Myoviridae - Myoviridae

Myoviridae
Структура бактериофага Myoviridae 2.jpg
Типичная структура миовируса
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Царство:Дуплоднавирия
Королевство:Heunggongvirae
Тип:Уровирикота
Класс:Caudoviricetes
Порядок:Caudovirales
Семья:Myoviridae
Подсемейства и роды

см текст

Myoviridae это семья бактериофаги в порядке Caudovirales. Бактерии и археи служат естественными хозяевами. В настоящее время в этом семействе насчитывается 434 вида, разделенных на пять подсемейств и 168 родов.[1][2]

Подразделения

Подсемейство Tevenvirinae (синоним: Tequatrovirinae) назван в честь своего типовой вид Энтеробактерии фаг Т4. Члены этого подсемейства морфологически неотличимы и имеют умеренно вытянутые головы длиной около 110 нанометров (нм), длинные хвосты 114 нм с воротником, базовые пластины с короткими шипами и шесть длинных изогнутых хвостовых волокон. Роды этого подсемейства делятся на основе морфологии головы с родом Текватровирус (Предварительное название: T4virus) с длиной головы 137 нм и представители рода Schizot4virus длиной 111 нм. Внутри родов на основе гомологии белков виды были разделены на несколько групп.

Подсемейство Peduovirinae имеют вирионы с диаметром головы 60 нм и хвостом 135 × 18 нм. Эти фаги легко идентифицировать, потому что сжатые оболочки имеют тенденцию соскальзывать с ядра хвоста. Фаг P "является типовым видом.

Подсемейство Spounavirinae все вирулентные фаги с широким кругом хозяев, которые инфицируют представителей Фирмикуты. Они обладают изометрическими головками диаметром 87-94 нм и заметными капсомеры, полосатые хвосты длиной 140-219 нм и двойная опорная пластина. На кончике хвоста есть шаровидные структуры, которые, как сейчас известно, представляют собой шипы базовой пластины и короткие изогнутые волокна хвоста с шестикратной симметрией. Члены этой группы обычно обладают большими (127–142 т.п.н.) непермутированными геномами с концевой избыточностью 3,1–20 т.п.н. Название этого подсемейства происходит от SPO plus. una (Латинское для одного).

Галовирусы HF1 и HF2 принадлежат к одному роду, но поскольку они инфицируют архей, а не бактерии, вероятно, будут помещены в отдельный род после того, как будет определена их классификация.[3]

Группа карликов была предложена на морфологических и геномных основаниях. В эту группу входят фаги Aeromonas salmonicida 56, фаги Vibrio cholerae 138 и CP-T1, фаг Bdellovibrio φ1422 и фаг Pectobacterium carotovorum ZF40.[4] Их общие характеристики включают идентичную морфологию вирионов, характеризующуюся обычно короткими сократительными хвостами, и все они имеют размер генома приблизительно 45 килобаз. Порядок генов в структурной единице генома следующий: терминаза - портал - голова - хвост - базовая пластинка - волокна хвоста.

Вирусология

Вирусы в Myoviridae без оболочки, с геометрией голова-хвост (с шеей). Геномы представляют собой линейную двухцепочечную ДНК длиной около 33–244 килобайт. Геном кодирует от 40 до 415 белков.[1] Он имеет окончательно повторяющиеся последовательности. В GC-контент составляет ~ 35%. Геном кодирует 200-300 белков, которые транскрибируются в оперонах. 5-гидроксиметилцитозин может присутствовать в геноме (вместо тимидин ).

Трубчатый хвост имеет спиральную симметрию и имеет диаметр 16-20 нм. Он состоит из центральной трубы, сократительной оболочки, воротника, базовая пластины, шесть хвостовых штифтов и шести длинных волокон. Это похоже на Tectiviridae, но отличается тем, что хвост миовируса постоянный.

Сокращения хвоста требуют АТФ. При сокращении оболочки субъединицы оболочки скользят друг по другу и хвост укорачивается до 10-15 нм в длину.

Жизненный цикл

Прикрепляясь к клетке-хозяину, вирус использует свою сократительную оболочку как шприц, прокалывая стенку клетки своей центральной трубкой и вводя генетический материал в хозяина. Введенная ДНК берет на себя механизмы транскрипции и трансляции клетки-хозяина и начинает производить новые вирусы. Репликация следует модели репликативной транспозиции. Транскрипция с использованием ДНК-шаблона - это метод транскрипции. Трансляция происходит путем сдвига рамки рибосомы на -1. Вирус выходит из клетки-хозяина путем лизиса и белков холина / эндолизина / спанина. Бактерии и археи служат естественным хозяином. Путь передачи - пассивное распространение.[1]

Хотя миовирусы в целом литический, не имея генов, необходимых для того, чтобы стать лизогенный, известен ряд видов умеренного пояса.

Приложения

Потому что большинство Myoviridae являются литическими, а не умеренными фагами, некоторые исследователи исследовали их использование в качестве терапии бактериальных заболеваний человека и других животных.[5]

Таксономия

Различают следующие пять подсемейств:[2]

  • Eucampyvirinae, содержащий два рода и девять видов
  • Ounavirinae, содержащий четыре рода и 25 видов
  • Peduovirinae, содержащий 26 родов и 47 видов
  • Tevenvirinae, содержащий 11 родов и 77 видов
  • Vequintavirinae, содержащий четыре рода и 18 видов

Кроме того, следующие роды не относятся к подсемейству:[2]

Наконец, следующие три вида не принадлежат к роду и подсемейству:[2]

Предлагаемый род

Следующие роды были предложены, но в настоящее время не ратифицированы Международным комитетом по таксономии вирусов:[3][6][7][8][9][10]

  • Род Bxzunalikevirus; типовой вид: Микобактерии фага Bxz1
    • Виды
      • Микобактерии фага Bxz1
      • Микобактерии фага Кали
      • Микобактерии фага Catera
      • Микобактерии фага Myrna
      • Микобактерии фага Ризал
      • Микобактерии фага ScottMcG
      • Mycobacterium phage Spud
  • Род Cbasmlikevirus; типовой вид: Фаг целлулофага phiSM
    • Виды
      • Фаг целлулофага phiSM
      • Фаг целлулофага phi3: 1
      • Фаг целлулофага phi3ST: 2
      • Фаг целлулофага phi38: 2
      • Фаг Cellulophaga phi47: 1
  • Род цианомиовирусов (неофициальный); типовой вид: Synechococcus фаг S-PM2
    • Виды
      • Synechococcus фаг S-PM2
      • Синехококк Syn9
      • Фаг Prochlorococcus P-SSM2
      • Фаг Prochlorococcus P-SSM4
  • Род Элликевирус; типовой вид: Фаг Pseudomonas EL
    • Виды
      • Фаг Pseudomonas EL
      • Фаг Pseudomonas OBP
      • Фаг сальмонеллы SPN3US
  • Род Hfunalikevirus; типовой вид: Галовирус HF1
    • Виды
      • Галовирус HF1
      • Галовирус HF2
  • Род Plpelikevirus (синоним: карликовые миовирусы); типовой вид: Йодобактерный фаг phiPLPE
    • Виды
      • Фаг Aeromonas 56
      • Фаг Aggregatibacter Aaphi23
      • Бделловибрион фага phi1402
      • Бделловибрион фага phi1422
      • Йодобактерный фаг phiPLPE
      • Фаг Pectobacterium ZF40
      • Вибриофаг 138
      • Вибриофаг CP-T1
      • Фаг иерсиний PY100
  • Род Rv5likevirus; типовой вид: Фаг Escherichia rV5
    • Виды
      • Энтеробактерии фаг phi92
      • Фаг Escherichia rV5
      • Фаг Escherichia vB_EcoM_FV3
      • Фаг сальмонеллы PVP-SE1
  • Род Sfv и родственники (неофициальные); типовой вид: Фаг Shigella SfV
    • Виды
      • Фаг Shigella SfV
      • Фаг Escherichia P27

использованная литература

  1. ^ а б c «Вирусная зона». ExPASy. Получено 1 июля 2015.
  2. ^ а б c d «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 3 мая 2020.
  3. ^ а б Тан, SL; Наттолл, S; Дьялл-Смит, М. (2004). «Галовирусы HF1 и HF2: свидетельство недавнего крупного события рекомбинации». J Бактериол. 186 (9): 2810–7. Дои:10.1128 / JB.186.9.2810-2817.2004. ЧВК  387818. PMID  15090523.
  4. ^ Комо, AM; Tremblay, D; Moineau, S; Раттей, Т; Кушкина А.И.; Товкач Ф.И.; Krisch, HM; Акерманн, HW (2012). «Морфология фагов повторяет филогению: сравнительная геномика новой группы миовирусов». PLOS ONE. 7 (7): e40102. Дои:10.1371 / journal.pone.0040102. ЧВК  3391216. PMID  22792219.
  5. ^ Каппарелли, Розанна; и другие. (Август 2007 г.). «Экспериментальная фаговая терапия против Staphylococcus aureus у мышей». Противомикробные препараты и химиотерапия. 51 (8): 2765–73. Дои:10.1128 / AAC.01513-06. ЧВК  1932491. PMID  17517843.
  6. ^ Santos, S. B .; Кропинский, А. М .; Ceyssens, P. -J .; Ackermann, H. - W .; Виллегас, А .; Lavigne, R .; Крылов, В. Н .; Carvalho, C.M .; Ferreira, E.C .; Азередо, Дж. (2011). «Геномная и протеомная характеристика фага сальмонеллы PVP-SE1 широкого диапазона хозяев: создание нового рода фагов». Журнал вирусологии. 85 (21): 11265–73. Дои:10.1128 / JVI.01769-10. ЧВК  3194984. PMID  21865376.
  7. ^ Truncaite, L .; Šimoliūnas, E .; Заянчкаускайте, А .; Калиниене, Л .; Mankevičiūte, R .; Staniulis, J .; Клауса, В .; Мешкис, Р. (2012). Бактериофаг vB_EcoM_FV3: новый представитель вирусов, подобных rV5"". Архив вирусологии. 157 (12): 2431–5. Дои:10.1007 / s00705-012-1449-х. PMID  22907825.
  8. ^ Cornelissen, A .; Hardies, S.C .; Шабурова, О. В .; Крылов, В. Н .; Mattheus, W .; Кропинский, А. М .; Лавин Р. (2011). «Полная последовательность генома гигантского вируса OBP и сравнительный анализ генома различных KZ-связанных фагов». Журнал вирусологии. 86 (3): 1844–52. Дои:10.1128 / JVI.06330-11. ЧВК  3264338. PMID  22130535.
  9. ^ Mizuno, C.M .; Родригес-Валера, Ф .; Kimes, N.E .; Гай Р. (2013). «Расширение морской виросферы с помощью метагеномики». PLoS Genetics. 9 (12): e1003987. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003987. ЧВК  3861242. PMID  24348267.
  10. ^ Holmfeldt, K .; Солоненко, Н .; Shah, M .; Corrier, K .; Riemann, L .; Verberkmoes, N.C .; Салливан, М. Б. (2013). «Двенадцать ранее неизвестных родов фагов повсеместно распространены в мировом океане». Труды Национальной академии наук. 110 (31): 12798–803. Дои:10.1073 / pnas.1305956110. ЧВК  3732932. PMID  23858439.

внешние ссылки