PAXBP1 - PAXBP1

PAXBP1
Идентификаторы
Псевдонимы	PAXBP1, BM020, C21orf66, FSAP105, GCFC, GCFC1, PAX3 и PAX7 связывающий белок 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 617621 MGI: 1914617 ГомолоГен: 9604 Генные карты: PAXBP1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 21 (человека)[1] Группа 21q22.11 Начинать 32,733,899 бп[1] Конец 32,771,792 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 16 (мышь)[2] Группа 16 | 16 C3.3 Начинать 91,014,037 бп[2] Конец 91,044,543 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • связывание фактора транскрипции • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • Связывание ДНК Сотовый компонент • ядро клетки • цитозоль Биологический процесс • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • регуляция пролиферации сателлитных клеток скелетных мышц • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • развитие мышечных органов • положительное регулирование пролиферации миобластов • положительная регуляция метилирования гистонов • транскрипция, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	94104	67367
Ансамбль	ENSG00000159086 ENSG00000263141	ENSMUSG00000022974
UniProt	Q9Y5B6	P58501
RefSeq (мРНК)	NM_013329 NM_016631 NM_058191 NM_145328	NM_026110
RefSeq (белок)	NP_037461 NP_057715	NP_080386
Расположение (UCSC)	Chr 21: 32,73 - 32,77 Мб	Chr 16: 91.01 - 91.04 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гомолог фактора связывания ДНК с GC-богатой последовательностью это белок что в люди кодируется PAXBP1 ген.^[5][6][7]

Сходство с репрессором транскрипции предполагает, что белковый продукт этого гена участвует в регулирование из транскрипция. Альтернативный сплайсинг этого гена дает три варианты расшифровки кодирование разных изоформы. Были описаны дополнительные варианты транскриптов, но их полноразмерные последовательности не определены.^[7]

Рекомендации

1. ENSG00000263141 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000159086, ENSG00000263141 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022974 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Чжан QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J , Ху GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (ноябрь 2000 г.). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых / предшественниках». Genome Res. 10 (10): 1546–60. Дои:10.1101 / гр.140200. ЧВК  310934. PMID  11042152.
6. Реймонд А., Фридли М., Хенрихсен С.Н., Чапот Ф, Дойч С., Укла С., Россье С., Лайл Р., Гиппони М., Антонаракис С.Е. (ноябрь 2001 г.). «От PRED и открытых рамок считывания до выделения кДНК: пересмотр карты транскрипции хромосомы 21 человека». Геномика. 78 (1–2): 46–54. Дои:10.1006 / geno.2001.6640. PMID  11707072.
7. «Ген Энтреза: C21orf66 хромосома 21 открытая рамка считывания 66».

внешняя ссылка

• Человек PAXBP1 расположение генома и PAXBP1 страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

• Славов Д., Хаттори М., Сакаки Ю. и др. (2000). «Критерии идентификации генов и особенности организации генома: анализ 6,5 МБ последовательности ДНК из 21 хромосомы человека». Ген. 247 (1–2): 215–32. Дои:10.1016 / S0378-1119 (00) 00089-5. PMID  10773462.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Ху YH, Warnatz HJ, Vanhecke D, et al. (2006). «Скрининг внутриклеточной локализации на основе клеточных массивов выявляет новые функциональные особенности белков хромосомы 21 человека». BMC Genomics. 7: 155. Дои:10.1186/1471-2164-7-155. ЧВК  1526728. PMID  16780588.
• Олсен Ю.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Клетка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.