Оплофор-люциферин-2-монооксигеназа - Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase - Wikipedia

Оплофор-люциферин-2-монооксигеназа
Идентификаторы
Номер ЕС1.13.12.13
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum

В энзимология, Оплофор-люциферин-2-монооксигеназа (ЕС 1.13.12.13 ), также известный как Люцифераза оплофор (в этой статье упоминается как OpLuc) является люцифераза, фермент, из глубины моря креветка Oplophorus gracilirostris [2], относящиеся к группе целентеразин-люцифераз. В отличие от других люцифераз, он имеет более широкую субстратную специфичность [3,4,6], а также может эффективно связываться с бисдезоксикоэлентеразином [3,4]. Это третий пример люциферазы (кроме Aequorea и Ренилла) для очистки в лаборатории [2]. В систематическое название этого класса ферментов Оплофор-люциферин: кислород-2-оксидоредуктаза (декарбоксилирование). Этот фермент еще называют Люцифераза оплофор.

Химическая реакция

Два субстраты этого фермента являются люциферин, Целентеразин и О2 и его 3 товары являются оксилюциферин, Целентерамид, CO2, и свет.Этот фермент принадлежит к семейству оксидоредуктазы, особенно те, которые действуют на одиночных доноров с O2 как окислитель и включение двух атомов кислорода в субстрат (оксигеназы). Введенный кислород не обязательно должен происходить из О с включением одного атома кислорода (внутренние монооксигеназы или внутренние оксидазы со смешанными функциями). Хотя фермент входит в группу ферментов, которые действуют на коэлентеразин, такие как Ренилла и Gaussia luciferases, он не имеет общих последовательностей пар оснований с этими ферментами [3,4,5,7].


OpLuc катализирует независимый от АТФ химическая реакция [3,4,5,6]:

коелентеразин (Оплофор люциферин) + O2 целентерамид + CO2 + hν


Результатом этого процесса является некоторая потеря CO2, а также фотон синего света, излучаемый на длине волны ~ 460 нм [2,3,4]. Эта реакция имеет оптимальный pH 9, оптимальную концентрацию соли 0,05-0,1 M и оптимальную температуру ~ 40 C (что делает ее необычайно термостойкой люциферазой) [2], хотя, поскольку O.gracilirostris являются глубоководными животными, живущими при температурах ниже 20 ° C, люцифераза обычно экспрессируется и сворачивается при низких температурах [6].

Биологическая функция

При стимуляции в Oplophorus gracilirostris, OpLuc выделяется из основания ног и усиков глубоководных креветок в качестве защитного механизма. Этот механизм вызывает O.gracilirostris выпускают светящееся ярко-синее облако люциферазы [2].

Oplophorus gracilirostris

Ферментный путь

Малая белковая субъединица OpLuc, 19kda, имеет амино-концевую пептидную последовательность, которая при стимуляции сигнализирует ферменту о связывании с целентеразином, Оплофор люциферин (подложка) [3,7]. Показано в Рисунок 1, фермент затем окисляет целентеразин в водной среде до люминесцентного продукта, целентерамида, и выделяет CO2 в качестве побочного продукта [2,3,7].

Структура

OpLuc представляет собой комплекс из двух ковалентно связанных [3] белковых субъединиц: двух молекул 19 кДа и двух молекул компонентов 35 кДа, что делает его гетеротетрамерной молекулой. Белки сигнализируют ферменту о секреции люминесценции, катализируемой белком 19 кДа [3,4,7]. Люцифераза имеет много остатков цистеина, которые стабилизируют фермент во внеклеточной среде с помощью дисульфидных связей [5].

19 кДа белок

Этот каталитический компонент OpLuc имеет 196 аминокислот [3] с одним цистеином на карбоксильном конце и отличается от белков, обнаруженных в других люциферазах [4]. Белок состоит из двух доменов с повторяющимся секвенированием Ia-c и Ila-d в пептидной цепи [4]. Считается, что это белок, вызывающий биолюминесцентную реакцию O.gracilirostris, но функционирует неэффективно без своей более крупной субъединицы [3,4]. Хотя кристаллическая структура OpLec еще не полностью проанализирована и картирована, 19 кДа экспериментально экспрессируется в клетках млекопитающих (рассматриваемых как KAZ [7]). Белок был изолирован и мутирован, чтобы катализировать яркую и устойчивую люминесцентную реакцию для создания сконструированной люциферазы, NanoLuc (NLuc) и аналога целентеразина (фуримазин), который будет использоваться в качестве клеточного репортера [5,8]. Мутированная ленточная модель белка 19 кДа (названного nanoKaz) показана на фигура 2.

35 кДа белка

Менее известный компонент фермента OpLuc состоит из 320 аминокислот [3] с 11 молекулами цистеина и 5 молекулами лейцина [4]. Экспериментально установлено, что аминоконце белка начинается с 39 аминокислот [3]. Считается, что он стабилизирует 19 кДа и не зависит от субстратной специфичности [3], однако его точная функция неизвестна [3,4,7].

Механизм

Хотя изначально предполагалось, что он имеет тот же механизм, что и Ренилла люциферазы [1], эта люминесценция имеет два возможных пути реакции [2], как показано на фигура 3. На верхнем маршруте Оплофор люциферин (коэлентеразин, обозначенный как I на схеме) окисляется, когда он соединяется с O2 (в лабораторных экспериментах использовался радиоактивно меченый O18) в водной среде и использует промежуточный диоксетановый пероксид, в результате чего образуется продукт CO2 и целентерамид (II на схеме) . Нижний путь не использует промежуточное соединение и имеет быстрый обмен кислорода с водной средой. Исследования показывают, что выход продукта меньше, и предполагается, что он частично участвует в общей реакции [2]. Однако следует отметить, что загрязнение CO2 во время экспериментов, вероятно, продемонстрировало более высокий выход, чем наблюдалось для более низкого пути, что делает этот путь крайне маловероятным в естественных условиях [2].

Рекомендации

  1. ДеЛука, М., Демпси, М.Э., Хори, К., Вамплер, Дж. Э., и Кормье, М. Дж. (1971). Механизм окислительной продукции углекислого газа при биолюминесценции Renilla reniformis. Труды Национальной академии наук, 68(7), 1658-1660.
  2. Шимомура О, Масуги Т., Джонсон Ф.Х., Ханеда Й. (1978). «Свойства и механизм реакции системы биолюминесценции глубоководной креветки Oplophorus gracilorostris». Биохимия. 17 (6): 994–8. Дои:10.1021 / bi00599a008. PMID  629957.
  3. Шимомура О, Масуги Т., Джонсон Ф.Х., Ханеда Й. (1978). «Свойства и механизм реакции системы биолюминесценции глубоководной креветки Oplophorus gracilorostris». Биохимия. 17 (6): 994–8. Дои:10.1021 / bi00599a008. PMID  629957.
  4. Иноуэ, С., и Сасаки, С. (2007). Сверхэкспрессия, очистка и характеристика каталитического компонента люциферазы Oplophorus в глубоководных креветках Oplophorus gracilirostris. Экспрессия и очистка белков, 56(2), 261-268.
  5. Холл, М. П., Унч, Дж., Бинковски, Б. Ф., Вэлли, М. П., Батлер, Б. Л., Вуд, М. Г., ... и Роберс, М. Б. (2012). Разработан репортер люциферазы из глубоководных креветок с использованием нового имидазопиразинонового субстрата. Химическая биология ACS, 7(11), 1848-1857
  6. Иноуэ, С., Сахара-Миура, Ю., Сато, Дж. И., Иимори, Р., Йошида, С., и Хосоя, Т. (2012). Экспрессия, очистка и люминесцентные свойства коэлентеразин-утилизирующих люцифераз из Renilla, Oplophorus и Gaussia: сравнение субстратной специфичности для C2-модифицированных коэлентеразинов. Экспрессия и очистка белков, 88(1), 150-156.
  7. Иноуэ, С., Сато, Дж. И., Сахара-Миура, Ю., Хосоя, Т., и Сузуки, Т. (2014). Нетрадиционная секреция мутировавшего 19 кДа белка люциферазы Oplophorus (nanoKAZ) в клетках млекопитающих. Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях, 450(4), 1313-1319.
  8. Томабечи Ю., Хосоя Т., Эхара Х., Секин С. И., Широузу М. и Иноуэ С. (2016). Кристаллическая структура nanoKAZ: мутированный 19 кДа компонент люциферазы Oplophorus, катализирующий биолюминесцентную реакцию с целентеразином. Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях, 470(1), 88-93.