PCBP2 - PCBP2

PCBP2
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2AXY, 2JZX, 2П2Р, 2PQU, 2ПГ9
Идентификаторы
Псевдонимы	PCBP2, HNRNPE2, HNRPE2, hnRNP-E2, поли (rC) связывающий белок 2
Внешние идентификаторы	OMIM: 601210 MGI: 108202 ГомолоГен: 74536 Генные карты: PCBP2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 12 (человек)[1] Группа 12q13.13 Начинать 53,452,102 бп[1] Конец 53,481,162 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 15 (мышь)[2] Группа 15 F3 | 15 57,61 см Начинать 102,470,539 бп[2] Конец 102,500,061 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • связывание ферментов • связывание нуклеиновой кислоты • связывание убиквитин-протеин-лигазы • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • Связывание C-богатой одноцепочечной ДНК Сотовый компонент • внеклеточная экзосома • мембрана • очаговая адгезия • нуклеоплазма • цитоплазма • ядро клетки • цитозоль • GO: 0097483, GO: 0097481 постсинаптическая плотность Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • отрицательная регуляция защитной реакции на вирус • протеасомный убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • защитный ответ на вирус • метаболический процесс мРНК • отрицательная регуляция выработки интерферона I типа • иммунная система • врожденная иммунная система • репликация вирусного генома РНК • IRES-зависимая инициация трансляции вируса • Метаболический процесс РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5094	18521
Ансамбль	ENSG00000197111	ENSMUSG00000056851
UniProt	Q15366	Q61990
RefSeq (мРНК)	NM_031989 NM_001098620 NM_001128911 NM_001128912 NM_001128913 NM_001128914 NM_005016	NM_001103165 NM_001103166 NM_001174073 NM_011042
RefSeq (белок)	NP_001092090 NP_001122383 NP_001122384 NP_001122385 NP_001122386 NP_005007 NP_114366	NP_001096635 NP_001096636 NP_001167544 NP_035172 NP_001361700
Расположение (UCSC)	Chr 12: 53.45 - 53.48 Мб	Chr 15: 102,47 - 102,5 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Поли (rC) -связывающий белок 2 это белок что у людей кодируется PCBP2 ген.^[5]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, кажется многофункциональным. Он вместе с PCBP-1 и hnRNPK соответствует основным клеточным поли (rC)-связывающим белкам. Он содержит три K-гомологичные (KH) домены которые могут участвовать в связывании РНК. Этот кодируемый белок вместе с PCBP-1 также функционирует в качестве коактиваторов трансляции РНК полиовируса посредством специфичного для последовательности взаимодействия со стеблем-петлей IV IRES и способствует репликации РНК полиовируса путем связывания с его 5'-концевой структурой клеверного листа. Он также участвует в трансляционном контроле мРНК 15-липоксигеназы, мРНК L2 вируса папилломы человека типа 16 и РНК вируса гепатита А. Также предполагается, что кодируемый белок играет роль в формировании комплекса мРНП альфа-глобина, специфичного для последовательности, который связан со стабильностью мРНК альфа-глобина. Считается, что эта мультиэкзонная структурная мРНК ретротранспонирована для генерации безинтронного гена PCBP-1, который выполняет аналогичные функции. Этот ген и PCBP-1 имеют паралоги PCBP3 и PCBP4, которые, как полагают, возникли в результате событий дублирования целых генов. Он также имеет два обработанных псевдогена PCBP2P1 и PCBP2P2. В настоящее время для этого гена описаны два альтернативно сплайсированных варианта транскрипта.^[6]

У человека ген PCBP2 перекрывается с TUC338, транскрибированный ультраконсервативный элемент причастен к Гепатоцеллюлярная карцинома.^[7]

Взаимодействия

PCBP2 показал себя взаимодействовать с ГНРПК,^[8] PTBP1,^[8] и HNRNPL.^[8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000197111 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000056851 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Томмеруп Н., Лефферс Х (май 1997 г.). «Назначение генов, содержащих KH-бокс человека, путем гибридизации in situ: HNRNPK картируется с 9q21.32-q21.33, PCBP1 с 2p12-p13, а PCBP2 с 12q13.12-q13.13, дистальнее FRA12A». Геномика. 32 (2): 297–8. Дои:10.1006 / geno.1996.0121. PMID  8833161.
6. «Ген Entrez: PCBP2 poly (rC) связывающий белок 2».
7. Бракони К., Валери Н., Когуре Т., Гаспарини П., Хуанг Н., Нуово Г.Дж., Терраччиано Л., Кроче С.М., Патель Т. (2011-01-11). «Экспрессия и функциональная роль транскрибируемой некодирующей РНК с ультраконсервативным элементом в гепатоцеллюлярной карциноме». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 108 (2): 786–91. Дои:10.1073 / pnas.1011098108. ЧВК  3021052. PMID  21187392.
8. Ким Дж. Х., Хам Б., Ким Ю. К., Чой М., Чан С. К. (май 2000 г.). «Белок-белковое взаимодействие между hnRNPs, перемещающимися между ядром и цитоплазмой». J. Mol. Биол. 298 (3): 395–405. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID  10772858.

дальнейшее чтение

• Kiledjian M, Wang X, Liebhaber SA (1995). «Идентификация двух белков домена KH в комплексе стабильности мРНП альфа-глобина». EMBO J. 14 (17): 4357–64. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1995.tb00110.x. ЧВК  394520. PMID  7556077.
• Лефферс Х, Дейгаард К., Селис Дж. Э. (1995). «Характеристика двух основных клеточных поли (rC)-связывающих белков человека, каждый из которых содержит три K-гомологичных (KH) домена». Евро. J. Biochem. 230 (2): 447–53. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1995.tb20581.x. PMID  7607214.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Blyn LB, Swiderek KM, Richards O, Stahl DC, Semler BL, Ehrenfeld E (1996). «Поли (rC) связывающий белок 2 связывается со стеблем-петлей IV 5'-некодирующей области полиовирусной РНК: идентификация с помощью автоматической жидкостной хроматографии-тандемной масс-спектрометрии». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 93 (20): 11115–20. Дои:10.1073 / пнас.93.20.11115. ЧВК  38293. PMID  8855318.
• Funke B, Zuleger B, Benavente R, Schuster T, Goller M, Stévenin J, Horak I (1996). «Мышиный поли (С) -связывающий белок существует в нескольких изоформах и взаимодействует с несколькими РНК-связывающими белками». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (19): 3821–8. Дои:10.1093 / nar / 24.19.3821. ЧВК  146158. PMID  8871564.
• Блин LB, Towner JS, Semler BL, Ehrenfeld E (1997). «Необходимость поли (rC) связывающего белка 2 для трансляции РНК полиовируса». Дж. Вирол. 71 (8): 6243–6. Дои:10.1128 / JVI.71.8.6243-6246.1997. ЧВК  191892. PMID  9223526.
• Киледжиан М., ДеМария СТ, Брюер Г., Новик К. (1997). «Идентификация AUF1 (гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D) как компонента комплекса стабильности мРНК альфа-глобина». Мол. Клетка. Биол. 17 (8): 4870–6. Дои:10.1128 / MCB.17.8.4870. ЧВК  232339. PMID  9234743.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Czyk-Krzeska MF, Bendixen AC (1999). «Идентификация поли (С) связывающего белка в комплексе, связанном с 3 'нетранслируемой областью матричной РНК эритропоэтина». Кровь. 93 (6): 2111–20. Дои:10.1182 / blood.V93.6.2111.406k24_2111_2120. PMID  10068686.
• Ван З., День N, Трифиллис П., Киледжиан М. (1999). «Комплекс стабильности мРНК функционирует с поли (A) -связывающим белком для стабилизации мРНК in vitro». Мол. Клетка. Биол. 19 (7): 4552–60. Дои:10.1128 / MCB.19.7.4552. ЧВК  84253. PMID  10373504.
• Макеев А.В., Чхеидзе А.Н., Либхабер С.А. (1999). «Набор высококонсервативных РНК-связывающих белков, альфаСР-1 и альфаСР-2, участвующих в стабилизации мРНК, коэкспрессируется из гена без интрона и его содержащего интрон паралога». J. Biol. Chem. 274 (35): 24849–57. Дои:10.1074 / jbc.274.35.24849. PMID  10455157.
• Ким Дж. Х., Хам Б., Ким Ю. К., Чой М., Чан С. К. (2000). «Белок-белковое взаимодействие между hnRNPs, перемещающимися между ядром и цитоплазмой». J. Mol. Биол. 298 (3): 395–405. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3687. PMID  10772858.
• Макеев А.В., Либхабер С.А. (2000). «Идентификация двух новых генов млекопитающих создает подсемейство РНК-связывающих белков KH-домена». Геномика. 67 (3): 301–16. Дои:10.1006 / geno.2000.6244. PMID  10936052.
• Чанг CJ, Лю HW, Ван Ш., Линь HJ, Ли SC, Ху ST (2002). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К (hnRNP K) взаимодействует с коровым белком вируса денге». ДНК клетки биол. 20 (9): 569–77. Дои:10.1089/104454901317094981. PMID  11747608.
• Yeap BB, Voon DC, Vivian JP, McCulloch RK, Thomson AM, Giles KM, Czyzyk-Krzeska MF, Furneaux H, Wilce MC, Wilce JA, Leedman PJ (2002). «Новое связывание HuR и поли (C) -связывающего белка с консервативным UC-богатым мотивом в 3'-нетранслируемой области матричной РНК рецептора андрогена». J. Biol. Chem. 277 (30): 27183–92. Дои:10.1074 / jbc.M202883200. PMID  12011088.
• Уолтер Б.Л., Петрушка Т.Б., Эренфельд Э., Семлер Б.Л. (2002). «Определенные детерминанты домена KH поли (rC) связывающего белка для инициации трансляции полиовируса и репликации вирусной РНК». Дж. Вирол. 76 (23): 12008–22. Дои:10.1128 / JVI.76.23.12008-12022.2002. ЧВК  136902. PMID  12414943.
• Абрахам Р.С., Гейер С.М., Прайс-Троска Т.Л., Аллмер К., Кайл Р.А., Герц М.А., Фонсека Р. (2003). «Гены вариабельной (V) области легкой цепи иммуноглобулина влияют на клиническую картину и исход при амилоидозе, ассоциированном с легкой цепью (AL)». Кровь. 101 (10): 3801–8. Дои:10.1182 / кровь-2002-09-2707. PMID  12515719.
• Пикеринг Б.М., Митчелл С.А., Эванс-младший, Уиллис А.Е. (2003). «Связывающий белок полипиримидинового тракта и связывающий поли r (C) белок 1 взаимодействуют с BAG-1 IRES и стимулируют его активность in vitro и in vivo». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (2): 639–46. Дои:10.1093 / нар / гкг146. ЧВК  140511. PMID  12527772.