Список программ для визуализации системной биологии - List of systems biology visualization software - Wikipedia

Программное обеспечение онлайн

ИмяОписаниеСайт
Верстак GESTALTграфический инструмент для анализа крупномасштабных данных геномной последовательности[1]
N-Просмотринтерактивный графический браузер для биологических сетей[2]
NetPathкураторский ресурс путей передачи сигналов человека[3]
МЕГАбесплатно, онлайн, с открытым исходным кодом, филогенетический анализ, рисование дендрограмм и т. д.[4]
РЕАКТАЦИЯбесплатная онлайн-база данных с открытым исходным кодом и тщательно подобранными путями, охватывающая многие области биологии человека[5]
WikiPathwaysкурировать биологические пути[6]
MetaboMAPSвизуализировать данные omics об общих метаболических путях [1][7]

Приложения

ИмяОписаниеОперационные системыЛицензияСайт
БиоГобеленинтерактивный инструмент для построения, визуализации и моделирования сетей генетического регулированиямультиплатформенный (на основе Java)LGPL[8]
Cytoscapeинтеграция данных, визуализация сети и анализмультиплатформенность (на основе Java)LGPL[9]
GenMAPPвизуализировать и анализировать геномные данные в контексте путейWindowsЛицензия Apache[10]
MATLABинструмент для моделирования, моделирования и анализа динамических биологических системWindows, Linux, macOSПроприетарный[11]
МЕГАбесплатно, онлайн, с открытым исходным кодом, филогенетический анализ, рисование дендрограмм и т. д.Windows / DOS-Win / Mac / LinuxУсловно-бесплатное ПО[12]
PathVisioинструмент для отображения и редактирования биологических путеймультиплатформенный (на основе Java)Лицензия Apache[13]
InCroMAPинструмент для интеграции данных omics и совместной визуализации экспериментальных данных в путяхмультиплатформенный (на основе Java)LGPL[14]
Просмотр путиинтеграция и визуализация данных на основе путей, проста в использовании и интегрируется в анализ путеймультиплатформенный (R / Bioconductor)GPL[15] [16]
Systripанализ данных временных рядов в контексте биологических сетейWindows, LinuxLGPL, GPL[17]

Рекомендации