PCDHA4 - PCDHA4

PCDHA4
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1WUZ
Идентификаторы
Псевдонимы	PCDHA4, CNR1, CNRN1, CRNR1, PCDH-ALPHA4, протокадгерин альфа 4
Внешние идентификаторы	OMIM: 606310 MGI: 1298406 ГомолоГен: 130626 Генные карты: PCDHA4
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 5 (человек)[1] Группа 5q31.3 Начинать 140,806,929 бп[1] Конец 141,012,347 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 18 (мышь)[2] Группа 18 | 18 B2-B3 Начинать 36,952,648 бп[2] Конец 37,187,661 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание ионов кальция • связывание ионов металлов • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • неотъемлемый компонент мембраны • клеточная мембрана • неотъемлемый компонент плазматической мембраны • мембрана • эндоплазматический ретикулум • синапс Биологический процесс • клеточная адгезия • развитие нервной системы • гомофильная клеточная адгезия через молекулы адгезии плазматической мембраны • передача сигналов от клетки к клетке Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	56144	12936
Ансамбль	ENSG00000204967	ENSMUSG00000104252
UniProt	Q9UN74	O88689
RefSeq (мРНК)	NM_031500 NM_018907	NM_007766
RefSeq (белок)	NP_061730 NP_113688	NP_031792 NP_001167625
Расположение (UCSC)	Chr 5: 140,81 - 141,01 Мб	Chr 18: 36.95 - 37.19 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Протокадгерин альфа-4 это белок что у людей кодируется PCDHA4 ген.^[5][6][7]

Этот ген является членом протоколадгерин альфа-кластер генов, один из трех связанных кластеров генов, тандемно связанных на хромосома пять, которые демонстрируют необычный геномный организация, аналогичная организации В-клетка и Т-клетка кластеры рецепторных генов. Кластер альфа-генов состоит из 15 генов суперсемейства кадгерина, связанных с генами CNR мыши, и состоит из 13 очень похожих и 2 более отдаленно связанных кодирующих последовательностей. Тандемный массив из 15 N-терминалов экзоны, или переменные экзоны, следуют ниже по течению C-терминал экзоны, или постоянные экзоны, общие для всех генов в кластере. Каждый большой непрерывный N-концевой экзон кодирует шесть эктодоменов кадгерина, в то время как С-концевой экзон кодирует цитоплазматический домен. Эти нейронные кадгерин-подобные белки клеточной адгезии являются интегральными белками плазматической мембраны, которые, скорее всего, играют решающую роль в установлении и функционировании специфических межклеточных связей в головном мозге. Наблюдалось альтернативное сращивание и предлагались дополнительные варианты, но их полноразмерный характер еще предстоит определить.^[7]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000204967 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000104252 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Wu Q, Maniatis T (июль 1999 г.). «Поразительная организация большого семейства генов адгезии нервных кадгерин-подобных клеток человека». Клетка. 97 (6): 779–90. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80789-8. PMID  10380929. S2CID  6014717.
6. Сугино Х., Хамада С., Ясуда Р., Туджи А., Мацуда Й., Фудзита М., Яги Т. (апрель 2000 г.). «Геномная организация семейства генов кадгерина CNR у мышей и людей». Геномика. 63 (1): 75–87. Дои:10.1006 / geno.1999.6066. PMID  10662547.
7. «Энтрез Ген: PCDHA4 протокадгерин альфа 4».

дальнейшее чтение

• Яги Т., Такейчи М. (2000). «Гены суперсемейства кадгеринов: функции, геномная организация и неврологическое разнообразие». Genes Dev. 14 (10): 1169–80. Дои:10.1101 / gad.14.10.1169 (неактивно 11.10.2020). PMID  10817752.
• Ноллет Ф., Кулс П., Ван Рой Ф. (2000). «Филогенетический анализ суперсемейства кадгеринов позволяет идентифицировать шесть основных подсемейств помимо нескольких отдельных членов». J. Mol. Биол. 299 (3): 551–72. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3777. PMID  10835267.
• Сендзаки К., Огава М., Яги Т. (2000). «Белки семейства CNR являются множественными рецепторами рилина». Клетка. 99 (6): 635–47. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81552-4. PMID  10612399. S2CID  14277878.
• Ву Кью, Маниатис Т. (2000). «Большие экзоны, кодирующие несколько эктодоменов, являются характерной чертой генов протокадгерина». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (7): 3124–9. Дои:10.1073 / pnas.060027397. ЧВК  16203. PMID  10716726.
• Wu Q, Zhang T, Cheng JF и др. (2001). «Сравнительный анализ последовательности ДНК кластеров генов протокадгерина мыши и человека». Genome Res. 11 (3): 389–404. Дои:10.1101 / гр.167301. ЧВК  311048. PMID  11230163.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Шмутц Дж., Мартин Дж., Терри А. и др. (2004). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 5 человека» (PDF). Природа. 431 (7006): 268–74. Bibcode:2004Натура.431..268S. Дои:10.1038 / природа02919. PMID  15372022. S2CID  4373053.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.

внешняя ссылка

• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: O88689 (Мышиный протокадгерин альфа-4) на PDBe-KB.