NUDT21 - NUDT21

NUDT21
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CL3, 2J8Q, 3BAP, 3BHO, 3MDG, 3MDI, 3Н9У, 3П5Т, 3P6Y, 3Q2S, 3 квартал 2 года
Идентификаторы
Псевдонимы	NUDT21, CFIM25, CPSF5, нудикс гидролаза 21
Внешние идентификаторы	OMIM: 604978 MGI: 1915469 ГомолоГен: 5090 Генные карты: NUDT21
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 16 (человек)[1] Группа 16q13 Начните 56,429,133 бп[1] Конец 56,452,199 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность гомодимеризации белков • связывание гистондеацетилазы • Привязка элементов AU-rich • GO: 0001948 связывание с белками • связывание мРНК • гидролазная активность • Связывание РНК • идентичное связывание с белками • связывание хроматина • Связывание мРНК 3'-UTR AU-богатой области Сотовый компонент • парашюты • центросома • нуклеоплазма • центр организации микротрубочек • комплекс факторов расщепления мРНК • ядро клетки • ядерное тело • цитоплазма • Комплекс факторов специфичности расщепления мРНК и полиаденилирования Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • прекращение транскрипции РНК-полимеразы II • тетрамеризация белков • Обработка 3'-конца мРНК • полиаденилирование мРНК • обработка мРНК • посттранскрипционная регуляция экспрессии генов • дифференциация клеток • положительная регуляция расщепления мРНК • гетеротетрамеризация белков • расщепление пре-мРНК, необходимое для полиаденилирования • альтернативное полиаденилирование мРНК • положительная регуляция полиаденилирования мРНК • сборка комплекса рибонуклеопротеидов-мессенджеров • положительная регуляция дифференцировки стволовых клеток • положительная регуляция дифференцировки про-В-клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	11051	68219
Ансамбль	ENSG00000167005	ENSMUSG00000031754
UniProt	O43809	Q9CQF3
RefSeq (мРНК)	NM_007006	NM_026623
RefSeq (белок)	NP_008937	NP_080899
Расположение (UCSC)	Chr 16: 56.43 - 56.45 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Субъединица 5 фактора специфичности расщепления и полиаденилирования (CPSF5) является фермент что у людей кодируется NUDT21 ген.^[4][5] Он принадлежит к Семья Нудикс гидролаз.

Белок, кодируемый этим геном, является одной из субъединиц фактор расщепления Im комплекс, необходимый для процессинга расщепления 3 'РНК и полиаденилирования.^[6] Взаимодействие белка с РНК является одним из самых ранних этапов сборки комплекса обработки концов 3 'и облегчает набор других факторов обработки. Этот ген кодирует субъединицу 25 кДа белкового комплекса, который состоит из четырех полипептидов.^[5]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000167005 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Ruegsegger U, Blank D, Keller W (июль 1998 г.). «Фактор расщепления пре-мРНК человека Im связан со сплайсосомными белками SR и может быть восстановлен in vitro из рекомбинантных субъединиц». Mol Cell. 1 (2): 243–53. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80025-8. PMID  9659921.
5. «Ген Entrez: NUDT21 nudix (фрагмент X, связанный с нуклеозиддифосфатом), мотив 21».
6. Харди, Дж. Г .; Норбери, К. Дж. (15 августа 2016 г.). «Фактор расщепления Im (CFIm) как регулятор альтернативного полиаденилирования». Сделки Биохимического Общества. 44 (4): 1051–1057. Дои:10.1042 / BST20160078. PMID  27528751.

дальнейшее чтение

• Rüegsegger U, Beyer K, Keller W (1996). «Очистка и характеристика человеческого фактора расщепления Im, участвующего в процессинге 3'-конца предшественников матричной РНК». J. Biol. Chem. 271 (11): 6107–13. Дои:10.1074 / jbc.271.11.6107. PMID  8626397.
• de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W. и др. (2000). «Фактор расщепления пре-мРНК человека IIm содержит гомологи дрожжевых белков и связывает два других фактора расщепления». EMBO J. 19 (21): 5895–904. Дои:10.1093 / emboj / 19.21.5895. ЧВК  305781. PMID  11060040.
• Хартли Дж. Л., Темпл Г. Ф., Браш Массачусетс (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro». Genome Res. 10 (11): 1788–95. Дои:10.1101 / гр.143000. ЧВК  310948. PMID  11076863.
• Виманн С., Вейль Б., Велленройтер Р. и др. (2001). «К каталогу генов и белков человека: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека». Genome Res. 11 (3): 422–35. Дои:10.1101 / гр. GR1547R. ЧВК  311072. PMID  11230166.
• Симпсон Дж. К., Велленройтер Р., Поустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, идентифицированных с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК». EMBO Rep. 1 (3): 287–92. Дои:10.1093 / embo-reports / kvd058. ЧВК  1083732. PMID  11256614.
• Ким Х, Ли Й (2002). «Взаимодействие поли (A) полимеразы с субъединицей 25 кДа фактора расщепления I». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 289 (2): 513–8. Дои:10.1006 / bbrc.2001.5992. PMID  11716503.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Авасти С., Алвин Дж. К. (2003). «Ассоциация фактора расщепления I полиаденилирования с U1 snRNP». РНК. 9 (11): 1400–9. Дои:10.1261 / rna.5104603. ЧВК  1287061. PMID  14561889.
• Браун KM, Гилмартин GM (2004). «Механизм регуляции процессинга пре-мРНК 3 'фактором расщепления человека Im». Мол. Ячейка. 12 (6): 1467–76. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00453-2. PMID  14690600.
• Бауместер Т., Баух А., Раффнер Х. и др. (2004). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Nat. Cell Biol. 6 (2): 97–105. Дои:10.1038 / ncb1086. PMID  14743216. S2CID  11683986.
• Деттвайлер С., Арингири С., Кардинале С. и др. (2005). «Отчетливые мотивы последовательности в субъединице 68 кДа фактора расщепления Im опосредуют связывание РНК, межбелковые взаимодействия и субклеточную локализацию» (PDF). J. Biol. Chem. 279 (34): 35788–97. Дои:10.1074 / jbc.M403927200. PMID  15169763. S2CID  39752996.
• Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Виманн С., Арльт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики». Genome Res. 14 (10B): 2136–44. Дои:10.1101 / гр.2576704. ЧВК  528930. PMID  15489336.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А. и др. (2005). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Nat. Биотехнология. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455. S2CID  7200157.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Мехрле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году». Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D415–8. Дои:10.1093 / nar / gkj139. ЧВК  1347501. PMID  16381901.