Сеть онкологических генов - Network of Cancer Genes

Сеть онкологических генов
Логотип базы данных сети Cancer Genes версии 6.0
Содержание
ОписаниеИнтернет-ресурс о системных свойствах генов рака
ОрганизмыHomo sapiens
Контакт
Исследовательский центрКоролевский колледж Лондона
Дата выходаАвгуст 2018 г.
Доступ
Интернет сайтhttp://ncg.kcl.ac.uk
Разное
Версия6.0

Гены рака в NCG

В Сеть онкологических генов (NCG) - это свободно доступный веб-ресурс рак гены и связанные с ними свойства[1]. Проект стартовал в 2010 году и в августе 2018 года достиг своего 6-го уровня.th выпуск: NCG6.0. NCG6.0 сообщает информацию о 2372 белок -кодирующие гены рака, в том числе 711 известных генов рака из списка Cancer Gene Census и Vogelstein, Science 2013[2]. Остальные 1661 ген рака - это гены-кандидаты на рак, аннотированные из 273 оригинальных публикаций вручную. Для каждого ракового гена NCG6.0 сообщает о его свойствах на системном уровне, в публикациях сообщается о нем как о известном или потенциальном злокачественном гене, а также об информации о дизайне их скринингового секвенирования рака. Кроме того, в базе данных представлены аннотации 250 возможных ложноположительных генов, определяемых как гены-кандидаты рака, связь которых с раком может быть ложной.[3][4].

Экраны определения последовательности рака

273 публикации в NCG6.0 с ручными аннотациями описывают в общей сложности 278 весь геном или же весь экзом скрининг секвенирования рака. Эти обследования включали в общей сложности 34 905 пациентов из 119 различных типы рака. К ним относятся скрининг секвенирования на рак образцов из 31 анатомического участка, а также 4 скрининга для взрослых и 2 скрининга для детского секвенирования рака. NCG6.0 позволяет выполнять расширенный поиск и извлекать информацию о генах рака по: первичному анатомическому месту, типу рака, а также путем секвенирования или публикации.

Первичные очаги опухоли и соответствующие типы рака в NCG
Первичный сайтТипы рака
КровьДиффузная большая B-клеточная лимфома, острый лимфоцитарный лейкоз, хронический миелоидный лейкоз, множественная миелома, хронический лимфоцитарный лейкоз, кожная Т-клеточная лимфома, Т-клеточный лейкоз / лимфома, неходжкинская лимфома, периферическая Т-клеточная лимфома, лимфома беркитобактерия -клеточная лимфома, острый миелоидный лейкоз, кожный DLBCL, острый моноцитарный лейкоз, фолликулярная лимфома, хронический миеломоноцитарный лейкоз, острый лимфобластный лейкоз, миелопролиферативное новообразование, острый промиелоцитарный лейкоз, ювенильный миеломоноцитарный лейкоз, миеломоноцитарный миеломоноцитарный лейкоз, ювенильный миеломоноцитарный лейкоз , средостенная B-клеточная лимфома
Мочевой пузырьРак мочевого пузыря
ГрудьРак молочной железы, тройной негативный рак молочной железы, фиброэпителиальные опухоли молочной железы, рак молочной железы у мужчин, фиброаденома молочной железы
МозгДиффузная внутренняя глиома моста, астроцитома, детская глиома высокой степени злокачественности, глиобластома, панглиома, менингиома, нейробластома, глиома низкой степени злокачественности, глиома низкой степени злокачественности у детей, глиома, краниофарингиома, внутричерепные зародышевые клетки, медулодендроглиома, олигодендроглиома
Поджелудочная железаРак поджелудочной железы (все гистологические исследования), протоковая аденокарцинома поджелудочной железы, нейроэндокринные опухоли поджелудочной железы, неопластические кисты поджелудочной железы
Толстой кишки и прямой кишкиколоректальная аденокарцинома
Тонкая кишкаАмпулярная аденокарцинома, аденокарцинома двенадцатиперстной кишки, нейроэндокринная опухоль
ГепатобилиарныйПан-печень, гепатоцеллюлярная карцинома, холангиокарцинома, рак желчных путей, карцинома желчного пузыря
ЖелудокАденокарцинома желудка, диффузная аденокарцинома желудка, муцинозный рак желудка
ЛегкоеМелкоклеточный рак легкого, рак легкого (все гистологии), аденокарцинома легкого, плоскоклеточный рак легкого, немелкоклеточный рак легкого
Голова и шеяПлоскоклеточный рак головы и шеи, карцинома носоглотки, амелобластома, плоскоклеточный рак полости рта, аденокарцинома слюнных желез
Предстательная железаРак простаты
Мягких тканейАнгиосаркома, саркома мягких тканей, рабдомиосаркома
МаткаРак эндометрия, карциносаркома матки, серозный рак эндометрия, лейомиома, светлоклеточный рак эндометрия
Периферическая нервная системаНейробластома, злокачественная опухоль оболочки периферических нервов
ТимусКарцинома тимуса
КожаМеланома, меланома слизистой оболочки, десмопластическая меланома, базальноклеточный рак кожи
ПочкаСветлоклеточный рак почек, рак почек (все гистологии), непрозрачный рак почек, папиллярная почечно-клеточная карцинома, рабдоидная опухоль, хромофобная почечно-клеточная карцинома, почечная ангиомиолипома
НадпочечникАдренокортикальная аденома, адренокортикальная карцинома, феохромоцитома, параганглиома
ПищеводПлоскоклеточная карцинома пищевода, аденокарцинома пищевода, пищевода (плоскоклеточная и аденокарцинома)
КостьОстеосаркома, саркома Юинга, хондросаркома, хондромиксоидная фиброма, хондробластома, гигантоклеточная опухоль кости
Паращитовидная железаКарцинома паращитовидной железы
ЯичникРак яичников, серозная карцинома яичников, светлоклеточная карцинома яичников, мелкоклеточная карцинома яичников
ПенисПлоскоклеточный рак полового члена
Щитовидная железаПапиллярный рак щитовидной железы, анапластическая карцинома щитовидной железы
Шейка маткиРак шейки матки (все гистологии)
ЯичкиРак половых клеток яичка
СетчаткаРетинобластома
ПлеврыЗлокачественная мезотелиома плевры
УвеаМеланома
Сосудистая системаСосудистый рак

Свойства системного уровня

Свойства системного уровня - это свойства генов, не зависящие от функции гена человека.[5]. Некоторые из этих свойств можно использовать, чтобы отличить гены рака от остальных генов человека.[1][6]. NCG сообщает о следующих свойствах системного уровня:

Предыдущие версии

Рекомендации

  1. ^ а б Репана, Димитра; Нульсен, Джоэл; Дресслер, Лиза; Бортоломеацци, Микеле; Венката, Сантилата Куппили; Турма, Айкатерини; Яколева, Анна; Пальмиери, Томмазо; Чиккарелли, Франческа Д. (01.12.2018). «Сеть онкологических генов (NCG): исчерпывающий каталог известных генов рака и генов-кандидатов по результатам скринингового секвенирования рака». bioRxiv: 389858. Дои:10.1101/389858.
  2. ^ Kinzler, Kenneth W .; Диас, Луис А .; Чжоу, Шибин; Велкулеску, Виктор Э .; Пападопулос, Николас; Фогельштейн, Берт (29 марта 2013 г.). "Пейзажи генома рака". Наука. 339 (6127): 1546–1558. Bibcode:2013Научный ... 339.1546V. Дои:10.1126 / наука.1235122. ISSN  1095-9203. ЧВК  3749880. PMID  23539594.
  3. ^ Лоуренс, Майкл С. (11 июля 2013 г.). «Мутационная гетерогенность рака и поиск новых генов, связанных с раком». Природа. 499 (7457): 214–218. Bibcode:2013Натура.499..214л. Дои:10.1038 / природа12213. ЧВК  3919509. PMID  23770567.
  4. ^ Бейли, Мэтью Н .; Токхейм, Коллин; Порта-Пардо, Эдуард; Сенгупта, Сохини; Бертран, Дени; Вирасингхе, Амила; Колаприко, Антонио; Wendl, Michael C .; Ким, Джэгил (2018). «Комплексная характеристика генов-драйверов рака и мутаций». Клетка. 174 (4): 1034–1035. Дои:10.1016 / j.cell.2018.07.034. ISSN  0092-8674. PMID  30096302.
  5. ^ Чиккарелли, Франческа Д. (11.06.2010). «Эволюция генетики рака». BMC Биология. 8 (1): 74. Дои:10.1186/1741-7007-8-74. ISSN  1741-7007. ЧВК  2883958. PMID  20594288.
  6. ^ Д'Антонио, Маттео; Чиккарелли, Франческа Д. (29 мая 2013 г.). «Комплексный анализ повторяющихся свойств генов рака для выявления новых драйверов». Геномная биология. 14 (5): R52. Дои:10.1186 / gb-2013-14-5-r52. ISSN  1474-760X. ЧВК  4054099. PMID  23718799.
  7. ^ Рамбальди, Давиде; Giorgi, Federico M .; Капуани, Фабрицио; Чилиберто, Андреа; Чиккарелли, Франческа Д. (2008). «Низкая дублируемость и хрупкость сети раковых генов». Тенденции в генетике. 24 (9): 427–430. Дои:10.1016 / j.tig.2008.06.003. ISSN  0168-9525. PMID  18675489.
  8. ^ Ан, Омер; Dall'Olio, Giovanni M .; Mourikis, Thanos P .; Чиккарелли, Франческа Д. (04.01.2016). «NCG 5.0: обновления вручную созданного хранилища генов рака и связанных свойств по результатам мутационного скрининга рака». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D992 – D999. Дои:10.1093 / нар / gkv1123. ISSN  0305-1048. ЧВК  4702816. PMID  26516186.
  9. ^ Ан, Омер; Пендино, Вера; Д'Антонио, Маттео; Ратти, Эмануэле; Джентилини, Марко; Чиккарелли, Франческа Д. (01.01.2014). «NCG 4.0: сеть раковых генов в эпоху массовых мутационных исследований раковых геномов». База данных. 2014: bau015. Дои:10.1093 / база данных / bau015. ЧВК  3948431. PMID  24608173.
  10. ^ Д'Антонио, Маттео; Пендино, Вера; Синха, Шрути; Чиккарелли, Франческа Д. (2012). «Сеть раковых генов (NCG 3.0): интеграция и анализ генетических и сетевых свойств раковых генов». Нуклеиновые кислоты Res. 40 (Выпуск базы данных): D978–83. Дои:10.1093 / нар / gkr952. ЧВК  3245144. PMID  22080562.
  11. ^ Сайед, Аднан С .; Д'Антонио, Маттео; Чиккарелли, Франческа Д. (2010). «Network of Cancer Genes: веб-ресурс для анализа дублируемости, ортологии и сетевых свойств генов рака». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D670–5. Дои:10.1093 / нар / gkp957. ЧВК  2808873. PMID  19906700.

внешняя ссылка