PCDHB16 - PCDHB16

PCDHB16
Идентификаторы
Псевдонимы	PCDHB16, ME1, PCDH-BETA16, PCDH3X, PCDHB8a, протокол бета 16
Внешние идентификаторы	OMIM: 606345 MGI: 2136754 ГомолоГен: 81881 Генные карты: PCDHB16
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 5 (человек)[1] Группа 5q31.3 Начинать 141,181,399 бп[1] Конец 141,186,399 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание ионов кальция Сотовый компонент • неотъемлемый компонент мембраны • клеточная мембрана • мембрана • неотъемлемый компонент плазматической мембраны Биологический процесс • кальций-зависимая клеточная адгезия через молекулы клеточной адгезии плазматической мембраны • сборка синапсов • гомофильная клеточная адгезия через молекулы адгезии плазматической мембраны • химическая синаптическая передача • клеточная адгезия Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	57717	93888
Ансамбль	ENSG00000272674	ENSMUSG00000046387
UniProt	Q9NRJ7	Q91VD8
RefSeq (мРНК)	NM_020957	NM_053142
RefSeq (белок)	NP_066008	NP_444372
Расположение (UCSC)	Chr 5: 141.18 - 141.19 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	[3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Протокадгерин бета-16 это белок что у людей кодируется PCDHB16 ген.^[4][5][6]

Этот ген является членом кластера генов протокадгерина бета, одного из трех связанных кластеров генов, тандемно связанных на пятой хромосоме. Кластеры генов демонстрируют необычную геномную организацию, аналогичную структуре кластеров генов В-клеток и Т-клеточных рецепторов. Бета-кластер содержит 16 генов и 3 псевдогена, каждый из которых кодирует 6 внеклеточных доменов кадгерина и цитоплазматический хвост, который отличается от других в суперсемействе кадгеринов. Внеклеточные домены взаимодействуют гомофильным образом, определяя дифференциальные межклеточные связи. В отличие от альфа- и гамма-кластеров, транскрипты этих генов состоят только из одного большого экзона, а не из общих 3'-экзонов, как ожидалось. Эти нейронные кадгерин-подобные белки клеточной адгезии являются интегральными белками плазматической мембраны. Их специфические функции неизвестны, но они, скорее всего, играют решающую роль в установлении и функционировании специфических межклеточных нейронных связей.^[6]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000272674 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. Wu Q, Zhang T, Cheng JF, Kim Y, Grimwood J, Schmutz J, Dickson M, Noonan JP, Zhang MQ, Myers RM, Maniatis T (март 2001 г.). «Сравнительный анализ последовательности ДНК кластеров генов протокадгерина мыши и человека». Genome Res. 11 (3): 389–404. Дои:10.1101 / гр.167301. ЧВК  311048. PMID  11230163.
5. Ванхалст К., Кулс П., Ванден Эйнде Э., ван Рой Ф. (апрель 2001 г.). «Семейства одноэкзонных генов протокадгерина-бета человека и мыши демонстрируют высокую эволюционную консервативность, несмотря на разницу в количестве генов». FEBS Lett. 495 (1–2): 120–5. Дои:10.1016 / S0014-5793 (01) 02372-9. PMID  11322959. S2CID  36671435.
6. "Энтрез Ген: PCDHB16 протокол бета 16".

дальнейшее чтение

• Яги Т., Такейчи М. (2000). «Гены суперсемейства кадгеринов: функции, геномная организация и неврологическое разнообразие». Genes Dev. 14 (10): 1169–80. Дои:10.1101 / gad.14.10.1169 (неактивно 11.10.2020). PMID  10817752.
• Ноллет Ф., Кулс П., Ван Рой Ф. (2000). «Филогенетический анализ суперсемейства кадгеринов позволяет идентифицировать шесть основных подсемейств помимо нескольких отдельных членов». J. Mol. Биол. 299 (3): 551–72. Дои:10.1006 / jmbi.2000.3777. PMID  10835267.
• Франк М., Кемлер Р. (2003). «Протокадгерины». Curr. Мнение. Cell Biol. 14 (5): 557–62. Дои:10.1016 / S0955-0674 (02) 00365-4. PMID  12231349.
• Мацуёси Н., Танака Т., Тода К., Имамура С. (1997). «Идентификация новых кадгеринов, экспрессируемых в клетках меланомы человека». J. Invest. Дерматол. 108 (6): 908–13. Дои:10.1111 / 1523-1747.ep12292703. PMID  9182820.
• Ву Кью, Маниатис Т. (1999). «Поразительная организация большого семейства генов адгезии нервных кадгерин-подобных клеток человека». Клетка. 97 (6): 779–90. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80789-8. PMID  10380929. S2CID  6014717.
• Ву Кью, Маниатис Т. (2000). «Большие экзоны, кодирующие несколько эктодоменов, являются характерной чертой генов протокадгерина». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (7): 3124–9. Дои:10.1073 / pnas.060027397. ЧВК  16203. PMID  10716726.
• Нагасе Т., Кикуно Р., Накаяма М. и др. (2001). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XVIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 7 (4): 273–81. Дои:10.1093 / dnares / 7.4.271. PMID  10997877.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Геваерт К., Гетальс М., Мартенс Л. и др. (2004). «Изучение протеомов и анализ процессинга белков с помощью масс-спектрометрической идентификации отсортированных N-концевых пептидов». Nat. Биотехнология. 21 (5): 566–9. Дои:10.1038 / nbt810. PMID  12665801. S2CID  23783563.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.