PCDHA5 - PCDHA5

PCDHA5
Идентификаторы
Псевдонимы	PCDHA5, CNR6, CNRN6, CNRS6, CRNR6, PCDH-ALPHA5, протокадгерин альфа 5
Внешние идентификаторы	OMIM: 606311 MGI: 1298371 ГомолоГен: 49565 Генные карты: PCDHA5
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 5 (человек)[1] Группа 5q31.3 Начинать 140,821,604 бп[1] Конец 141,012,347 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 18 (мышь)[2] Группа 18 | 18 B2-B3 Начинать 36,960,440 бп[2] Конец 37,187,657 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание ионов кальция Сотовый компонент • неотъемлемый компонент мембраны • клеточная мембрана • неотъемлемый компонент плазматической мембраны • мембрана Биологический процесс • клеточная адгезия • развитие нервной системы • гомофильная клеточная адгезия через молекулы адгезии плазматической мембраны • передача сигналов от клетки к клетке Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	56143	12941
Ансамбль	ENSG00000204965	ENSMUSG00000103092
UniProt	Q9Y5H7	Q91Y15
RefSeq (мРНК)	NM_031501 NM_018908	NM_009959
RefSeq (белок)	NP_061731 NP_113689	NP_034089
Расположение (UCSC)	Chr 5: 140,82 - 141,01 Мб	Chr 18: 36.96 - 37.19 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Протокадгерин альфа-5 это белок что у людей кодируется PCDHA5 ген.^[5][6][7]

Этот ген является членом кластера генов протокадгерина альфа, одного из трех связанных кластеров генов, тандемно связанных на хромосома 5 которые демонстрируют необычную геномную организацию, похожую на В-клетка и Т-клетка кластеры рецепторных генов.

Кластер альфа-генов состоит из 15 кадгерин суперсемейство генов связано с генами CNR мыши и состоит из 13 очень похожих и 2 более отдаленно связанных кодирующих последовательностей. Тандемный массив из 15 N-терминалов экзоны, или вариабельные экзоны, сопровождаются нижележащими С-концевыми экзонами или константными экзонами, которые являются общими для всех генов в кластере. Большой, непрерывный N-концевой каждый из экзонов кодирует шесть эктодоменов кадгерина, в то время как C-концевые экзоны кодируют цитоплазматический домен.

Эти нервный кадгерин-подобные белки клеточной адгезии являются неотъемлемой частью плазматическая мембрана белки, которые, скорее всего, играют решающую роль в установлении и функционировании специфических межклеточных связей в головном мозге. Наблюдалось альтернативное сращивание и предлагались дополнительные варианты, но их полноразмерный характер еще предстоит определить.^[7]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000204965 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000103092 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Wu Q, Maniatis T (июль 1999 г.). «Поразительная организация большого семейства генов адгезии нейронных кадгерин-подобных клеток». Клетка. 97 (6): 779–90. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80789-8. PMID  10380929. S2CID  6014717.
6. Сугино Х., Хамада С., Ясуда Р., Туджи А., Мацуда Й., Фудзита М., Яги Т. (апрель 2000 г.). «Геномная организация семейства генов кадгерина CNR у мышей и людей». Геномика. 63 (1): 75–87. Дои:10.1006 / geno.1999.6066. PMID  10662547.
7. «Энтрез Ген: протокол PCDHA5 альфа 5».

дальнейшее чтение

• Яги Т., Такейчи М. (2000). «Гены суперсемейства кадгеринов: функции, геномная организация и неврологическое разнообразие». Genes Dev. 14 (10): 1169–80. Дои:10.1101 / gad.14.10.1169 (неактивно 11.10.2020). PMID  10817752.
• Ноллет Ф., Кулс П., Ван Рой Ф. (2000). «Филогенетический анализ суперсемейства кадгеринов позволяет идентифицировать шесть основных подсемейств помимо нескольких отдельных членов». J. Mol. Биол. 299 (3): 551–72. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3777. PMID  10835267.
• Ву Кью, Маниатис Т. (2000). «Большие экзоны, кодирующие несколько эктодоменов, являются характерной чертой генов протокадгерина». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (7): 3124–9. Bibcode:2000PNAS ... 97,3124 Вт. Дои:10.1073 / pnas.060027397. ЧВК  16203. PMID  10716726.
• Wu Q, Zhang T, Cheng JF и др. (2001). «Сравнительный анализ последовательности ДНК кластеров генов протокадгерина мыши и человека». Genome Res. 11 (3): 389–404. Дои:10.1101 / гр.167301. ЧВК  311048. PMID  11230163.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Шмутц Дж., Мартин Дж., Терри А. и др. (2004). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 5 человека». Природа. 431 (7006): 268–74. Bibcode:2004Натура.431..268S. Дои:10.1038 / природа02919. PMID  15372022. S2CID  4373053.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.