Стандарты представления данных энзимологии - Standards for Reporting Enzymology Data

Стандарты представления данных энзимологии (STRENDA) является инициативой в рамках Минимальных информационных стандартов, которая специально посвящена разработке руководящих принципов для отчетности (описания метаданных) энзимологических экспериментов. Инициатива поддержана Институтом развития химических наук им. Байльштейна.[1] STRENDA устанавливает оба стандарта публикации для фермент данные об активности и STRENDA DB, электронная система проверки и хранения данных об активности ферментов. Основание STRENDA было начато в 2004 году и является результатом подробного анализа качества данных энзимологии в письменных и электронных публикациях. [2][3].

Организация

В проекте STRENDA участвуют 15 ученых со всего мира, образующие Комиссию STRENDA. [4] и сопровождение работы экспертами в биохимия, номенклатура ферментов, биоинформатика, системная биология, моделирование, механистическая энзимология и теоретическая биология.

Правила отчетности

Рекомендации STRENDA [5] предлагать тот минимум информации, который необходим для исчерпывающего отчета кинетических и равновесных данных по исследованиям активности ферментов, включая соответствующие экспериментальные условия. Этот минимум информации рекомендуется включать в научную публикацию при сообщении данных энзимологических исследований, чтобы обеспечить исчерпывающее описание наборов данных. Это позволяет ученым не только просматривать, интерпретировать и подтверждать данные, но и повторно использовать данные для моделирования и моделирования биокаталитических путей. Кроме того, рекомендации помогают исследователям сделать свои экспериментальные данные воспроизводимыми и прозрачными. [6][7][8][9].

По состоянию на март 2020 года более 55 международных биохимических журналов включили рекомендации STRENDA в инструкции их авторов в качестве рекомендаций при представлении данных энзимологии. [10].Проект STRENDA зарегистрирован на FAIRsharing.org. [11] и Руководство являются частью стандартов FAIRDOM Community для системной биологии. [12].

Приложения

STRENDA DB

STRENDA DB [13] представляет собой веб-платформу для хранения и поиска, которая включает Руководство и автоматически проверяет представленные данные на соответствие Руководству STRENDA, обеспечивая тем самым полноту и достоверность наборов данных рукописи. Действительному набору данных присваивается регистрационный номер (SRN) STRENDA, и создается информационный бюллетень (PDF), содержащий все представленные данные. Каждый набор данных зарегистрирован в Дацит и назначил DOI для ссылки и отслеживания данных. После публикации рукописи в рецензируемом журнале данные в БД STRENDA становятся открытыми. [14][15].STRENDA DB - это репозиторий, рекомендованный re3data и OpenDOAR. Собран OpenAIRE. Сервис базы данных рекомендован в инструкциях авторов более чем 10 биохимических журналов, в том числе Природа, Журнал биологической химии, eLife, и PLoS. Он упоминается как стандартный инструмент для проверки и хранения данных кинетики ферментов в многочисленных публикациях. [16][17][18][19][20][21]Недавнее исследование одиннадцати публикаций, включая подтверждающую информацию, из двух ведущих журналов показало, что в каждой из этих статей было обнаружено как минимум одно упущение. Авторы пришли к выводу, что использование STRENDA DB в текущей версии обеспечит доступность около 80% соответствующей информации.[22]

Управление данными

STRENDA DB считается инструментом для исследования управление данными исследовательским сообществом (например, проект ЕС CARBAFIN [23]).

Рекомендации

  1. ^ "Strenda - Проекты - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de.
  2. ^ Кеттнер, Карстен; Хикс, Мартин (1 июня 2005 г.). «Дилемма современной функциональной энзимологии». Текущее ингибирование ферментов. 1 (2): 171–181. Дои:10.2174/1573408054022234.
  3. ^ Apweiler, R; Корниш-Боуден, А; Hofmeyr, JH; Кеттнер, К; Leyh, TS; Schomburg, D; Типтон, К. (январь 2005 г.). «Важность единообразия в представлении данных о функции белков». Тенденции в биохимических науках. 30 (1): 11–2. Дои:10.1016 / j.tibs.2004.11.002. PMID  15653320.
  4. ^ «Комиссия - Стренда - Проекты - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften». www.beilstein-institut.de.
  5. ^ "Рекомендации - Стренда - Проекты - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de.
  6. ^ Типтон, Кейт Ф .; Армстронг, Ричард Н .; Баккер, Барбара М .; Байрох, Амос; Корниш-Боуден, Атель; Холлинг, Питер Дж .; Хофмейр, Ян-Хендрик; Leyh, Thomas S .; Кеттнер, Карстен; Раушель, Франк М .; Ровер, Иоганн; Шомбург, Дитмар; Стейнбек, Кристоф (май 2014 г.). «Стандарты представления данных по ферментам: Консорциум STRENDA: что он ставит перед собой и почему должен быть полезным». Перспективы в науке. 1 (1–6): 131–137. Дои:10.1016 / j.pisc.2014.02.012.
  7. ^ Гардосси, Лючия; Poulsen, Pout B .; Бальестерос, Антонио; Халт, Карл; Сведас, Витас К .; Васич-Рацки, Дурда; Карреа, Джакомо; Магнуссон, Андерс; Шмид, Андреас; Вольгемут, Роланд; Холлинг, Питер Дж. (Апрель 2010 г.). «Руководство по отчетности о биокаталитических реакциях». Тенденции в биотехнологии. 28 (4): 171–180. Дои:10.1016 / j.tibtech.2010.01.001. PMID  20149467.
  8. ^ Эрб, Тобиас Дж. (Февраль 2019 г.). «Назад в будущее: зачем нам энзимология, чтобы построить синтетический метаболизм будущего». Журнал органической химии Байльштейна. 15: 551–557. Дои:10.3762 / bjoc.15.49. ЧВК  6404388. PMID  30873239. S2CID  76665217.
  9. ^ Гыгли, Гудрун; Плейс, Юрген (апрель 2020 г.). "Simulation Foundry: Автоматическое и ЧЕСТНОЕ молекулярное моделирование". Журнал химической информации и моделирования. 60 (4): 1922–1927. Дои:10.1021 / acs.jcim.0c00018. PMID  32240586.
  10. ^ "Журналы - Стренда - Проекты - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften". www.beilstein-institut.de.
  11. ^ Команда FAIRsharing (2015). "STRENDA на FAIRsharing.org". ЧЕСТНЫЙ обмен. Дои:10.25504 / FAIRsharing.8ntfwm. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  12. ^ "Стандарты сообщества FAIRDOM для системной биологии".
  13. ^ "STRENDA DB Home". www.beilstein-strenda-db.org.
  14. ^ Апвейлер, Рольф; Армстронг, Ричард; Байрох, Амос; Корниш-Боуден, Атель; Холлинг, Питер Дж; Хофмейр, Ян-Хендрик С; Кеттнер, Карстен; Leyh, Thomas S; Ровер, Иоганн; Шомбург, Дитмар; Стейнбек, Кристоф; Типтон, Кейт (18 октября 2010 г.). «Крупномасштабная база данных о функциях белков». Природа Химическая Биология. 6 (11): 785. Дои:10.1038 / nchembio.460. ЧВК  3245624. PMID  20956966.
  15. ^ Суэйнстон, Нил; Байчи, Антонио; Баккер, Барбара М .; Корниш-Боуден, Атель; Фитцпатрик, Пол Ф .; Холлинг, Питер; Leyh, Thomas S .; О'Донован, Клэр; Раушель, Франк М .; Решель, Удо; Rohwer, Johann M .; Шнелл, Сантьяго; Шомбург, Дитмар; Типтон, Кейт Ф .; Цай, Мин-Дау; Westerhoff, Hans V .; Виттиг, Ульрике; Вольгемут, Роланд; Кеттнер, Карстен (23 марта 2018 г.). «STRENDA DB: обеспечение проверки и обмена данными кинетики ферментов». Журнал FEBS. 285 (12): 2193–2204. Дои:10.1111 / фев.14427. ЧВК  6005732. PMID  29498804.
  16. ^ Фадемрехт, Сильвия; Pleiss, Юрген (2018). "Enzymmodellierung: von der Sequenz zum Substratkomplex". Einführung in die Enzymtechnologie (на немецком). Springer. С. 35–51. Дои:10.1007/978-3-662-57619-9_3. ISBN  978-3-662-57619-9.
  17. ^ Корниш-Боуден, Атель (2012). Основы кинетики ферментов (4-е, перераб. И доп. Ред.). Wiley-VCH. С. 413–450. ISBN  978-3-527-33074-4.
  18. ^ Emmerich, Christoph H .; Харрис, Кристофер М. (2020). «Минимальные стандарты информации и качества для проведения, отчетности и организации исследований in vitro». Надлежащая исследовательская практика в доклинической фармакологии и биомедицине. Справочник по экспериментальной фармакологии. 257. Издательство Springer International. С. 177–196. Дои:10.1007/164_2019_284. ISBN  978-3-030-33656-1. PMID  31628600.
  19. ^ Пунекар, Н. С. (2018). «Хорошие кинетические практики». ФЕРМЕНТЫ: катализ, кинетика и механизмы. Springer. С. 131–142. Дои:10.1007/978-981-13-0785-0_13. ISBN  978-981-13-0785-0.
  20. ^ Национальные академии наук, инженерия (2018). Открытая наука по замыслу: реализация видения исследований 21 века. ISBN  978-0-309-47624-9.
  21. ^ Хармер, Николас Дж .; Вега, Мирелла Виволи (2019). «Химическая кинетика реакций в биологии». Биомолекулярные и биоаналитические методы. John Wiley & Sons, Ltd., стр. 179–217. Дои:10.1002 / 9781119483977.ch9. ISBN  978-1-119-48397-7.
  22. ^ Холлинг, Питер; Фитцпатрик, Пол Ф .; Раушель, Франк М .; Ровер, Иоганн; Шнелл, Сантьяго; Виттиг, Ульрике; Вольгемут, Роланд; Кеттнер, Карстен (ноябрь 2018 г.). «Эмпирический анализ отчетов о функциях ферментов для экспериментальной воспроизводимости: отсутствующая / неполная информация в опубликованных статьях». Биофизическая химия. 242: 22–27. Дои:10.1016 / j.bpc.2018.08.004. ЧВК  6258184. PMID  30195215.
  23. ^ «Модуль загрузки документов». ec.europa.eu.

Внешние ссылки