Минимальный информационный стандарт - Minimum information standard

В минимальный информационный стандарт представляет собой набор руководящих принципов для составление отчетов данные получены соответствующими методами в биологических науках. Если следовать ему, это гарантирует, что данные могут быть легко проверены, проанализированы и четко интерпретированы широким научным сообществом. Соблюдение этих рекомендаций также облегчает создание структурированных баз данных, общедоступных репозиториев и разработку инструментов анализа данных.[1][2]

Человек минимальные информационные стандарты вносятся сообществами междисциплинарных специалистов, сосредоточенных на проблематике конкретного метода, используемого в экспериментальной биологии. Затем стандарты предоставляют спецификации, какая информация об экспериментах (метаданные ) крайне важно и важно сообщать вместе с полученными данными, чтобы сделать их всеобъемлющими.[1][2] Потребность в этой стандартизации во многом обусловлена ​​развитием высокопроизводительных экспериментальных методов, которые предоставляют огромные объемы данных. Разработка минимальных информационных стандартов для различных методов с 2008 года гармонизируется проектом «Минимум информации о биомедицинских или биологических исследованиях» (MIBBI).[3]

Стандарты MI

MIAPPE, Минимум информации об эксперименте по фенотипированию растений

MIAPPE это открытый проект, управляемый сообществом, по согласованию данных экспериментов по фенотипированию растений. MIAPPE включает в себя концептуальный контрольный список метаданных, необходимых для адекватного описания эксперимента по фенотипированию растений.

MIAME, микрочип экспрессии генов

Минимальная информация об эксперименте с микрочипом (MIAME) описывает минимальную информацию об эксперименте с микрочипом, которая необходима для того, чтобы дать возможность однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциально воспроизвести эксперимент, и направлена ​​на облегчение распространения данных экспериментов с микрочипами. Он был опубликован Общество FGED в 2001 году и был первым опубликованным минимальным информационным стандартом для высокопроизводительных экспериментов в области наук о жизни.

MIAME содержит ряд расширений для охвата конкретных биологических доменов, включая MIAME-env, MIAME-nut и MIAME-tox, охватывающих геномику окружающей среды, геномику питания и токсогеномику, соответственно.

MINI: минимум информации о неврологическом исследовании

MINI: Электрофизиология

Электрофизиология это технология, используемая для изучения электрических свойств биологических клеток и тканей. Электрофизиология обычно включает измерения изменения напряжения или электрического тока в широком диапазоне масштабов от белков с одним ионным каналом до целых тканей. Этот документ представляет собой единый модуль, входящий в семейство руководящих документов с минимальной информацией о неврологических исследованиях (MINI), составленных в ходе консультаций с сообществом и постоянно доступных для общественного обсуждения. Модуль MINI представляет собой минимум информации, которую следует сообщать о наборе данных, чтобы облегчить вычислительный доступ и анализ, чтобы позволить читателю интерпретировать и критически оценивать выполненные процессы и сделанные выводы, а также поддерживать их экспериментальное подтверждение. На практике модуль MINI содержит контрольный список информации, которая должна быть предоставлена ​​(например, об используемых протоколах), когда набор данных описывается для публикации. Полную спецификацию модуля MINI можно найти здесь.[4]

MIARE, эксперимент RNAi

Минимум информации об эксперименте с РНКи (MIARE) - это отчетность по данным руководство, которое описывает минимальный объем информации, которую следует сообщать об эксперименте с РНКи, чтобы обеспечить однозначную интерпретацию и воспроизведение результатов.

MIACA, клеточный анализ

Достижения в области геномики и функциональной геномики сделали возможным крупномасштабный анализ функций генов и белков с помощью высокопроизводительных биологических анализов клеток. Таким образом, клетки в культуре могут быть нарушены in vitro, а индуцированные эффекты зарегистрированы и проанализированы. Нарушения могут быть вызваны несколькими способами, например, с помощью молекул (миРНК, экспрессионные конструкции, небольшие химические соединения, лиганды для рецепторов и т. Д.), Из-за стрессов окружающей среды (таких как температурный сдвиг, сывороточное голодание, кислородное голодание и т. их комбинации. Клеточные ответы на такие возмущения анализируются, чтобы идентифицировать молекулярные события в рассматриваемых биологических процессах и понять биологические принципы. Мы предлагаем минимальную информацию о клеточном анализе (MIACA) для сообщения о клеточном анализе и CA-OM, модульном клеточном анализе. модель объекта анализа, чтобы облегчить обмен данными и сопутствующей информацией, а также сравнить и интегрировать данные, которые происходят из различных, хотя и дополняющих друг друга подходов, а также для разъяснения принципов более высокого порядка. Документы, описывающие MIACA доступны и содержат дополнительную информацию, а также контрольный список терминов, о которых следует сообщить.

MIAPE, протеомные эксперименты

Дальнейшая информация: Минимум информации о протеомном эксперименте

В документах «Минимум информации о протеомном эксперименте» описывается информация, которая должна быть предоставлена ​​вместе с протеомным экспериментом. В родительском документе описываются процессы и принципы, лежащие в основе разработки ряда документов по предметной области, которые теперь охватывают все аспекты рабочего процесса протеомики на основе MS.

MIMIx, молекулярные взаимодействия

Этот документ был разработан и поддерживается рабочей группой по молекулярному взаимодействию HUPO-PSI (www.psidev.info) и описывает минимум информации об эксперименте по молекулярному взаимодействию.

MIAPAR, реагенты для сродства к белку

Минимальная информация о реагенте для сродства к белку была разработана и поддерживается рабочей программой Molecular Interaction HUPO-PSI (www.psidev.info) в сотрудничестве с HUPO Antibody Initiative и европейским консорциумом производителей связующих и стремится побудить пользователей к улучшить описание связывающих реагентов, таких как антитела, используемых в процессе идентификации белков.

МИАБЭ, биоактивные вещества

Минимум информации о биоактивном веществе был подготовлен представителями крупных фармацевтических и научных кругов, которые стремятся улучшить описание обычно небольших молекул, которые связываются с конкретными мишенями в живом организме и потенциально модулируют их активность. Этот документ охватывает молекулы, подобные лекарствам, а также гербициды, пестициды и пищевые добавки. В основном он поддерживается в рамках отраслевой программы EMBL-EBI (www.ebi.ac.uk/industry).

MIGS / MIMS, последовательности генома / метагенома

Эта спецификация разрабатывается Консорциум геномных стандартов

MIFlowCyt, проточная цитометрия

Минимум информации об эксперименте проточной цитометрии

Фундаментальный принцип любого научного исследования заключается в том, что опубликованные результаты любого исследования должны быть открыты для независимой проверки или опровержения. Минимальная информация об эксперименте проточной цитометрии (MIFlowCyt) устанавливает критерии для записи информации об обзоре эксперимента, образцах, приборах и анализе данных. Он способствует последовательному аннотированию клинических, биологических и технических вопросов, связанных с экспериментом по проточной цитометрии, путем определения требований к содержанию данных и предоставления структурированной основы для сбора информации.

Более подробную информацию можно найти по адресу:

  • Сообщество по потоковой информатике и вычислительной цитометрии (FICCS) MIFlowCyt вики страница.
  • Стандарты биоинформатики для проточной цитометрии Сеть MIFlowCyt страница.

MISFISHIE, Эксперименты по гибридизации и иммуногистохимии in situ

MIAPA, Филогенетический анализ

Критерии минимума информации о филогенетическом анализе были описаны в 2006 году.[5]

МИРАЖ, Гликомикс

Дальнейшая информация: Минимальная необходимая информация о гликомическом эксперименте (MIRAGE)

Проект MIRAGE поддерживается и координируется Beilstein-Institut с целью разработки рекомендаций по обработке и обработке данных в исследованиях гликомики. [1][6][7]

MIAO, ORF

МАЙАМЕТ, МЕТаболомический эксперимент

MIAFGE, Эксперимент по функциональной геномике

MIRIAM, Минимум информации, необходимой для аннотации моделей

Минимальная информация, необходимая в аннотации моделей (МИРИАМ ), представляет собой набор правил для курирования и аннотации количественных моделей биологических систем.

MIASE, Минимум информации об эксперименте по моделированию

Минимальная информация об имитационном эксперименте (MIASE ) является попыткой стандартизировать описание имитационных экспериментов в области системной биологии.

CIMR, Основная информация для отчетов по метаболомике

STRENDA, Стандарты представления данных энзимологии

Стандарты представления данных энзимологии (STRENDA ) - это инициатива, которая специально направлена ​​на разработку руководящих принципов для отчетности (описания метаданных) энзимологических экспериментов с целью повышения качества энзимологических данных, публикуемых в научной литературе.

Рекомендации

  1. ^ а б Ли, Джейми А .; Спидлен, Йозеф; Бойс, Кейт; Кай, Дженнифер; Кросби, Николас; Дальфин, Марк; Ферлонг, Джефф; Гаспаретто, Маура; Гольдберг, Майкл; Горалчик, Элизабет М .; Хён, Билл; Янсен, Кирстин; Коллманн, Тобиас; Конг, Меган; Лейф, Роберт; МакВини, Шеннон; Молошок, Томас Д .; Мур, Уэйн; Нолан, Гарри; Нолан, Джон; Николич-Цугич, Янко; Пэрриш, Дэвид; Перселл, Барклай; Цянь, Ю; Сельварадж, Бирунтха; Смит, Клейтон; Чуваткина Ольга; Вертхаймер, Энн; Уилкинсон, Питер; Уилсон, Кристофер; Вуд, Джеймс; Зигон, Роберт; Scheuermann, Richard H .; Бринкман, Райан Р. (1 октября 2008 г.). «MIFlowCyt: минимум информации об эксперименте по проточной цитометрии». Цитометрия Часть А. 73A (10): 926–930. Дои:10.1002 / cyto.a.20623. ЧВК  2773297. PMID  18752282.
  2. ^ а б Бразма, Алвис; Хингамп, Паскаль; Quackenbush, Джон; Шерлок, Гэвин; Спеллман, Пол; Стокерт, Крис; Аах, Джон; Ансорге, Вильгельм; Болл, Екатерина А .; Causton, Helen C .; Гаастерленд, Терри; Глениссон, Патрик; Holstege, Frank C.P .; Ким, Ирен Ф .; Марковиц, Виктор; Матезе, Джон С .; Паркинсон, Хелен; Робинсон, Алан; Саркан, Угис; Шульце-Кремер, Штеффен; Стюарт, Джейсон; Тейлор, Рональд; Вило, Яак; Вингрон, Мартин (30 ноября 2001 г.). «Минимум информации об эксперименте с микрочипами (MIAME) - до стандартов для данных микрочипов». Природа Генетика. 29 (4): 365–371. Дои:10.1038 / ng1201-365. PMID  11726920. S2CID  6994467.
  3. ^ Тейлор, Крис Ф (2008). «Продвижение согласованных минимальных руководящих принципов отчетности для биологических и биомедицинских исследований: проект MIBBI». Природа Биотехнологии. 26 (8): 889–896. Дои:10.1038 / nbt.1411. ЧВК  2771753. PMID  18688244.
  4. ^ Гибсон, Фрэнк, Овертон, Пол, Смолдерс, Том, Шульц, Саймон, Эглен, Стивен, Инграм, Колин, Панцери, Стефано, Лещ, Фил, Сернагор, Эвелин, Каннингем, Марк, Адамс, Кристофер, Эхтермейер, Кристоф, Симонотто, Дженнифер, Кайзер, Маркус, Свон, Дэниел, Флетчер, Марти и Лорд, Филипп. Минимум информации о нейробиологическом исследовании (MINI) -электрофизиологии. Доступно в Nature Precedings <http://hdl.handle.net/10101/npre.2008.1720.1 > (2008)
  5. ^ Leebens-Mack, J .; Vision, T .; Brenner, E .; Bowers, J. E .; Cannon, S .; Clement, M. J .; Cunningham, C.W .; Depamphilis, C .; Desalle, R .; Дойл, Дж. Дж .; Eisen, J. A .; Гу, X .; Harshman, J .; Jansen, R.K .; Kellogg, E. A .; Кунин, Э. В .; Mishler, B.D .; Philippe, H .; Pires, J.C .; Qiu, Y. L .; Rhee, S. Y .; Sjölander, K .; Солтис, Д. Э .; Солтис, П.С.; Стивенсон, Д. В .; Стена, К .; Warnow, T .; Змасек, К. (2006). «Первые шаги к стандарту отчетности по филогенезам: минимум информации о филогенетическом анализе (MIAPA)». OMICS: журнал интегративной биологии. 10 (2): 231–7. Дои:10.1089 / omi.2006.10.231. ЧВК  3167193. PMID  16901231.
  6. ^ Struwe, WB; и другие. (2016). «Минимум информации, необходимой для проекта эксперимента с гликомикой (MIRAGE): руководство по подготовке образцов для надежного представления наборов данных гликомики». Гликобиология. 26 (9): 907–910. Дои:10.1093 / glycob / cww082. ЧВК  5045532. PMID  27654115.
  7. ^ Йорк, штат Вашингтон; и другие. (2014). «MIRAGE: минимальная информация, необходимая для эксперимента с гликомикой». Гликобиология. 24 (5): 402–406. Дои:10.1093 / glycob / cwu018. ЧВК  3976285. PMID  24653214.

внешняя ссылка