Нафтоатсинтаза - Naphthoate synthase

1,4-дигидрокси-2-нафтоил-КоА-синтаза
4qii.jpg
Гексамер 1,4-дигидрокси-2-нафтоил-КоА-синтазы, Mycobacterium tuberculosis
Идентификаторы
Номер ЕС4.1.3.36
Количество CAS72506-71-9
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmiGO / QuickGO

В энзимология 1,4-дигидрокси-2-нафтоил-КоА-синтаза (EC 4.1.3.36 ) является фермент который катализирует шестой шаг в биосинтезе филлохинон и менахинон, две формы витамин К. В Кишечная палочка, 1,4-дигидрокси-2-нафтоил-КоА-синтаза, ранее известная как нафтоатсинтаза, кодируется menB и использует O-сукцинилбензоил-КоА в качестве субстрат и превращает его в 1,4-дигидрокси-2-нафтоил-КоА.[1]

Номенклатура

MenB является частью суперсемейства кротоназ-фолд, названной в честь кротоназа складываются в их структуре.[1] В систематическое название для мужчинB 4- (2-карбоксифенил) -4-оксобутаноил-КоА дегидратаза (циклизация).[2] Другие распространенные имена включают:

  • Нафтоатсинтаза
  • 1,4-дигидрокси-2-нафтоатсинтаза
  • Дигидроксинафтоатсинтаза
  • DHNA-CoA-синтаза

Реакция

Это скелетная структура реакции, которую катализирует MenB.

[3]

Первоначально считалось, что продукт этой реакции имеет кислород однако, где в настоящее время находится SCoA; Новое исследование показало, что MenB только катализирует вышеуказанную реакцию. Есть другой фермент, который расщепляет SCoA и присоединяет кислород.

Структура

Трехмерное мультипликационное изображение кристаллической структуры MenB. Каждый мономер окрашен по-разному.

MenB состоит из двух гексамеры в асимметричном блоке каждый из этих гексамеров состоит из двух тримеры в затененном расположении. Каждая подгруппа гексамеров имеет три Терминал C альфа спирали, а N терминал спиральный сердечник. Эти подгруппы объединяются, чтобы сформировать активный сайт фермента.[1]

Канал, образованный альфа-спиралями, который можно увидеть в середине фермента, ведет к активному центру. Это отверстие существует как сверху, так и снизу фермента, позволяя субстратам иметь разные точки входа в активный центр, который находится в середине фермента.

Шесть различных кристаллических структур были изучены для MenB в кишечная палочка их коды PDB: 3t88, 3т89, 4элс, 4elw, 4elx, и 4i42.

Другой структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1 квартал 51 г., 1 квартал 52 г., 1RJM, 1RJN, и 2IEX.

Гомологи

Гомологичный гены MenB существуют во многих различных организмах, таких как; Галиум моллуго, Geobacillus kaustophilus, Mycobacterium phlei, Микобактерии туберкулеза, Spinacia oleracea, и золотистый стафилококк.[2]

MenB встречается только в путях биосинтеза у растений и бактерий, его нет ни в каких других организмах. Тем не мение, млекопитающие нуждаются в витамине К в своем рационе, поскольку он жизненно важен для свертывание крови процесс.

Кофакторы / ингибиторы

MenB не требует кофакторы чтобы катализировать реакцию.

В организме Escherichia coli три ингибиторы существуют: 1-гидрокси-2-нафтоил-КоА, 2,3-дигидроксибензоил-КоА, и 2,4-дигидроксибензоил-КоА.

Рекомендации

  1. ^ а б c Сунь И, Сун Х, Ли Дж, Ли И, Цзян М., Чжоу Дж, Го З (26 апреля 2013 г.). «Структурные основы механизма индуцированной подгонки 1,4-дигидрокси-2-нафтоил-кофермента А-синтазы из суперсемейства кротоназной складки». PLOS ONE. 8 (4): e63095. Bibcode:2013PLoSO ... 863095S. Дои:10.1371 / journal.pone.0063095. ЧВК  3637252. PMID  23658663.
  2. ^ а б «Информация по EC 4.1.3.36 - 1,4-дигидрокси-2-нафтоил-КоА-синтаза». БРЕНДА. Июль 2014 г.. Получено 2 декабря, 2014.
  3. ^ ван Остенде С., Видхальм Дж. Р., Фурт Ф, Дюклузо А. Л., Basset GJC (2011). Фабрис Ребайе, Роланд Дус (ред.). «Филлохинон (витамин К1): функции, ферменты и гены». Достижения в ботанических исследованиях. Амстердам: Academic Press. 59: 229–61. Дои:10.1016 / B978-0-12-385853-5.00001-5.