний за цикл секвенирования.
- Стоимость на базу: общая стоимость производства определенного количества данных (например, 1 гигабаза = 10E9 баз) за цикл секвенирования.
- Качество базовых звонков (например, Q-оценка ): вероятность того, что базовый вызов правильный.
- Длина чтения / длина последовательности: более длинные чтения или последовательности легче использовать или интерпретировать.
- Скорость производства данных: количество данных, произведенных последовательностью за единицу времени. Это относится к пропускной способности инструмента с течением времени для максимального использования.
- Стоимость инструмента: высокая капитальные затраты инструмента для секвенирования ДНК увеличивает время амортизации в течение срока его службы и, таким образом, увеличивает стоимость основания.
Текущие платформы
Показана актуальная таблица текущих инструментов, которые все еще активно предлагаются:
| Платформа | Читает x run: (M) | Длина чтения: (парный конец *, половина данных при чтении **) | Время работы: (d) | Выход: (Гб) | Скорость: (Гб / д) | Реагенты: ($) | за Гб: ($) | hg-30x: ($) | Машина: ($) | Установить базу | Максимальный теоретический выход в день (Гб) | Максимальный общий выход в день (Гб) из текущей базы установки |
| ILMN iSeq 100 1fcell | 4 | 150* | 077-1.28 | 1.2 | 0.79 | 650 | 542 | 54167 | 19,9 тыс. | 860 | 1.56 | 1341.6 |
| ILMN MiniSeq 1fcell | 25 | 150* | 1 | 7.5 | 7.5 | 1750 | 218 | 21800 | 49,5 тыс. | 1100 | 7.5 | 8250 |
| ILMN MiSeq 1fcell | 25 | 300* | 17/01/2020 | 15 | 7.5 | 1750 | 117 | 11700 | 99 тыс. | 7400 | 7.5 | 55500 |
| ILMN NextSeq 550 1fcell | 400 | 150* | 1.2 | 120 | 100 | 5125 | 43 | 4300 | 250 тыс. | 3600 | 100 | 360,000 |
| ILMN HiSeq 2500 RR 2fcells | 600 | 100* | 1.125 | 300 | 106.6 | 13920 | 46 | 4600 | 740 тыс. | 0 | 106.6 | 0 |
| ILMN HiSeq 2500 V3 2fcells | 3000 | 100* | 11 | 600 | 55 | 35300 | 59 | 5900 | 690 тыс. | 0 | 55 | 0 |
| ILMN HiSeq 2500 V4 2f ячейки | 4000 | 125* | 2.5 | 1000 | 166 | 33800 | 34 | 3400 | 690 тыс. | 1300 | 166 | 215,800 |
| ILMN HiSeq 4000 2fcells | 5000 | 150* | 3.5 | 1500 | 400 | 34450 | 23 | 2300 | 900 тыс. | 400 | 400 | 160,000 |
| ILMN NextSeq 2000 P3 1fcell (конец 2020 г.) | 1000 | 150* | 2 | 300 | 150 | 6000 | 20 | 2000 | 335 тыс. | 0 | 150 | 0 |
| ILMN HiSeq X 2fcells | 6000 | 150* | 3 | 1800 | 600 | 28440 | 16 | 1600 | 1–1,2 млн | 400 | 600 | 240,000 |
| ILMN NovaSeq SP 2fcells | 1600 | 250* | 1.58 | 800 | 505.3 | 11700 | 15 | 1500 | 985 тыс. | 0 | 600 | 0 |
| ILMN NovaSeq S1 2fcells | 3200 | 150* | 1.66 | 1000 | 600 | 14000 | 14 | 1400 | 985 тыс. | 0 | 600 | 0 |
| ILMN NovaSeq S2 2fcells | 6600 | 150* | 1.66 | 2500 | 1506 | 32400 | 13 | 1300 | 985 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| ILMN NovaSeq S4 2fcells * | 20000 | 150* | 1.83 | 6000 | 3600 | 65360 | 7.00 | 700 | 985 тыс. | 920 | 3600 | 3,312,000 |
| PACB RSII | 0.88 | 20 тыс. ** | 4.3 | 12 | 2.8 | 2400 | 200 | 24000 | 695 тыс. | 100 | 2.8 | 280 |
| Проточная ячейка PACB 8M Sequel II v2.0 для хим. 1 | 4 | 45–185 тыс. ** | 1 | 30-180 | 25-650 | 1300 | 43.3-7.2 | 3897-648 | 350 тыс. | 114 | 650 | 74,100 |
| PACB 48M chip R&D 1 проточная ячейка | 24 | 45–185 тыс. ** | 1 | 180-1080 | -- | 1300 | 7.2-1.2 | 648-108 | 350 тыс. | 0 | 1080 | 0 |
| TMO SOLID 5500 XL | 1400 | 60 | 7 | 180 | 30 | 10500 | 58.33 | 7000 | 595 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 510 1чип | 2 - 3 | 200-400 | 0.21 | 1 | 4.8 | 950 | 950 | 114000 | 65 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 520 1чип | 3 - 6 | 200-600 | 0.23 | 1 | 4.3 | 1000 | 500 | 60000 | 65 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 530 1чип | 20 | 200-600 | 0.29 | 4 | 13.8 | 1200 | 150 | 18000 | 65 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion Genexus GX5 1 чип | 48-60 | 200-400 | -- | 9.6-24 | -- | 3500 | 104.2-364.6 | 11196 | 65 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 540 1чип | 80 | 200 | 0.42 | 15 | 35.7 | 1400 | 93.3 | 11196 | 65 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| TMO Ion S5 550 1чип | 130 | 200 | 0.5 | 25 | 50 | 1670 | 66.8 | 8016 | 65 тыс. | 0 | 0 | 0 |
| ONT Plate Flongle 1fcell = 1well (2020) | -- | 500-2000000 | 3 | 0.5/1 | -- | 25/50 | 100-25 | -- | -- | 0 | 0 | 0 |
| ONT SmidgION 1fcell | -- | 500-2000000 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | 0 | 0 | 0 |
| ONT Flongle 1fcell | -- | 500-2000000 | 0.7 | 1-2 | 1.3 | 90 | 90-45 | 8100-2700 | -- | 0 | 0 | 0 |
| ONT MinION Mk 1B 1fcell | -- | 500-2000000 | 3 | 17/30-50 | -- | 900-475 | 53-9.5 | 4770-885 | -- | 4500 | 15 | 67,500 |
| ONT GridION X5 5fcells | -- | 500-2000000 | 3 | 85/150-250 | -- | 900-475 | 53-9.5 | 4770-885 | 50 тыс. | 100 | 75 | 7,500 |
| ONT PromethION 48fcells | -- | 500-2000000 | 2.6 | 3000/7000-15000 | -- | 2000-625 | 20-3 | 1400-315 | 285 тыс. | 45 | 5769 | 259,615 |
| QiaGen GeneReader | 48 | 100-150 | -- | 7.2 | -- | 500 | -- | -- | -- | 0 | 0 | 0 |
| MGI DNBSEQ-Tx 8fcells (2020) | 230000 | PE150 * | 3.5 | 70000 | 20000 | 70000 | 1 | 100 | -- | 0 | 20000 | 0 |
| MGI DNBSEQ-T7 4fcells | 20000 | PE150 * | 1 | 6000 | 6000 | 35000 | 5 | 500 | 1 млн | 20 | 6000 | |
| MGI DNBSEQ-G400RS 2fcells | 3600 | SE400 / PE200 * | 1.6 | 1440 | 900 | -- | 7 | 700 | 360K | 1 | 130 | -- |
| DNBSEQ-G50 2f ячейки | 300 | PE100 * | 2 | 60 | 30 | 21600 | 360 | 43200 | 320 КБ | 1 | 30 | 30 |
| Чип Genapsys 1M | 1 | 150 | 1.17 | 0.15 | 0.1 | 100 | 667 | 80000 | 10 тыс. | 1 | 30 | 30 |
| Чип Genapsys 16M | 10 - 12 | 150 | 1.17 | 1.2-2 | NA | 300 | -- | -- | 10 тыс. | 1 | 30 | 30 |
| Чип Genapsys 144M (2020 г.) | 144 | 150 | 1.17 | 21.6 | NA | 600 | 28 | 3333 | 10 тыс. | 1 | 30 | 30 |
Технологии в разработке
Есть несколько новых стартапов и более крупных компаний, разрабатывающих методы секвенирования ДНК:[1]
| Компания | Общая сумма привлеченных денег (MUSD) | Деньги, полученные при IPO или приобретении (MUSD) | Оценка при последнем повышении или рыночной капитализации (MUSD) | Оценка компаний для IPO (MUSD) | Дополнительная информация |
| Универсальная технология секвенирования | 8 | 0 | 0 | 0 | http://41j.com/blog/2018/07/direct-genomics/ |
| Квантум-СИ | 0 | 0 | 0 | 0 | Информация |
| XGenomes | 0 | 0 | 1 | 0 | http://41j.com/blog/2018/12/quantumsi/ |
| QuantuMDx | 26.3 | 0 | 2 | 0 | https://techcrunch.com/2019/03/15/xgenomes-is-bringing-dna-sequencing-to-the-masses/ |
| iNanoBio | 3.3 | 0 | 20 | 0 | http://41j.com/blog/2018/09/quantumdx/ |
| Центриллион биологических наук | 24.3 | 0 | 54 | 0 | http://41j.com/blog/2018/09/inanobio/ |
| Прямая геномика | 34.8 | 0 | 0 | 0 | http://41j.com/blog/2018/07/centrillion-technologies/ |
| Quantapore | 50.6 | 0 | 93 | 0 | Информация |
| Онтера | 32.6 | 100 | 0 | -- | |
| LaserGen (приобретен) | 85 | 105 | 105 | 0 | -- |
| Stratos Genomics | 55.9 | 0 | 120 | 0 | http://41j.com/blog/2018/11/stratos-genomics/ |
| ReadCoor | 25.5 | 0 | 138 | 0 | -- |
| Розуэлл Биотехнологии | 38 | 192 | 0 | http://41j.com/blog/2018/09/roswell-biotechnologies/ | |
| Омниом | 60 | 0 | 360 | 0 | Информация |
Рекомендации
- ^ "Next-Next-Gen-Sequencing.v1.8.1 @albertvilella". Гугл документы. Получено 2020-01-01.